Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers

Plateformes hospitalières
de génétique moléculaire
des cancers : faits marquants
et synthèse d’activité 2013
NOVEMBRE 2014
RECHERCHE
C O L L E C T I O N
Bilans d’activité &d’évaluation
IMPLÉMENTATION DES TESTS
RAS DANS LE CANCER
COLORECTAL
ÉVALUATION DE LA QUALITÉ
DES ANALYSES
LE PROGRAMME AcSé
TABLEAU DE BORD
DE L’ACTIVITÉ 2013
e-cancer.fr

PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS :
FAITS MARQUANTS ET SYNTHÈSE D’ACTIVITÉ 2013
2
Ce document doit être cité comme suit : ©Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers : faits marquants et synthèse d’activité
2013. Collection Bilans d’activité et d’évaluation, ouvrage collectif édité par l’INCa, Boulogne-Billancourt, novembre 2014.
Il peut être reproduit ou diffusé librement pour un usage personnel et non destiné à des fins commerciales ou pour des courtes
citations. Pour tout autre usage, il convient de demander l’autorisation auprès de l’INCa.
Agence sanitaire et scientifique de référence dédiée au cancer, l’Institut national du cancer stimule, soutient et
met en œuvre une politique coordonnée de lutte contre la maladie. Créé par la loi de santé publique du 9 août
2004, l’INCa regroupe environ 150 collaborateurs en quatre entités opérationnelles : Recherche et innovation,
Santé publique et soins, Recommandations et qualité de l’expertise, Communication et information.
ONT PARTICIPÉ À L’ÉLABORATION DE CE RAPPORT :
lÉtienne LONCHAMP, département biologie, transfert et innovations, direction de la recherche
et de l’innovation, INCa
lFrédérique NOWAK, responsable du département biologie, transfert et innovations, direction de la
recherche et de l’innovation, INCa
Depuis 2003, la lutte contre le cancer en France est structurée autour de plans nationaux visant à
mobiliser tous les acteurs autour de la prévention, du dépistage, des soins, de la recherche et de
l’accompagnement du patient et de ses proches. Le Plan cancer 2003-2007
a dressé une première stratégie globale de lutte contre le cancer ; le second (2009-2013)
a introduit la notion de prise en charge personnalisée.
Le 3ePlan cancer 2014-2019 a pour ambitions de donner à chacun, partout en
France, les mêmes chances de guérir et de mettre plus rapidement encore les
innovations au service des malades. Il comprend 17 objectifs regroupés autour
de quatre grandes priorités de santé:
lGuérir plus de personnes malades
lPréserver la continuité et la qualité de vie
lInvestir dans la prévention et la recherche
lOptimiser le pilotage et les organisations
Le Plan cancer s’inscrit dans la mise en œuvre d’une stratégie nationale de
santé et de l’Agenda stratégique pour la recherche,
le transfert et l’innovation « France-Europe 2020 ».
Ce guide répond à l’objectif 6 : Conforter l’avance de la France dans la médecine
personnalisée
Action 6.2 : Conforter l’accès aux tests moléculaires
objectif 5 : Accélérer l’émergence de l’innovation au bénéfice des
patients
Action 5.6 : Adapter les essais cliniques aux évolutions conceptuelles
induites par l’arrivée des thérapies ciblées
Pour en savoir plus et télécharger le Plan cancer : e-cancer.fr
Cancer
Plan
2014-2019

