Etude de la coévolution entre les éléments

Mention Ecologie, Biodiversité et Evolution
Proposition de stage de M1
Année 2005-2006
Titre du stage : Etude de la coévolution entre les éléments transposables et le mécanisme
de défense des génomes fongiques (RIP)
Laboratoire d’accueil :
Intitulé du laboratoire : Ecologie, Systématique et Evolution
Intitulé de l’équipe : Génétique et Ecologie Evolutives
Responsable du stage :
Nom : GIRAUD Tatiana, CR2 CNRS (ESE, Orsay)
Tél : 01 69 15 56 69
Fax : 1 69 15 46 97
Email : [email protected]
Références dans le domaine :
Galagan J, and Selker E. 2004. RIP: the evolutionary cost of genome defense. Trends in
Evolution and Ecology 20, 417-423.
Hood ME, Katawezik M, and Giraud T. 2005. Repeat-induced point mutation and the
population structure of transposable elements in Microbotryum violaceum. Genetics in
press.
Description du stage
Certaines espèces de champignons disposent d’un mécanisme original pour limiter la
prolifération des éléments transposables dans leurs génomes, le RIP (Repeat-Induced
Mutation). Ce phénomène inactive des séquences répétées en provoquant des mutations
systématiques sur des motifs particuliers. Le but de ce stage sera de rechercher la présence de
RIP chez plusieurs champignons, et d’étudier l’évolution des éléments transposables vers une
tolérance et/ou une résistance au RIP. Ce stage comportera plusieurs parties :
1) Réalisation et analyse de séquences chez le champignon pathogène stérilisant
Microbotryum violaceum. Il s'agit d'une maladie sexuellement transmissible des
caryophyllacées: chez les plantes infectées, les spores du champignon sont produites dans les
anthères à la place du pollen et sont transmises par les pollinisateurs. Microbotryum violaceum
est depuis longtemps une espèce-modèle en écologie théorique et expérimentale, en génétique,
en étude de la transmission des maladies et des changements d'hôtes. Nous avons détecté le
RIP chez ce champignon dans certaines lignées mais son absence dans d’autres lignées. Il
s’agira donc de comparer l’évolution des séquences d’un élément copia-like dans les lignées
avec et sans RIP pour en déduire l’évolution vers une tolérance (mutations aux sites cibles
TCG menant à des mutations synonymes plus souvent qu’attendu par hasard) ou une résistance
(baisse du nombre de sites cibles TCG) des éléments dans les lignées avec RIP.
2) Recherche dans les banques de données. Il s’agira de rechercher des signatures de
RIP dans des génomes fongiques complets disponibles sur le web, et d’étudier également la
tolérance et résistance au RIP suivant la nature des sites cibles dans les différents génomes.