Licence mention Biologie SEMESTRE S1 Intitulé et descriptif des U.E. Discipline A : Biologie Biologie Outils mathématiques Coef (1) 1 Discipline B : 1 Géologie Géologie Outils mathématiques 1 Informatique Informatique Outils mathématiques 1 Mathématiques Mathématiques Outils mathématiques 1 Physique Physique Outils mathématiques 1 MTU 1 TOTAL HORAIRE S1 10 10 Chimie Chimie Outils mathématiques Complémentaire (liste proposée en annexe 1) Crédits 5 5 292* (*) total heures étudiants T : terrain 1 Licence mention Biologie SEMESTRE S2 Crédits Intitulé et descriptif des UE 5 5 5 5 Biochimie structurale (Commun licence Sciences de la Matière) - Les Glucides : Les oses, oligosides, polyholosides, glycoconjugués. Quelques méthodes d’analyse. - Les acides aminés-les protéines, Classification des ac. Aminés - Les lipides - Les acides nucléiques Ecologie générale (Commun S4 licence Géologie) - Espèces, populations, communautés, écosystèmes : concepts, définitions et illustrations - Fonctionnement des écosystèmes - Les facteurs abiotiques et les adaptations aux conditions du milieu Interactions au sein des communautés - Les biomes – La distribution des végétaux et des animaux - La biodiversité – Autres enjeux planétaires Introduction à la génétique (Commun licence Sciences de la Matière) - Histoire de l’approche génétique : de Mendel à nos jours, Cycle cellulaire, mitose, méïose, caractère, gène, allèle, complémentation, recombinaison... La théorie chromosomique de l’hérédité - Génétique bactérienne : conjugaison, transformation et transduction. - Génétique virale : exemples de stratégies d’infection - Génétique non-mendélienne : génétique mitochondriale et notion d’épigénétique. Chimie organique et chimie physique - principaux types de réactions et intermédiaires réactionnels - Fonctions : dérivés halogénées, alcools, thiols, amines, aldéhydes, cétones, acides carboxyliques, alcènes, hydrocarbures cycliques aromatiques et non aromatiques - Thermodynamique : 1er et second principe de la thermodynamique, introduction des fonctions d’état, thermochimie, équilibre chimique - Réactions acido-basiques, pH métrie Parcours BCP BOPE SVT PLU NU PH F F F F F F F F F F F F F F F F F 2 Licence mention Biologie 5 5 Du minéral à la roche - Principes de base de la minéralogie et de la croissance minérale; les grandes familles de silicates - Mécanismes de genèse, de différentiation et de mise en place des magmas. Textures et compositions magmatiques. Séries magmatiques et tectonique des plaques. - Paramètres du métamorphisme ; textures des roches métamorphiques, Types de métamorphisme et tectonique des plaques. Les migmatites Géologie des milieux naturels continentaux - Géologie des formations superficielles. - Caractéristiques générales et genèse - Formations superficielles en relation avec leur environnement - Les sols: nature, répartition, fonctionnement et évolution. - Gestion des milieux naturels: ressources en matériau, ressources en eau, risques naturels, aménagement du territoire. F F F 5 Reproduction humaine F F 5 Génétique – Embryologie et histologie F F 5 Langues et communication orale F F F F F F 5 Outils informatiques F F F F F F 3 Licence mention Biologie SEMESTRE S3 Crédits Intitulé et descriptif des UE 5 5 5 5 5 Reproduction et développement animal - Reproduction sexuée : Gamétogenèse et fécondation - Développement embryonnaire : o Segmentation et Gastrulation o le cycle cellulaire et son contrôle, o les axes de polarité, l’organogenèse o les inductions - Les annexes embryonnaires (oiseaux et mammifères placentaires) Reproduction et développement végétal - Structure de la fleur, du méristème végétatif au méristème floral - Contrôle génétique de la mise en place de la fleur - Gamétogenèse - Pollinisation, fécondation et mécanismes empêchant l’autofécondation - de la graine à la plante, croissance primaire, croissance secondaire - conséquences du fonctionnement des méristèmes - Structures des organes et adaptations des structures aux fonctions Biologie moléculaire générale (Commun licence Sciences de la Matière) - Mécanisme