Laboratoires Equipes - Institut Méditerranéen d`Océanologie

Laboratoires
Equipes
Agronomie et Environnement
UMR INRA Ecole Nationale Supérieure
d’Agronomie et des Industries Alimentaires
Institut National Polytechnique de Lorraine
Directeur : S. Plantureux
Vandoeuvre-lés-Nancy
Rhizosphère
Responsable : Emile Benizri
Biologie des Echanges entre Plantes et
Bactéries de la Rhizosphère
UMR163 CNRS/CEA/Université de la
Méditerranée (Aix-Marseille II)
Directrice : Wafa Achouak
Saint-Paul-lez-Durance
Biologie des Organismes Marins et
Ecosystèmes
UMR 5178 CNRS/MNHN/UPMC
Directeur : Guy Boucher
Paris
Symbioses Bactériennes chez les
Invertébrés Marins
Responsable : Renata Boucher-Rodoni
Biologie des Protistes
UMR 6023 CNRS/Université Clermont II
Directeur : Christian Amblard
Clermont-Ferrand
Biodiversité Microbienne et
Fonctionnement des Ecosystèmes
Aquatiques
Responsable : Gérard Fonty
Ecotoxicologie Microbienne
Responsable : Jacques Bohatier
Génomique Intégrée des Interactions
Microbiennes
Responsable : Pierre Peyret
Equipe "Thérapeutiques cliniques et
expérimentales des infections"
EA 3826 - UFR Médecine Nantes
Directeur : Professeur Gilles Potel
BIOSOL
Esitpa – Ecole d’Ingénieurs en Agriculture
Directrice : Karine Laval
Paris
Ecologie microbienne
Responsable : Dr Marie France de La
Cochetière (INSERM)
Recherche clinique
Responsable : Dr Christele Gras-Leguen
(Pédiatre)
Biotechnologie de l’Environnement
INRA
Directeur : Jean-Philippe Delgenes
Narbonne
Ecologie Microbienne
Responsable : Jean-Jacques Godon
CEMAGREF
Unité Recherche de la Qualité de l’Eau
Directeur : P. Boistard
Lyon
Ecologie Microbienne des Systèmes
Anthropisés
Responsable : Bernard Montuelle
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux
Trophiques des Ecosystèmes Limniques
CARRTEL
UMR 042 INRA/Université de Savoie
Responsable : J.M. Dorioz
Thonon
Microbiologie Aquatique
Responsable : Agnés Bouchez
Centre d’Ecologie Fonctionnelle et
Evolutive
(CEFE)
UMR 5175 CNRS
Directeur : Bernard Delay
Montpellier
Ecophysiologie Comparative du Système
Plante-Sol
Responsable : Eric Garnier
CYROCO
IRD – UR 167
Directeur : Robert Arfi
Marseille
Dynamique de la biodiversité
UMR 5172 CNRS/Université P. Sabatier
Responsable : Eric Chauvet
Toulouse
Diversité et fonction des communautés
riveraines
Responsables : Eric Chauvet et E. Tabacchi
Ecologie alpine
UMR 5553 CNRS/Université de Grenoble
Responsable : P. Taberlet
Grenoble
Perturbations environnementales et
xénobiotiques
Responsable : P. Ravanel
Ecologie des Hydrosystèmes
UMR CNRS 5177/Université Paul Sabatier
Directeur : Jean-Luc Rols
Toulouse
Groupe Ecologie Microbienne
Animateur : Frédéric Garabetian
Ecologie des Systèmes Aquatiques
Université Libre de Bruxelles
Directeurs : Christiane Lancelot & Pierre
Servais
Bruxelles
Ecologie des Milieux Aquatiques
Responsable : Christiane Lancelot
Ecologie Microbienne
UMR 5557 CNRS/Université Lyon 1
Directeur : René Bally
Lyon
Bactéries Pathogènes Opportunistes et
Environnement
Responsable : Benoit Cournoyer
Microbiologie des Eaux Douces
Responsable : Pierre Servais
Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle
de l’Azote
Responsable : Xavier Leroux
Rhizosphère
Responsable : Yvan Moënne-Loccoz
Symbiose Actinorhizienne
Responsable : Philippe Normand
Symbiose Mycorhizienne
Responsable : Jean-Claude Debaud
Transfert de Gènes et Adaptation
Responsable : Pascal Simonet
Ecologie Microbienne des Agrosystèmes
Tropicaux
IRD –CentreIRD-ISRA de Bel Air, Dakar
Directeur : Jean-Luc Chotte
Dakar
SeqBio
Responsable : Alain Brauman
Ecologie Microbienne des Insectes et
Interactions Hôte-Pathogène
EMIP-UMR 1133 INRA/
Université Montpellier 2
Directeur : Noël Boemare
Montpellier
Resssouces Biologiques et Génétiques de
Xenorhabdus et Photorhabdus
Responsable : Patrick Tailliez
Ecologie Moléculaire
EA 2535/Université de Pau et des Pays de
l’Adour
Directeur : Pierre Caumette
Pau
Microbiologie de l’Environnement
Responsable : Pierre Caumette
Ecosystèmes Lagunaires
UMR 5119 CNRS/ Université Montpellier II
Directeur : Marc Trousselier
Montpellier
Génomique Fonctionnelle et Facteurs de
Virulence
Responsable : Alain Givaudan
Efflorescences toxiques, diversité algale
Responsable : Yves Collos
Pathogènes et environnement
Responsable : Patrick Monfort
Réseau microbien sous forçages
environnementaux
Responsable : Behzad Mostajir
Ecotoxicologie Environnementale
CNRS UMR 7146/Université de Metz
Directrice : Paule Vasseur
Metz
Microbiologie
Responsable : Pascale Bouda
Evolution et Diversité Biologique
UMR 5174 CNRS/Université P. Sabatier
Directrice : Brigitte Crouau-Roy
Toulouse
Symbiose Mycorhizienne et Evolution des
Champignons
Responsable : Monique Gardes
Génétique Moléculaire, Génomique et
Microbiologie
UMR 7156 ULP - CNRS
Directeur : Serge Potier
Ecophysiologie Moléculaire des
Microorganismes
Responsable : Philippe Bertin
Génie et Microbiologie des Procédés
Alimentaires
INA-PG
Directeur : G. Corrieu
Thivernal-Grinon
Génomique et Protéomique des Interactions
Plante-Microbe-Environnement
UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de
Bourgogne
Directeur : Silvio Gianinazzi
Génoscope
Génomique métabolique
UMR 8030 CNRS
Directeur : Jean Weissenbach
Evry
Microbiologie
Responsable : Denis Le Paslier
Institut Agronomique et
Vétérinaire Hassan II
Rabat
Biotransformation et valorisation de la
biomasse
Responsable : My Mustapha Ismaili Alaoui
Institut des Sciences de la Mer
Université du Quebec-Rimouski
Directeur : Serge Demers
Rimouski
Ecologie Microbienne des Ecosystèmes en
Haures Latitudes
Responsable : Karine Lemarchand
Institut Méditerranéen d’Ecologie et
Paléoécologie (IMEP)
UMR 6116 CNRS/
Université Paul Cézanne (Aix-Marseille 3)
Directeur : Thierry Tatoni
Marseille
Institut Méditerranéen de Recherche en
Ecologie Microbienne
Responsable : Gabrielle Vogt
Ecologie Microbienne
Nutrtion
UMR CNRS A111/ Université Paul Cézanne
Marseille
Responsable : Michel Fons
Institut National des Sciences Appliquées et Procédés Microbiologiques et Alimentaires
de Technologie
Responsable : Moktar Hamdi
Tunis
Interactions Arbres-Microorganismes
UMR 1136 INRA/UHP
Université H.Poincaré-Nancy 1
Directeur : Francis Martin
Champenoux
Interaction Microorganismes Minéraux
Matière Organique des Sols (LIMOS)
UMRCNRS 7137/Université H. Poincaré,
Nancy1
Directrice : Corine Leyval
Vandoeuvre-les-Nancy
Microbiologie – INRA Theix
Centre de Recherche Clermont-Ferrand Theix
Directrice : Evelyne Forano
Saint Genes Champanelle
Microbiologie des Ecosystèmes Digestifs
Responsable : Evelyne Forano
Microbiologie – IRD Marseille
IRD/Université de la Méditerrannée
Directeur : Jean-Luc Tholozan
Directeur-Adjoint : Bernard Ollivier
Marseille
UR 180 :Microbiologie et Biotechnologie
des Environnements Chauds
Directeur : Jean-Luc Tholozan
Directeur-Adjoint : Bernard Ollivier
Microbiologie de l’Université de Neuchatel
Directeur : Michel Arago
Ecologie microbienne de la biosphère
Responsable : Jakob Zopfi
Microbiologie des Environnements
Extrêmes
UMR 6197 CNRS/IFREMER/
Université de Bretagne Occidentale
Directeur : Joël Querellou
Directeur-Adjoint : Daniel Prieur
Plouzané
Ecologie Microbienne
Responsable : Daniel Prieur
Microbiologie et Géochimie des sols
UMR 1229 INRA/Université de Bourgogne
Directeur : Philippe Lemanceau
Dijon
Dynamique des Interactions PlantesMicroorganismes
Responsable : Philippe Lemanceau
Ecologie microbienne des cycles couplés
du carbone et de l’azote
Responsables : Laurent Philippot et
Jean-Claude Germon
Impact des activités anthropiques sur la
qualité biologique des sols
Responsable : Rémi Chaussod
Microbiologie Industrielle
Faculté des Sciences Pharmaceutiques de
Toulouse
Directrice : Christine Roque
Toulouse
Adhésion Bactériennes et Biofilms
Responsable : N. Marty
Microbiologie, Géochimie et Ecologie
Marines
UMR 6117 CNRS/Université de la
Méditerranée
Directeur : Richard SEMPERE
Marseille
Ecologie Microbienne-Flux, Interactions et
Diversité Fonctionnelle
Responsible : Patricia Bonin
Morphodynamique Continentale et Côtière
UMR M2C CNRS 6143/Universités de
Rouen/Caen
Directeur : P.Lesueur
Groupe : Ecologie Microbienne
Océanographie Biologique
UMR 5805 CNRS/Université de Bordeaux
Station Marine d’Arcachon
Directeur :
Arcachon
Animatrice : Michèle Capdepuis
Océanographie Biologique
UMR 7621CNRS/Université P. &
M.Curie, Paris 6
Laboratoire Arago
Banyuls-sur-Mer
Directeur : Philippe Lebaron
Banyuls-sur-Mer
Microbiologie Marine
Responsables :
Ingrid Obernosterer & Philippe Lebaron
Recherche et Développement sur la
Détection des Pathogènes
Société CHEMUNEX
Responsable : Julia Baudart
Pierre Fabre Dermo-Cosmétique
Responsable : Muriel Bourrain
Recherche Fromagères
INRA
Directrice : Marie-Christine Montel
Aurillac
Sécurité et Qualité des Produits d’Origine
Végétale
INRA/Université d’Avignon
Directeur : N’Guyen Thê
Avignon
Station Biologique de Roscoff
UMR CNRS/Université de Bretagne
Occidentale
Directeur : Bernard Kloareg
Roscoff
Plancton Océanique
Responsable : Daniel Vaulot
Symbioses Tropicales et Méditerranéeennes
IRD/CIRAD/INRA/AGRO-M
Directeur : Bernard Dreyfus
Montpellier
Diversité des microorganismes
symbiotiques
Responsable : Bernard Dreyfus
Tissus Animaux, Nutrition, Digestion,
Ecosystème, Métabolisme
UMR 1289 TANDEM, INRA, INPT-ENSAT,
ENVT,
Directeur : Xavier FERNANDEZ
Castanet-Tolosan (Toulouse)
Nutrition et écosystème digestif (NED)
Responsable : Thierry Gidenne
Laboratoires (équipes) impliqués en Ecologie
Microbienne
(classement par ordre alphabétique)
AGRONOMIE ET ENVIRONNEMENT
UMR Agronomie et Environnement ENSAIA-INPL-INRA
Directeur : S. PLANTUREUX (Pr)
Organismes de rattachement
Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL-INRA),
Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie et des Industries Alimentaires
(ENSAIA)
Adresse
2, avenue de la Forêt de Haye
BP 172
54505 Vandoeuvre- lès-Nancy
Equipe : Rhizosphère
Responsable : Emile BENIZRI
Les personnels
Benizri Emile, (ENSAIA-INPL-INRA), [email protected]
Nguyen Christophe, CR (INRA), [email protected]
Piutti Séverine, MC (ENSAIA-INPL-INRA), [email protected]
Robin Christophe, CR (INRA), [email protected]
Slezack-Deschaumes Sophie, MC (ENSAIA-INPL-INRA),
[email protected]
Vong Phuy-Chhoy, IE (INPL-INRA), [email protected]
Problématique générale de recherche
Contrôle par l’écophysiologie de la plante de la quantité des composés organiques
libérés par les racines
Ecologie microbienne de la rhizosphère : rôle des composés organiques libérés par
la plante sur la biodisponibilité de S (approche d’écologie fonctionnelle).
Microorganismes étudiés
Communautés bactériennes et
minéralisation du soufre
fongiques
telluriques
impliquées
dans
la
Ecosystème
Rhizosphère, parcelles agricoles et prairiales
Echelle d’étude
Isolats, populations; communautés
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : PCR-RFLP, RISA, Banques de clones, PCR quantitative
Dosages enzymatiques, Biolog
Marquages isotopiques de plantes (14C), mesures de flux (S), Biomasse
microbienne soufrée (35S)
Cycles biogéochimiques
Soufre
Minéralisation du soufre organique
Interactions – biotiques
Microorganismes-Végétaux : rôle des rhizodépôts sur les communautés bactériennes
et fongiques fonctionnelles
Informations complémentaires
http://www.ensaia.inpl-nancy.fr/lae/
BIOLOGIE des ECHANGES entre PLANTES et BACTERIES
de la RHIZOSPHERE
UMR 163 CNRS-CEA
Directrice : Wafa ACHOUAK
Organisme de rattachement
CNRS – CEA – Université de la Méditerranée
Adresse
CEA Cadarache
13108 Saint-Paul-lez-Durance Cedex
Les personnels
ACHOUAK Wafa CR1 CNRS : [email protected]
BALESDENT Jerome DR2 INRA : [email protected]
BARAKAT Mohamed IR2 CNRS : [email protected]
BERGE Odile CR1 CNRS: [email protected]
CHAPON Virginie CR CEA: [email protected]
De LUCA Gilles IR2 CNRS : [email protected]
HEULIN Thierry DR1 CNRS : [email protected]
SANTAELLA Catherine CR1 CNRS : [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Axe I : Interactions moléculaires plantes-bactéries
- Traçage isotopique des échanges plantes-microorganismes dans le sol
- Bactéries productrices d’exopolysaccharides dans la rhizosphère
- Diversité fonctionnelle des bactéries de l’environnement
- Dialogue moléculaire plantes-bactéries
Axe II : Adaptation des bactéries aux environnements extrêmes
- Cycle cellulaire de Ramlibacter tataouinensis et adaptation à la
dessiccation
- Mécanismes de résistance aux stress abiotiques par l’approche
Metagénome
Les mot-clés
Plante (Arabidopsis thaliana, colza) ; Sol ; Bactéries (Pseudomonas, Rhizobium,
Ramlibacter) ; Exsudation ; Biodisponibilité des métaux ; Co-localisation bactériespolysaccharides ; Interactions plante-bactéries ; Variation de phase ;
Géomicrobiologie ; Taxonomie ; Diversité bactérienne ; Métagénome ; Mécanisme de
résistance aux métaux.
