MICROORGANISMES RESPONSABLES D`INFECTIONS

Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection Page 1 / 10 Janvier 2009 CCLIN Sud-Est
MICROORGANISMES RESPONSABLES
D’INFECTIONS NOSOCOMIALES
Infection POZZETTO B, Saint Etienne Janvier 2009
Objectif
Un grand nombre d’agents infectieux (parasites, levures, bactéries, virus, prions) peuvent être responsables
d’infections nosocomiales (IN). Néanmoins, certains d’entre eux sont plus fréquemment impliqués ; il est
indispensable de les identifier et de connaître leur habitat préférentiel, leur(s) mode(s) de transmission
nosocomiale, leur(s) porte(s) d’entrée dans l’organisme et les principales pathologies dont ils sont à l’origine,
afin d’organiser plus efficacement la prévention et la prise en charge de ces dernières.
Techniques et méthodes
PRESENTATION DES PRINCIPAUX AGENTS INFECTIEUX RESPONSABLES D’IN
Les tableaux ci-après répertorient par grands types d’agents infectieux ceux qui sont le plus souvent rendus
responsables d’IN, aussi bien chez les patients que chez les soignants. Leur reconnaissance repose, à partir
d’échantillons judicieusement prélevés, sur les techniques microbiologiques et parasitologiques couramment
développées dans les laboratoires concernés. Cette liste n'est pas exhaustive, de nombreux autres agents
infectieux peuvent être impliqués de façon ponctuelle dans le survenue d'une IN. Le lecteur est invité à se
reporter aux ouvrages spécialisés cités dans la rubrique "Pour en savoir plus" pour des information
concernant ces pathogènes.
En cas de suspicion d’épidémie nosocomiale (voir fiche « conduite à tenir devant une épidémie d’infections
nosocomiales), il est nécessaire, pour affirmer ce caractère épidémique, d’identifier précisément l’agent
infectieux en cause et, s’il s’agit d’un germe relativement banal, de recourir à des méthodes de typage
phénotypiques (biotypage, profil de résistance aux antibiotiques, sérotypage,…) ou génotypiques
(ribotypage, électrophorèse en champ pulsé, profils de restriction des acides nucléiques viraux, analyse
phylogénétique de souches …) pour établir la parenté entre les souches isolées chez les patients, les
soignants et/ou l’environnement hospitalier.
Ces informations sont complémentaires des recommandations pour la mise en place des précautions
complémentaires d'hygiène développées dans le chapitre « prévention de la transmission croisée »:
www.chu-st-etienne.fr/hospitalisation/hygiene_securite/isolement_accueil.asp?pos=h.
Responsables
Le responsable du laboratoire de microbiologie est en charge de la vigilance par rapport à l'apparition de
nouveaux pathogènes, de nouvelles résistances et de cas groupés.
Le CLIN et l'équipe opérationnelle d’hygiène sont responsables de la mise en œuvre des procédés de
surveillance et de prévention adaptés.
Le médecin en charge du signalement des IN est responsable de la déclaration à la DASS et au CCLIN des
cas inhabituels d’IN de par leur gravité, leur caractère épidémique, la nature du germe ou son niveau de
résistance aux agents anti-infectieux
Le responsable de service doit être vigilant pour identifier des situations inhabituelles par rapport aux
résultats microbiologiques de son service.

Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection Page 2 / 10 Janvier 2009 CCLIN Sud-Est
Pour en savoir plus
Références
Avril JL, Carlet J et al. Les infections nosocomiales et leur prévention. Ellipses, Paris, 1998, 687 pages.
Pozzetto B. coordonnateur. Infections nosocomiales virales et à agents transmissibles non conventionnels
coordonnateur. John Libbey Eurotext, Montrouge., 2001, 554 pages.
Guides et recommandations
Comité Technique national Des Infections Nosocomiales (CTIN). Isolement septique Recommandations pour
les établissements de soins. Ministère de l'Emploi et de la Solidarité, 1998, 51pages.
Société Française de Microbiologie. Le REMIC. Référentiel en Microbiologie Médicale (bactériologie et
mycologie), 3ème édition. Vivactis plus éditions, Paris, 2007, 232 pages.
Société Française de Microbiologie. Le REVIR. Référentiel en Virologie Médicale, 2ème édition. Vivactis plus
éditions, Paris, 2007, 159 pages.

Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection Page 3 / 10 Mai 2004 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE
A L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES MENTION PARTICULIERE
PARASITES
Pediculus capitis (pou de tête)
Pediculus corporis (pou de
corps)
Pediculus pubis (pou de pubis
ou morpion)
Humain (zones pileuses)
Environnemental
(vêtements, literie, matériel
de toilette …)
Contact direct
Contact indirect
Poils, cheveux Pédiculose
Sarcoptes scabei hominis Humain Contact direct
Contact indirect
Cutanéo-muqueux Gale
LEVURES
Aspergillus sp
(A. flavus, niger, …) Environnemental
(végétaux, sol, poussières)
Aéroporté
(exclusivement à
partir de
l'environnement)
Respiratoire Aspergillose invasive chez l’immunodéprimé
(SIDA, transplantés)
Candida sp
(C. albicans, glabrata,
krusei …)
Humain
Animal
Environnemental
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Digestive
Endogène
Candidose cutanéo-muqueuse chez
l'immunocompétent et
l’immunodéprimé
Cryptococcus neoformans Animal (pigeons)
Environnemental
Aéroporté Respiratoire Méningo-encéphalite
Pneumopathie
Septicémie chez l’immunodéprimé
Pneumocystis carinii hominis Humain Gouttelettes Respiratoire
Endogène
Pneumocystose invasive chez
l’immunodéprimé
BACILLES A GRAM POSITIF
Clostridium difficile Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental (spores)
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Endogène
Diarrhée post-antibiothérapie
Colite pseudo-membraneuse
Diffusion d'un clone
épidémique dénommé O27
responsable de formes
sévères, surtout dans les
institutions de personnes
âgées.
Listeria monocytogenes Environnemental
(végétaux, sol, poussières,
aliments)
Contact direct (rare)
Contact indirect
Digestive
Respiratoire
Listériose chez l’immunodéprimé
(méningite, méningo-encéphalite,
septicémie …)

Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection Page 4 / 10 Mai 2004 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES MENTION PARTICULIERE
COCCI A GRAM POSITIF
Enterococcus sp
(E. faecalis, faecium)
(entérocoques)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eaux, aliments)
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Endogène
Infection urinaire
Bactériémie
Suppuration
Emergence de souches
résistantes à la vancomycine
(ERV) devant faire l'objet de
mesures de prévention très
renforcées pour éviter leur
dissémination.
Staphylococcus aureus
(staphylocoque doré)
Humain (peau,
rhinopharynx, vagin)
Environnemental
(poussières, aliments)
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Percutanée
Digestive
Respiratoire
Endogène
Staphylococcie :
Infection de la peau et des parties molles
(plaie, brûlure)
Pneumopathie
Bactériémie,septicémie
Infection urinaire
Infection osteo-articulaire
Infection sur cathéter et sur prothèse
Toxi-infection alimentaire
Bactéries souvent
multirésistantes aux
antibiotiques : SARM ou S.
aureus résistant à la
méthicilline ; VISA (ou GISA)
ou S. aureus de sensibilité
diminuée à la vancomycine
(ou aux glycopeptides).
Ces bactéries doivent faire
l'objet de mesures de
prévention très renforcées
pour éviter leur dissémination.
Staphylocoques à coagulase
negative
(S. hominis, S. epidermidis, S.
capitis …)
Humain (peau,
muqueuses)
Animal (peau, muqueuses)
Environnemental
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Percutanée
Endogène
Staphylococcie
Bactériémie
Infections sur cathéter et sur prothèse
Streptococcus agalactiae
(streptocoque B)
Humain (TD, vagin) Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Materno-foetale
Méningite
Bactériémie , endocardite
Péritonite
Pneumonie
Infection cutanéomuqueuse
Infection urinaire
Infection du nouveau-né à l'accouchement
Streptococcus pneumoniae
(pneumocoque)
Humain et animal
(voies aériennes
supérieures)
Gouttelettes Respiratoire
Endogène
Pneumonie
Bronchite
Infections ORL
Bactériémie
Méningite
Arthrite
Bactéries pouvant présenter
une sensibilité diminuée à
l'amoxicilline.

Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection Page 5 / 10 Mai 2004 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES MENTION PARTICULIERE
COCCI A GRAM POSITIF
Streptococcus pyogenes
(streptocoque A)
Humain
(voies aériennes
supérieures)
Gouttelettes
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Respiratoire
Endogène
Scarlatine
Angine
Infections de la peau et des parties molles
(fascite nécrosante)
Erysipèle
Bactériémie – choc toxique
Rhumatisme articulaire aiguë
Erythème noueux
Glomérulonéphrite
Infections génitales gravissimes post
accouchement ou chirurgie gynécologique
BACILLES A GRAM NEGATIF
ENTEROBACTERIES Une surveillance
particulièrement vigilante doit
être mise en oeuvre pour
dépister les entérobactéries
porteuses de gènes de
multirésistance aux
antibiotiques (β lactamases à
spectre élargi ou BLSE,
imipénémases) et pour éviter
leur propagation
nosocomiale.
Enterobacter sp
(E. aerogenes, cloacae …) Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(sol, eau, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Pneumopathie
Suppuration
Bactériémie
Infection urinaire
Escherichia coli Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Endogène
Diarrhée
Suppuration
Infections urinaire et génitale
Bactériémie
Méningite
Toxi-infection alimentaire
Klebsiella sp
(K. pneumoniae, oxytoca) Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(sol, eau, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéo-
muqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Suppuration
Bactériémie
Pneumopathie
Infection urinaire