La plateforme bioinformatique PRABI

La plateforme bioinformatique PRABI-Gerland (UMR5086 BMSSI CNRS) souhaite procéder à une
mise à jour de son serveur de calcul multi-cœurs à architecture à mémoire partagée NUMA/SMP
de marque SGI modèle UV100.
Le marché a pour objet l’acquisition d’un serveur de calcul multi-cœurs de même architecture.
Le Titulaire retenu devra fournir une solution extensible de 64 à 512 cœurs physiques et de
256MB à 4TB de mémoire (idéalement 4GB par cœur) avec image système unique. Les
processeurs de la solution seront multi-cœurs et de type x86 64 bits. Le nombre de cœurs par
processeur devra être supérieur ou égal à huit avec une fréquence d’horloge de 2.4GHz au
minimum. Les processeurs seront connectés avec un bus de vitesse supérieure ou égale à 8
GT/s. La mémoire associée au processeur suivra le standard DDR3 avec protection ECC et sera
de fréquence supérieure ou égale à 1866 MHz. Le serveur devra proposer au moins deux
interfaces réseau 10/100/1000 Mbits/s. Une option sera proposée pour 2 interfaces réseau en
10 Gbits/s en rj45 cuivre. Le serveur devra présenter une faible consommation électrique et une
faible dissipation thermique.
Le Titulaire devra en outre assurer la compatibilité avec la solution de stockage actuelle (SGI
IS5000 32*600GB FC SAS 15000 tpm et 28*1000GB FC SAS 7200 tpm) qui sera connectée en
mode DAS au serveur proposé par le Titulaire, à travers quatre ports fibre channel 8Gbps. En
outre, le Titulaire assurera la reconfiguration des groupes RAID et assurera avec le personnel de
la plateforme PRABI-Gerland la migration des données à conserver entre les espaces de
stockages nouvellement créés.
Le système d’exploitation retenu est la RedHat Entreprise Linux, pour des raisons de
compatibilité de binaires. Le système d’exploitation sera installé par le Titulaire sur le disque
interne du serveur qui sera composé d’un groupe RAID10 d’au moins quatre disques SSD. Le
Titulaire devra installer le logiciel de gestion de tâches PBSPro et configurer différentes queues
selon les spécifications fournies par la plateforme PRABI-Gerland. Le Titulaire procédera aussi à
l’installation du compilateur Intel. L’intégration matérielle et logicielle de l’ensemble de la
solution doit être optimisée pour une gestion aisée et les performances optimales.
La proposition du Titulaire devra inclure l’installation, le transfert de compétence, deux demi-
journées de support à distance pour les évolutions du système d’exploitation et du paramétrage
de la solution, et les maintenances matérielle et logicielle pour une durée de trois ans minimum.
Le Titulaire proposera aussi dans son offre une option obligatoire pour la reprise du serveur de
calcul existant de la plateforme PRABI-Gerland et de ses quatre serveurs annexes (4 SGI Altix XE
270). Le Titulaire proposera une option pour une formation de base à l’administration du
serveur.
La solution retenue sera considérée comme opérationnelle par la plateforme PRABI-Gerland à
l’issue de quatre tests applicatifs : i) dynamique moléculaire avec le logiciel Amber ou NAMD sur
1 processeur puis sur l’ensemble des processeurs, ii) l’exécution d’un calcul PSI-BLAST contre la
base UniProtKB soumis à travers le serveur web d’analyse de séquence NPS@ de la plateforme
sur 1 puis l’ensemble des processeurs, iii) le chargement dans un SGBDR (PostgreSQL) des
données de la base UniProtKB grâce aux applications de la plateforme PRABI-Gerland
implémentées en Java et iv) l’exécution simultanée des 3 tests précédents. L’évaluation des
performances sera établie par mesure des temps de calcul pour les tests i) ii) et iii) et pour le
test iv) par la capacité du logiciel PBSPro à préempter, sans blocage de ce dernier, le calcul de
dynamique moléculaire par les calculs des tests i et ii) tout en étant capable de démarrer
l’exécution de calculs supplémentaires soumis par le serveur web de la plateforme PRABI-
Gerland.