Microorganismes étudiés
Ramlibacter tataouinesnsis, Pseudomoas brassicacearum, Rhizobium sp.,
Stenotrophomonas maltophilia Deinococus deserti,
Ecosystème
Sol; sédiment (marin, eau douce), sable du Sahara
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté
Techniques mises en œuvre
Traçage isotopique, DNA-SIP, metagénome, analyse de transcriptome, microscopie
confocale à lazer
Adaptation
Métaux lourds (Cd, U, Se, Zn), nanoparticules manufacturées, irradiation gamma,
dessiccation
Cycles biogéochimiques
Dynamique du carbone dans la rhizosphère
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (biofilms); Microorganismes-Végétaux ;
Microbiologie évolutive et biodiversité
Biodiversité fonctionnelle
Bioinformatique : développement d’outils d’annotations de génomes bactériens
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association
Analyse de transcriptome ; marquage istopique de plantes entières ; microscopie
confocale à lazer ; génotypage bactérien (phylogénie du 16S, hybridation ADN-ADN,
ARISA)
◆l’adresse web : http://www-dsv.cea.fr/lemir
BIOLOGIE des ORGANISMES MARINS et ECOSYSTEMES
UMR 5178
Directeur : Guy BOUCHER
Organisme de rattachement
CNRS/MNHN/UPMC
Adresse
UMR 5178 BOME, DMPA
Muséum National d’Histoire naturelle
55 rue Buffon 75005 PARIS
Equipe : Symbioses Bactériennes
Responsable : Renata BOUCHER-RODONI
Les personnels
PICHON Delphine : [email protected]
PERNICE Mathieu : [email protected]
DOMART-COULON Isabelle : [email protected]
BOUCHER-RODONI Renata : [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Recherche et caractérisation des microorganismes associés aux Invertébrés marins
(Céphalopodes,Spongiaires et Coraux) et de leurs implications dans certaines
fonctions vitales.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
microorganismes associées aux Invertébrés marins : beta-protéobactéries,
gamma-protéobactéries, alpha-protéobactéries et spirochètes
Ecosystème :
Milieu marin
Echelle d’étude :cellule, population
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (PCR, Clonage, FISH), Culture cellulaire
Adaptation :
Température, pression, salinité
Cycles biogéochimiques
Azote
Fonctions étudiées: dénitrification et nitrification
Interactions – biotiques
Microorganismes-Animaux
Microbiologie évolutive et biodiversité
LABORATOIRE DE BIOLOGIE DES PROTISTES
UMR 6023
Responsable : Christian AMBLARD
Organismes de rattachement
CNRS – Université Clermont II
Adresse
Université Blaise Pascal
Campus des Cézeaux
24 , avenus des Landais
63177 Aubière Cédex
Equipe :
Biodiversité Microbienne et
Fonctionnement des Ecosystèmes Aquatiques
Responsable : Gérard FONTY
Les personnels
Amblard Christian (DR) :
Carrias Jean-François (MC) :
Charpin Marie (MC) :
Bec Alexandre (MC) :
Bourdier Gilles (PR)
Debroas Didier (PR) :
Desvilettes Christian (MC) :
Devaux Jean (PR) :
Fonty Gérard (DR) :
Sean Kim (MC):
Sime-Ngando Télesphore (CR) :
Bardot Corinne (AI) :
Demeure Guy (IE) :
Romagoux Jean-Claude (IE) :
Sargos Denis ( AI) :
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les équipements spécifiques :
- Microscope électronique à transmission
- Cytomètre en flux
- HPLC, CPG, ...
- Compteur à scintillation liquide
- Bateau, sondes multiparamètres, matériel de prélèvements d'échantillons
aquatiques, etc ..
Les thématiques générales de recherche :
La thématique générale de l’équipe est l’étude de la diversité microbienne et le
fonctionnement des écosystèmes lacustres. Les recherches portent plus
particulièrement sur les points suivants :
- Structure et fonctionnement des communautés microbiennes. Diversité
spécifique et fonctionnelle
- Facteurs de régulation de la biodiversité (ressources, prédation, lyse virale,
interactions microbiennes)
- Métabolismes microbiens dans les zones anaérobies
-
Transferts de carbone et d’énergie dans les réseaux trophiques. Suivi de
marqueurs organiques (Acides Gras, Pigments)
Les mot-clés
Microorganismes étudiés : virus , archaea, bactéries, protozoaires, phyto- et zooplancton
Ecosystème : Colonne d’eau et sédiment (eau douce)
Echelles d’étude : cellule ; population ; communauté ; écosystème ; Approches
écosystémiques et expérimentales
Techniques mises en œuvre :
- Biologie moléculaire : Hybridation in situ, PCR ,T-RFLP, TTGE, Clonageséquençage, etc …
- Autres techniques : dénombrements des microorganismes en microscopie
inversée, à épifluorescence et électronique, Assimilation de substrats
radiomarquées, Electrophorèse sur Gel en Champ pulsé, cultures des
microorganismes en anaérobiose stricte, cultures continues, microscopie
électronique à transmission, chromatographie phase gazeuse, HPLC, Cytométrie
en flux, etc …
Adaptation :
A l’anaérobiose, oligotrophie et psychrophilie
Cycles biogéochimiques :
Carbone :
production
photosynthétique,
processus
méthanogénèse, oxydation anaérobie du méthane
Soufre : sulfato-réduction
Fer : réduction du fer
Manganèse : réduction du manganèse
fermentaires,
Interactions – biotiques :
Microorganismes - Microorganismes (réseaux trophiques microbiens) :
compétition, prédation, lyse virale, suivi de marqueurs organiques
Interactions- environnement abiotique :
Effets des facteurs abiotiques sur la diversité des communautés microbiennes
Equipe : Ecotoxicologie Microbienne
Responsable : Pr .Jacques BOHATIER
[email protected]
Les personnels :
BATISSON Isabelle MCU
FAJON Céline MCU
LAFFOSSE Josée MCU
MALLET Clarisse MCU
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche : Toxicologie environnementale.
- Impact de xénobiotiques (molécules organiques, métaux) sur la biodiversité
microbienne (Bactéries, Protistes) de milieux aquatiques récepteurs
(transferts sols-eau), au niveau structural et fonctionnel, en situations de sites
naturels ou en situations expérimentales au laboratoire (microcosmes).
- Evaluation de la toxicité potentielle de xénobiotiques à l’aide de microbiotests.
- Comportements des virus entériques dans les systèmes épuratoires.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Bactéries, Protistes, Virus entériques.
Ecosystème :
colonne d’eau (eau douce), sédiment, sol, stations d’épuration.
.
Echelle d’étude :
cellule, population, communauté, écosystème.
Techniques mises en œuvre :
biologie moléculaire : sondes bactériennes phylogénétiques et/ou fonctionnelles ;
TTGE, séquençage ;
Marquage isotopique ;
Enzymologie, Biochimie ;
Cultures microbiennes.
Adaptation :
Polluant(s) :
phytosanitaires, métaux lourds.
Cycles biogéochimiques :
carbone, azote, phosphore
Interactions – biotiques :
Microorganismes-Microorganismes :
Boucle microbienne.
Pathogènes dans l’environnement :
Entérovirus.
Informations facultatives :
Applications/outils disponibles en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association :
Microbiotests ; Pilotes de laboratoire représentatifs de systèmes épuratoires de type
« Boues activées » ou « Lagunage naturel ».
Equipe : Génomique Intégrée des Interactions Microbiennes (GIIM)
Responsable : Prof. Pierre PEYRET
Les personnels
Nom, adresse électronique
BONNET Muriel [email protected]
DOSSAT Valérie [email protected]
GAGNE Geneviève [email protected]
GONÇALVES Olivier [email protected]
PEYRET Pierre [email protected]
PEYRETAILLADE Eric [email protected]
VEISSEIRE Philippe [email protected]
CHEBANCE Brigitte [email protected]
MONE Anne [email protected]
PETIT Corinne [email protected]
BELKORCHIA Abdel [email protected]
MILITON Cécile [email protected]
MISSAOUI Mohiédine [email protected]
BRUNELLIERE Jérôme [email protected]
TERRAT Sébastien [email protected]
Les équipements spécifiques
Plateforme Biopuce (Bioanalyser Agilent, Stations d’hybridation Rosamix,
Scanner MWG 428).
Les thématiques
Compréhension des mécanismes d’adaptation des populations microbiennes de sols
pollués par des approches de génomique et de biopuces ADN.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle)
Bactéries
Ecosystème :
Sol
Echelle d’étude : cellule; population; communauté
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire : extraction et caractérisation des acides nucléiques (ADN,
ARN), séquençage systématique de génomes, PCR, clonage, constructions de
banques, analyses de séquences, biopuces à ADN,
Microbiologie : méthodes culturales, isolement, biofermentations
Analytique
Bioinformatique : développement de nouveaux algorithmes (biopuces ADN,
reconstruction métabolique, filtrage de donées génétiques)
Adaptation :
polluant(s) : hydrocarbures (HAP)
Cycles biogéochimiques
Interactions biotiques
Interactions environnement abiotique
Microbiologie évolutive et biodiversité
Microbiologie anaérobie
Milieux extrêmes
Pathogènes dans l’environnement
Bioréhabilitation. Précisez le(s) polluant(s) et le site
HAP collaboration Biobasic environnement (Clermont-Fd)
Modélisation (précisez)
Bioinformatique (précisez)
développement de nouveaux algorithmes (biopuces ADN, reconstruction métabolique, filtrage
de donées génétiques)
Microorganismes et origine de la vie
◆le logo de votre institution
◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.
http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/Nouveau_site/EGenomique/Frameset_genomique.htm
EQUIPE "THERAPEUTIQUES CLINIQUES ET
EXPERIMENTALES DES INFECTIONS" EA 3826
Directeur : Professeur Gilles Potel
UFR Médecine Nantes
tel/Fax 33 (0)2 40 41 28 54
Ecologie Microbienne
Responsable : Dr Marie France de La Cochetière (INSERM)
Recherche Clinique
Responsable : Dr Christele Gras-Leguen (Pédiatre)
Les personnels
Marie-France de La Cochetière (CR), [email protected]
Tony Durand (Tech), [email protected]
Carole Rougé (Doctorant), [email protected]
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Flore dominante
Sulfato-réducteur
Ecosystème
Ecosystème digestif humain
Echelle d’étude
Pédiatrie – Nutrition - Flore
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : PCR universelles, PCR spécifiques, électrophorèse
dénaturante (TTGE), PCR quantitative.
Adaptation
Probiotiques
Antibiotiques
Interactions – biotiques
Microorganismes – Humains
Tube digestif : - Flore luminale
- Flore associée et/ou adhérente à la muqueuse
Bioinformatique
Utilisation du site RDPII
Utilisation de différentes approches statistiques, recherche de corrélations
(régression PLS)
BIOSOL
Impact des Pratiques Culturales et Ecologie Microbienne
Directrice : Karine LAVAL
Organisme de rattachement :
Esitpa – Ecole d’Ingénieurs en Agriculture
APCA – Assemblée Permanente des Chambres d’Agriculture , 9 avenue
Georges V , 75008 Paris
Adresse
13,rue du Nord
76000 Rouen
Les personnels
BAILLEUL Caroline @
CALBRIX Raphael@
DESAIRE Sylvie@
DREZE Anita@
GANGNEUX Christophe@
GATTIN Isabelle@
LAVAL Karine@ [email protected] (02 35 07 72 69)
LEGRAS Marc@
LLORENS Jean-Marc@
MOREAU Elisabeth@
SAUVAGE Hélène@
Les thématiques générales de recherche
Impact des pratiques culturales sur :
- la qualité et la dynamique des matières organiques des sols
- la préservation de la qualité des sols et des eaux
- les communautés microbiennes (bactériennes et fongiques) et la régulation de
leurs activités biologiques
- la qualité sanitaire des cultures et des produits d'origine agricole
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Aphanomyces euteiches)
(Pseudomonas
fluorescens,
Fusarium
spp.
Ecosystème :
Sols agricoles (forêts, prairies permanentes et temporaires, cultures traditionnelles
et alternatives)
Eaux de ruissellement
Cultures (lin, pois)
Echelle d’étude :
population; communauté; écosystème à l’échelle de la parcelle
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire : Diversité bactérienne et fongique (PCRq, Cytométrie,
tRFLP, RISA, Biolog)
Biochimie : Activité enzymatique et profils protéiques
Chimie analytique : Chromatographies (HPLC-DAD, CPG-FID) et Spectroscopies
(GFAA)
Adaptation :
Amendements organiques (boues, composts, fumiers…) et calciques
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote, éléments traces
Modélisation :
Elaboration d’un indice d’état microbiologique du sol -collaboration avec
Phytopharmacie INRA Versailles et LMRS Université de Rouen
Transfert d’éléments traces dans le sol et phytodisponibilité
Informations complémentaires
◆Toutes les applications et techniques citées ci-dessus
◆le logo de votre institution
◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.
http://www.esitpa.org
BIOTECHNOLOGIE de l’ENVIRONNEMENT
Directeur : Jean-Philippe DELGENES
Organisme de rattachement
INRA
Adresse
Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement
Avenue des Etangs
11100 Narbonne
Equipe : Ecologie microbienne
Responsable : Jean-Jacques GODON
Les personnels
Godon Jean-Jacques (DR2 INRA ) [email protected]
Hamelin Jérôme (CR2 INRA ) , [email protected] Dabert Patrick (CR1 INRA )
[email protected]
Moletta Marina (thèse) [email protected]
Zemb Olivier (thèse) [email protected]
Bru Valérie (TR) [email protected]
Wery Nathalie (CR2 INRA ) [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Microbiologie des procédés de dépollution
Description des microbes actifs dans les procédés ; condition de survie des microbes
rares (pathogènes, etc.) dans les procédés. Mécanismes liés à la genèse et au
maintien de la diversité. Mécanismes associés à la diversité (résistance, résilience,
stabilité, production).
Les mot-clés
Ecosystème :
Procédés de dépollution aérobies et anaérobies, boues d’épuration, compost,
lisier
Echelle d’étude
écosystème;
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : séquençage ADNr 16S, SSCP, FISH, PCRq
Adaptation
salinité, oxygène, survie
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote (nitrification)
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes
Pathogènes dans l’environnement
Modélisation
Informations complémentaires
◆ http://www.montpellier.inra.fr/narbonne
CEMAGREF
Unité de Recherche QUALITE DES EAUX
Directeur : P.BOISTARD
Organisme de rattachement
Cemagref
Adresse
Cemagref
3 Quai Chauveau
CP 220
60336 Lyon Cedex 09
Equipe : Ecologie Microbienne des Hyrosystèmes Anthropisés
(EMHA)
Responsable : Bernard MONTUELLE
Les personnels de l’équipe
Boisson Jean Claude : [email protected]
Volat Bernardette : [email protected]
Roulier Jean-Louis : [email protected]
Motte Bernard : [email protected]
Lefranc Marie : [email protected]
Montuelle Bernard : [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Effet des polluants sur la dynamique des communautés microbiennes en milieu
lotique :
- Processus microbiens en sédiment : dynamique et fonctions
- Adaptation des communautés microbiennes périphytiques à des pressions
toxiques
- Dynamique des populations nitrifiantes aquatiques à des rejets de station
d’épuration
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Bactéries
Ecosystème :
Milieu lotiques d’eau douce, sédiment, biofilm
Echelle d’étude :
population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (PCR-DGGE) ; chromatographie phase gaz ; marquage
FISH, BIOLOG, fluorimétrie,
Adaptation :
Polluants : matière organique, nutriments, toxiques (phytosanitaires, métaux)
Cycles biogéochimiques
Carbone (respiration, méthanisation), azote (nitrification, dénitrification)
Dégradation de la matière organique
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (biofilms)
Interactions environnement abiotique
microorganisme – polluants
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association :
L’ensemble des ressources décrites ci dessus
◆le logo de l’institution
adresse web : http://www.cemagref.fr/index.asp
CENTRE ALPIN DE RECHERCHE SUR LES RESEAUX
TROPHIQUES DES ECOSYSTEMES LIMNIQUES
(CARRTEL)
UMR 042
Directeur : J.M. DORIOZ
Organisme de rattachement :
INRA et Université de Savoie
Adresse
UMR CARTEL
Station d’Hydrobiologie Lacustre
75, avenue de Corzent
BP 511
74203 Thonon Cedex
Equipe : Microbiologie aquatique (EMA)
Responsable : Agnès BOUCHEZ
Les personnels
Agnès Bouchez (CR1), [email protected]
Philippe Dufour (DR1 IRD), [email protected]
Isabelle Domaizon (MCU2), [email protected]
Ursula Dorigo (Thésarde), [email protected]
Dominique Fontvieille, (PR1), [email protected]
Jean-François Humbert (DR2), [email protected]
Stephan Jacquet (CR2), [email protected]
Christophe Leboulanger (CR1, actuellement détaché à l’IRD),
[email protected]
Laura Oberhaus (Thésarde), [email protected]
Sébastien Personnic (Thésard), [email protected]
Enora Briand (Thésarde), [email protected]
Rémy Tadonleke (CR1), [email protected]
Jean-Claude Druart, (IE1), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Thème Cyanobactéries : Taxonomie moléculaire et diversité génétique de plusieurs
genres de cyanobactéries (Microcystis, Planktothrix, Cylindrospermopsis) ;
déterminisme des proliférations de cyanobactéries ; dynamique des populations de
P. rubescens dans le lac du Bourget ; influence des paramètres environnementaux
sur la production de toxines; capacités adaptatives des cyanobactéries.
