Mention Ecologie, Biodiversité et Evolution

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution
Proposition de stage de M2 PRO*
Année 2008/2009
A envoyer à : [e-mail]
Titre du stage : Modélisation du réseau trophique de l’estuaire de la Loire
Laboratoire ou structure d’accueil :
Intitulé du laboratoire ou de la structure :
Groupement d’Intérêt Public LOIRE ESTUAIRE (GIP Loire Estuaire)
Responsable du stage :
Nom : Jérémy LOBRY
Tél : [phone]
Fax : [phone]
Email : [email protected]
Références dans le domaine :
Organisme : Le Groupement d’Intérêt Public LOIRE ESTUAIRE (GIP Loire Estuaire) a été
chargé de l’élaboration puis du suivi à long terme d’une grille d’indicateurs représentatifs des
phénomènes caractéristiques de la vie de la Loire et de son estuaire et ceci afin de permettre la
construction régulière de bilans sur l’état et l’évolution du fleuve.
Encadrant : Jérémy Lobry, docteur en océanographie biologique, spécialiste en écologie
halieutique côtière et estuarienne. A publié le premier modèle trophique de l’estuaire de la
Gironde (Lobry et al. 2008, Marine Ecology Progess Series)
Description du stage
Problématique générale et état de l’art
Les écosystèmes estuariens sont donc des écosystèmes sensibles dont il est nécessaire de
mieux appréhender la vulnérabilité et les capacités de résistance et de résilience aux effets
conjugués directs et indirects des activités humaines. Dans le contexte actuel, lié notamment à
la mise en place de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau qui impose que les estuaires
accèdent à un bon état écologique à l’horizon 2015, les outils dont on dispose aujourd’hui
pour évaluer l’état écologique de ces systèmes reposent essentiellement sur des mesures de la
diversité taxonomique des groupes faunistiques et sur la caractérisation de la structure
(composition spécifique et abondance) des peuplements biologiques. Par ailleurs, les
indicateurs mis en place sont généralement calculés à l’échelle de la masse d’eau ou par
grande zone de salinité et peuvent ne pas tenir compte des hétérogénéités spatiales.
Différentes approches visent à dépasser cette approche « structurelle » et à considérer aussi le
fonctionnement écologique ainsi que l’hétérogénéité spatiale des systèmes estuariens afin de
caractériser l’état écologique de ces masses d’eau.

Objectifs du travail
L’objectif du stage est de construire un modèle du réseau trophique de l’estuaire de la
Loire. Ce modèle s’appuiera sur les connaissances synthétisées dans l’outil SIG de
modélisation des habitats fonctionnels de l’estuaire de la Loire développé par le GIP Loire
Estuaire, sur la bibliographie disponible, notamment au GIP, sur l’écologie de l’estuaire ainsi
que sur les données des différentes campagnes d’inventaires réalisées depuis de nombreuses
années sur l’estuaire dont la plupart sont disponibles au GIP.
Ce modèle sera, dans un premier temps, non spatialisé et pourra être comparé aux modèles
similaires construits sur la Seine et la Gironde. Les résultats de ce modèle devront permettre
de définir différents indicateurs relatifs au fonctionnement du réseau trophique et les
comparaisons avec la Seine, la Gironde mais aussi avec d’autres systèmes estuariens serviront
à qualifier ce fonctionnement. Ceci devra servir à proposer une lecture critique des indicateurs
définis dans le cadre de la DCE.
Une analyse des résultats du modèle permettra d’identifier des espèces et/ou des
compartiments écologiques particulièrement importants dans le fonctionnement du réseau
trophique (compartiments clés). In fine, les habitats des espèces clés identifiées pourront être
mis en perspective à l’aide de l’outil SIG du GIP afin d’identifier des habitats-clés qui
pourraient donc avoir un intérêt particulier en terme de gestion.
Ce stage s’inscrit dans le projet de recherche intitulé Bon Etat Ecologique des Estuaires
(BEEST) financé dans le cadre du programme national de recherche LITEAU et dans le
programme d’action du GIP Loire Estuaire.
Valorisations envisagées
Les résultats de ce travail seront présentés lors du 9ème Forum de l’Association Française
d’Halieumétrie qui se déroulera au début de l’été 2009. Ils pourront aussi faire l’objet d’une
publication dans une revue scientifique de premier rang.
Références
Lobry J, David V, Pasquaud S, Lepage M, Sautour B & Rochard E, 2008. Diversity and stability of an estuarine
trophic network. Marine Ecology Progress Series 358:13-25
Rybarczyk H, Elkaim B (2003) An analysis of the trophic network of a macrotidal estuary: the Seine Estuary
(Eastern Channel, Normandy, France). Estuar Coast Shelf Sci 58:775–791
Pour les stages de M2 UNIQUEMENT (effacez les phrases inutiles)
 Ce stage est destiné aux étudiants EBE inscrits dans un parcours Pro
o Ce stage ne se poursuivra pas par une thèse
* la date limite de proposition de stage R est désormais dépassée