BILANSD’ACTIVITÉETD’ÉVALUATION
►Plateformeshospitalièresdegénétiquemoléculairedescancers:faitsmarquantsetsynthèsed’activité2013
3
TABLEDESMATIÈRES
FAITSMARQUANTS...............................................................................................................................................................................5
IMPLÉMENTATIONDESTESTSRASDANSLECANCERCOLORECTAL......................................................................................................8
1.INTRODUCTION..........................................................................................................................................................................8
2.DYNAMIQUEDEMISEENPLACEDESNOUVEAUXTESTS............................................................................................................8
3.TAUXDEMUTATIONS.................................................................................................................................................................9
ÉVALUATIONDELAQUALITÉDESANALYSES......................................................................................................................................10
1.CAMPAGNESDECONTRÔLEQUALITÉDANSLECANCERDUPOUMONETLECANCERCOLORECTAL.......................................10
1.1.PROTOCOLE.......................................................................................................................................................................10
1.2.RÉSULTATS.........................................................................................................................................................................11
2.CAMPAGNEDECONTRÔLEQUALITÉDANSLEMÉLANOME.....................................................................................................13
2.1.PROTOCOLE.......................................................................................................................................................................13
2.2.RÉSULTATS.........................................................................................................................................................................14
LEPROGRAMMEACSÉPOURUNACCÈSSÉCURISÉÀDESTHÉRAPIESCIBLÉESINNOVANTES
.............................................................15
1.INTRODUCTION........................................................................................................................................................................15
1.1.LEPROGRAMMEACSÉ.......................................................................................................................................................15
1.2.LECRIBLAGEMOLÉCULAIREDESTUMEURS......................................................................................................................16
2.SUIVIETBILAND’ÉTAPEDUPROGRAMMEDECRIBLAGEMOLÉCULAIRE.................................................................................17
TABLEAUDEBORDDEL’ACTIVITÉDESPLATEFORMES.......................................................................................................................20
1.MÉTHODE.................................................................................................................................................................................20
2.LISTEDESTESTSDEBIOLOGIEMOLÉCULAIRESRÉALISÉSPARLESPLATEFORMESDEGÉNÉTIQUEMOLÉCULAIRE
DESCANCERS............................................................................................................................................................................21
3.CANCERDUSEIN......................................................................................................................................................................23
4.CANCERDEL’ESTOMAC............................................................................................................................................................25
5.CANCERCOLORECTAL...............................................................................................................................................................26
6.TUMEURSGASTRO‐INTESTINALES(GIST).................................................................................................................................29
7.MÉLANOME..............................................................................................................................................................................31
8.CANCERDUPOUMON..............................................................................................................................................................33
9.SARCOMES...............................................................................................................................................................................35
10.NEUROBLASTOMES..................................................................................................................................................................37
11.GLIOMES...................................................................................................................................................................................38
12.GLIOBLASTOMES......................................................................................................................................................................40
13.LEUCÉMIEMYÉLOÏDECHRONIQUE(LMC)–DÉTECTIONETQUANTIFICATIONDEBCR‐ABL.....................................................41
14.LEUCÉMIEMYÉLOÏDECHRONIQUEHORSBCR‐ABL..................................................................................................................42
15.LEUCÉMIESAIGUËSLYMPHOBLASTIQUES(LAL)ETLEUCÉMIESAIGUËSMYÉLOBLASTIQUES(LAM)........................................44
15.1.ANOMALIESCHROMOSOMIQUESAUDIAGNOSTIC.........................................................................................................44
15.2.RECHERCHEDEMUTATIONS...........................................................................................................................................45
15.3.SUIVIDELAMALADIERÉSIDUELLE..................................................................................................................................46
16.LEUCÉMIESAIGUËSLYMPHOBLASTIQUES(LAL).......................................................................................................................48
17.LEUCÉMIELYMPHOÏDECHRONIQUE(LLC)...............................................................................................................................49
18.SYNDROMESMYÉLOPROLIFÉRATIFS(SMP)HORSLMC............................................................................................................51
18.1.ANOMALIESCHROMOSOMIQUES...................................................................................................................................51
18.2.MUTATIONS.....................................................................................................................................................................52
19.MYÉLOMEMULTIPLEETSYNDROMESLYMPHOPROLIFÉRATIFS...............................................................................................54
20.SYNDROMESMYÉLODYSPLASIQUES(SMD)..............................................................................................................................55
21.LYMPHOMES............................................................................................................................................................................56
21.1.ANOMALIESCHROMOSOMIQUES...................................................................................................................................56
21.2.CLONALITÉ.......................................................................................................................................................................57
22.HÉMOPATHIES:CHIMÉRISMEPOST‐GREFFE...........................................................................................................................59
23.PHARMACOGÉNÉTIQUECONSTITUTIONNELLE........................................................................................................................60
ANNEXE1.LESPLATEFORMESDEGÉNÉTIQUEMOLÉCULAIREDESCANCERS.....................................................................................62

BILANSD’ACTIVITÉETD’ÉVALUATION
►Plateformeshospitalièresdegénétiquemoléculairedescancers:faitsmarquantsetsynthèsed’activité2013
4
LEXIQUE
AMMAutorisationdemisesurlemarchéd’unmédicament
ANSMAgenceNationaledeSécuritéduMédicamentetdesProduitsdeSanté
CHCentrehospitalier
CHRUCentrehospitalierrégionaluniversitaire
CHUCentrehospitalieruniversitaire
CISHchromogenicinsituhybridization/hybridationinsituchromogénique
CLCCCentredeluttecontrelecancer
CNAMTSCaissenationaled’assurancemaladiedestravailleurssalariés
EEQÉvaluationexternedelaqualité
EMAEuropeanMedicamentAgency/AgenceEuropéenneduMédicament
FISHFluorescentinsituhybridization/hybridationinsituparfluorescence
GISTGastro‐intestinalstromaltumor/tumeurstromalegastro‐intestinale
HISHybridationinsitu
IHCImmunohistochimie
ITKInhibiteurdetyrosinekinase
LALLeucémieaiguëlymphoblastique
LAMLeucémieaiguëmyéloblastique
LLCLeucémielymphoïdechronique
LMCLeucémiemyéloïdechronique
LNHLymphomenonhodgkinien
NABMNomenclaturedesactesdebiologiemédicale
OMSOrganisationmondialedelasanté
SMDSyndromemyélodysplasique
SMPSyndromemyéloprolifératif
TMITumeurmyofibroblastiqueinflammatoire

BILANSD’ACTIVITÉETD’ÉVALUATION
►Plateformeshospitalièresdegénétiquemoléculairedescancers:faitsmarquantsetsynthèsed’activité2013
5
FAITSMARQUANTS
 28plateformeshospitalièresdegénétiquemoléculairedescancerssontsoutenuesparl’INCaetla
DGOSdepuis2006etrépartiessurtoutleterritoire.Ellesregroupentplusieurslaboratoires,
pouvantapparteniràdesétablissementsdifférents,permettantd’offrirauxpatientsl’ensembledes
techniquesdegénétiquemoléculaireindispensablespourtouteslespathologiesconcernées.
 89000testsdéterminantspourl’accèsàunethérapiecibléeontétéréalisésen2013pour65000
patients.
 4campagnesd’évaluationexternedelaqualitéontétéréaliséesen2013dansles28plateformes
pour:
 ladétectionetlaquantificationdeBCR‐ABLdanslesleucémies;
 larecherchedemutationsd’EGFRdanslecancerdupoumon;
 larecherchedemutationsdeKRASdanslecancercolorectal;
 larecherchedemutationsdeBRAFdanslemélanome.
 Lesplateformesontanalysélestumeursde2304patientsenvued’unepotentielleinclusiondans
l’essaicliniqueAcSéentrejuillet2013etjuin2014.Cestestsontpermisd’identifier129patients
porteursd’unealtérationgénétiqueaboutissantàl’inclusionde57patientsdansl’essaiAcSé
Crizotinib.