Thème Boucle Microbienne
Structure et importance fonctionnelle comparées de la boucle microbienne dans les
grands lacs alpins ; importance relative des contrôles par les ressources, la prédation
et le parasitisme viral sur la dynamique du picoplancton lacustre.
Thème Ecotoxicologie Microbienne
Impact des pesticides sur la structure et le fonctionnement des communautés
microbiennes aquatiques benthiques et pélagiques. Relation entre biodiversité
microbienne et résistance et résilience de ces communautés.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés : bactériophages et cyanophages, bactéries, protistes,
picocyanobactéries, cyanobactéries, microalgues.
Ecosystème :
Aquatiques : lacs alpins (Annecy , Bourget et Léman) ; rivières ; canaux artificiels.
Echelle d’étude : des gènes aux écosystèmes.
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (Clonage-séquençage et DGGE sur 16S et 18S rRNA, Real
Time-PCR, FISH) ; Biochimie (Fluorimétrie, HPLC, compteur à scintillation) ;
Cytométrie en flux ; Microscopie photonique (inversée et épifluorescence) et
électronique (MEB) ; culture in vitro (salles et enceintes de cultures) ;
microcosmes et mésocosmes ; suivis sur le terrain (spectrofluorimètre
immergeable, sonde multiparamètre).
Génomique (participation au séquençage du génome de Microcystis aeruginosa et
étude de l'expression de certains gènes dans diverses conditions
environnemenatles) en collaboration avec l'Unité des Cyanobactéries de l'Institut
Pasteur de Paris (Dir : N. Tandeau de Marsac).
Adaptation :
Processus adaptatifs et conséquences sur la structure et le fonctionnement des
communautés microbiennes aquatiques en réponse aux changements globaux
(température, UV, quantité de nutriments, pesticides et notamment triazines et
métaux lourds…).
Cycles biogéochimiques
Cycle de l’azote (nitrification et dénitrification) ;
Cycle du carbone.
Interactions – biotiques
Microorganismes autotrophes -microorganismes hétérotrophes (biofilms et boucle
microbienne);
Prédation au sein de la boucle microbienne;
Parasitisme viral ;
« Guerre chimique » entre souches de cyanobactéries et, entre cyanobactéries et
microalgues.
Interactions environnement abiotique
Tous nos travaux se placent dans le contexte de la prise en compte des
paramètres abiotiques des écosystèmes étudiés.
Microbiologie évolutive et biodiversité
Biodiversité comparée des cyanophages et des bactéries dans les lacs alpins ;
Phylogéographie et diversité génétique au sein de genres de cyanobactéries tels
que Microcystis et Cylindrospermopsis ;
Evolution de la biodiversité de communautés microbiennes soumises à des
polluants de type pesticide. Evaluation de l’importance de la diversité initiale dans
la capacité de ces communautés à résister à une perturbation par un polluant puis
à se restaurer suite à cette perturbation.
Modélisation
Dynamique des populations de P. rubescens dans le lac du Bourget (en
collaboration avec le CEREVE, ENPC Marne-la-Vallée).
Informations facultatives
◆
◆ www.thonon.inra.fr
CENTRE D’ECOLOGIE FONCTIONNELLE ET EVOLUTIVE
(CEFE)
UMR-CNRS 5175
Directeur : Bernard DELAY
Organisme de rattachement
CNRS
Adresse
Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive
CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier Cedex 5
Equipe : Ecophysiologie comparative du système plante-sol
Responsable : Eric Garnier
Warembourg Fernand, ( DR1 ), [email protected]
Thème principal de recherche
Mon activité au cours de ces dernières années a été axée sur l'étude des
interactions plante-micro-organismes dans la rhizosphère des plantes. Elles
vont des relations lâches avec les micro-organismes libres du sol aux relations plus
spécifiques comme les symbioses fixatrices d'azote et les associations
mycorhiziennes. Ces interactions abordées sur le plan énergétique et nutritionnel
impliquent une étude détaillée de la répartition des assimilats carbonés en relation
avec la nutrition minérale et notamment azotée des plantes, elle-même contrôlée par
la microflore.
L'importance de ce type d'association dans les processus de colonisation ou
recolonisation, compétition et mutualisme, dans la dynamique des communautés
végétales est encore mal connu mais suscite un net regain d’intérêt en écologie. En
effet, la microflore rhizosphérique qui est à la fois plus nombreuse et différente de
celle du reste du sol dépend directement de la photosynthèse des plantes vertes
pour son substrat énergétique. Il s’agit des exsudats racinaires. En retour, par plus
de minéralisation de la matière organique du sol dans la rhizosphère, la nutrition
minérale des plantes est modifiée Les notions d'utilisation spatio-temporelle des
ressources par les plantes, de place dans les successions et de rôle dans la genèse
de leur propre environnement ne peuvent éluder ces processus. C'est dans cette
voie que s'est orientée ma réflexion et dans le schéma d'organisation du laboratoire,
cette activité constitue l'un des axes majeurs dans les préoccupations de l’équipe :
Ecophysiologie comparative du système plante-sol. Elle pouvait aussi contribuer au
travail d'autres équipes dans les départements : Dynamique des systèmes
écologiques ou fonctionnement des écosystèmes.
Méthodes
La respiration des associations plante-sol
L'un des moyens actuels pour estimer l'activité des organismes dans la
rhizosphère est de déterminer la fraction de l'assimilation nette des plantes qui leur
est consacrée. Le carbone qui arrive aux racines est en effet, pour une part alloué à
leur croissance et à leur entretien, pour une autre part non négligeable, libéré dans la
rhizosphère sous forme d'exsudats. Ces exsudats servent de substrat à une
microflore très abondante qui est située à proximité des racines. Il existe donc a court
terme une consommation importante de carbone dans le métabolisme des racines et
de leur microflore associée. Il en résulte un dégagement important de CO2. Sa
mesure est donc l'un des moyens d'approcher l'activité de l'association et par la
même d'en déduire son importance en fonction des variables biotiques et abiotiques
de l'environnement. Les études consacrées à la mesure de ces flux ont souvent été
entreprises à l'aide de marquage des plantes au 14CO2.
Exemples de programmes liés au thème principal de recherche
Comparer le fonctionnement rhizosphérique des espèces le long d’un gradient
successionnel
L'effet rhizosphère a été considéré comme un déterminant majeur des flux de
carbone dans les sols sous graminées en raison des quantités importantes attribuées
à l'exsudation. Chez les légumineuses, les recherches se sont souvent focalisées sur
les coûts énergétiques de la fixation d'azote et par conséquent sur la symbiose,
pratiquement pas sur les micro-organismes libres. Pour ce qui est des autres
dicotylédones, peu d’études ont été faites. Les variations interspécifiques de
l’allocation du C et de sa distribution dans la rhizosphère ont été étudiées sur des
espèces de différentes familles, cycles de vie et caractéristiques d’une succession
secondaire en région méditerranéenne.
Coûts-bénéfices de l’investissement en C dans la rhizosphère
Si l’effet rhizosphère, par la quantité de photoassimilats libérés dans le sol sous
forme d’exsudats racinaires est une source d’énergie pour les microorganismes qui y
vivent, quel est le retour pour la plante. Si la réponse a été déjà obtenue dans le cas
des symbioses fixatrices d’azote, ce n’est pas le cas pour les associations avec les
microorganismes libres. Y a-t-il plus de minéralisation et par conséquent une
meilleure nutrition minérale ? Cela exacerbe-t-il la compétition entre plantes et
microorganismes pour les mêmes éléments nutritifs ? De la même façon que
précédemment peut-on distinguer des différences entre espèces, cycle de vie et
place dans la succession ?
CYROCO (Cyanobactéries-Rôle-Contrôle)
UR 167
Responsable : Robert ARFI
Organisme de rattachement
IRD
Adresse
Station Marine d’Endoume
Rue de la Batterie des Lions
13007 Marseille
BIEGALA Isabelle , [email protected]
DYNAMIQUE DE LA BIODIVERSITE
UMR 5172
Directeur : Eric CHAUVET
Organisme de rattachement
CNRS - Université Paul Sabatier
Adresse
29, rue Jeanne Marvig
31055 Toulouse Cedex
Equipe : Diversité et Fonction des communautés riveraines
Responsables : Eric CHAUVET & E. TABACCHI
Les personnels
(En « gras » : Les adhérents à l’Association Francophone d’Ecologie
Microbienne)
Auda Yves
IR CNRS
Charcosset Jean-Yves
CR CNRS
Chauvet Eric
DR CNRS
Décamps Henri
DR CNRS
Elger Arnaud
MC UPS
Fromard François
CR CNRS
Lambrigot Didier
ADT UPS
Lambs Luc
CR CNRS
Muller Etienne
IR CNRS
Pélissier Céline
ADT UPS
Planty-Tabacchi Anne-Marie
MC UPS
Roques Lydie
IR CNRS
Tabacchi Eric
CR CNRS
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie des communautés végétales et microbiennes, riveraines et aquatiques
Rôle de la biodiversité dans les fonctions écosystémiques
Mots-clés :
Végétation riveraine, mangrove, plantes envahissantes, macrophytes aquatiques,
champignons, production, litière, décomposition, milieu aquatique
Ecosystème : Interface terre-eau
Echelle d’étude : population, communauté, écosystème
Techniques mises en oeuvre :
Relevé de terrain
Expérimentation in situ et in vitro (micro- et mésocosmes)
Microbiologie, biochimie
Site web du laboratoire : http://www.ladybio.ups-tlse.fr/
ECOLOGIE ALPINE
UMR 5553 CNRS
Directeur : P. Taberlet
Organismes de rattachement
CNRS/Université de Grenoble
Adresse
Laboratoire d’Ecologie Alpine
2233, rue de la Piscine
38041 Grenoble Cedex 9
Equipe : Perturbations Environnementales et Xénobiotiques (EPEX)
Responsable : P. Ravanel
Giraud Frédéric, [email protected]
ECOLOGIE DES HYDROSYSTEMES
UMR CNRS 5177
Directeur : Jean-Luc ROLS
Organisme de rattachement
CNRS – Université Paul Sabatier
Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystémes
UMR 5177
Université Paul Sabatier
118, route de Narbonne
31062 Toulouse Cedex
Equipe : CoDyBio
Responsable : Jean-Luc ROLS
Groupe : Ecologie Microbienne
Animateur : Frédéric GARABETIAN
Les personnels
Evelyne Buffan-Dubau (MCF), [email protected]
Frédéric Garabétian (MCF), [email protected]
Jean Luc Rols (Pr), [email protected]
Loïc Ten-Hage (MCF), [email protected]
Amaia Iribar (Doctorante), [email protected]
Joséphine Leflaive, (Doctorante), [email protected]
Emilie Lyautey (Doctorante), [email protected]
Yvan Nicaise (AJT), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Le principal modèle d’étude retenu est le biofilm épilithique de rivière. Ce modèle
constitue une association de micro-organismes autotrophes et hétérotrophes,
eucaryotes et procaryotes qui interagissent au niveau des transformations de la
matière, notamment de l’azote, en rivière.
En s’appuyant sur des approches expérimentales (canaux de laboratoire,
microcosmes) et sur un système atelier, la Garonne, deux volets sont développés :
Volet 1.
Facteurs (autogènes et allogènes) de contrôle de la diversité bactérienne et relation
diversité-fonction, notamment au niveau du cycle de l’Azote : quelle diversité soustend certaines fonctionnalités microbiennes du biofilm (dénitrification) ? Cette
question est étendue au milieu hyporhéïque dans le cadre d’une interface napperivière.
Volet 2.
Interactions biotiques. Dans ce volet les interactions sont abordées entre organismes
de même (allélopathie) et de différents (broutage/bioturbation) niveaux trophiques.
problématique sont actuellement développées. dans les deux cas le mécanisme
étudié constitue un facteur de structuration de l'agrégat ce qui motive les questions
posées : quel rôle joue la guerre chimique entre souches dans la structuration et la
dynamique des communautés d’organismes photo-autotrophes au sein des biofilms
? Quelle est l'impact de la meiofaune sur la diversité et le fonctionnement de ces
biofilms ?
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Bactéries, Microphytes, Méiofaune
Ecosystème :
Agrégats benthiques (rivières)
Echelle d’étude :
Population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (PCR-DGGE), Microscopie (photonique, épifluorescence,
confocale), Pigments HPLC, Microélectrodes
Cycles biogéochimiques
Carbone
Cycle de l’azote : dénitrification
Interactions – biotiques
Biofilms: allélopathie, grazing
Interactions environnement abiotique
Evolution de la biodiversité de communautés microbiennes (cyanobactéries)
soumises à des polluants de type métaux lourds (coll. IRD)
Modélisation
Couplage modèle biogéochimique (dB/dt et d N/dB) modèle hydrodynamique de
la rivière
Informations facultatives
UNIVERSITE
PAUL
SABATIER
Site web
http//www.leh.ups-tlse.fr
ECOLOGIE DES SYSTEMES AQUATIQUES
(ULB)
Directeurs : Christiane LANCELOT et Pierre SERVAIS
Organisme de rattachement
Université Libre de Bruxelles, Belgique
Adresse
Ecologie des Systèmes Aquatiques,
ULB, Campus Plaine, CP 221,
B 1050 Bruxelles, Belgique
Equipe : Ecologie des milieux marins
Responsable : Christiane LANCELOT
Personnels
Prof. Christiane Lancelot,
Dr. Véronique Rousseau ,
Dr. Sylvie Becquevort,
Dr. Véronique Schoemann,
Bénédicte Pasquer (doctorante),
Nathalie Gypens (doctorante)
Rosa Astoreca (doctorante)
Vincent Roubeix (doctorant)
Isabelle Dumont (doctorante)
Jean Yves Parent (technicien)
Les thématiques générales de recherche
Etude et modélisation de la structure et du fonctionnement des systèmes aquatiques
aux perturbations environnementales (naturelles et anthropiques).
