BTS BIOANALYSES ET CONTROLES MICROBIOLOGIE DEVOIR 09 INI B – 21 mai 2010 AFBB Page 1 / 3 Une entérobactérie oxydase positive ? Documents interdits et calculatrice autorisée. Durée : 2 heures. Proche des Vibrionaceae par ses caractères phénotypiques et rattaché aux Enterobacteriaceae par ses caractères génotypiques, le statut de Plesiomonas shigelloides reste encore à établir. Le genre Plesiomonas est constitué d’une seule espèce, Plesiomonas shigelloides. Cette espèce est isolée dans les eaux douces dont la température est supérieure à 8°C. Elle est commensale de l’intestin de nombreux poissons, crustacés et animaux poïkilothermes. Elle est transmise à l’homme lors de la consommation d’eau contaminée, d’aliments souillés en particulier des fruits de mer crus (huîtres) ou mal cuits. Elle évolue sous forme de cas sporadiques dans les zones tempérées et sous forme d’épidémies dans les zones tropicales. Cliniquement, il s’agit le plus souvent d’une gastro-entérite avec diarrhée aqueuse cholériforme, plus rarement d’un syndrome dysentérique. 1. A quel niveau taxonomique les termes Vibrionaceae et Enterobacteriaceae font-ils référence ? 2. Citer, en latin, une espèce appartenant aux Vibrionaceae et une autre appartenant aux Enterobacteriaceae. 3. Définir les expressions « caractères phénotypiques » et « caractères génotypiques ». 4. Citer trois exemples de caractères phénotypiques présents chez les bactéries. 5. Un antigène commun dénommé ECA (Enterobacterial Common Antigen ou antigène de Kunin). n'existe que chez les entérobactéries et, de ce fait, a un intérêt taxonomique. Sa présence chez les Yersinia a permis d'inclure ce genre dans la famille des entérobactéries. Plesiomonas shigelloides possède également cet antigène. 5.1. Citer 3 autres antigènes recherchés chez les entérobactéries. Préciser leur localisation cellulaire respective . 5.2. Que contiennent les réactifs permettant la mise en évidence des antigènes ? Quel est le type de réaction observé dans le cas d’un résultat positif ? 6. En galerie API 20E, Plesiomonas shigelloides donne le profil numérique 7 144 204. 6.1. Quel est le principe de l’identification probabiliste ? 6.2. A l’aide du tableau ci-dessous (caractères de la galerie API 20E), en déduire les caractères biochimiques de Plesiomonas shigelloides. ON PG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX BTS BIOANALYSES ET CONTROLES MICROBIOLOGIE AFBB Page 2 / 3 DEVOIR 09 INI B – 21 mai 2010 6.3. A l’aide de l’extrait de la base de données API 20E fourni ci-dessous, calculer, pour les deux taxons proposés, la possibilité d’observer le profil numérique 7 144 204 (effectuer le calcul pour les 12 premiers caractères seulement). ON PG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX (1) 95 99 100 100 0 0 0 0 100 0 0 99 0 99 0 0 0 0 0 0 100 (2) 99 0 25 0 0 0 99 1 99 99 75 0 0 0 1 0 90 0 99 91 90 (1) = Plesiomonas shigelloides (2) = Vibrio vulnificus 6.4. A quoi correspondent les valeurs de l’extrait de la base de données API 20E ci-dessus ? 6.5. Le logiciel d’identification fournit les valeurs de « %ID » et de « T ». Quels sont les renseignements apportés par ces valeurs ? 7. La recherche de Plesiomonas shigelloides s'effectue sur une gélose IBB (composition pour un litre ci-dessous), qui favorise la croissance de Plesiomonas shigelloides grâce à la présence d'inositol. Indiquer le(s) rôle(s) respectif des constituants du milieu IBB. Constituants du milieu IBB (pour un litre) : Protéose peptone (Difco) 10,0 g Extraits de viande (Oxoid) 5,0 g Sels biliaires n° 3 (Difco) 8,5 g Vert brillant (Merck) 0,00033 g Rouge neutre (Merck) 0,025 g Meso-inositol (Merck) 10,0 g NaCl 5,0 g Agar (Difco) 15,0 8. La taxonomie moléculaire (comparaison des GC% et des séquences des ARNr 16S et des ARNr 5S) a permis de rapprocher Plesiomonas shigelloides de la famille des Enterobacteriaceae, et tout particulièrement du genre Proteus. 8.1. Le document 1 fournit le GC% et la Tm de trois bactéries ainsi que la droite d’étalonnage GC% = f(Tm) obtenue. 8.1.1. Donner la définition du GC%. 8.1.2. Définir la Tm et expliquer sa détermination expérimentale. 8.1.3. Expliquer la relation entre le GC% et la Tm de l’ADN d’une bactérie. 8.1.4. Calculer le GC% d’une bactérie dont la Tm est de 85,5°C. 8.1.5. La comparaison des GC% n’est pas suffisante pour rapprocher Plesiomonas shigelloides des Proteus. Expliquer pourquoi et indiquer quelles seraient les conditions requises pour « rebaptiser » Plesiomonas shigelloides en « Proteus shigelloides ». 8.2. Qu’est ce qu’un ARNr ? Que signifient les valeurs 16 S et 5 S ? 8.3. Le document 2 fournit la structure de l’ARNr 16 S de deux bactéries. Expliquer le remaniement de la classification des procaryotes à la suite des études de C.P. Woese. BTS BIOANALYSES ET CONTROLES MICROBIOLOGIE AFBB Page 3 / 3 DEVOIR 09 INI B – 21 mai 2010 Document 1 Pseudomonas aeruginosa Vibrio cholerae Proteus GC% GC% = f(Tm) GC% Tm (°C) 67,0 47,5 35,0 96,8 88,8 83,7 y = 2,4423x - 169,4 80 70 60 50 40 30 20 10 0 80 85 90 95 Tm (°C) 100 Document 2 Structure de l’ARNr 16 S de deux bactéries