général du processus de réplication - Réplication du génome des procaryotes - Réplication du génome nucléaire des eucaryotes - Structure des gènes procaryotes et eucaryotes - Mécanisme moléculaire de la transcription et régulations - Mécanisme moléculaire de la traduction et régulations - Outils de bases de l’analyse moléculaire Bactériologie générale (Commun licence Sciences de la Matière) - Le monde microbien : les différents microorganismes - Nutrition et croissance bactérienne : besoins nutritifs, entrée des nutriments dans la cellule - Croissance des populations bactériennes en milieu solides et liquide, méthodes d’analyse de la croissance, étude de la croissance en systèmes fermés et en systèmes ouverts, applications industrielles - Influence de l‘environnement sur la croissance La cellule, reproduction et interaction - Le noyau interphasique - Etapes du cycle cellulaire - Mitose, méiose, division des organites cellulaires Rôle du cytosquelette - Mécanisme de contrôle du cycle, Cancers, Apoptose - Membrane plasmique et adhérence cellulaire - Matrices extracellulaires et structure de la paroi végétale - Mobilité cellulaire et interactions au cours du développement Parcours BCP BOPE SVT PLU F F F F F F F F F F F F F F F F F Op NU PH F F 4 Licence mention Biologie 5 Dynamique de la lithosphère - Histoire de la tectonique des plaques - Structuration du globe terrestre : Les enveloppes chimiques, les enveloppes mécaniques, la lithosphère (définition, propriétés), les forces qui gèrent la tectonique des plaques lithosphériques - Les zones de divergences : le rifting continental, les rides océaniques - Les zones de convergence : les zones de subduction, les zones d’abduction, la collision continentale et les exemples clé. 5 Anatomie et physiologie humaine F F 5 Immunologie – milieu intérieur F F 5 Pharmacologie générale Op Op 5 Plantes à intérêt thérapeutique et nutritionnel Op Op 5 Pharmaco-chimie des principes actifs Op Op Op F F 2,5 Langues F F F F F F 2,5 UE libre F F F F F F F: fondamentale ; Op : optionnelle 5 Licence mention Biologie SEMESTRE S4 Crédits Intitulé et descriptif des UE 5 5 5 5 Outils physiques et chimiques pour biologistes - Spectroscopie, UV-visible, IR, RMN et spectrométrie de Masse - Oxydo-réduction - Mécanique du point et des solides, mécanique des fluides - Thermodynamique, diffusion, mouvement brownien, transferts - Optique physique, polarisation, fluorescence, analyse de Fourier - Physique nucléaire et rayonnement - Techniques contemporaines : RMN, tomographie, caméras à positons Analyse et modélisation (1) - Description des données issues d’expériences - Grandes lois de distribution discrètes et continues - Estimation d’un paramètre : notion d’intervalle de confiance - Tests d’hypothèses : comparaisons de moyennes et de proportions - Présentation des grandes bases de données en biologie - Présentation des grands sites de bioinformatique (NCBI, EMBL, ENSEMBL) - Le BLAST : principe, utilisation, interprétation Métabolisme et enzymologie (1) (Commun licence Sciences de la Matière) - Bioénergétique : thermodynamique des systèmes vivants - Bases d’enzymologie - Métabolisme intermédiaire et régulations : Anabolisme, Catabolisme Hormones et communications (Commun licence Sciences de la Matière) - Echanges d’informations à courte et longue distance chez les plantes - Phytohormones, nature chimique et biosynthèse et fonctions - Centre intégrateur : l’axe hypothalamo-hypophysaire - Régulation endocrinienne : thyroïde et hormones thyroïdiennes - Les autres molécules informationnelles et leurs récepteurs - Modalités de la transmission de l’influx nerveux. - Régulation du stress 5 Physique – chimie pluridisciplinaire (1) 5 Construction des organismes animaux - Génétique du développement - Squelette et modalités de croissance - Métamorphoses - Reproduction et cycles de développement - Vie coloniale - Déterminisme hormonal - Reproduction sexuée, asexuée, gonochorisme, hermaphrodisme Parcours BCP BOPE SVT PLU F F F F F F F F F F F F F F NU PH F F F F F F 6 Licence mention Biologie 5 