Les mots clés
Microorganismes étudiés
Phytoplancton, bactéries, protozoaires
Ecosystème
Zone côtière, Océan Antartique, Interface glace-eau de mer, estuaires
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre
Radioisotopes, Microscopie à épifluorescence et inversée couplée à l’analyse
d’image, Cultures d’algues, biooptique, Anaylse des formes du carbone, biologie
moléculaire (DGGE, FISH)
Cycles biogéochimiques
Carbone, Azote, phosphore, silice
Interactions – biotiques
Phytoplancton -bactéries/ bactéries-nanozooplancton, phytoplancton-zooplancton
Equipe : Microbiologie des eaux douces
Responsable : Pierre SERVAIS
Personnels
Pierre Servais (Professeur)
Tamara Garcia-Armisen (doctorante),
Josué Prats (doctorant)
Samuel Pirlot (doctorant)
Adriana Anzil (technicienne)
Mathieu Bauwens (technicien)
Thomas Lequertier (étudiant maîtrise)
Sophie Reis (étudiante maîtrise)
Les thématiques générales de recherche
Ecologie bactérienne des systèmes aquatiques, Biogéochimie des systèmes
aquatiques, Aspects sanitaires de la microbiologie de l’eau, Microbiologie du
traitement et de la distribution des eaux potables
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Bactéries, protozoaires, bactéries indicatrices de contamination fécale, biofilm
Ecosystème
Rivières (Seine , Meuse,..), Lacs (Tanganyika), Estuaires (Seine, Escaut) , Eaux
de distribution,…
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre
Microbiologie classique, Radioisotopes, Microscopie à épifluorescence à l’analyse
d’image, Mesures enzymatiques, Analyse des formes du carbone, biologie
moléculaire (DGGE, FISH)
Cycles biogéochimiques
Principalement carbone, Dégradation bactérienne de la matière organique
Interactions – biotiques
Bactéries libres-bactéries fixées (biofilm), Phytoplancton -bactéries/ bactériesnanozooplancton,
ECOLOGIE MICROBIENNE
UMR 5557
Responsable : René Bally
Organisme de rattachement
CNRS – Université Lyon I
Adresse
Laboratoire de Microbiologie
Bâtiment Gregor Mendel
Université de Lyon I
43 Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne Cedex
Equipe : Bactéries Pathogènes Opportunistes et Environnement
Responsable : Benoit COUNOYER
Les personnels
Benoit Cournoyer (CR CNRS) – [email protected]
Jacques Balandreau (DR CNRS) - [email protected]
Patrick Boiron (PR - Pharma) - [email protected]
Elisabeth Brothier (IE CNRS) - [email protected]
Sabine Favre-Bonté (MCF – Bio) - [email protected]
Frédéric Laurent (MCPH - Pharma) - [email protected]
Claire Monnez (AI CNRS) - [email protected]
Sylvie Nazaret (CR CNRS) - [email protected]
Monique Porte (MCF - Pharma)
Delphine Mouniée (AT - Pharma)[email protected]
Votre problématique générale de recherche
Ecologie et histoire évolutive des bactéries pathogènes opportunistes de l’Homme.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia complexe, et genre Nocardia
Ecosystème
- eaux : douces, minérales, usées, de ville, neige, etc (suivi des pathogènes
opportunistes tout au long du cycle de l’eau – sauf milieu marin)
- sols/composts
- milieu hospitalier
- Homme
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : métagénome, analyses des mRNA/cDNA, mutagénèse
insertionnelle; clonage d’ADN, typages moléculaires – PFGE, MLST, SSCP, etc…
Enzymologie – mesure d’activités, taxonomie
Adaptation
Température, toxiques séléniés, As, Hg, xénobiotiques, antibiotiques,
bactériocines
Cycles biogéochimiques
Cycle du Soufre et sélénium (tellurium) : méthylation, intérêt pour l’As
cycle de l’azote : fixation et dénitrification
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes : biofilms, antagonismes
Bactéries- bactériophages
Microorganismes-Végétaux
Microorganismes-Animaux et Homme
Interactions environnement abiotique : ++
Microbiologie évolutive et biodiversité : ++++
Agents Pathogènes dans l’environnement : ++++
Bioréhabilitation.
Intérêt pour les sites contenant de fortes doses de sélénium, As et mercure
Bioinformatique :
phylogénie moléculaire et MLST
Informations facultatives :
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association
Observatoire Français des Nocardia :
Service d’identification des actinomycètes (P. Boiron)
Diversité des métagénomes - analyse des communautés microbiennes par analyse
d’empreintes génétiques (S. Nazaret)
Bilan des germes pathogènes opportunistes d’environnements particuliers – Analyse
des populations/ génotypage (B. Cournoyer)
Equipe : Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle de l’Azote
Responsable : Xavier LE ROUX
Les personnels Equipe
PERMANENTS :
Annie CLAYS-JOSSERAND, (Professor Assistant, University Lyon 1)
[email protected]
Claire COMMEAUX, (Technician, CNRS) [email protected]
Sonia CZARNES, (Professor Assistant, University Lyon 1) [email protected]
Valérie DEGRANGE, (Professor Assistant, University Lyon 1)
[email protected]
Nadine GUILLAUMAUD, (Technician, University Lyon 1) [email protected]
Xavier LE ROUX, (Scientist, INRA - team leader) [email protected]
Franck POLY, (Scientist, CNRS) [email protected]
Patrick POTIER, (Professor, University Lyon 1) [email protected]
Agnès RICHAUME, (Professor Assistant, University Lyon 1)
[email protected]
Non permanents (hors Master)
Eleonore ATTARD, (PhD, 2004-2007)
Sandrine COTTIN, (PhD, 2004-2007)
Fabrice DASSONVILLE, (Post Doc CIRAD, Jan. 2004-June 2005)
Delphine RAPP, (PhD, 2002-2005)
Dad ROUX-MICHOLET, (PhD, 2003-2006)
Sophie WERTZ, (PhD, 2002-2005)
Les thématiques générales de recherche
L’équipe « Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle de l’Azote » étudie la
physiologie et l’écologie des micro-organismes impliqués dans le cycle de l’azote. En
pratique, les groupes fonctionnels étudiés sont les nitritants, nitratants, dénitrifiants et
fixateurs libres. Les travaux portent en particulier sur la régulation par
l'environnement des fonctions microbiennes associées, en prenant en compte
l’effectif, l’activité et la diversité des communautés impliquées. Les objectifs sont (1)
de parvenir à une meilleure compréhension des mécanismes de régulation de ces
fonctions microbiennes dans l'environnement ; et (2) de déterminer le rôle de ces
activités microbiennes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes.
Les outils disponibles dans l’équipe autorisent l’évaluation des activités
enzymatiques (CPG, tests biochimiques), des effectifs (MPN, sérologie, PCR
quantitative en développement) et de la diversité (extraction d’ADN du sol, PCRRFLP ou PCR-DGGE ciblant des gènes spécifiques) de chacun des groupes
fonctionnels en environnement complexe.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
communautés microbiennes impliquées dans le cycle de l’azote : nitrifiants,
dénitrifiants, fixateurs
Ecosystème :
Sol
Echelle d’étude : population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre :
activités enzymatiques, flux bruts, biologie moléculaire (PCR-RFLP et DGGE),
dénombrements directs et indirects, protéomique, immuno-fluorescence
Adaptation :
Sources de carbone
Modifications environnementales induites par différents modes de gestion des
écosystèmes (ex : régimes de pâturage, apport de compost…)
Cycles biogéochimiques
Azote (en lien avec cycles du carbone et du fer)
Nitrification, dénitrification et fixation
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes, Microorganismes-Végétaux (prairie, forêt) et
Microorganismes-Animaux (notamment gros herbivores)
Interactions environnement abiotique
Rôle des sources de carbone
Effet de la présence d’oxydes de fer sur la dénitrification
Modifications environnementales induites par différents modes de gestion (ex :
régimes de pâturage, apport de compost…)
Bioinformatique/Statistique
Analyse multivariée (ACP, MDS…)
Informations facultatives :
◆pour toute information, demande de renseignement ou de collaboration, vous
pouvez nous contacter ([email protected])
◆le logo de votre institution
◆adresse web du site Equipe.
http://www.microbial-ecology.org/index.php?equipe=activites
Equipe : Rhizosphère
Responsable : Yvan MOËNNE-LOCCOZ
Les personnels
Yvan MOËNNE-LOCCOZ (Pr UCBL), [email protected]
René BALLY (DR CNRS), [email protected]
Gilles COMTE (Pr UCBL), [email protected]
Jean-François GONNET (MdC UCBL), [email protected]
Lucile JOCTEUR MONROZIER (CR CNRS),[email protected]
Claire PRIGENT-COMBARET (CR CNRS), [email protected]
René ROHR (Pr UCBL), [email protected]
Florence WISNIEWSKI-DYÉ (MdC UCBL), [email protected]
Aline EFFOSSE (IE CNRS), [email protected]
Jacqueline HAURAT (T UCBL), [email protected]
Marie-Andrée POIRIER (T CNRS), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie des bactéries PGPR (rhizobactéries phytobénéfiques) : diversité, adaptation
à la plante, fonctionnement de la rhizosphère.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Principalement les bactéries PGPR (Azospirillum, Pseudomonas), secondairement
des pathogènes (phytopathogènes ou pathogènes de l’homme) dans le cadre de
leurs interactions avec les PGPR dans la rhizosphère, et les bactéries
actinorhiziennes (collaboration inter-équipes)
Ecosystème
Sol, rhizosphère
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre
Génétique (clonage, inactivation de gènes, gènes rapporteurs) ; Biologie
moléculaire (PCR, RT PCR, puces à ADN) ; Phylogénie ; Biochimie
(chromatographies liquides et gazeuses : CCM, MPLC, HPLC, CPG; techniques
de couplages : GCMS, LCMS; Techniques spectroscopiques : UV, RMN 1D et 2D,
SM, FTIR, ATR); Microphysique (fractionnement d’agrégats, colloïdes du sol) ;
Microscopie (transmission, scanning de surface, AFM) ; Isotopie (marquage,
abondance naturelle).
Adaptation
Aux hôtes eucaryotes, température, pression osmotique, oxygène, carence
alimentaire, stress
Cycles biogéochimiques
Carbone (catabolisme des exsudats racinaires), azote (fixation libre)
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (biofilms, quorum sensing); MicroorganismesVégétaux (symbiose associative, antagonisme vis-à-vis de plantes parasites);
Microorganismes-Animaux (antagonisme vis-à-vis de nématodes)
Interactions environnement abiotique
Rôle des argiles dans la régulation des interactions microorganismes/substrats et
microorganismes/microorganismes ; intervention de la structuration physique à
micro-échelle dans la régulation des activités microbiennes.
Microbiologie évolutive et biodiversité : Phylogénie des gènes bactériens
phytobénéfiques, diversité des PGPR, diversité de la communauté bactérienne de
la rhizosphère, influence du confinement sur la diversité chez Azospirillum.
Pathogènes dans l’environnement
Phytopathogènes et pathogènes de l’homme (en tant que cibles de PGPR
antagonistes et/ou qu’inoculum en milieu prairial) ; dynamique des populations
introduites.
Bioréhabilitation
Suivi de la diversité et de la structure des populations microbiennes dans la
restauration des terres anthropisées par l’implantation de graminées.
Bioinformatique
Analyse de séquences ADN
Informations facultatives :
◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou
collaboration dans le cadre de l’Association :
Analyse de la diversité bactérienne par puces à ADN (en collaboration avec l’équipe
Simonet de la même UMR)
Equipe : Symbiose actinorhizienne
Responsable : Philippe NORMAND
Les personnels
Nicole ALLOISIO
Joelle MARECHAL
Maria FERNANDEZ
Philippe NORMAND
Cécile VILLENAVE
Pascale FOURNIER
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Pierre PUJIC
Cedric BERTRAND
Celine LAVIRE
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
actinomycète Frankia, communautés bactériennes
Ecosystème :
Sol, racine, glaciers
Echelle d’étude :
cellule; population; communauté
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (PFGE, ARN, PCR, clonage, séquençage) ;
Chimie : electrophorèse protéines
Adaptation :
Symbiose
Cycles biogéochimiques
Azote
Interactions – biotiques
Microorganismes-Végétaux
Microbiologie évolutive et biodiversité
Informations facultatives :
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association
Les techniques développées par l’équipe peuvent être appliquées à d'autres
situations, à discuter avec le responsable (Normand)
◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.
http://ecomicro.univ-lyon1.fr/default.htm
Equipe : Symbiose mycorhizienne
Responsable : Jean-Claude DEBAUD
Les personnels
Jean-Claude DEBAUD, Pr, [email protected] (Pourriez-vous remplir une fiche
individuelle, merci)
Gilles GAY, Pr, [email protected] (fiche individuelle ?)
Roland MARMEISSE, CR CNRS, [email protected]
Laurence FRAISSINET-TACHET, MCF, [email protected]
Delphine MELAYAH,MCF, [email protected]
Colette RAFFIER, Tech., [email protected]
Marie-Christine VERNER, Tech., [email protected]
Julie BAILLY, Doctorante, [email protected]
Chrisse NGARI, Doctorante, [email protected]
Patrice ZURCHER, Master 2, [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Etude de la symbiose plante/champignon.
Modèle Hebeloma cylindrosporum/Pin maritime
- Structure et dynamique des populations fongiques
- Nutrition azotée. Régulation des gènes
- Diversité fonctionnelle in situ
- Etude des gènes fongiques indispensables à la symbiose
- Métagénome des microorganismes eucaryotes du sol
Les mot-clés
Champignon. Symbiose. Mycorhizes. Pin maritime.
Hebeloma cylindrosporum. Pinus pinaster.
Populations. Sol. Forêt. Azote. Nitrate. Diversité fonctionnelle.
Mutants non-mycorhiziens. Gènes symbiotiques.
Métagénome.
Microorganismes étudiés
Hebeloma cylindrosporum ( champignon basidiomycète, Agaricales)
et autres champignons symbiotiques
Ecosystème :
Sol sous Pin maritime. Habitat forestier dunaire.
Forêt côtière des Landes de Gascogne
Echelle d’étude :
Gène, cellule; individu (sauvages et mutants),
population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre :
Techniques microbiologiques.
Biologie moléculaire : Clonage de gènes, séquençage, amplification PCR,
caractérisation par sondes spécifiques du polymorphisme inter –
et intraspécifique,transformation génétique. Mutagénèse insertionnelle.
Enzymologie.
Microscopie optique et électronique.
Adaptation :
Carence alimentaire (azote)
Cycles biogéochimiques
Azote. Caractérisation génétique de la voie d’assimilation
du nitrate du champignon. Régulation lors de la symbiose
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes :
entre champignons symbiotiques et bactéries de la rhizosphère
Microorganismes-Végétaux :
entre champignons symbiotiques et plante-hôte
- métabolisme de l’azote
- gènes indispensables à la symbiose
Interactions environnement abiotique
Interactions champignon/nitrate/ammonium/azote organique du sol
Equipe : Transfert de gènes et adaptation
Responsable : Pascal SIMONET
Les personnels
Nom
SIMONET Pascal
Fonction
DR, CNRS
BERTOLLA Franck
Maître de Conférences, UCBL
GRUNDMANN Geneviève
Maître de Conférences, UCBL
MAVINGUI Patrick
Chargé de Recherche, CNRS
adresse électronique
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
NAVARRO Isabelle
Chargé de Recherche, IRD
NESME Xavier
Ingenieur de Recherche, INRA
VOGEL Timothy M.
BERNILLON Dominique
Professeur, UCBL
Ingénieur d'Etude, CNRS
CHAPULLIOT David
LERONDELLE Catherine
Technicien, INRA
Ingenieur d' Etude, INRA
BOUBAKRI Hasna
Thèse
COSTECHAREYRE Denis
Thèse
GINOLHAC Aurélien
HERRERA Aude
Thèse
Thèse
JARRIN Cyrille
LOMBARD Nathalie
Thèse
Thèse
PONTIROLI Alessandra
Thèse
REMENANT Benoît
Thèse
ZÜFLE Jann
RANCES Edwige
Thèse
Thèse
FALL Saliou
MONIER Jean-Michel
Van Tran VAN
DEMANECHE sandrine
contractuel
contractuel
contractuel
contractuel
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Au sein du groupe « Transfert de gènes », les mécanismes bactériens
moteurs de la biodiversité, de l’adaptation et de l’évolution bactérienne sont au
centre de nos préoccupations. La comparaison des séquences nucléotidiques des
génomes bactériens, l’identification des espèces et le typage des souches au niveau
génomique sont en train de modifier radicalement notre façon d’apprécier l’évolution
chez les procaryotes. En effet, une place de plus en plus importante est accordée
aux changements erratiques du génome liés à l’acquisition de gènes exogènes (THG
pour Transferts Horizontaux de Gènes).
En complément à ces travaux “ in silico ”, d’autres plus expérimentaux sont
nécessaires pour comprendre comment les bactéries échangent ou même
acquièrent du matériel génétique dans leur environnement naturel et quelles en sont
les conséquences pour la cellule, la population ou la communauté bactérienne.
A quelles fréquences et par quels mécanismes moléculaires les THG sont-ils
en mesure de se réaliser? Comment sont-ils régulés dans l’environnement, par des
mécanismes endogènes à la cellule bactérienne, par les facteurs abiotiques du
milieu, par une combinaison des 2 ? Ces échanges constituent-t-ils un atout évolutif
ou une menace pour l’intégrité du génome et par quelles parades moléculaires la
bactérie peut-elle en fait ajuster sa réponse ?
Une autre série de questions fondamentales a trait à l’évaluation des
conséquences des THG sur le potentiel évolutif et adaptatif des bactéries. Ces
mécanismes sont-ils directement impliqués pour permettre aux procaryotes de réagir
rapidement à des changements de leur environnement ? Leur permettent-ils de créer
par exemple de nouvelles voies cataboliques permettant la dégradation des
composés xénobiotiques issus des activités industrielles? Quelle est leur réelle
implication chez les bactéries pathogènes des hommes, des animaux et des
plantes tant dans l’évolution de la virulence que dans la dissémination des gènes de
résistance aux agents thérapeutiques? Sont-ils également en mesure de permettre
une dissémination des transgènes des plantes transgéniques vers les bactéries ?
