Évaluation par 8 institutions de la performance en microbiologie
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Évaluation par 8 institutions de la performance en microbiologie clinique, pour la routine, entre le VITEK MS et le VITEK 2 Dr Pierre Lebel MD FRCPC, Centre Universitaire de Santé McGill Objectifs de l’évaluation VITEK MS v1.1: peut-il remplacer le VITEK 2 pour l’identification microbienne courante à Montréal? Améliorations v2 (courante) et v3 (à venir) Avantages et limitations VITEK MS vs VITEK 2 Doit-on conserver le VITEK 2 comme système d’identification complémentaire au VITEK MS? 2 Abstract ASM 2013 Poster: résultats VT2 vs VMS pour les bactéries Gram négatives 3 Évaluation multi-centrique du VITEK MS Montréal, Laval et rive Sud: population 3 millions 4 Participants 1. Dr Anne-Marie Bourgault, CHUM 2. M. Alexandre Henry-Lebel, ETS 3. Dr Jean-Sébastien Henry-Lebel, Université de Sherbrooke 4. Dr Marcel Behr, Pierre Lebel, Vivian Loo et Jane McDonald, CUSM 5. M. Simon Lévesque, LSPQ 5 Participants 6. Dr Nathalie Lussier, Charles-Lemoyne 7. Dr Mark Miller, Général Juif 8. Dr Esther Simoneau, Cité-de-la-Santé 9. M. Les Stutzman, bioMérieux Canada 10. Dr Catherine Tsimiklis, Sacré-Cœur 6 Technologistes 1. 8 centres 2. CUSM: Mme Patricia Doyle, Annie Fortin, Toula Nickolaou, Cynthia Pereira et M. Martin Raymond 3. bioMérieux: Mme Donna Colatruglio et M. Pierre Lam 7 Flux de travail Analyse VMS v1.1: un jour / centre et congélation des souches Analyse VITEK 2: souches congelées 8 Analyse des discordances: VMS et VT2 répétés; isolats discordants, séquençage ADN 16S, VMS v2 & v3 Méthodes – Sélection des souches Trois dernières années Souches couramment isolées 100 souches x 7 Centres; 40 souches LSPQ 9 Méthodes – Distribution des souches Microorganismes Genres Espèces Total Gram-positives 10 38 211 Gram-négatives 38 70 370 Anaérobies 15 39 74 Levures 5 14 85 TOTAL 68 161 740 10 Méthodes – VITEK MS - flux de travail 2 dépositions 1 déposition ID <90% ID >90% ID Finale Réacquis 1 déposition ID <90% ID>90% Nouvelle lame 11 Méthodes – Analyse VITEK 2 – cartes 1. GP (Gram-positive ID) 2. GN (Gram-negative ID) 3. NH (Neisseria-Haemophilus ID) 4. ANC (Anaerobes ID) 5. YST (Yeasts ID) 12 Méthodes – Flux d’analyse VMS & VT2 ID ID différente ID identique Répéter VMS & VT2 ID identique ID différente Séquençage ADN 16 s 13 Concordance ID VT2 vs VMS Concordance CIGS CIC CIG MIG MIS NI Correct ID Genus Species Correct ID Complex Correct ID Genus Mis ID Genus Mis ID Species No ID 14 Performance Globale ID VT2 vs VMS Gen 92% - MID 6% - NI 2% Gen 88% - MID 7% - NI 5% 15 29 2% 4% VT2 Total 21 26 3% 4% 38 5% MS Total 13 2% 55 7% 70 9% 36 5% CIGS CIC 37 5% CIG MIG 548 74% MIS 592 80% NI 15 Performance ID - Gram-positifs - VT2 vs VMS Gen 90% - MID 6% - NI 4% 0 0% 5 6 3% 11 3% 5% Gen 97% - MID 2% - NI 1% VT2 GP 9 4% 0 0% 13 6% 1 3 3 1% 1% 1% CIGS CIC CIG MIG MIS 180 85% NI 191 91% 16 MS GP Performance ID - Gram-positifs - VMS Excellente ID Staphylococcus spp. Excellente ID Enterococcus spp. Très bonne ID Streptococcus spp. incluant Streptococcus pneumoniae 17 Performance ID – Gram-négatifs – VT2 vs VMS Gen 90% - MID 5% - NI 5% 8 18 12 2% 5% 3% Gen 91% - MID 7% - NI 2% VT2 GN 51 14% 7 7 20 2% 2% 5% 40 11% CIGS CIC CIG 37 10% MS GN 36 10% MIG 244 66% MIS 260 70% NI 18 Performance ID – Entérobacteriaceae – VT2 vs VMS Gen 96% - MID 3% - NI 1% Gen 92% - MID 8% - NI 0% 3 VT2 GN-EN 5 1 1% 2% 1% 41 18% 1 0% MS GN-EN 19 8% CIGS 33 15% CIC CIG 26 12% MIG 148 66% 26 12% MIS NI 19 145 65% Performance ID – Entérobacteriaceae - VMS Excellente ID E. coli Quelques ID au genre seulement: Salmonella spp. Quelques ID au complexe seulement: Enterobacter cloacae complex Mis-identification: Shigella sp. identifié comme E. coli 20 Performance ID – non-Entérobacteriaceae - VT2 vs VMS Gen 87% - MID 10% - NI 3% 5 6% 3 2 4% 3% Gen 91% - MID 5% - NI 4% VT2 GN-NE 6 8% 3 3 1 4% 4% 1% 7 9% CIGS CIC CIG 11 14% 10 13% MIG 50 65% MS GN-NE MIS 53 69% NI 21 Performance ID – non-Entérobacteriaceae - VMS Meilleure ID non-fermenteurs et bactéries fastidieuses Nécessite une addition de spectre