5 5 5 5 Contrôle microbiologique et identification bactérienne - Structure et physiologie bactériennes - Biosécurité - Techniques moléculaires et immunologiques d’identification - Contrôle microbien Géodynamique externe - Mécanismes d’altération des sols - Origine, nature et évolution spatio-temporelle des SOLS. - Caractéristiques physico-chimiques de la géodynamique externe dans différents environnements : - continental : glaciers et calottes glaciaires, vent et formations éoliennes, fleuves et rivières, deltas et estuaires, lacs - océanique et de plateforme continentale Physiologie du milieu intérieur - Organisation et architecture tissulaire - Compartiments liquidiens de l’organisme : Caractères généraux, différents volumes, échanges entre les compartiments - Maintien des constantes biochimiques du milieu intérieur - Pharmacocinétique : absorption, distribution, biotransformations et élimination des xénobiotiques, quantification du métabolisme et de l’élimination, régulations Biotechnologies végétales, luttes biologique et phytoremédiation - Culture de tissus et organes végétaux, applications - Transformation génétique et applications en recherche fondamentale, en agronomie et en industrie - Causes et conséquences des invasions biologiques - Bases scientifiques de la lutte Biologique : concepts, limites, stratégies - Répartition des polluants au sein des écosystèmes - Structure et propriétés des polluants, réglementation et toxicité Variabilité génétique et dynamique des populations - Polymorphisme dans les populations naturelles - Influence du système de croisements sur la fréquence des génotypes : formation des couples au hasard, consanguinité, homogamie - Facteurs faisant varier la fréquence des allèles : mutations, migrations, sélection, dérive - Génétique quantitative : transmission de caractères déterminés par un grand nombre de gènes, et influencés par l’environnement Op Op F F Op Op Op Op Op Op 5 Introduction aux sciences agronomiques 5 Biologie cellulaire et biocatalyse F F 5 Microbiologie médicale (1) F F 5 Initiation R&D des médicaments du système nerveux Op Op 7 Licence mention Biologie 5 Nutrition : aspects physiologiques et biochimiques Op Op 2,5 UE libre F F F F F F 2,5 Anglais F F F F F F F: fondamentale ; Op : optionnelle 8 Licence mention Biologie SEMESTRE S5 Crédits Intitulé et descriptif des UE 5 5 5 5 5 Analyse structurale du génome - gènes, familles multigéniques, éléments transposables, satellites… - Organisation des séquences: topologie de l'ADN ; condensation de la chromatine, centromères, télomères - reconstitution de la séquence complète d’un génome : principaux marqueurs moléculaires, cartes génétiques et cartes physiques. - Introduction à la dynamique du génome: les variations de ploïdie, les remaniements chromosomiques, la transposition, les mutations. Méthodologie moléculaire et biochimique (Commun licence Sciences de la Matière) - Méthodes de séparation et de caractérisation de macromolécules (centrifugation, électrophorèse, chromatographie, spectro-fluorimétrie) - fabrication de banques et vecteurs de clonage - hybridation moléculaire (Southern et Northern Blot, puces à ADN, analyses génotypiques) - stratégies de PCR et PCR quantitative Biologie des organismes - Organisation interne, écologie et principales adaptations aux grandes fonctions des lignées évolutives (Protistes, Spongiaires, Cnidaires, Protostomiens (Annélides, Mollusques, Arthropodes)). Bases d’écologie du comportement - Ecologie comportementale - Quête de la nourriture : ressources approvisionnement solitaire, approvisionnement social - La vie en groupe : Structure de la communauté et rôle dans la vie en groupe, Définitions et partage des rôles, Fonctions de la vie sociale - Reproduction, comportements sexuels et sociaux : Sélection sexuelle et importance, variété de systèmes d’accouplement Enregistrements sédimentaires - Quelques outils : Du sédiment à la roche - Les fossiles et leur signification stratigraphique et environnementale - Etudier et caractériser un bassin sédimentaire à différentes échelles : Affleurement et analyses sédimentaires (Dynamique de bassin et corrélations ; apports de la stratigraphie séquentielle) Parcours BCP BOPE SVT PLU NU PH F F F F F F F 9 Licence mention Biologie 5 Géodynamique interne - Situation thermique de la Lithosphère - Pétrologie du Manteau - Genèse de la Croûte Océanique - Basaltes, séries magmatiques, magmatisme des marges actives - Genèse et Evolution de la Croûte - Roches métamorphiques dans la croûte continentale - Granites Mathématiques pluridisciplinaires 5 Français pluridisciplinaire (1) F 5 Biologie - Géologie pluridisciplinaire (1) Physiologie des grandes fonctions - Grandes fonctions chez les mammifères : hématopoïèse et sa régulation, physiologie du système cardio-vasculaire et sa régulation, physiologie respiratoire, système digestif, mécanismes d’absorption et d’assimilation des aliments, le rein et l’excrétion urinaire, - Mécanismes du maintien de l’homéostasie de l’organisme : régulation de la volémie, de l’équilibre acido-basique et de la balance phospho-calcique. Défense et immunité - Défenses des plantes face aux pathogènes : les agresseurs, les réactions de défense de la plante-hôte (les barrières préexistantes, les défenses précoces induites, les défenses cellulaires tardives, la réponse systémique acquise) - Les défenses immunitaires dans le règne animal : - Cellules, organes et effecteurs moléculaires de l’immunité. - Antigènes et reconnaissance des antigènes. Diversité des interactions du vivant - Les relations intra- et interspécifiques - Les symbioses (mycorhize, nodulation, lichen, coraux) - Mutualisme (milieu aquatique, jardin de fourmis) - Compétition intra et interspécifique - Commensalisme et parasitisme - Relations plantes/insectes - Plantes carnivores Biodiversité des végétaux - La notion de végétal et leur systématique - La lignée brune : Caractéristiques générales, les Straménopiles, les Haptophytes - La lignée verte : caractéristiques générales, les Rhodobiontes, les Chlorobiontes - Structure reproductrices et mode de dispersion : multiplication végétative et dispersion, reproduction sexuée et dispersion Ecologie moléculaire F 5 5 5 5 5 5 F F Op F Op F Op Op F Op F Op Op F Op Op 10 Licence mention Biologie 5 Bases de données et programmation pour biologistes - Intérêt des bases de données en biologie - Le modèle relationnel - Le langage SQL - Conception d’une base de données - Notion d’algorithme et ses instructions fondamentales - Introduction à un langage de programmation - Elaboration d’un programme de simulation d’un système biologique Contrôle génétique du dvpt animal et communications intercellulaires - Mécanismes du développement embryonnaire : cinétique et modalités du développement embryonnaire des organismes animaux. - Contrôle génétique du développement embryonnaire - Communications intercellulaires au cours du développement des pluricellulaires animaux : Inductions embryonnaires et différenciation (acquisition des polarités, induction du mésoderme chez les triblastiques, l’induction neurale, inductions secondaires) Introduction à la biologie de l’évolution - L’espèce, premier niveau de la taxonomie - Mécanismes de l’évolution : Les mutations, sélection, hasard - Comparaison des théories sur l’évolution - enregistrements paléontologiques et datations géologiques. - Causes et conséquences des grandes crises biologiques - Reconstitution de l’histoire des espèces et leurs relations de parenté - Macroévolution et analyse des mécanismes développementaux Ecologie et métabolisme bactériens - Ecologie microbienne : Métabolismes bactériens, les bactéries photosynthétiques. La chimiolithotrophie. La vie sans oxygène. La dégradation des composés complexes. - Structure et évolution des génomes microbiens : Structure du chromosome bactérien. Eléments extra-chromosomiques et compétence bactérienne. Relation entre métabolisme et plasticité génomique. Relation avec l’identification bactérienne Virologie - Classification du monde viral, aspects cellulaire et génétique de l’infection virale : Structure et classification des