Face à ces questions notre équipe :
1. /s’est fixée 2 objectifs principaux :
- Déterminer les fréquences de réalisation des THG in situ en fonction
de paramètres biotiques et abiotiques et identifier les mécanismes
régulateurs.
- Evaluer l’implication des THG dans les processus adaptatifs et
évolutifs des microorganismes et leur impact sur la structure et la dynamique
des populations bactériennes.
2. /a plus particulièrement ciblé deux mécanismes, la transformation
génétique bactérienne et la conjugaison du fait de leur rôle potentiel dans des
échanges entre organismes phylogénétiquement très éloignés.
3. /a défini quelques espèces bactériennes, Ralstonia solanacearum,
Acinetobacter sp., Agrobacterium tumefaciens comme modèles d’étude pour
réaliser les objectifs proposés et répondre aux questions posées ci-dessus.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Ralstonia solanacearum, Acinetobacter sp., Agrobacterium tumefaciens
Ecosystème
Sol;
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire :Extraction ADN d’environnement complexe, Banque
métagénomique, mutation insertionnelle
Adaptation
polluant(s) (le(s)quel(s)). Nickel, lindane
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes
Microorganismes-Végétaux ;
Interactions environnement abiotique
Sol anthropisé (ex nickel)
Pathogènes dans l’environnement ;
Agrobacterium tumefaciens , ralstonia solanacearum
Bioinformatique
Analyse MLST
◆l’adresse web
http://ecomicro.univ-lyon1.fr/
ECOLOGIE MICROBIENNE
des AGROSYSTEMES TROPICAUX
UR Seqbio 083
Directeur : Jean-Luc CHOTTE
Organismes de rattachement
IRD
Adresse
Centre IRD-ISRA de Bel Air
BP 1386
Dakar
Sénégal
Equipe : SeqBio Dakar
Responsable : Alain BRAUMAN
Les personnels
Chotte Jean-Luc ( DR2) [email protected]
Brauman Alain (DR2 [email protected]
Komi Assigbetse, IR2 : [email protected]
Baudoin Ezequiel (CR2),
[email protected]
Villenave Cécille ( CR1), [email protected]
Saidou Sall Saïdou, Docteur -Ingénieur: [email protected]
Ndour Yacine : Post Doc ISRA : [email protected]
Amadou Lamine Dieng, Assistant Ingénieur : [email protected]
Mariama Gueye, Assistant Ingénieur : [email protected]
Farma Ndiaye, Doctorante : [email protected]
Mariama Diallo, Doctorante : [email protected]
Diedhiou, Sire, Doctorante : [email protected]
Localisation actuelle : Laboratoire d’Ecologie microbienne, UMR 5557
Les thématiques générales de recherche
-
Communauté microbienne et flux de Carbone dans les agrosystèmes
tropicaux (stockage du C, émission de GES)
Thématique Spécifique
-
Interaction faune du sol microorganismes du tube digestifs et telluriques
Interactions MO (type-qualité) et communautés fonctionnelles du sol liées aux
GES
Impact des modes culturaux sur la relation activité-diversité des communautés
microbiennes liées au cycle de l’azote (nitrifiant-dénitrifiant)
Hétérogénéité spatiale du sol et activité microbienne
Impact des pollutions anthropiques (eaux usées) dans les zones de culture
maraîchères périurbaines sur l’activité et la diversité des communautés
fonctionnelles liées au GES
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Communauté bactérienne totale, actinomycètes, Pseudomonas
Ecosystème
Sol et tube digestif
Echelle d’étude
Communauté et écosystème
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire (DGGE, clonage séquençage) ; isotopie 15N, mesures
d’activités bactériennes (enzymologie), essai au champ et en pot
Adaptation
polluant(s) : nitrate des eaux usées
Cycles biogéochimiques
Carbone et azote
Préciser la fonction étudiée .
Cycle de l’azote : dénitrification et nitrification
Interactions – biotiques
Microorganismes-Végétaux et Microorganismes-Animaux
Pathogènes dans l’environnement
En association avec l’IFAN (Institut Fondamentale d’Afrique Noire) sur les zones
maraîchères péri-urbaines
Modélisation
En association avec D. Masse (IR2) et C. Cambier (Paris VI) sur la modélisation
de la répartition spatiale des bactéries dans le sol (modèle multi-agents)
Bioinformatique : Utilisation de ARB (Université de Munich)
Informations facultatives :
◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou
collaboration dans le cadre de l’Association et la personne ressource si elle est
différente du responsable ci-dessus
DGGE communauté totale du sol : Lamine Ndieng
Mesure 15N : Fatou Gueye
Mesure C et Norg et min : Patricia Moulin
Profil enzymatique : Saidou Sall
◆
◆l’adresse web : http://www.mpl.ird.fr/SeqBio/
ECOLOGIE MICROBIENNE des INSECTES et
INTERACTIONS HÔTE-PATHOGENE
EMIP – UMR 1133
Directeur : Noël BOEMARE
Organisme de rattachement
INRA – Université de Montpellier II
Adresse
Ecologie Microbienne des Insectes et Interactions Hôte-Pathogène
Université de Montpellier II
Place Eugène Bataillon
34095 Montpellier Cedex 5
Equipe : Ressouces biologiques et génétique de Xenorhabdus et
Photorhabdus
Responsable : Patrick TAILLIEZ
Equipe : Génomique fonctionnelle et facteurs de virulence
Responsable : Alain GIVAUDAN
En raison de nos modèles d’étude, ces deux équipes de l’EMIP sont présentées ensemble vu
leur obligatoire complémentarité du point de vue de l’écologie microbienne telle que nous la
comprenons
Les personnels
BOEMARE Noël (DR1)*
BOYER Marie-Hélène (MC)
GAUDRIAULT Sophie (CR2)
GINIBRE Nadège (AJT)
GIVAUDAN Alain (CR1)*
LANOIS Anne (AI)
PAGES Sylvie (TR)
THALER Jacques-Olivier (MC)
ZUMBIHL Robert (MC)
TAILLIEZ Patrick (IR)*
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
La première équipe identifie et caractérise les nouvelles espèces et sous-espèces de
Xenorhabdus et de Photorhabdus, bactéries entomopathogènes et symbiotiques des
nématodes parasites d’insecte, Steinernema et Heterorhabditis respectivement, par
la biochimie et la physiologie bactériennes et les techniques moléculaires. Il s’agit
d’établir une phylogénie à partir des marqueurs neutres classiques et de la comparer
à la distribution de gènes d'intérêt agronomique en vue de définir et d'exploiter des
entomopathovars (cf. infra 2ème équipe). On veut approfondir la biosystématique
résultante en vue de préciser des groupes fonctionnels et de les relier à la taxinomie
des nématodes-hôtes. On cherche également à caractériser l'association
symbiotique avec les nématodes hôtes dans le but de l'améliorer pour la lutte
biologique avec les nématodes vecteurs. Enfin on cherche également à définir la
biodiversité des molécules bio-actives (antibiotiques et toxines insecticides) produites
par les deux genres selon la répartition des espèces et sous-espèces définie
préalablement.
De nouvelles espèces ont été décrites révélant un large spectre de pathogénicité visà-vis de nombreux ordres d'insectes ; d'autres sont en cours de définition. Les
travaux récents ont identifié une correspondance fréquente entre la taxinomie de ces
agents et celle de leurs hôtes nématodes. Par contre aucune spécificité n'a été
reconnue vis-à-vis des insectes proies, chaque complexe némato-bactérien pouvant
être pathogène pour plusieurs espèces voire plusieurs ordres d'insectes. Les gènes
identifiés lors des travaux sur les facteurs de virulence et en génomique fonctionnelle
(cf. infra 2ème équipe) sont recherchés dans l'ensemble des deux genres pour être
confrontés à la phylogénie préalablement caractérisée. Ces travaux devraient établir
des filiations et/ou l'occurrence de transferts horizontaux au cours de l'évolution.
La deuxième équipe a pour objectifs de mettre évidence des gènes de virulence en
construisant des mutants dont la pathogénicité est testée chez l’animal par injection
et par ingestion. L’approche génétique classique est complétée par les données
provenant de l’analyse in silico du génome total en vue de mieux comprendre les
réseaux de régulation et les effecteurs impliqués dans la virulence. Les études en
cours concernent des gènes de régulation globale (systèmes à deux composants,
facteurs sigma), des protéines homologues à celles codées par le plasmide de
virulence de Yersinia (système de sécrétion de type III), des entomotoxines et des
cytotoxines-hémolysines. Par ailleurs des entomotoxines insecticides actives per os
ont été mises en évidence. On cherche donc à caractériser les déterminants
génétiques impliqués dans le pouvoir pathogène (virulence et action toxémique), la
régulation de leur expression et l’effet de leurs produits sur la physiologie et sur
l’immunité de l’insecte.
Le séquençage du génome total de Photorhabdus luminescens a par ailleurs ouvert
la voie vers une analyse globale du génome bactérien et de son expression génique
(transcriptome et protéome). En vue d'identifier des facteurs bactériens permettant la
colonisation de l'hôte (facteurs de virulence au sens large) et de les comparer avec
ceux d'autres bactéries pathogènes, les informations issues du séquençage du
génome de Photorhabdus sont analysées grâce à des stratégies de génomique
fonctionnelle et de génomique comparative. Ainsi nous mettons au point des outils
d'analyse post-génomique afin :
-
d'identifier des facteurs de colonisation de l'hôte (insecte) par des
stratégies de génomique fonctionnelle permettant le suivi de l'expression génique
bactérienne en condition d'infection et d'identifier des facteurs de virulence,
-
d'établir une phylogénie de ces facteurs chez le genre Photorhabdus et, plus
généralement, chez les bactéries pathogènes par des stratégies de génomique
comparative au sein des populations de Photorhabdus (puces à ADN) et parmi les
bactéries pathogènes (comparaison in silico des génomes) afin d'établir une
phylogénie des facteurs de virulence.
Les mot-clés
taxinomie, phylogénie, génomique, biochimie, physiologie, toxines, sécrétion de type
III, mutants, hémolysines, transcriptome, protéome.
Microorganismes étudiés Entérobactéries entomopathogènes ; Xenorhabdus ;
Photorhabdus.
Ecosystème :
Milieu intérieur des insectes, Tube digestif des nématodes entomopathogènes.
Echelle d’étude : cellule et espèce.
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire, génétique moléculaire, séquençage, gène de l’ARNr 16S,
analyse de données multivariées, puces ADN, PCR quantitative.
Interactions – biotiques
Microorganismes – Animaux.
Biodiversité :
Biosystématique, co-évolution, collection de germes types.
Pathogènes :
d’insectes.
Bioinformatique :
Génomique comparative.
ECOLOGIE MOLECULAIRE
EA 2535
Directeur : Pierre CAUMETTE
Organisme de rattachement
Université de Pau et des Pays de l’Adour
Adresse
Université de Pau
BP 1155, Av de l’Université
64013 PAU Cedex
Equipe : Equipe de Microbiologie de l’Environnement
Nom du responsable : Pierre CAUMETTE
Les personnels
Pierre Caumette ([email protected])
Cristiana Cravo-Laureau (MCU) ([email protected])
Robert Duran (Pr) ([email protected])
MariSol Goni (MCU)([email protected])
Philippe Goulas (Pr), ([email protected])
Regis Grimaud (MCU) ([email protected])
Remy Guyoneaud (MCU) ([email protected])
Michel Magot (Pr) ([email protected])
Jean-Claude Salvado (MCU) ([email protected])
Les thématiques générales de recherche
1. Biodiversité bactérienne dans des environnements contaminés par des
polluants organiques (hydrocarbures, pesticides) ou organo-métalliques
2. impacts des polluants sur les communautés bactériennes de divers
environnements (milieu côtier, lagunes, sols, sédiments de rivières ou
d’estuaires
3. rôle des bactéries dans la biodégradation ou la biotransformation de ces
polluants
4. rôle particulier des biofilms et des tapis microbiens dans la biorémédiation des
sites contaminés par ces polluants
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Bactéries marines et halophiles, bactéries hydrocarbonoclastes aérobies,
bactéries sulfatoréductrices, bactéries photosynthétiques, bactéries fermentatives
Ecosystème
Sol; sédiment (marin, eau douce);colonne d’eau (eau douce, marine), milieux
hypersalés, tapis microbiens
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire (phylogénie, 16S rDNA, T-RFLP, ARDRA,gènes fonctionnels,
oxygénases, puf (gènes des photosystèmes des bactéries phototrophes), sulfiteréductase) ; isotopie (isotopes stables des métaux étudiés),
protéomique,
enzymologie (enzymes de biodégradation ou de biotransformation des polluants
étudiés), physiologie des anaérobies….
Adaptation
Température, salinité, polluants (hydrocarbures, pétroles, métaux lourds, mercure,
arsenic, tributylétain)..
Cycles biogéochimiques
soufre, : sulfato-réduction, sulfooxydation photosynthétique…
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes : tapis microbiens, biofilms)
Interactions environnement abiotique
dépollution métaux lourds et pétroles en zones côtières
Microbiologie évolutive et biodiversité
phylogénie et biodiversité moléculaire (T-RFLP)
Bioréhabilitation
pétroles en zone côtières, métaux lourds sur des sites industriels et dans les
estuaires
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association :
Cultures bactériennes anaérobies, maintenance des anaérobies (Rémy
Guyoneaud) ;
Biodiversité moléculaire (Robert Duran)
Protéomique (Régis Grimaud)
ECOSYSTEMES LAGUNAIRES (ECOLAG)
UMR 5119
Directeur : Marc Trousselier
Organisme de rattachement
CNRS/Université Montpellier II
Adresse
UMR 5119 CNRS/Université Montpellier II
Université Montpellier II
34095 Montpellier Cedex 05
Equipe : Efflorescences toxiques, diversité algale
Nom du Responsable : Yves Collos
Equipe : Pathogènes et environnement
Nom du Responsable : Patrick Monfort
Equipe : Réseau microbien sous forçages environnementaux
Nom du Responsable : Behzad Mostajir
Les personnels
Corinne Bouvier, [email protected]
Thierry Bouvier, [email protected]
Audrey Caro, [email protected]
Emilie Le Floc’h, [email protected]
Eric Fouilland, [email protected]
Patrice Got, [email protected]
Christophe Leboulanger, [email protected]
Patrick Monfort, [email protected]
Behzad Mostajir, [email protected]
Rutger de Wit, [email protected]
Marc Troussellier, [email protected]
Francesca Vidussi, [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Dynamique et facteurs de contrôle des populations et des communautés
microbiennes pélagiques et benthiques
Les mot-clés
Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle)
Virus, bactéries hétérotrophes allochtones et autochtones, bactéries
photosynthétiques, pico-, nano- et microphytoplancton, cyanobactéries, flagellés,
ciliés,
Ecosystème :
Colonne d’eau (eau douce, saumâtre et marine); sédiment/biofilms (milieux marins
côtiers)
Echelle d’étude :
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Comptages et identifications microscopiques, cytométrie en flux et en image,
FISH, DGGE, HPLC, microélectrodes, cultures, bioréacteurs, nanocosmes,
microcosmes et mésocosmes, modélisation statistique et déterministe ;
Adaptation :
Température, salinité, oxygène,limitation nutritive, rayonnement solaire, PAR et
UV-B, pesticides ;
Cycles biogéochimiques
Carbone : production primaire (autotrophie) et bactérienne, respiration, flux
Azote : fixation de l’azote
Soufre : oxydation de sulfure, réduction du sulfate et du soufre
Calcium : précipitation de carbonate du Calcium
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (réseaux trophiques microbiens, tapis
microbiens, biofilms, ); Microorganismes-Végétaux (phanérogames) ;
Microorganismes-Animaux (organismes filtreurs)
Interactions environnement abiotique
Nutriments inorganiques et organiques, température, salinité, rayonnement
solaire, UV-B, hydrodynamique.
Biodiversité
Communautés bactériennes
Pathogènes dans l’environnement
Salmonella, cyanobactéries, Vibrio, Aeromonas
Modélisation
Modèles statistiques et déterministes des interactions entre microorganismes et
leur environnement.
