ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE

UR454 Unité de Microbiologie, INRA Clermont-Ferrand-Theix
Directeur de thèse : Evelyne FORANO (DR2)
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Fibrolyse et dynamique des populations bacteriennes fibrolytiques dans le colon humain.
Une des principales fonctions du microbiote colique est de dégrader puis fermenter les fibres alimentaires,
correspondant à la fraction des aliments non digérée dans la partie haute du tube digestif. Essentiellement
d’origine végétale, elles sont constituées de polyosides complexes (cellulose, hémicelluloses, amidon …) et sont
retrouvées dans les fruits, les légumes ou les céréales que nous consommons. L’apport de ces composés dans
l’alimentation a de nombreux effets bénéfiques en santé humaine (prévention de différentes pathologies…) et
pourtant, peu de données sont actuellement disponibles sur le métabolisme des fibres alimentaires par les
microorganismes du côlon chez l’homme. L’objectif de la thèse sera d’approfondir les connaissances sur le
métabolisme des fibres par les bactéries coliques, mais aussi d’évaluer l’impact de la nature des fibres
consommées sur ce métabolisme et les répercussions possibles sur la santé de l’homme.
Le potentiel hydrolytique d’une espèce xylanolytique prédominante dans le colon, Bacteroides xylanisolvens est
actuellement évalué in vitro (approches transcriptomiques et protéomiques) en faisant varier la nature des fibres
dégradées par la bactérie. L’impact des interactions avec d’autres espèces fibrolytiques ou avec d’autres groupes
fonctionnels sur l’expression du potentiel hydrolytique de cette bactérie sera étudié in vitro, puis in vivo chez un
modèle expérimental de rats à flore contrôlée. En parallèle, la réponse des communautés fibrolytiques à
l’alimentation (différentes sources de fibres) sera suivie à l’échelle du microbiote chez des rats à flore humaine
et/ou chez l’homme sain ou en situation pathologique.
Mirande et al 2010. Dietary fibre degradation and fermentation by two xylanolytic bacteria Bacteroides
xylanisolvens XB1AT and Roseburia intestinalis XB6B4 from the human intestine. J Appl Microbiol.109(2):451-460.
Mirande et al 2010. Characterization of Xyn10A, a highly active xylanase from the human gut bacterium
Bacteroides xylanisolvens XB1A. Appl. Microbiol. Biotechnol. 87(6):2097-2105.