La génomique un outil qui influence la pratique : l'exemple de l'hépatite virale C. Professeur Laurent ALRIC Service de Médecine Interne-Pôle Digestif Unité de recherches cliniques sur les hépatites virales CHU PURPAN Le développement des technologies de séquençage et de génotypage avec des "puces à ADN" a ouvert une voie d'obtention rapide d'un très grand nombre d'analyse de génotype permettant d'étudier de multiples marqueurs génétiques dans une population humaine. La technique dite du Génome Wide Association Study (GWAs) permet l'étude dans une pathologie bien identifiée de très nombreux marqueurs génétiques jusqu'à 1 million et de les comparer à des sujets témoins indemnes de la maladie. Les variations d'un seul nucléotide (SNP) lorsqu'ils sont identifiés au cours d'une maladie permet d'identifier des variants génétiques potentiellement impliqués dans la physiopathologie de la maladie. Cela permet de localiser ce ou ces gènes de susceptibilité au niveau du génome humain et d'en déterminer leur implication physiopathologique. L'hépatite virale C infecte environ 300 000 à 400 000 personnes en France. L'évolution de cette infection virale est très particulière. En effet, après contamination, seulement 20 à 30 % des patients vont guérir spontanément sans traitement dans les 12 premières semaines qui suivent mais la majorité, 70 à 80 %, va développer une infection chronique. Le traitement de l'hépatite C repose sur des bi ou des trithérapies antivirales. Jusqu'en 2009, la réponse virologique au traitement était considérée comme étant exclusivement dépendante du génotype du virus de l'hépatite C ou de la sévérité de la fibrose hépatique. Le génotype 1 était considéré comme étant le sous type viral répondant le moins bien aux traitements alors que les génotypes 2 ou 3 avaient un taux de guérison élevé Chez les patients infectés par le génotype 1 du virus de l'hépatite C, il n'était pas bien compris pourquoi certains patients répondaient de manière tout à fait optimale au traitement alors que pour le même génotype, d'autres patients ne tiraient aucun bénéfice du traitement. En 2009, des études basées sur la technique du GWAS a permis d'identifier plusieurs polymorphismes génétiques situés sur le chromosome 19 à proximité du gène codant pour l'interlukine-28 B (IL28B). A partir de cette étude, il a été montré que lorsqu'un patient infecté par le génotype 1 était homozygote C/C pour l’IL28B, sa probabilité de réponse au traitement antiviral était excellente puisque supérieure à 80%. A l'inverse, lorsqu'il était porteur du génotype T/T, son taux de réponse était médiocre et de seulement 40 %. Ce type d'étude a montré que les facteurs liés à l'hôte en particulier sa capacité de réponse immunitaire est fortement prédictive de sa capacité à répondre à un traitement. Il s'avère que l'IL28B est proche du gène codant pour l'INTERFERON lambda 3 qui a des propriétés antivirales. A partir de ce type de travail, on peut donc prédire avant même le début du traitement antiviral quelle va être la probabilité de réponse d'un patient donné de manière totalement indépendante du génotype viral. Ce même type d'étude est appliqué pour d'autres infections mais également dans d'autres pathologies permettant d'aborder la médecine prédictive individualisée pour chaque patient. Cette stratégie permet également d’identifier des gènes impliqués dans une maladie et peut donner également des stratégies thérapeutiques innovantes en se basant sur la physiopathologie.