de bactéries non- fermenteurs et fastidieuses La technique de déposition sur la lame est critique pour obtenir une identification adéquate pour les bactéries fastidieuses, muqueuses et rugueuses 22 Performance ID - Haemophilus-Neisseria card – VT2 vs VMS Gen 72% - MID 6% - NI 22% Gen 90% - MID 4% - NI 6% VT2 GN-NH 3 4% 15 22% 4 6% MS GN-NH CIGS CIC 2 3% CIG MIG 2 3% 46 66% MIS NI 62 90% 4 6% 23 Performance ID - Haemophilus-Neisseria - VMS Meilleure performance ID pour Haemophilus, Neisseria et Campylobacter La technique de déposition sur lame est critique pour obtenir une ID 24 Performance ID – Anaérobies- VT2 vs VMS Gen 69% - MID 20% - NI 11% Gen 82% - MID 12% - NI 6% 8 11% VT2 AN 6 8% 8 11% 1 1% CIGS CIC 0 0% CIG 7 9% 4 MS AN 3 6% 4% MIG 3 4% 48 65% MIS 60 81% NI 0 0% 25 Performance ID – Anaérobies - VMS Meilleure ID que le VITEK 2 mais sous-optimal Nécessite une amélioration de la base de spectres (NI 6%) et la résolution des Mis-identifications (12%) Limitation: faible croissance des bactéries anaérobiques, difficulté d’étalement sur la lame, semble affecter la qualité du spectre et la reproductibilité des résultats 26 Performance ID – Levures – VT2 vs VMS Gen 95% - MID 1% - NI 4% 1 1% 3 4% 5 6% Gen 96% - MID 3% - NI 1% VT2 LV 1 1% 2 3% 1 1% CIGS CIC CIG MIG MIS 76 89% NI 81 95% 27 MS LV Performance ID – Levures - VMS Meilleure ID à l’espèce que le VT2 pour le Candida spp. Nécessite une amélioration de la base de spectre pour les levures autres que Candida spp. 28 Discordants - Gram positif (n:9) - VMS v1,2,3 1 1 1 CIG 1-2-3 1 MIG 1-2-3 MIG 1-2 No ID MIS 1-2-3 5 No ID 1-2-3 29 Discordants - Gram positif (n:9) - VMS v1,2,3 Ref ID v1 v2 v3 S. pneumoniae S. constellatus S. constellatus S. constellatus S. saprophyticus S. cohnii S. cohnii S. cohnii E. durans E. faecium E. faecium E. faecium 30 Discordants – Gram négatif (n:22) - VMS v1,2,3 1 2 MIG 1-2 No ID 3 9 MIG 1-2-3 9 MIS 1-2 No ID 3 MIS 1-2-3 1 No ID 1-2-3 31 Discordants – Gram négatif (n:22) - VMS v1,2,3 Ref ID v1 v2 v3 E. cloacae C. freundii C. brakii C. werkmanii P. mirabilis A. xylosoxidans A. xylosoxidans A. xylosoxidans N.meningitidis N. subflava N. mucosa/subflava N. f/perf/subfl 32 Discordants – Anaérobies (n:10) - VMS v1,2,3 2 1 3 MIG 1 No ID 2-3 MIG 1-2-3 MIS 1-2 MIG 3 3 MIS 1-2-3 1 No ID 1-2 MIG 3 33 Discordants – Anaérobies (n:10) - VMS v1,2,3 Ref ID v1 v2 v3 C. difficile C. glycolicum C. glyco/P. anaerobius P. anaerobius Fusobacterium sp. C. ureolyticus C. ureolyticus C. ureoliticus Anaerococcus prevoti No ID No ID Anaerococcus vaginalis 34 Précision ID – VMS – dépositions sur la lame Déposition initiale – spots avec identification Nombre de souches identifiées % identification 2/2 595 80,4% 1/2 67 9,1% 0/2 (No ID) 78 10,5% TOTAL 740 100,0% 35 Précision ID – VMS – dépositions sur la lame Depositions – spots avec identification Nombre de souches identifiées % identification Re-scan lame: 2/2 8 10,3%% Re-scan lame: 1/2 16 20,5% Nouvelle lame: 2/2 33 42,3%% Nouvelle lame: 1/2 10 12,8% Nouvelle lame: 0/2 (Pas ID) 11 14,1% (1.5% total) TOTAL 78 100% 36 Stratégie de déposition sur la lame - VMS Bactérie usuelle: 1 déposition est adéquate Faible croissance, mucosité, rugueuse: 2 dépositions sur la lame initiale ou obtenir meilleure croissance Si pas ID: nouvelle lame avec 2 dépositions La qualité de la déposition s’améliore avec l’expérience et diminue les répétitions 37 Avantages du VITEK MS sur le VITEK 2 1. Analytique: meilleure ID pour les Gram-négatifs nonfermenteurs, Campylobacter et levures; peut remplacer le VITEK 2 pour ID courante; grille API ou séquençage ADN 16 s comme méthode alternative; faible microbien inoculum requis 2. Organisationnel: temps-réponse plus rapide, coût par test moins élevé, entrainement technique minimal, compatible avec automation pré-analytique 3. Antibiogramme: doit être effectué avec le VITEK 2 ou par diffusion en disques 38 Améliorations VMS Amélioration base de spectres Indice de validité du spectre Validité de l’ID de référence: fiabilité du seq 16 s DNA? Automatiser la déposition sur la lame Groupe d’utilisateur pour enrichir base de données 39
