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Quand deux lignées divergent à partir d’un ancêtre commun, elles continuent, chacune 
de  son  côté,  à  évoluer  de  manière  indépendante.  L’ancêtre  commun à  l’homme et  au 
cheval  n’est  donc  ni  un  homme,  ni  un  cheval  et  ce  dernier  n’est  pas  l’ancêtre  de 
l’homme. De la même manière l'ancêtre commun à l'homme et au gorille nous est  plus 
proche que l'ancêtre commun à l'homme et au cheval car l'homme partage des caractères 
dérivés  avec  le  gorille  (réduction  de  la  face,  pouce  opposable,  ongles  plats...).  Cet 
ancêtre commun n’était ni un homme, ni un gorille. 
Le principe de parcimonie (= principe d’économie d’hypothèses), qui est utilisé pour 
bâtir les arbres phylogénétiques, postule qu'une même nouveauté évolutive (exemple la 
réduction de la face) n'apparaît qu'une seule foi. Cela reste souvent à démontrer. 
B.  À  l'échelle  moléculaire  le  degré  de  similitude  permet  de  préciser  
parentés 
 Seules  les  molécules  séquencées  (acides  nucléiques  et  protéines)  peuvent  être 
utilisées  pour  déterminer  des  phylogénies.  Les  autres  molécules  (glucidiques  et 
lipidiques)  sont  communes  à  beaucoup  d’espèces  (glucose,  glycogène,  amidon, 
cholestérol…) et sont inutilisables ici. 
►FIGURE 5 . La rhodopsine dans le règne animal RR d’après Phylogène, voir 
pour précisions Nathan TS p.25. Les chéloniens sont les tortues. 
 La  forte ressemblance  de  séquence  de  deux  molécules  appartenant  à  deux  ou 
plusieurs  espèces  souligne  leur  homologie.  Elles  dérivent  d'une  molécule 
possédée par le plus récent ancêtre commun aux espèces envisagées. 
 À partir de données moléculaires, un arbre phylogénétique repose sur une matrice 
des distances qui  est  un  tableau  à  double  entrée  exprimant, pour  une  série  d’espèces 
prises deux à deux, le nombre de différences (ou de ressemblances) dans des séquences 
homologues de nucléotides ou d’acides aminés. 
► FIGURE 6. Comparaisons moléculaires RR d’après Phylogène.  
 Au niveau des mutations il y a un risque élevé de réversion (une mutation annule 
une  mutation  précédente)  et  de  convergence.  En  fait,  à  l'échelle  moléculaire,  le 
caractère est le nucléotide ou l'acide aminé et non la molécule. On n'utilise donc pas 
les termes "état primitif" et "état dérivé" pour les données moléculaires.  
III. L’évolution repose sur des mécanismes génétiques 
 
 Gène : partie de molécule d'ADN qui constitue l'unité d'information gouvernant la 
synthèse d'une protéine donnée. 
 Allèle : une des versions d’un gène. 
 Génome : ensemble  de  l'information  génétique  portée  par  les  chromosomes  d’un 
individu  ou  d’une  espèce.    Les  génomes  actuels  gardent  en  archive  des  innovations 
génétiques survenues au cours du temps. 
A. Des accidents génétiques sont source d’innovation 
1. Les mutations permettent l’apparition de nouveaux allèles 
 Une  mutation est une modification au hasard de la séquence des nucléotides 
d'un gène (substitution (= remplacement), délétion (= perte), insertion (= ajout)). 
Elle est typiquement spontanée (= aléatoire), et non orientée (= sa nature ne 
dépend pas des caractéristiques du milieu). 
Les mutations sont  plus nombreuses sous l'action de certains agents mutagènes comme 
les rayons ionisants (rayons X et gamma), les ultraviolets (voir cours de 2de chapitre