Sud Expert Plantes

Secrétariat Exécutif Sud Expert Plantes
Rapport d’activité du dossier numéro :
344-2
RAPPORT D’ACTIVITÉS FINAL
A retourner complété à [email protected] avant le 15 novembre 2009
Titre du projet :
ETUDE DU GENRE EUPHORBIA GROUPE TETRAPTERA DE MADAGASCAR
Pays porteur du projet :
MADAGASCAR
Coordinateur du projet : Dr RANARIJAONA HERY LISY TIANA
Institution de rattachement du coordinateur de projet : UNIVERSITE DE MAHAJANGA
Correspondant SEP :
M. DAVID OLIVIER et Pr JEANNODA VOLOLONIAINA
Montant total de la contribution SEP : 11000 Euros
Auteur(s) du rapport d’activité : Mme Ranjamalala Vololona – Dr Haevermanns Thomas –
Dr Ranarijaona H .L.
Date de fin de rédaction du rapport :
Rappel succinct des activités 2008 :
Au MNHN Paris :
 Pratique de la méthode d’extraction d’ ADN des feuilles séchées dans de silicagel des
espèces cibles par le Kit Dneasy Plant Mini( QiagenTM) ou le Kit DneasyTM 96 Plate.
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 Pratique de la PCR (Polymerase Chain Reaction) :

programmation

utilisation des différents marqueurs : nucléaires et chloroplastiques
 Préparation de gel d’agarose à différents volumes
pour le test d’ ADN par
l’électrophorèse avant l’envoi de la PCR au Genoscope pour le séquençage,
 Initiation à l’alignement de séquences par le logiciel BioEdit,
 Initiation au « nettoyage » des séquences d’ADN par le logiciel SequencherTM
 Scannage des spécimens d’Euphorbiacées du groupe Euphorbia tetraptera disponibles
afin de répertorier les différentes localités des espèces cibles.
 Travaux moléculaires incluant le matériel collecté sur le terrain au laboratoire du
Muséum National de l’Histoire Naturelle (M N H N) Paris en juin 2009,
 Travaux morphologiques des espèces appartenant au groupe étudié à Madagascar.
Résumé des activités 2009 :
Le projet consiste à effectuer l’étude moléculaire et analyse morphologique du genre
Euphorbia groupe Tetraptera. Un premier article sur le thème a été rédigé.
Une collecte d’échantillons a été réalisée dans la région de Maroantsetra Madagascar en mai
2009 dans des régions préalablement ciblées. Ensuite, une recherche au laboratoire du MNHN
Paris était faite pour l’analyse des échantillons collectés. Il s’agit de l’analyse de tous les
spécimens disponibles durant les mois de Juillet-Aout 2009, deuxième mission de Mme
Ranjamalala Vololona à Paris dans le cadre de son projet. Les travaux consistent à faire la
biologie moléculaire et l’analyse morphologique (clé d’identification, révision taxonomique, et
l’analyse cladistique) du groupe. Ce qui permet à l’étude de l’évolution des caractéristiques si
particulières à ce groupe. L’analyse sera réalisée avec les logiciels PAUP* et Mr Bayes et les
résultats préliminaires devraient êtres présentés au congrès de l’AETFAT pour une publication
courant 2010.
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1. Objectifs :
(Environ une demi-page -Rappelez les objectifs du projet, tels qu’ils ont été présentés dans le formulaire définitif soumis à Sud Expert Plantes)
Euphorbia L. (Euphorbiaceae, Malpighiales) est le plus gros genre d’Euphorbiaceae uniovulée
(Wurdack, Hoffmann, et Chase, 2005). Il existe environ 170 espèces appartenant au genre
Euphorbia L. sur l'île de Madagascar soit près de 8 % des 2000 espèces d'euphorbes à travers le
monde (Govaerts, Frodin, et Radcliffe-Smith, 2000).
La dernière révision mondiale du genre Euphorbia date de 1862 par (Boissier, 1862).
Cette étude s'intéresse en particulier au groupe d’Euphorbia tetraptera, endémique de
Madagascar. En effet, des études sur le genre Euphorbia L. à Madagascar ont été déjà faites
(Haevermans en 2003) et actuellement, le genre est subdivisé en 14 lignées à Madagascar
(Haevermans, 2003) dont le groupe de l’Euphorbia Tetraptera en fait partie.
Ainsi il s’avère que cette étude mérite d’être encore approfondie, à cause de sa particularité.