Microorganismes et origine de la vie
Contribuer à la connaissance de l’actuel (tapis microbien + microbialites) pour
comprendre le passé.
Informations facultatives :
◆les applications/outils proposés en collaboration dans le cadre de l’Association :
Plate-forme expérimentale d’Ecologie Aquatique
ECOTOXICITE SANTE ENVIRONNEMENTALE
UMR 7146
Directrice: Paule VASSEUR
Organisme de rattachement
CNRS-Université de Metz
Adresse
Campus Bridoux
rue du Général Delestraint
57070 Metz
Equipe : Microbiologie
Responsable : Pascale BOUDA
Les personnels
Bauda Pascale, [email protected]
Billard Patrick, [email protected]
Poupin Pascal, [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
bactéries (eaux continentales, sols, sédiments), mycobactéries
Ecosystème :
Sol; sédiment (eau douce);colonne d’eau (eau douce)
Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire : techniques classiques, TGGE , métagénome
Adaptation :
polluant(s) : métaux, métalloïdes, HAPs
Cycles biogéochimiques
Arsenic
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (ex : tapis microbiens, biofilms)
Interactions environnement abiotique
Biodisponibilité des métaux/métalloïdes
Informations complémentaires:
◆Adresse web :
www.univ-metz.fr/recherche/equipederecherche/agronomie/ese/
EVOLUTION ET DIVERSITE BIOLOGIQUE
UMR5174
Directrice : Brigitte CROUAU-ROY
Organisme de rattachement
CNRS – Université Paul Sabatier
Adresse
Université Paul Sabatier,
Bât 4R3, porte b2
118, route de Narbonne
31062 Toulouse Cedex 4
Equipe : Symbiose Mycorhizienne et Evolution des champignons
Responsable : Monique GARDES
Les personnels :
Gardes Monique (Pr), [email protected]
Gryta Hervé ( MC), [email protected]
Jargeat Patricia ( MC), [email protected]
Doctorants
Carriconde Fabian, [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie des interactions durables, diversité des champignons, rôle de la symbiose
mycorhizienne
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Champignons
Ecosystème :
Sol
Echelle d’étude : communauté; population
Techniques mises en œuvre :
Typage moléculaire : PCR, ribotypage (ex : ITS-RFLP), RAPD, ISSR, puces à
ADN, Séquençage
Interactions – biotiques
Symbioses mycorhiziennes
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association
Expertise en techniques de typage moléculaire (voir ci-dessus)
◆l’adresse web : hptt://www.edb.ups-tlse.fr
GENETIQUE MOLECULAIRE, GENOMIQUE ET MICROBIOLOGIE
UMR 7156 ULP – CNRS
Responsable : Serge Potier
Adresse
28 rue Goethe, 67000 Strasbourg
Equipe : Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes
Responsable : Pr. Philippe Bertin
Les personnels
Arsene Florence [email protected]
Bertin Philippe [email protected]
Koechler Sandrine [email protected]
Lett Marie-Claire [email protected]
Lièvremont Didier [email protected]
Weiss Stéphanie [email protected]
Les thématiques générales de recherche
L’équipe s’intéresse à la diversité des mécanismes moléculaires impliqués dans la
réponse des microorganismes aux contraintes environnementales, en particulier en
présence de composés inorganiques toxiques. L’étude de ces processus repose sur
l’utilisation des méthodes les plus récentes de la génomique et inclut le séquençage
complet d’isolats naturels et l’examen global des perturbations physiologiques par
analyse différentielle du protéome et du transcriptome
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Isolats naturels, en particulier bactéries métabolisant l’arsenic comme Herminiimonas
arsenicoxydans, Thiomonas sp. ou Pseudomonas sp.
Ecosystème :
Sol et eau douce en milieux naturels et contaminés.
Echelle d’étude :
cellules et communautés microbiennes.
Techniques mises en œuvre :
Microbiologie, analyses de communautés, RT-PCR, séquençage, génomique
fonctionnelle (protéome et transcriptome), métagénome/métaprotéome.
Adaptation :
Température, salinité, oxygène, polluants inorganiques (en particulier l’As).
Cycles biogéochimiques :
Métaux.
Interactions biotiques :
Microorganismes-microorganismes (essentiellement au niveau des biofilms) et
microorganismes-végétaux au sein de la rhizosphère.
Interactions environnement abiotique :
Approche intégrée de l’effet des paramètres physico-chimiques sur la physiologie
microbienne.
Microbiologie évolutive et biodiversité :
Analyse comparative des processus biologiques à partir de collections de souches.
Bioréhabilitation :
Environnements contaminés par l’arsenic, site de Carnoulès (Gard).
Bioinformatique :
Annotation de génomes, analyse statistiques de données protéomiques et
transcriptomiques.
Informations facultatives :
Les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou collaboration
dans le cadre de l’Association : analyse protéomique
GDR2909 – Métabolisme de l’Arsenic chez les Procaryotes
http://gdr2909.u-strasbg.fr/
GENIE et MICROBIOLOGIE des PROCEDES
ALIMENTAIRES
Responsable : G. Corrieu
Organisme de rattachement
INA – PG
Adresse
LGMPA
78850 Thivernal-Grinon
SPINNER Henry-Eric
GENOMIQUE et PROTEOMIQUE des INTERACTIONS
PLANTE-MICROBE-ENVIRONNEMENT
UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de Bourgogne
Directeur : Silvio GIANINAZZI
Organisme de rattachement
UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de Bourgogne
Adresse
INRA-CMSE
BP 86510
21065 Dijon Cedex
Les personnels
Vivienne Gianinazzi-Pearson (CNRS, Dr , DR) [email protected]
D. van Tuinen (INRA, Dr , CR ) ([email protected])
Les thématiques générales de recherche en Ecologie microbienne au sein du
laboratoire
Génomique fonctionnelle et programme cellulaire des mycorhizes à arbuscules ;
Structure et fonction du génome des champignons mycorhizogènzes à arbuscules ;
Exploitation biotechnologique des mycorhizes en production végétale
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Gloméromycètes
Ecosystème :
Sol, plante….
Echelle d’étude :
Cellule; individu ; communauté
Techniques mises en œuvre :
Biologie et lecture moléculaire (transcriptomique, génomique, PCR) ;
Biologie cellulaire (microscopie eléctronique, confocale) ;
Culture biotrophique
Adaptation :
Sols pauvres, polluant(s) (métaux), génotypes végétaux
Cycles biogéochimiques :
Phosphore : exploitation de ressources limitées
Interactions – biotiques
Microorganismes-Végétaux (symbiose racinaire) ;
Microorganismes-Activités anthropiques (structure
communautés fongiques)
et
fonctionnement
des
Interactions environnement abiotique :
Sols pollués, déchets agricoles, sols agricoles, substrats
Bioinformatique :
tout à voir avec l’exploitation des données
Informations facultatives
◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou
collaboration dans le cadre de l’Association
- microscopie éléctronique, immunocytochimie, détection moléculaire (racines, sol)
◆le logo de votre institution
◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.
http://www.dijon.inra.fr/units/pme.htm
GENOSCOPE
GENOMIQUE METABOLIQUE
UMR 8030 CNRS
Directeur : Jean WEISSENBACH
Organisme de rattachement
CNRS et Université d’Evry Val d’Essonne
Adresse
CNRS UMR 8030 - Genoscope
2, rue Gaston Crémieux
91057 Evry Cedex
Equipe : Microbiologie
Responsable : Denis LE PASLIER
Les personnels
Ganesan Akila, Post-Doc, [email protected]
Guermazi Sonda, Doctorante, [email protected]
Le Paslier Denis, DR, [email protected]
Pelletier Eric, Chercheur, [email protected]
Rivière Delphine, Doctorante, [email protected]
Sghir Abdelghani, PR, [email protected]
Weissenbach Jean, DR, [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Diversité microbienne, culture microbienne aérobie et anaérobie, génomique
environnementale
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Bacteria, Archaea
Ecosystème
Station d’épuration des eaux domestiques à boues activées, Evry
Digesteurs anaérobies
Echelle d’étude
cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : séquençage ADNr 16S, banques métagénomiques
Bioinformatique
Analyse de séquences, assemblage, phylogénie, annotation de gènes et
génomes…
Informations complémentaires
◆le logo de l’ institution
◆l’adresse web :
http://www.genoscope.cns.fr
INSTITUT AGRONOMIQUE et VETERINAIRE HASSAN II
Organisme de rattachement
Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II
Adresse
Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II
BP 6202
Rabats Instituts
Maroc
Equipe : Biotransformation et Valorisation de la Biomasse
Responsable : My Mustapha ISMAILI ALAOUI
INSTITUT DES SCIENCES DE LA MER
Université du Québec
Directeur : Serge DEMERS
Organisme de rattachement
Université du Québec à Rimouski, Institut des sciences de la mer de Rimouski
Adresse
310 allée des Ursulines
CP 3300, Rimouski
Québec
Canada, G5L 3A1
Equipe : Écologie microbienne des écosystèmes en hautes
latitudes
Responsable : Karine LEMARCHAND (Pr)
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Effets de l'eutrophisation sur la structure et la dynamique des communautés
bactériennes endogènes des écosystèmes en hautes latitudes.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Bactéries marines
Ecosystème
Estuaire maritime du Fleuve Saint-Laurent, zones littorales (marais salés) et
subtidales, écosystèmes en hautes latitudes, zones maricoles
Echelle d’étude
Communautés bactériennes
Techniques mises en œuvre
Culture, FISH, PCR-DGGE, biopuces à ADN
Interactions environnement abiotique
Effets de la pollution anthropique sur la structure des communautés microbiennes
endogènes
Microbiologie évolutive et biodiversité
Diversité des bactéries marines dans les écosystèmes sub-arctiques
Pathogènes dans l’environnement
Suivi des microorganismes pathogènes dans les élevages maricoles.
http//www.ismer.ca
INSTITUT MEDITERRANEEN D’ECOLOGIE ET
PALEOECOLOGIE
(IMEP)
UMR 6116 CNRS
Directeur : Thierry TATONI
Organisme de rattachement
CNRS - Université Paul Cézanne (Aix-Marseille III)
Département III : Processus fonctionnels et adaptatifs
Adresse
Université Paul Cézanne (Aix-Marseille III)
Faculté des Sciences et Techniques de St-Jérôme
IMEP UMR CNRS 6116, Laboratoire d’Ecologie microbienne - Service 452
Avenue Escadrille Normandie-Niemen
13397 Marseille Cedex 20
Equipe : Ecologie microbienne
Responsable : Gabrielle VOGT
Les personnels
ALARCON-GUTIERREZ Enrique (Doctorant U3)- [email protected]
ALBRECHT Remy (Doctorant -U3) – [email protected]
CALVERT Virgile (Technicien U3) – [email protected]
CIGNA Mireille (AI CNRS) – [email protected]
COQUET Corinne (Doctorant -U3) – [email protected]
CRIQUET Stéven (MC - U3)- [email protected]
FARNET Anne-Marie (MC- Université de Provence) – [email protected]
FERRE Elisée (MC- U3) – [email protected]
GROS Raphaël (MC - U3) – [email protected]
LE PETIT Jean (Pr Emérite - U3) – [email protected]
NEBLE Sylvie (Doctorant U3) – [email protected]
PERISSOL Claude (MC- U3) – [email protected]
RUAUDEL Florence (Technicienne U3) – [email protected]
VELASQUEZ-CERENO Marnyye (doctorant U3) – [email protected]
VOGT Gabrielle (Pr - U3) – [email protected]
TAGGER Simone (IE CNRS) – [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Dégradation de litières méditerranéennes par les bactéries et les champignons de la
pourriture blanche, mécanismes de régulation enzymatique in situ, dynamiques
microbiennes, respirométrie, réponse des communautés microbiennes aux
perturbations d’origine naturelle ou anthropique, effets de xénobiotiques sur les
processus fonctionnels des litières forestières, transformation de la matière
organique dans les écosystèmes forestiers et les composts.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Bactéries et champignons (litière, sol et compost)
Ecosystème :
Sol-litières des forêts méditerranéennes
Echelle d’étude :
Cellule; population; communauté
Techniques mises en œuvre :
Enzymologie (phénoloxydases, cellulases, protéases, déshydrogénases,
phosphatases), dénombrements microbiens, Biolog, biologie moléculaire (PCRDGGE), microscopie épifluorescence, chromatographie
Adaptation :
Polluants : organochlorés, hydrocarbures
Cycles biogéochimiques
Carbone (biodégradation de cellulose, lignine, tannins), phosphore
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes
Interactions environnement abiotique
Influence de facteurs abiotiques (pH, température, humidité,…) sur les
communautés microbiennes et les activités enzymatiques du sol
Informations complémentaires
Adresse web :
http:// www.imep-cnrs.com
INSTITUT MEDITERRANEEN de RECHERCHE en
NUTRITION
UMR A1111
Organisme de rattachement
CNRS – Université Paul Cézanne, Aix-Marseille III
Adresse
Faculté des Sciences et Techniques de Saint-Jérôme
Avenue Escadrille Normandie Niemen
13397 Marseille Cedex 20
Equipe : Ecologie Microbienne
Nom du responsable : Michel FONS
Les personnels
Michel Fons : [email protected]
Gwenola Simon : [email protected]
Harivony Rakotoarivonina: [email protected]
Emmanuelle Crost: [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Interactions bactéries/bactéries et bactéries/hôte dans l’écosystème digestif
Les mot-clés
Bactéries commensales, systèmes à deux composants, bactériocines, enzymes
mucinolytiques
Microorganismes étudiés :
Ruminococcus gnavus
Ecosystème :
Digestif
Echelle d’étude :
Cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (clonage, expression hétérologue, quantification de transcrits,
régulation, identification 16S, …)
Microbiologie anaérobie
Biochimie (purification, relations structure/fonction)
Enzymes digestives, substrats endogènes (mucus), alimentaires, stress oxydatif,
systèmes à deux
Adaptation : composants, activités antibactériennes
Interactions – biotiques
Microorganismes commensaux/homme/aliment
Microorganismes commensaux/pathogènes
Pathogènes dans l’environnement
Clostridium pathogènes uniquement comme cibles d’effets protecteurs exercés
par les commensales
INSTITUT NATIONAL des SCIENCES APPLIQUEES et de
TECHNOLOGIE
Organisme de rattachement
Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie
Adresse
Université du 7 novembre à Carthage
Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie
BP 676
1080 Tunis
Tunisie
Equipe : Procédés Microbiologiques et Alimentaires
Responsable : Moktar HAMDI
Les personnels
1 Pr, 1 MC, 5 MA, 4 A, 16 doctorants, 4 Mastères :
Moktar HAMDI (Pr), [email protected]
Problématique générale de recherche :
Ecosysèmes, Ressources microbiennes et Bioprocédés
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
microflore des aliments, microflore des écosystèmes et des bioréacteurs,
microorganismes industriels ;
Ecosystème :
Sol (bactéries du pétrole); sédiment (BSR,); Tractus intestinal (probiotiques
lactiques) ;
Echelle d’étude :
Cellule; population; boues
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (sous traitance) ;
Adaptation (applications):
Température (méthanisation), salinité (biodéradation et fermentation des olives),
carence alimentaire (réduction des boues), polluants (margines, hydrocarbures,
textiles…)
Cycles biogéochimiques
Carbone (dépolution-minéralisation), azote (nitrification et dénitrification), soufre
(phosphogypse, sources thermales, …) ;
Interactions – biotiques
Biofilms en hygiène alimentaire et en dépollution; Adhésion des probiotiques
lactiques dans le tractus intestinal ;
Bioréhabilitation.
Biodégradation desmargines et des hydrocarbures dans le sol ;
Modélisation :
boues activées et biométhanisation
INTERACTIONS ARBRES – MICROORGANISMES
UMR INRA-UHP 1136
Organisme de rattachement
INRA
Adresse
UMR INRA-UHP 1136
Centre INRA Nancy
54280 Champenoux
FREY-KLETT Pascale, [email protected]
INTERACTION MICROORGANISMES MINERAUX
MATIERE ORGANIQUE des SOLS
(LIMOS)
UMR 7137
Directrice : Corine LEYVAL
[email protected]
Organisme de rattachement
CNRS – Université Henri Poincaré Nancy I
Adresse
LIMOS
Faculté des Sciences
BP 239
54506 Vandoeuvre-les-Nancy Cedex
Les personnels (e-mail :pré[email protected])
Thierry Beguiristain
Microbiologiste, biologiste moléculaire ; diversité microbienne dans la rhizosphère en
relation avec le devenir des polluants.
