l`exemple de l`hépatite virale C

La génomique un outil qui influence la pratique : l'exemple de l'hépatite virale
C.
Professeur Laurent ALRIC
Service de Médecine Interne-Pôle Digestif
Unité de recherches cliniques sur les hépatites virales
CHU PURPAN
Le développement des technologies de séquençage et de génotypage avec des "puces à ADN" a
ouvert une voie d'obtention rapide d'un très grand nombre d'analyse de génotype permettant
d'étudier de multiples marqueurs génétiques dans une population humaine. La technique dite du
Génome Wide Association Study (GWAs) permet l'étude dans une pathologie bien identifiée de très
nombreux marqueurs génétiques jusqu'à 1 million et de les comparer à des sujets témoins indemnes
de la maladie. Les variations d'un seul nucléotide (SNP) lorsqu'ils sont identifiés au cours d'une
maladie permet d'identifier des variants génétiques potentiellement impliqués dans la
physiopathologie de la maladie. Cela permet de localiser ce ou ces gènes de susceptibilité au niveau
du génome humain et d'en déterminer leur implication physiopathologique.
L'hépatite virale C infecte environ 300 000 à 400 000 personnes en France. L'évolution de
cette infection virale est très particulière. En effet, après contamination, seulement 20 à 30 % des
patients vont guérir spontanément sans traitement dans les 12 premières semaines qui suivent mais
la majorité, 70 à 80 %, va développer une infection chronique.
Le traitement de l'hépatite C repose sur des bi ou des trithérapies antivirales. Jusqu'en 2009, la
réponse virologique au traitement était considérée comme étant exclusivement dépendante du
génotype du virus de l'hépatite C ou de la sévérité de la fibrose hépatique. Le génotype 1 était
considéré comme étant le sous type viral répondant le moins bien aux traitements alors que les
génotypes 2 ou 3 avaient un taux de guérison élevé
Chez les patients infectés par le génotype 1 du virus de l'hépatite C, il n'était pas bien compris
pourquoi certains patients répondaient de manière tout à fait optimale au traitement alors que pour
le même génotype, d'autres patients ne tiraient aucun bénéfice du traitement.
En 2009, des études basées sur la technique du GWAS a permis d'identifier plusieurs
polymorphismes génétiques situés sur le chromosome 19 à proximité du gène codant pour
l'interlukine-28 B (IL28B). A partir de cette étude, il a été montré que lorsqu'un patient infecté par
le génotype 1 était homozygote C/C pour l’IL28B, sa probabilité de réponse au traitement antiviral
était excellente puisque supérieure à 80%. A l'inverse, lorsqu'il était porteur du génotype T/T, son
taux de réponse était médiocre et de seulement 40 %. Ce type d'étude a montré que les facteurs liés
à l'hôte en particulier sa capacité de réponse immunitaire est fortement prédictive de sa capacité à
répondre à un traitement. Il s'avère que l'IL28B est proche du gène codant pour l'INTERFERON
lambda 3 qui a des propriétés antivirales. A partir de ce type de travail, on peut donc prédire avant
même le début du traitement antiviral quelle va être la probabilité de réponse d'un patient donné de
manière totalement indépendante du génotype viral.
Ce même type d'étude est appliqué pour d'autres infections mais également dans d'autres
pathologies permettant d'aborder la médecine prédictive individualisée pour chaque patient. Cette

stratégie permet également d’identifier des gènes impliqués dans une maladie et peut donner
également des stratégies thérapeutiques innovantes en se basant sur la physiopathologie.