Une entérobactérie oxydase positive

BTS BIOANALYSES ET CONTROLES
DEVOIR 09 INI B – 21 mai 2010
AFBB
MICROBIOLOGIE
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Une entérobactérie oxydase positive ?
Documents interdits et calculatrice autorisée. Durée : 2 heures.
Proche des Vibrionaceae par ses caractères phénotypiques et rattaché aux Enterobacteriaceae par ses
caractères génotypiques, le statut de Plesiomonas shigelloides reste encore à établir. Le genre
Plesiomonas est constitué d’une seule espèce, Plesiomonas shigelloides. Cette espèce est isolée dans les
eaux douces dont la température est supérieure à 8°C. Elle est commensale de l’intestin de nombreux
poissons, crustacés et animaux poïkilothermes. Elle est transmise à l’homme lors de la consommation
d’eau contaminée, d’aliments souillés en particulier des fruits de mer crus (huîtres) ou mal cuits. Elle
évolue sous forme de cas sporadiques dans les zones tempérées et sous forme d’épidémies dans les zones
tropicales. Cliniquement, il s’agit le plus souvent d’une gastro-entérite avec diarrhée aqueuse
cholériforme, plus rarement d’un syndrome dysentérique.
1. A quel niveau taxonomique les termes Vibrionaceae et Enterobacteriaceae font-ils référence ?
2. Citer, en latin, une espèce appartenant aux Vibrionaceae et une autre appartenant aux
Enterobacteriaceae.
3. Définir les expressions « caractères phénotypiques » et « caractères génotypiques ».
4. Citer trois exemples de caractères phénotypiques présents chez les bactéries.
5. Un antigène commun dénommé ECA (Enterobacterial Common Antigen ou antigène de Kunin).
n'existe que chez les entérobactéries et, de ce fait, a un intérêt taxonomique. Sa présence chez les
Yersinia a permis d'inclure ce genre dans la famille des entérobactéries. Plesiomonas shigelloides
possède également cet antigène.
5.1. Citer 3 autres antigènes recherchés chez les entérobactéries. Préciser leur localisation
cellulaire respective .
5.2. Que contiennent les réactifs permettant la mise en évidence des antigènes ? Quel est le type
de réaction observé dans le cas d’un résultat positif ?
6. En galerie API 20E, Plesiomonas shigelloides donne le profil numérique 7 144 204.
6.1. Quel est le principe de l’identification probabiliste ?
6.2. A l’aide du tableau ci-dessous (caractères de la galerie API 20E), en déduire les caractères
biochimiques de Plesiomonas shigelloides.
ON
PG
ADH
LDC
ODC
CIT
H2S
URE
TDA
IND
VP
GEL
GLU
MAN
INO
SOR
RHA
SAC
MEL
AMY
ARA
OX

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6.3. A l’aide de l’extrait de la base de données API 20E fourni ci-dessous, calculer, pour les deux
taxons proposés, la possibilité d’observer le profil numérique 7 144 204 (effectuer le calcul pour
les 12 premiers caractères seulement).
ON
PG
ADH
LDC
ODC
CIT
H2S
URE
TDA
IND
VP
GEL
GLU
MAN
INO
SOR
RHA
SAC
MEL
AMY
ARA
OX
(1)
95
99
100
100
0
0
0
0
100
0
0
99
0
99
0
0
0
0
0
0
100
(2)
99
0
91
90
25
0
0
0
99
1
99
99
75
0
0
0
1
0
90
0
99
(1) = Plesiomonas shigelloides
(2) = Vibrio vulnificus
6.4. A quoi correspondent les valeurs de l’extrait de la base de données API 20E ci-dessus ?
6.5. Le logiciel d’identification fournit les valeurs de « %ID » et de « T ». Quels sont les
renseignements apportés par ces valeurs ?
7. La recherche de Plesiomonas shigelloides s'effectue sur une gélose IBB (composition pour un litre
ci-dessous), qui favorise la croissance de Plesiomonas shigelloides grâce à la présence d'inositol.
Indiquer le(s) rôle(s) respectif des constituants du milieu IBB.
Constituants du milieu IBB (pour un litre) :
Protéose peptone (Difco) 10,0 g
Extraits de viande (Oxoid) 5,0 g
Sels biliaires n° 3 (Difco) 8,5 g
Vert brillant (Merck) 0,00033 g
Rouge neutre (Merck) 0,025 g
Meso-inositol (Merck) 10,0 g
NaCl 5,0 g
Agar (Difco) 15,0
8. La taxonomie moléculaire (comparaison des GC% et des séquences des ARNr 16S et des ARNr
5S) a permis de rapprocher Plesiomonas shigelloides de la famille des Enterobacteriaceae, et tout
particulièrement du genre Proteus.
8.1. Le document 1 fournit le GC% et la Tm de trois bactéries ainsi que la droite d’étalonnage
GC% = f(Tm) obtenue.
8.1.1. Donner la définition du GC%.
8.1.2. Définir la Tm et expliquer sa détermination expérimentale.
8.1.3. Expliquer la relation entre le GC% et la Tm de l’ADN d’une bactérie.
8.1.4. Calculer le GC% d’une bactérie dont la Tm est de 85,5°C.
8.1.5. La comparaison des GC% n’est pas suffisante pour rapprocher Plesiomonas
shigelloides des Proteus. Expliquer pourquoi et indiquer quelles seraient les conditions
requises pour « rebaptiser » Plesiomonas shigelloides en « Proteus shigelloides ».
8.2. Qu’est ce qu’un ARNr ? Que signifient les valeurs 16 S et 5 S ?
8.3. Le document 2 fournit la structure de l’ARNr 16 S de deux bactéries. Expliquer le
remaniement de la classification des procaryotes à la suite des études de C.P. Woese.

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Document 1
GC%
Tm (°C)
Pseudomonas aeruginosa
67,0
96,8
Vibrio cholerae
47,5
88,8
Proteus
35,0
83,7
GC% = f(Tm)
y = 2,4423x - 169,4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
80 85 90 95 100
Tm (°C)
GC%
Document 2
Structure de l’ARNr 16 S de deux bactéries