notions d`écologie microbienne

MODULE HYGIENE
Notions d’écologie microbienne
Dr CRAMBEL
23/03/2005
I)
RAPPEL SUR LES BACTERIES
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II)
QUELQUES ENTEROBACTERIES
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escherichia
Famille des entérobactériaceae
Entérobactériaceae
(entérobactérie)
Shigella
(shigelle)
E.coli
(colibacille)
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Etre unicellulaire, capable de tout faire.
2 grands groupes Gram + et Gram - (coloration). Différencie les natures biologiques
des parois bactériennes, c’est cette parois qui donne la rigidité de la bactérie (ronde :
coccus, coccyx ; forme bâtonnet : bacille ; spiralé + rare : syphilis) et qui permet de les
différencier.
Différents système respiratoire : aérobie ; anaérobie ; aéro-anaérobie facultative.
Aérobie : multiplication en présence d’o2.
Anaérobie : ne peut se multiplier qu’en absence d’o2.
Aéro-anaérobie facultative : multiplication en présence d’o2 ou non.
La multiplication ce fait par ciciparté (1 cellule mère donne 2 cellules filles) grâce à
différentes conditions :
 Nutriments selon les espèces il consomme
différentes variétés de nutriments.
 Eau
 La température (37° pour les bactéries de
l’homme) mais peut aussi se multiplier + ou –
bien à des températures plus basses ou plus
hautes.
 Le pH même raisonnement que pour la
température mais une préférence pour un pH à
S.dysenteriae
S.sonnei
famille
Salmonella
(salmonelle)
S.typhi
Klebsiella
(klebsielle)
K.pneumoniae
K.oxytoca
genre
espèce
Bacilles, Gram -.
Aéro-anaérobie facultative.
III)
INTRODUCTION
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Flore humaine et la flore qui gravite autour.
Importance d’une Meilleur connaissance afin de pouvoir contrer certains concepts (basé
sur des peurs ancestrales)
IV)
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DEFINITION
Ecologie microbienne : étude de la distribution des microorganismes dans les milieux et de leurs
interactions avec les autres êtres vivants.
Flore : ensemble des micro-organismes présents en un site donné. Pas de virus, essentiellement
des bactéries et champignons.
Distinction selon leur habitat :
 Micro-organismes commensaux : (latin mensa : table) résidents habituels de la peau et des
muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine.
 Micro-organismes saprophytes : (grec sapros : fumier) résidents habituels de
l’environnement (terre, eau) se nourrissent de la matière organique en décomposition =
flore environnementale.
Distinction selon la pathogènisité :
 Bactéries pathogène spécifiques : (ou bactéries pathogènes) à l’origine d’une maladie
infectieuse bien déterminée (ex : bacille de koch = tuberculose).
 Bactéries pathogène opportunistes : (ou bactéries non pathogènes) bactéries ou microorganisme dans la flore humaine normalement qui lors d’une immunodépression
devient pathogène.
Notion de pathogénie pour l’homme :
 Niveau d’agressivité du micro-organisme.
 Fragilité du patient (immunodéprimé).
 Pénétration par la bonne porte d’entrée (ex : le virus de la grippe = porte d’entrée
aérienne, si on mange le virus on ne craint rien ; la fièvre thyphoide = porte
d’entrée digestive, si passe dans les voies respiratoires on ne craint rien).
V)
FLORES COMMENSALES OU HUMAINE
Flore résidente : ensemble des espèces présentes de façon permanente. Contribue aux défenses visà-vis des micro-organismes pathogènes spécifiques.
Flore transitoire : ensemble d’espèces s’établissant de façon temporaire (en transit) et provenant de
l’environnement et des autres individus.
1. flore cutanée
Répartition hétérogène sur la peau :
Bactéries aérobies : couches superficielles. Genre staphylococcus (Gram +, aéro-anaérobie
facultatives) ; S.épidermidis ; S.hominis ; genre corynebacterium.
Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées. Propionibactérium acnés.
La partie superficielle de cette flore va se retrouver dans l’environnement du fait de la
desquamation (essentiellement staphylococcus).
Répartition hétérogène dans la population :
Présence de certaines espèces chez une partie de la population générale.
Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.
Streptocoques des groupes A, C, G (Gram +) : rares, peu abondantes.