Jacques Berthelin
Géomicrobiologiste
Stéphanie Lawniczak
Chimiste ; réduction bactérienne du fer
Corinne Leyval
Colette Munier-Lamy
Géologue ; interactions organo-minérales et dégradation des matières organiques
Christian Mustin
Géomicrobiologiste
Anne Poszwa
Géologue ; altération biologique (microbienne et rhizosphérique) des minéraux
Françoise Fons
Pharmacienne ; études des métabolites secondaires des végétaux et leurs
interactions avec le devenir des polluants dans la rhizosphère
Les thématiques générales de recherche
Rôle des microorganismes dans la mobilité et la biodisponibilité d’éléments minéraux
majeurs et en traces, et dans la disponibilité et la biodégradation des composés
organiques d’origine naturelle et anthropique, dans les sols et les systèmes solplantes : mécanismes impliqués et diversité microbienne fonctionnelle
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
bactéries, champignons, champignons mycorhiziens du sol et de la rhizosphère
des plantes
Ecosystème
Sol; sédiment (eau douce)
Echelle d’étude
population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire (PCR-TGGE, PCR en temps réel) ; Utilisation d’élements
marqués (14C, 109Cd…)
Microscopie confocale
Dispositifs de culture à compartiments
Adaptation
Conditions d’oxydo-réduction, présence de polluant(s) (élements en traces
métalliques comme Cd, Zn, Pb, Cs, Se,… et HAP)
Cycles biogéochimiques
soufre, fer, manganèse, couplage carbone/fer et conséquences sur la disponibilité
des éléments en traces associés
dynamique des éléments en traces et des polluants dans les sols anthropisés
Interactions – biotiques
Microorganismes-Végétaux-sol-solution
Microorganismes-Minéraux-solution
Bioréhabilitation
HAP et éléments en traces métalliques –site d’Homécourt (atténuation naturelle
avec des plantes)
UNITE de MICROBIOLOGIE – INRA Theix
Directrice : Evelyne FORANO
Organisme de rattachement
INRA
Adresse
Unité de Microbiologie
Centre de Recherche de Clermont-Ferrand-Theix
63122 Saint Genes Champanelle
Equipe : Microbiologie des Ecosystèmes digestifs
Responsables : Evelyne FORANO
BERNALIER Annick
FORANO Evelyne
Chercheurs
MAILLET Christel
MOSONI Pascale
CR1
DR2
CR2
CR2
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les personnels
I.T.A.
DURAND Frédérique
IR Société Privée [email protected]
Etudiants
RIEU-LESME Françoise
IE2
[email protected]
RIBOT Yves
ROUX Rémy
TRE
TRE
[email protected]
[email protected]
ANDANT Gérard
MASSEGLIA Sébastien
AJT
AJT Société
Privée
DEL’HOMME Christophe
CHASSARD Christophe
Post-doc
Thèse
[email protected]
[email protected]
r
[email protected]
r
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie du tube digestif de l’Homme et de l’Animal
Etudes de fonctions principales dans les écosystèmes digestifs rumen et côlon
Humain : dégradation des fibres – production et ré-utilisation des gaz. Effet de
probiotiques sur ces fonctions.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
bactéries anaérobies strictes, protozoaires, Archaea
Ecosystème :
Ecosystèmes digestifs :
Rumen et colon humain
Echelle d’étude :
Cellule (sur des espèces modèles), populations, écosystème entier.
Techniques mises en œuvre :
Suivi d’espèces : FISH, PCR en temps réel
Analyse de biodiversité : en cours de mise au point, RISA, TTGE
Etude du proteome
étude du transcriptome par RT-PCR en temps réel
Etude du métabolisme par RMN
Animaux gnotobiotiques (agneaux à flore controlée, rats à flore humaine)
Adaptation :
Régime alimentaire
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes : interactions nutritionnelles, transferts
d’hydrogène, chaines trophiques
Microorganismes-Végétaux : adhésion aux parois végétales, biofilms
Pathogènes dans l’environnement
Interaction pathogènes flore commensale du rumen
Informations facultatives
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association
Animaux à flore contrôlée
◆l’adresse web
http://www.inra.fr/
MICROBIOLOGIE – IRD Marseille
Directeur : Jean-Luc THOLOZAND
Directeur adjoint : Bernard OLLIVIER
Organisme de rattachement
IRD – Université de la Méditerranée
Adresse
Laboratoire IRD de Microbiologie
Université de Provence, CESB/ESIL, Case 925
163, Avenue de Luminy
13288 Marseille Cedex 09
UR 180 : Microbiologie et Biotechnologie des Environnements
Chauds
Responsable : J-L THOLOZAN
Responsable adjoint : B OLLIVIER
Les personnels
Bernard Ollivier, [email protected], DR IRD
Marie-laure Fardeau, [email protected], IR IRD
Guy fauque, [email protected], CR CNRS
Yannick Combet-Blanc, [email protected], CR IRD
Agnès Hirschler, [email protected], MC U3
Didier Alazard, [email protected], CR IRD
Frederic Verhé, [email protected], TNR IRD
Jean-Luc Tholozan, [email protected], DR IRD
Jean-Luc Cayol, [email protected], MC U1
Claude Charpy-Roubaud, [email protected], CR IRD
Hervé Macarie , [email protected], CR IRD`
Laurence Casalot, [email protected], CR IRD
Richard Auria, [email protected], DR IRD
Les thématiques générales de recherche
Microbiologie des réservoirs pétroliers, des systèmes hydrothermaux profonds et des
sources hydrothermales terrestres (Taxonomie et physiologie des microorganismes
anaérobies thermophiles et hyperthermophiles, particulièrement ceux impliqués dans
la réduction des composés soufrés). Stress oxydatif et microaérophilie chez les
microorganismes thermophiles et hyperthermophiles anaérobies. Dégradation
aérobie et anaérobie des hydrocarbures.
Les mot-clés
Bacteria, Archaea, Thermophile, halophile, anaérobie, cycle du soufre, hydrocarbures
Microorganismes étudiés
Microorganismes anaérobies thermophiles ou halophiles
Ecosystème :
Environnements chauds ou salés terrestres ou subterrestres (réservoirs pétroliers,
systèmes hydrothermaux profonds, etc…)
Echelle d’étude : Cellule et communauté
Techniques mises en œuvre :
Taxonomie et écologie moléculaire basées sur l’analyse de séquences de gènes
codant pour l’ARNr 16S
Adaptation :
Température, salinité
Cycles biogéochimiques
Carbone (fermentation et méthanogénèse), soufre (sulfo-, sulfato- et thiosulfatoréduction).
Interactions – biotiques
Microorganismes-Minéraux
Bioréhabilitation :
Dépollution des métaux lourds. Biodégradation des hydrocarbures.
Microorganismes et origine de la vie
Travaux sur les bactéries appartenant aux branches basses de l’arbre
phylogénétique.
MICROBIOLOGIE de l’UNIVERSITE de NEUCHATEL
(LAMUN)
Directeur : Michel Arago
Organisme de rattachement
Université de Neuchâtel
Adresse
Laboratoire de Microbiologie
Université de Neuchâtel
Rue, Emile-Argand 11
Case Postale 2
CH-2007 Nuechâtel
Suisse
Equipe: Ecologie microbienne de la biosphère
Responsable : Jakob ZOPFI
Personnel:
Olivier Braissant:
Gilles Farron:
Dr. Jérôme Hamelin:
Dr. Daniel Job:
Maryline Jossi:
Nicolas Kuffer:
David Roesti
Ludovic Roussel-Delif:
Dr. Sonia Tarnawski:
Laure Weisskopf:
Dr. Jakob Zopfi:
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Le LAboratoire de Microbiologie de l’Université de Neuchâtel (LAMUN) est
consacré d’une part à l’enseignement en microbiologie générale et en
biogéosciences, et d’autre part à la recherche fondamentale et appliquée en écologie
microbienne.
Afin de répondre aux questions de recherche, des approches à la fois
culturales et moléculaires sont utilisées en parallèle; incluant l’extraction d’ARN et
d’ADN, (RT-)PCR, clonage-séquençage, profils de communautés (ex. DGGE), et
l’utilisation d’outils statistiques pour la comparaison des communautés microbiennes.
Trois thèmes majeurs de recherche sont actuellement menés en parallèle :
-
-
L’écologie microbienne dans la rhizosphère (coordinateur: Prof. M. Aragno) :
Réponse des communautés aux changements globaux, au type de plantes ou
aux caractéristiques du sol. La présence et l’activité des populations ayant des
propriétés favorisant la croissance des plantes (Plant Growth Promoting PGP) attirent particulièrement notre attention : la fixation non-symbiotique
d’azote, la dénitrification, la solubilisation des phosphates, la sécrétion de
composés anti-fongiques.
La géomicrobiologie (coordinateur: Dr. J. Zopfi) : La microbiologie et la
biogéochimie de la transformation du fer et du soufre dans les sédiments et
les colonnes d’eau des lacs stratifiés. La diversité et l’activité des
microorganismes des aquifères non-pertubés et pollués. Le fractionnement
isotopique du chloroethene durant la biodégradation aérobie, en cultures
pures et dans les aquifères contaminés (en collaboration avec le centre
d’hydrogéologie). Enfin, la biominéralisation du carbonate de calcium (CaCO3)
(en collaboration avec l’institut de géologie).
La mycologie (coordinateur Dr. D. Job): Le groupe travaille d’un part, sur
l’accumulation de cadmium, de zinc et de sélénium, mesuré par des
techniques de : AAS, ICP-MS, PIXE, EDAX, EELS, chez les Basidiomycètes
supérieurs afin d’éclaircir les mécanismes d’accumulation et les influences des
conditions du sol et trophiques sur ce phénomène dans les champignons. Et
d’autre part il analyse l’impact de la gestion moderne des forêts et sur la
composition et la distribution des espèces lignicoles en collaboration avec la
Direction Fédérale des Forêts.
A l’avenir, la recherche de l’équipe va s’intégrer de manière croissante avec cette
des équipes de géodynamique de la biosphère (prof. E. Verrecchia) et de pédologie
biologique (prof. J.-M. Gobat), formant le groupe des « Biogéosciences » en charge
d’un Master homonyme.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés:
Pseudomonas, PGPR bactéries, oxalotrophes, basidiomycetes
Ecosystème :
Sol; rhizosphère; sédiment (eau douce); colonne d’eau (eau douce); tapis
microbiens
Echelle d’étude :
cellule; population; communauté; écosystème ; biogéosciences
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (Extraction d'ARN et ADN du sol, PCR-DGGE, RT-PCR,
FISH) ; techniques culturales aérobies et anaérobies; analyses statistiques,
microélectrodes, cultures des champignons en milieu solide et liquide.
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote, soufre, fer
Cycle de l’azote : dénitrification et fixation du N2 dans la rhizosphère
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (tapis microbiens, biofilms) MicroorganismesVégétaux (propriétés PGP)
Interactions environnement abiotique
Biominéralisation du CaCO3
Microbiologie évolutive et biodiversité:
Structure et évolution des communautés et populations microbiennes
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association :
- Extraction d'ADN et ARN du sol
- DGGE
- Techniques de mesure : AAS, ICP-MS, PIXE, EDAX, EELS
- Traçage Biologique des Eaux Souterraines et de Surface à l'aide
de Bactériophages
◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.:
http://www.unine.ch/bota/lamun/
http://www.unine.ch/biogeosciences/
MICROBIOLOGIE des ENVIRONNEMENTS EXTREMES
UMR 6197 CNRS/IREMER/UBO
Directeur : Joël QUERELLOU
Directeur-adjoint : Daniel PRIEUR
Organisme de rattachement :
CNRS – Ifremer – Université de Bretagne Occidentale
Adresse
Ifremer, Centre de Brest
29280 Plouzané
et
IUEM, Université de Bretagne Occidentale
Technopôle Brest-Iroise
29280 Plouzané
Equipe : Ecologie microbienne
Responsable : Daniel PRIEUR
Les personnels
Chercheurs :
Marie-Anne Cambon-Bonavita (Ifremer) : [email protected]
Nicole Devauchelle (Ifremer) : [email protected]
Claire Geslin (UBO) : [email protected]
Anne Godfroy (Ifremer) : [email protected]
Christian Jeanthon (CNRS) : [email protected]
Marc Le Romancer (UBO) : [email protected]
Daniel Prieur (UBO) :[email protected]
Joël Querellou (Ifremer) : [email protected]
ITA :
Nadège Bienvenu (CDD/UBO) :nadege.bienvenu@univ-brest .fr
Jean Louis Birrien (CNRS) :[email protected]
Valérie Cueff (Ifremer) :[email protected]
Françoise Lesongeur (Ifremer) : [email protected]
Stéphane L’Haridon (UBO) :[email protected]
Patricia Pignet (Ifremer) :[email protected]
Doctorants :
Mélusine Gaillard : [email protected]
Mathieu Gonnet :[email protected]
Hélène Moussard :[email protected]
Anne Postec :[email protected]
Erwan Roussel :[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie microbienne des environnements extrêmes
1. Biodiversité des procaryotes des sources hydrothermales océaniques
(responsable : Anne Godfroy)
2. Interactions procaryotes/invertébrés/minéralisations (responsable : Marie
Anne Cambon- Bonavita)
3. Microbiologie des marges océaniques (responsable : Nicole Devauchelle)
4. Eléments génétiques des hyperthermophiles (responsables : Claire Geslin,
Marc Le Romancer)
5. Biosphère profonde (responsables : Daniel Prieur, Marie anne CambonBonavita)
6. Souchothèque de Bretagne (collection de micro-organismes, responsable :
Daniel Prieur)
7. Exobiologie (responsable : Daniel Prieur)
Les mot-clés
Température, pression, anaérobiose, extrêmophiles, hyperthermophiles, Archaea,
éléments génétiques,
Cycles biogéochimiques à haute température
Carbone, azote, soufre, fer,
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (virus/archaébactéries);
Microorganismes-invertébrés ;
Interactions environnement abiotique :
Microorganismes-minéraux, fossilisations expérimentales
Diversité métabolique et phylogénétique
Références terrestres pour la recherche de vie extra-terrestre
Informations complémentaires
◆L’équipe est ouverte à tous types de collaborations
◆le logo de votre institution
MICROBIOLOGIE ET GEOCHIMIE DES SOLS
UMR 1229
Directeur : Philippe LEMANCEAU
Organisme de rattachement
INRA – Université de Bourgogne
Adresse
17, rue de Sully
BP 86510
21065 Dijon Cedex
Equipe :
Dynamique des Interactions Plantes – Microorganismes
Responsable : Philipe LEMANCEAU
Les personnels
CORBERAND Thérèse, TR [email protected]
LEMANCEAU Philippe, DR [email protected]
MAZURIER Sylvie, CR
[email protected]
MOUGEL Christophe, CR
[email protected]
OFFRE Pierre, Doctorant
[email protected]
PIVATO Barbara, Doctorant
[email protected]
ROBIN Agnès, Doctorant
[email protected]
SIBLOT Séverine, TR
[email protected]
VANSUYT Gérard, IE
[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Ecologie de la rhizosphère – Interactions Plantes - Microorganismes
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Bactéries (Pseudomonas spp. en particulier) & Champignons.
Ecosystème :
Sol et Rhizosphère
Echelle d’étude :
Souche, population, communauté
Techniques mises en œuvre :
Microbiologie pasteurienne
Biologie moléculaire : (PCR – RFLP, RISA, génotypage, séquençage,
mutagenèse…).
Adaptation :
Plante (différents génotypes) – sols (différents types).
Cycles biogéochimiques
Carbone : en relation avec la libération d’exsudats racinaires par la plante
Fer : dynamique dans la rhizosphère et conséquences sur la croissance et la
santé des plantes.
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes : Antagonisme, signalisation.
Microorganismes-Végétaux
Signalisation, elicitation des réactions de défense de la plante, influence des
microorganismes sur la santé et la croissance des plantes.
Interactions environnement abiotique
Influence du type de sol sur l’effet rhizosphère.
Microbiologie évolutive et biodiversité
Influence du génotype végétal sur la diversité microbienne dans la rhizosphère
Co-évolution plantes – microorganismes.
