Année Universitaire 2010-2011
UE: SDM, bioinformatique du médicament (E. Kellenberger)
5.1.2. Quel est le champ de force utilisé par défaut ? Est-il adapté à prédire une conformation
raisonnable de l’atropine ?
2. Préparation de l’atropine pour des applications en drug design
Calculer les charges partielles de la molécule, puis afficher le potentiel électrostatique de la molécule.
MOE | Compute | Partial charges... OK puis fermer la fenêtre
MOE | Compute | Surfaces and Maps
Dans la fenêtre “Surfaces and Maps », choisir Electrostatic Map comme type de surface et cliquer sur
apply pour lancer le calcul.
Cette application utilise l’équation de Poisson-Boltzmann, qui prédit le potentiel électrostatique créé
par une charge électrique placée dans la solution en tenant compte des forces électrostatiques entre la
charge et les ions de la solution ainsi que de l'agitation thermique des ions. Dans MOE, le potentiel est
calculé pour l’ion oxygène, l’ion hydrogène et l’atome de carbone, afin de prédire respectivement les
régions favorables pour le placement d’un accepteur de liaison H (rouge), d’un donneur de liaison H
(bleu) et d’un groupement hydrophobe (blanc).
Jouer avec les curseurs pour l’affichage des lignes iso-potentielles.
Question
5.2.1. Combien de groupements donneur/accepteur de liaison hydrogène pourrait interagir avec
l’atropine ?
Nous allons maintenant réfléchir à l’état d’ionisation de l’atropine en un milieu physiologique, c'est-à-
dire à pH7.
Question
5.2.2. L’atropine possède-t-elle un groupement ionisable. Lequel ? Quel est son état d’ionisation le
plus probable à pH7 ? Quel est son état d’ionisation dans la molécule représentée à l’écran ?
Afin de répondre à cette dernière question, double-cliquer sur l’atome qui vous intéresse afin d’ouvrir
la fenêtre « Atom Manager », qui vous renseigne sur la géométrie, l’ionisation et la charge de cet
atomes.
MOE dispose d’un outil de “préparation des ligands”, qui fixe l’état d’ionisation le plus probable de la
molécule. Il utilise une liste de règles (descriptions des groupements et de leurs pKa) et évalue les
modifications de charge dues à la proximité de plusieurs groupements ionisables.
MOE | Compute | Protonate 3D...OK