Nos objectifs sont de faire des révisions systématique, biologique et phylogénique du
genre : Euphorbia (Famille : Euphorbiaceae), du groupe : tetraptera, endémique Malagasy. C’est
un groupe qui est encore inconnu ; alors qu’il présente beaucoup d’intérêts aussi bien écologique
que pharmacologique.
Le groupe Tetraptera se distribue du Nord, dans la région d’Antsiranana au Sud de
Madagascar, en passant par Fort-Dauphin ; mais aussi dans l’ouest. Il se trouve dans les
différentes formations forestières. Pour atteindre les objectifs, en plus des espèces récoltées sur le
terrain, des espèces déjà récoltées par le Dr Haevermans au MNHN ont fait l’objet d’analyse lors
du stage de la doctorante. Ces espèces devraient être complétées en novembre 2009 (prochaine
mission) dans les régions Malagasy qui n’ont pas été visitées auparavant.
2. Partenariat :
(Rappelez les partenaires du projet dans le tableau suivant – Rajoutez des lignes si nécessaire))
Nom
Intitulé
Tutelle
1
RANJAMALALA Vololona
Université
2
HAEVERMANNS Thomas
MNHN Paris
3
RANARIJAONA H.L.T.
Université
de
Compétence
Localisation
Doctorante
Mahajanga Madagascar
Encadreur
Paris France
Mahajanga
de
Mahajanga
4
RAPANARIVO S.
Parc
Botanique
Tsimbazaza
Coordonnateur
du
Mahajanga Madagascar
de
Antananarivo Madagascar
projet
de
Détermination
sherbiers
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5
RAZAFIMANDIMBISON Sylvain
Université de Stockholm
Encadreur
Suède USA
Suède
3. Méthodologie et moyens mis en œuvre :
(maximum une demi-page)
Au cours de son stage de deux mois au MNHN Paris, en présence de son encadreur, des
études bibliographiques ont été effectuées par la doctorante en 2008, en plus des formations
théoriques assurées par les professeurs et enseignants dans le cadre du projet SEP et des
manipulations pratiques sur la phylogénie dans le laboratoire du MNHN Paris. Ce dernier assure
les matériels de laboratoire ainsi que les matériels de collecte pour l’analyse.
2009
Etude de tous les caractères morphologiques utilisables pour réaliser la future clé d’identification
automatisée (logiciel LUCID®), la très attendue révision taxonomique du groupe et également
une grande analyse cladistique morphologique.
Les très nombreuses observations ont permis de coder une centaine de caractères pour plus de
300 planches d’herbiers = 30000 mesures). Ces caractères permettront, une fois transcrits au
format LUCID de réaliser une clé d’identification interactive. L’identification peut alors débuter
par n’importe quel caractère observable par l’utilisateur. En effet ces plantes sont très difficiles à
identifier de premier abord et l’aide d’une clé d’identification permettra d’y pallier.
4. Travaux réalisés :
(Maximum une page pour l’ensemble des items 4)
4.1 - Contexte et difficultés rencontrées :
A sa rentrée au pays, après avoir suivi le stage au MNHN Paris, la doctorante Ranjamalala
Vololona a été hospitalisé à Mahajanga, jusqu’à l’heure où nous écrivons ce rapport. A cet effet,
le coordonnateur a été aidé par son encadreur Dr Thomas Haevermanns au MNHN Paris, pour
rédiger le présent rapport ainsi que le rapport scientifique.
Cette contrainte aura un impact sur la finalisation de ce projet.
En plus, un problème se pose au niveau du budget du projet SEP 344-2 depuis le mois de
septembre 2009 : nous n’avons même pas dépensé la moitié de notre budget (voir rapport
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financier) alors que le responsable du SEP Paris nous a dit dans son premier message qu’il n’y a
que 120 euros dans notre budget, et dans son deuxième message qu’il y a que 1400 euros dans le
budget à Madagascar. Nous voudrions acheter une loupe binoculaire, matériel prévu dans le cadre
du projet, mais jusqu’à maintenant, nous ne pourrons l’obtenir à cause de ce problème. Nous
avons prévu seulement 100 euros pour le partenaire du Parc Tsimbazaza et le 1400 euros pré-cité
est celui du Parc Tsimbazaza selon le responsable (Mme Tourman Chantal) dans son message. Ce
qui est vraiment une grande contrainte pour l’avancement de nos travaux.
Le projet est prévu pour 2008-2009, mais vues toutes ces contraintes, nous vous demandons
de bien vouloir nous régler ce problème et accorder une prolongation du projet pour l’année
2010.