Acinetobacter (bacille) 25% en creux axillaire.
Facteurs de variation :
Age, sexe, caractère héréditaires, profession, hospitalisation……….
Au niveau qualitatif et quantitatif.
Notion quantitative :
Zones sèches : 10 à 10puissance3 unités formant calories (ufc)/cm2 de peau.
Zones humides : 10puissance3 à 10puissance6 ufc/cm2 de peau.
Couches d’air au contact de la peau, 2 à 4 fois plus de micro-organismes que l’ai
environnant.
2. flore nasale
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entrée des fosses nasales : flore cutanée (zone humide), si portage (S.aureus).
en aval : micro-organismes saprophytes inhalés (détruit), S.epidermidis, streptococcus dont
S.pneumoniae, haemophilus (anaérobie), entérobactéries.
3. flore buccale
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flore particulière : liée à la présence de dents, genèse des caries, des pulpites.
Densité : 10puissance8 ufc/ml de salive.
4. flore du tube digestif
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estomac : acidité +++ (pH=2), peu de germes.
Intestin : présence ++ à partir de l’iléon terminal, environ 400 espèces différentes,
variation liée à l’alimentation. Bactéries aéro-anaérobie facultatives et anaérobies strictes.
Gram + et Gram -. Entérobactéries +++. Anaérobies strictes ++ coccyx et bacilles
(clostridium = sporulation).
Espèces : bactéries aérobies (entérobactéries dont escherichia Coli, entérocoques et
streptocoques, staphylocoques de type pseudomonas aeruginosa). Bactéries anaérobies
(bifidobactérium, clostridium, bactéroides). Levures (candida albicans).
Si infection pathogène opportuniste faire numération pour voir la quel de ces bactéries est devenue
pathogène.
VI)
FLORES SAPROPHYTES OU ENVIRONNEMENTALE
1. flore hydrique
Espèces bactériennes :
 nombreuses et variables en fonction du type d’eau.
 Bacilles à Gram -.
o Pseudomonias dont P.aeruginosa (bacille pyocyanique).
o Lagionella (selon la température, grande multiplication à + de 37°).
o Mycobactérium xenopi (quel tuberculosis ou bacille de koch à l’origine de la tuberculose).
 Bacilles à gram +.
o Staphylocoque à coagulase négative ou epidermidis.
 Flore humaine au point d’eau.
Notions quantitatives :
 Eau du réseau (eau d’adduction) potabilité :
o Micro-organismes aérobies (22°C, 72H) < 100 ufc/ml.
o Micro-organismes aérobies (37°C, 24H) <10 ufc/ml.
Notions qualitatives :
 Absence des indicateurs de contamination fécale :
o E.coli (coliformes).
o Entérocoques.
2. flore aérienne
Contamination particulière :
 particule : élément en suspension dans l’air de taille inférieure à 100micron (invisible à l’œil nu).
 Particules inertes (minéraux, fibres textiles) et particules viables porteuses de bactéries ou
moisissures.
 Homme au repos : 10puissance4 particules/min.
 Homme en activité : 10puissance6 particules/min d’où 10puissance3 bactéries/min.
Aspects qualitatifs :
 Flore saprophyte ou environnementale :
o Bacillus, micrococcus
o Aspergillus, penicillium
 Flore humaine ou commensale :
o Staphylococcus
Remarques :
L’Air est surtout un vecteur de micro-organismes et pas un réservoir (ne se multiplie pas).
3. flore sur les surfaces
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flore saprophyte :
o flore environnementale
 bacillus, micrococcus
 aspergillus, penicillium
o flore humaine
 staphylococcus
 enteroactéries
 toutes espèces à l’occasion de souillures (car nutriments pour les micro-organismes)
Le but du nettoyage c’est de limiter cette charge bactérienne ou champignon (bactéricide ; fongicide) et
enlever les salissures (nutriments). Périodicité importante selon le service.
Agent conventionnel transmissibles : bactéries, champignons, virus.
Agent conventionnel non transmissibles (ACNT) : PRIONS (crosfeljacob), extrêmement résistant,
transmission d’homme à homme via un dispositif médical mal décontaminé, + transmission digestive
(vache folle). 1 cas/million d’habitant (en France 20 cas).