virus, cycle viral - Maladies virales : transmission, effet cytopathogène, réponse immune. - Maladies récentes et émergentes (SIDA, SARS grippe aviaire, fièvres hémorragiques) - Virus et cancers - Diagnostic des infections virales, vaccination et thérapie Biotechnologie appliquée à la nutrition et la santé 5 5 5 5 5 5 Op Op Op Op Op Op Op Op Op F Gestion des entreprises et droit F Op 5 Instrumentation et expérimentation F F 5 Nutrition et métabolisme F 11 Licence mention Biologie 5 Pharmacologie de la communication inter et intra cellulaire 5 Nutrition et diététique F Op 2,5 UE libre F F F F F F 2,5 Langues pour spécialistes d’autres disciplines F F F F F F NU PH F F F: fondamentale ; Op : optionnelle SEMESTRE S6 Crédits Intitulé et descriptif des UE 5 5 5 5 Analyse et modélisation (2) - Rappels en bioinformatique - Présentation des outils d’annotation de séquences - Initiation aux stratégies d’annotation de gènes - Applications à l’analyse de génomes bactériens - Approche de modélisation en biologie - Corrélation et régression linéaire - Introduction à la planification expérimentale Métabolisme et enzymologie (2) - Cinétiques enzymatiques - Activateurs et inhibiteurs des enzymes - Allostérie et régulations - Etude des sites catalytiques, rôle des co-facteurs - Régulation enzymatique et régulation du métabolisme - Compartimentation, transports et flux métabolique - Exemples de relations structure-fonction au niveau moléculaire Ecologie des écosystèmes - Cycles Biogéochimiques (carbone – oxygène – azote – phosphore –soufre) - Fonctionnement écologique d’une rivière - Ecologie fonctionnelle du sol - Fonctionnement de l’écosystème forestier en région tempérée - Diversité fonctionnelle des écosystèmes (théorie) Atmosphère, hydrosphère et évolution de la vie - Origine, évolution de la Terre primitive et origine de la vie sur Terre - Traces de la vie primitive à l’Archéen et au Protérozoïque - Evolution de la vie au Protérozoïque - Transition Protérozoïque – Cambrien et la diversification de la vie - Evolution des invertébrés au Paléozoïque - Grandes crises biologiques – Origine et conséquences - Terrestrialisation – Evolution des vertébrés Parcours BCP BOPE F F SVT PLU F F F F 5 Biologie - Géologie pluridisciplinaire (2) F 5 Français pluridisciplinaire (2) F 12 Licence mention Biologie 5 5 5 5 5 5 Physique-chimie pluridisciplinaire (2) Plan d’organisation du vivant et phylogénie - Historique des classifications - Méthodes de la systématique (Cladistique et phénétique) - Enracinement de l’arbre des Eucaryotes - Classification phylogénétique des Métazoaires Les chordées biologie et évolution - Origine des cordés - Biologie et systématiques des céphalocordés et urocordés - Les crâniates : myxines et vertébrés – origines des vertébrés - Les agnathes (systématique et anatomie) - Les chondrichtyens (systématique et anatomie) - Les ostéichthyens (évolution, systématique et anatomie comparée) - Les tétrapodes (évolution, systématique et anatomie comparée) Physiologie de la nutrition des plantes - La nutrition carbonée : Importance de la photosynthèse et des régulations associées, plantes C3, C4 et CAM, photorespiration - La nutrition minérale : Le sol, disponibilité en eau, éléments essentiels, Absorption et mouvement de l’eau et des éléments minéraux, Assimilation des éléments minéraux - Transport et distribution des assimilats : Genèse de la sève élaborée, chargement/déchargement du phloème, flux de masse, source/puits. Physiologie de la reproduction chez les mammifères - Structures et physiologie des organes génitaux - Les hormones gonadiques - Contrôle neuro-endocrinien de la fonction reproductrice - Ontogenèse de la fonction reproductrice - La gamétogenèse et son contrôle - Fécondation, implantation de l’embryon et développement fœtal - Parturition, adaptation à la naissance et lactation Eau, sol, relief - Ressources en eau : hydrogéologie, cycle de l’eau, principaux réservoirs, dynamique de l’eau dans les milieux géologiques, recherche, exploitation, vulnérabilité et protection des eaux souterraines. - Géomorphologie