4.2 - Missions :
La réalisation de la collecte d’échantillons dans le Parc National de Masoala présentait
beaucoup de difficultés par la forte pluie pendant le séjour sur place. Des endroits prévus pour la
récolte n’ont pas pu être visités faute d’accès.
4.3 – Résultats :
(À mettre en regard des résultats attendus tels qu’indiqués dans les items 6 et 7 formulaire définitif qui avait été soumis en réponse
à l’appel d’offres)
La mission effectuée dans le nord-est a permis d’avoir les spécimens récents de ces taxons
nouveaux pour affiner la description déjà entamée.
Des nouveaux spécimens sont analysés. De nouveaux taxons ont été découverts.
Trois publications dont deux sont déjà écrites. La troisième va être rédigée bientôt.
Le premier article, publié avec Thomas Haevermans (Paris, MNHN) sera suivi par un article de
phylogéographie discutant l’évolution des caractères morphologiques, réalisé par Mme
Ranjamalala et dont les résultats seront présentés lors du congrès de l’AETFAT à Antananarivo
en avril 2010.
Une centaine de caractères pour plus de 300 planches d’herbiers = 30000 mesures) ont été codés.
Ces caractères permettront, une fois transrits au format LUCID de réaliser une clé d’identification
interactive. En effet ces plantes sont très difficiles à identifier de premier abord et l’aide d’une clé
d’identification permettra d’y pallier.
Les espèces sont affinées et redélimitées. Un certain nombre de taxons nouveaux ont été détectés.
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4.4 – Publications, communications en cours ou réalisées :
Publications
1). "Molecular phylogeny of the Malagasy endemic Euphorbia tetraptera relatives". Mol. Phyl.
Evol (sous presse).
2). "A distinctive new species of two-seeded Malagasy endemic Euphorbia from the
Saint-Augustin area, Tulear". J. Linn. Bot. Soc. London (sous presse)
Communication
Communication à l’AETFAT en Avril 2010.
4.5 – Thèses, mémoires, enseignement et animation scientifique :
- L’enseignement sur la phylogénie assurée par la doctorante continue cette année 2009 pour les
étudiants de masters en M1 et M2 option « Valorisation de la biodiversité végétale » et
« Environnement et BioHydroSystèmes ».
- journée scientifique SEP va être réalisée à Antananarivo, le 1er et 2 décembre prochain afin
d’évaluer les participants du projet SEP.
5. Récapitulatif des résultats de l’ensemble du projet :
Trois publications dont une à rédiger bientôt.
"Molecular phylogeny of the Malagasy endemic Euphorbia tetraptera relatives"
Et
"A distinctive new species of two-seeded Malagasy endemic Euphorbia from the
Saint-Augustin area, Tulear"
PERSPECTIVES
- la description des spécimens récents.
- analyse cladistique et analyse moléculaires des spécimens récoltés en novembre 2009 par
l’encadreur Dr Thomas Haevermann ; ce qui permettra également d’étudier l’évolution des
caractéristiques si particulières au groupe Tetraptera.
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6. Analyse critique de l’équipe sur SEP :
(Maximum une demi-page - Quels sont les principaux regrets que les équipes nourrissent vis-à-vis des instances en charge du fonctionnement de
SEP ? - MAE, SCAC, Correspondants, Coordinateurs, Régies IRD, Secrétariat Exécutif)
Gestion du budget incorrecte : ne correspond pas à la réalité des dépenses effectuées par les
participants du projet. Cette année, la doctorante a été aidée sur le plan financier par le MNHN
Paris, (par le biais de son encadreur T. Haevermann). Mais cela ne modifie en rien à la dépense
citée par le SEP Paris.
Nous avons demandé les détails des dépenses auprès du SEP mais nous n’avons pas obtenu de
satisfaction.
Il faut toujours attendre longtemps avant d’obtenir une réponse. Jusqu’à maintenant, nous
n’avons pas obtenu de réponse suite à la réclamation depuis le mois de septembre, sur le budget
du SEP 344-2. Nous n’avons guère avancé comme prévu.
7. Remarques générales et conclusions :
(Maximum une demi-page)
Le projet 344-2 a obtenu des résultats importants, grâce à la volonté et la conviction des
participants. Mais le projet pourra encore mieux faire si ce problème de budget au niveau du SEP
ne persiste chaque année.
N.B : Ne pas oublier de joindre à ce formulaire le rapport scientifique final proprement dit en
format libre. (3 à 10 pages environ)
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