structurale : paramètres du relief terrestre - Géomorphologie dynamique : évolution du relief terrestre - Pédologie : différents types de sols, étude d’une tourbière. - Notions de climatologie, dynamique de l’océan et de l’atmosphère F F F Op Op Op Op Op F Op F Op F 13 Licence mention Biologie 5 5 5 5 5 Stabilité et variabilité des génomes - Processus de réparation de l'ADN : sans coupure de chaîne, excisionréparation, correction post-réplicative, système sos, recombinaison - Conjugaison, le plasmide f et sa régulation, conjugaison et cartographie Op - Transduction : bactériophages, transduction généralisée et spécialisée, la recombinaison spécialisée et son utilisation en biotechnologie. - Transformation : mécanismes et conséquences - Les transposons et les intégrons Les organites : de la fonction à la pathologie - Théorie endosymbiotique - Transport membranaire : protéines, glucides - Génétique mitochondriale-chloroplastique Op - Analyse des protéines transmembranaires - Maladies mitochondriales-mitochondrie et cancer - Apoptose - Maintien de l’intégrité de l’ADN Les molécules actives du vivant - Structure et origine des métabolites secondaires des végétaux : composés phénoliques et flavonoïdes, terpènes, alcaloïdes, hétérosides - Intérêts des métabolites secondaires des végétaux : développement de Op nouveaux médicaments, utilisation nutritionnelle, les colorants - Métabolites secondaires chez les champignons et les bactéries : Antibiotiques, toxines, biosynthèse, localisation, rôle et fonction. - Molécules réactives du monde vivant et processus de détoxication Physiologie de la réponse immune chez les mammifères - Rappels sur les acteurs de l’immunité - La réaction inflammatoire - Le complément Op - La réponse immune adaptative (réponse B, réponse T) - Immunologie clinique : Autoimmunité, Tolérance, Allergie et hypersensibilité, Immunité et cancer Biotechnologie microbienne (Commun licence Sciences de la Matière) - Biotechnologies traditionnelles aux biotechnologies modernes - Les métabolites microbiens (acides aminés, antibiotiques) - Les vaccins recombinants et synthétiques Op - Insecticides microbiens Des enzymes microbiennes - Polysaccharides microbiens - Production de protéines recombinantes Parasitologie - Agents pathogènes (protozoaires, champignons, helminthes) / facteurs de virulence / bases moléculaires de la pathogénie Op - Parasitisme : transmission (formes, pénétrations) : Cycles de développement / Zoonoses (transmission à l’homme) / Epidémiologie / Pathogénie - Diagnostic et traitement de parasitoses 14 Licence mention Biologie 5 5 5 Neurophysiologie et neurobiologie cellulaire - Anatomie du système nerveux (SNC et SNV), - Message nerveux, nature, genèse, conduction et transmission, - Organisation du tissu nerveux, Op - Membrane plasmique neuronale et le transport d’ions, - Potentiels membranaires, - Transmission synaptique - Physiologie musculaire Ethologie et neurosciences - Historique de l’étude du comportement animal - L’Ethologie - L’Ecologie comportementale et la sociobiologie - Phylogenèse du système nerveux et des comportements - Organisation fonctionnelle du système nerveux des vertébrés - Communications nerveuses - Neurotoxicologie comportementale Phytopathologie, protection des plantes et environnement - Place des champignons dans la biosphère, marqueurs sanitaires de l’environnement : caractéristiques générales des champignons, importance des champignons dans la biosphère, indicateurs sanitaires Op - Phytopathologie, protection des cultures et environnement : physiopathologie végétale (étiologie, symptomatologie, épidémiologie), stratégies de luttes phytosanitaires , gestion de l’environnement, biodiversité, législation , enjeux économiques. Op Op 5 Microbiologie médicale (2) F F 5 Biologie cellulaire et nutrition / radiobiologie et imagerie métabolique F 5 Bromatologie F 5 Pharmacologie spécialisée 1 F 5 Pharmacologie spécialisée 2 F 5 Projet de filière – stage ou projet personnel F F 2,5 UE libre F F F F F F 2,5 Anglais F F F F F F F: fondamentale ; Op : optionnelle 15