Pathogènes dans l’environnement
Phytopathogènes d’origine tellurique.
Equipe :
Ecologie microbienne des cycles couplés du carbone et de l’azote
Responsables : Laurent PHILIPPOT et Jean-Claude GERMONT
Les personnels
[email protected] (DR INRA)
[email protected] (CR INRA)
[email protected] (DR INRA)
[email protected] (thesard)e
[email protected] (thesard)
[email protected] (IE INRA)
[email protected] (IR INRA)
[email protected] (IR INRA)
[email protected] (IE INRA)
[email protected] (thesarde)
[email protected] (CR INRA)
[email protected] (thesarde)
Les thématiques générales de recherche
Impact pratiques agricoles sur communautés fonctionnelles, cycle de l’azote
Les mot-clés :
Denitrification, fixation symbiotique, Rhizobia, pesticides, atrazine
Ecosystème :
Sol
Echelle d’étude : population; communauté; parcelle cultivée, microcosme
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (clonage, sequencage, RT-PCR, real time PCR), CPG,
HPLC, Mesure d'activité in situ ….
Adaptation :
anaérobiose, , polluant(s) (pesticides)..
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote (denitrification, fixation symbiotique)
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes; Microorganismes-Végétaux ;
Bioréhabilitation
Atrazine
Equipe : Impact des activités anthropiques sur la qualité biologique
des sols
Responsable: Rémi CHAUSSOD
Les personnels :
permanents :
Alabouvette Claude (DR1) ; claude.alabouvette @ dijon.inra.fr
Chaussod Rémi (DR2) ; remi.chaussod @ dijon.inra.fr
Edel-Hermann Véronique (IE) ; veronique.edel @ dijon.inra.fr
Fayolle léon (IE) ; leon.fayolle @ dijon.inra.fr
Hartmann Alain (CR1) ; alain.hartmann @ dijon.inra.fr
Nouaïm Rachida (IR / BT) ; rachida.nouaïm @ dijon.inra.fr
Olivain Chantal (MC) ; chantal.olivain @ dijon.inra.fr
Ranjard Lionel (CR2) ; lionel.ranjard @ dijon.inra.fr
Perrin Robert (DR2) ; robert.perrin @ dijon.inra.fr
Steinberg Christian (CR1) ; christian.steinberg @ dijon.inra.fr
Non permanents :
Echairi Abdelwahad (doctorant) : echairi @ dijon.inra.fr
Janvier Céline (doctorante) : celine.janvier @ dijon.inra.fr
Lejon David (doctorant) : david.lejon @ dijon.inra.fr
Lemunier Mélanie (doctorante) : melanie.lemunier @ u-bourgogne.fr
Lharidon Floriane (doctorant) : lharidon @ dijon.inra.fr
Bernard Laetitia (post-doctorante) : laetitia.bernard @ dijon.inra.fr
Les thématiques générales de recherche
Ecologie microbienne des sols cultivés ; caractérisation de la « qualité biologique » des sols.
Effets des techniques culturales sur les communautés microbiennes ; fonctions et
populations.
Effets de la contamination des sols par les ETM sur les communautés microbiennes
et le fonctionnement biologique des sols (indicateurs biologiques).
Microflore phytopathogène dans le sol ; effets des paramètres abiotiques et biotiques
(relations avec la flore non pathogène)
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
microflore globale ; communautés bactériennes ; communautés fongiques ;
fonctions biologiques (cycles biogéochimiques)
Ecosystème :
Sols cultivés
Echelle d’étude :
population ; communauté ; écosystème.
Techniques mises en œuvre :
Biologie, Biochimie, Biologie Moléculaire (PCR RFLP, T-RFLP, RISA…).
Adaptation :
Elements-traces métalliques…
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote, soufre : mesures d’activités
Azote, phosphore : mesures d’activités et populations (fixateurs symbiotiques,
endomycorhizes).
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (pathogènes / non-pathogènes)
Interactions environnement abiotique
Environnement « sol » (texture, structure, statut organique, statut acidobasiques, teneur en ETM…)
Microbiologie évolutive et biodiversité
Biodiversité pathogènes (Fusarium, Rhizoctonia)
Bactéries résistantes au cuivre ; gènes de résistance
Pathogènes dans l’environnement
Pathogènes humains : Survie Listeria ;
Pathogènes végétaux : Fusarium, Rhizoctonia.
MICROBIOLOGIE INDUSTRIELLE
EA 3036-IFR 31
Directeur : Pr Christine Roques
Organisme de rattachement
Faculté des Sciences Pharmaceutiques
Adresse
35, Chemin des Maraîchers
32062 Toulouse Cedex 04
Equipe : Adhésion Bactériennes et Biofilms
Responsable : N.Marty (Pr)
Les personnels
Roques Christine (Pr)
Vaugien L. (ATER),
Occhialini A. (ATER))
Ingrassia Isabelle (IR)
Maitre-Boube M. (IE)
Ressault H. (ITARF),
Signoles A. (IATOS)
Les thématiques générales de recherche
Formation de biofilms sur support inerte
Dynamique des écosystèmes
Les mot-clés
Ecosystème : intestinal, cutané, bucco-dentaire humains, eau
Techniques mises en œuvre :
Modèle Biofilm, Microbiologie pasteurienne : culture de bactéries exigeantes,
bactéries anaérobies strictes, cytométrie en flux, plate-forme culture cellulaire,
Biologie Moléculaire : extraction –amplification ADN, ARN, PCR-Q, typage
moléculaire : ARDRA, analyse électrophorèse capillaire des acides nucléiques
(SSCP), protéines et sucres.
Interactions – biotiques :
Microorganismes-microorganismes, Microorganisme-Hôte
MICROBIOLOGIE, GEOCHIMIE et ECOLOGIE MARINES
(LMGEM)
UMR 6117
Responsable : Richard SEMPERE
Organisme de rattachement :
CNRS – Université de la Méditerranée
Adresse
Campus de Luminy – Case 901
163 Avenue de Luminy
13288 Marseille Cedex 09
Equipe : Ecologie microbienne-Flux,
Interactions et Diversité Fonctionnelle
Responsable : Patricia BONIN
Les personnels :
ACQUAVIVA M. ( IR) : acquaviva @com.univ-mrs.fr
BERTRAND JC. (PR) : [email protected]
BIANCHI M. (DR) : bianchi @com.univCUNY P. (MC) : [email protected]
mrs.fr
BONIN P. (CR) pbonin @com.univ-mrs.fr
DENIS M. (DR) : [email protected]
FAUQUE
G.
(CR) :
GREGORI G. (CR) : [email protected]
[email protected]
GOREGUES C.(ATER) : [email protected]
MIRALLES
G.(Doctorant) :
GILEWICZ M. (MC) : [email protected]
[email protected]
THYSSEN M. (Doctorante) : [email protected]
LEFEVRE D. (CR) : [email protected]
LIMA O.(IE) :[email protected]
MARTY D. (CR) :[email protected]
MICHOTEY V. (MC) :[email protected]
MINJEAUD C. (Doctorante) :[email protected]
RAGOT M. (MC) :[email protected]
TAMBURINI C. (CR) :[email protected]
VAN WAMBEKE F.(CR) :[email protected]
Les thématiques générales de recherche
Les travaux qui sont développés par l'équipe , visent à une meilleure compréhension
du rôle des microorganismes dans les processus de transformation et de
minéralisation de la matière organique. L’objectif global reste la quantification des
processus microbiens qui interviennent lors de la biodégradation et l’étude des
communautés microbiennes qui en sont responsables . Cet objectif nécessite une
approche intégrée depuis l’écosystème dans son ensemble jusqu’au niveau cellulaire
voire moléculaire.
Les actions concernent plus particulièrement :
- L’hydrolyse ectoenzymatique des polymères organiques (activités aminopeptidase,
phosphatase, lipase...). - Les flux de production bactérienne - Les flux biologiques de
nutriments, d’oxygène et de CO2 (respiration) d’oxyde d’azote (Cycle de l’azote), et
de CH4 (Méthanogénèse) résultant des processus de minéralisation concomitants au
flux de production microbienne. - L’efficacité de la biodégradation dont dépend la
répartition des flux respectifs de production, de biomasse bactérienne et de
minéralisation.
- L'étude des processus - La diversité des peuplements microbiens - La proportion
des bactéries actives capables ou non de se diviser, - La proportion du peuplement
microbien apte à réaliser la fonction d’intérêt - Les espèces bactériennes présentes
en termes de diversité taxonomique et d'abondance relative.
Ainsi, différents niveaux d'investigation sont envisagés dans la réalisation de ces
recherches. Un intérêt particulier sera porté sur plusieurs points énoncés ci-dessous
- L’évolution des paramètres structuraux des compartiments bactérien,
phytoplanctonique, et zooplanctonique. - L’état physiologique (viabilité, certaines
activités métaboliques) des individus au sein d’une communauté. - La dynamique et
la structure spécifique des communautés bactériennes. - Les relations entre
structure et fonction des communautés microbiennes intervenant dans la dégradation
de la matière organique.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
bactéries, micrphytoplanctons
Ecosystème :
sédiment marin, colonne d’eau : milieu marin, écosystèmes côtiers et hauturiers
Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème;
Echelle locale, régionale et globale
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (PCR/ DGGE/RISA/ projet Fish) ; isotopie (marquage stable
et radioactif : mesure des activités bactérienne , microélectrodes (oxygene) :
biologie : respirométrie, cytométrie, échantillonneur hyperbarre, simulateur de
pression
Adaptation :
Température, pression, salinité, oxygène, carence alimentaire, matière organique
récalcitrante, polluant(s) (Hydrocarbures).
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote, phosphore, fer, manganèse, silice
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (ex : tapis microbiens, biofilms, boucle
microbienne..); Microorganismes-Animaux
Interactions environnement abiotique
Impact des facteurs abiotiques sur la transformation de la matière organique :
photoxydation, effet des UV ..
Bioréhabilitation.
Sites pollués par les hydrocarbures pétroliers (à rajouter ?)
Modélisation :
Les travaux de notre équipe ont deux objectifs principaux. Le premier consiste en
l’élaboration de méthodes qui permettent de simplifier et clarifier l'information
collectée sur le terrain. Cette approche implique des méthodes d'analyse de
données fonctionnelles. Le deuxième objectif concerne le développement des
modèles écologiques. Puisque ces modèles impliquent généralement un grand
nombre de variables dans un ensemble d'équations agissantes les unes sur les
autres, nous recherchons plus particulièrement des méthodes permettant une
simplification des modèles d'une telle manière que les modèles simplifiés
contiennent la dynamique essentielle des modèles initiaux complets. Nous
essayons également d'analyser ces modèles afin d'obtenir leur dynamique
complète.
En parallèle, nous développons des modèles mathématiques qui décrivent le
couplage entre les communautés bactériennes et le cycle d'azote dans les
sédiments. Ces modèles seront forcés par le modèle de bioturbation afin de
mesurer notamment les effets des oscillations redox sur le cycle d'azote dans les
sédiments marins. Des modèles couplant les métabolismes microbiens avec la
matière organique disponible dans l'eau de colonne sont développés. Ils
permettent, par exemple, une meilleure quantification des vitesses de dégradation
de matière organique.
Nous étudions des modèles décrivant les effets des fluctuations
environnementales, par exemple l'impact de la turbulence, sur la croissance de
phytoplancton. Cette étude vise à fournir des hypothèses pour expliquer le
paradoxe du plancton.
Bioinformatique :
traitement des séquences et construction d’arbres phylogénétiques
UMR MORHODYNAMIQUE CONTINENTALE ET COTIERE
UMR M2C CNRS 6143
Directeur : P.Lesueur
http://www.geos.unicaen.fr/laboratoire/labo.php
Organisme de rattachement
Universités de Rouen/Caen
Adresse
IRESE B
UFR des Sciences et Techniques
Place Emile Blondel
Université de Rouen
76821 Mont-Saint-Aignan
Les personnels
Barray Sylvie (Pr), [email protected]
Berthe Thierry (MC) [email protected]
Bodilis Josselin (MC) [email protected]
Pawlak Barbara (MCU) [email protected]
Petit Fabienne (Pr) [email protected]
Quillet Laurent(MC) Laurent.quillet @univ-rouen.fr
Les thématiques générales de recherche :
L’ UMR 6143 M2C ( Morphodynamique Continentale et Côtière) développe des
recherches sur le domaine d’interface continent-côtier, qui associent les
géosciences de la surface, la mécanique des fluides et la microbiologie
environnementale. Les recherches en microbiologie de l’environnement
(intégration dans l’UMR en 2008), reposent sur une démarche d’écologie
moléculaire et ont pour objet (i) l’étude de la relation bactérie-métaux traces en
milieu estuarien (communautés sulfurogènes et acquisition de gènes de
résistances), (ii) le risque microbiologique, déterminisme et dynamique de la
contamination des bactéries fécale et l’antibiorésistance bactérienne (flux de
bactéries et flux de gènes dans l’environnement) (iii) sur l’adaptation des
communautés microbiennes à leur environnement, particulièrement sur le groupe
des Pseudomonas.
Programmes internationaux (ECCOS, INTEREG IIIA RIMEW, INTERREG IIIB
BRANCH, FLOCODS,MICSIPE) et dans des programmes nationaux (PNEC Baie
de Seine, PNEC ART1 et ART7, LITEAU 2 et 3, PNETOX, GESSOL, PATOM…).
Les mot-clés :
Taxonomie microbienne, évolution adaptative, diversité des bactéries telluriques,
Interactions Microorganismes-Métaux, Microorganismes sulfato-réducteurs,
Analyse du risque microbiologique (bactéries fécale et flux de gènes associé
,résistance aux antibiotiques).
OCEANOGRAPHIE BIOLOGIQUE
STATION MARINE D'ARCACHON
UMR EPOC 5805
(ENVIRONNEMENTS ET PALEOENVIRONNEMENTS OCEANIQUES ET
COTIERS)
Organisme de rattachement
CNRS – Université de Bordeaux I
Adresse
Station Marine d’Arcachon
2 rue Professeur Jolyet 33120 ARCACHON
Groupe : Ecologie Microbienne
Animatrice : Michèle Capdepuy
Les personnels
Michèle CAPDEPUY (PR) ; [email protected]
Florence JUDE (MCF) ; [email protected]
Natalie RAYMOND (MCF) ; [email protected]
Line BOURASSEAU (ADT) ; [email protected]
Peggy BERGERON (doctorante) ; [email protected]
Les thématiques générales de recherche
I) la qualité microbiologique sanitaire avec pour objectif l’étude du devenir des
bactéries témoin de contamination fécale dans le milieu aquatique :
a/ dans les eaux de baignade de BIARRITZ (Thèse de Peggy Bergeron) :
Bourse CIFRE (en collaboration avec La Lyonnaise des Eaux-France)
b/ dans les sédiments du Bassin d’Arcachon : Chantier PNEC Littoral
Atlantique
II) la pathologie des mollusques marins (PNEC-Action Transversale TAIPAMOR)
III) la biomasse et la production bactérienne (Chantier PNEC Littoral Atlantique)
Les mot-clés
Ecosystème :
sédiments marins, colonne d’eau marine
Echelle d’étude
cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire : FISH, PCR, RT-PCR, séquençage
Microscopie à épifluorescence
Adaptation :
Température, salinité, oxygène, nutriments
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (boucle microbienne)
Microorganismes-Animaux : bactéries – parasites (trématodes digènes) –
bivalves marins
Pathogènes dans l’environnement
Escherichia coli ;Streptocoques fécaux
site web : http://www.epoc.u-bordeaux.fr/
OCEANOGRAPHIE BIOLOGIQUE
UMR 7621
Directeur : Antoine GREMARE
Organisme de rattachement
CNRS – Université Pierre et Marie Curie, Paris VI
Adresse
Avenue Fontaulé
BP44
66651 Banyuls-sur-Mer Cedex
Equipe : Diversité et fonctionnement des écosystèmes pélagiques
Groupe : Microbiologie Marine
Responsables : Ingrid OBERNOSTERER et Philippe LEBARON
Les personnels
Obernosterer Ingrid (CR1) , [email protected]
Lebaron Philippe (PR1), [email protected]
Joux Fabien (MC), [email protected]
Ghiglione Jean-francois (CR2), [email protected]
Bourrain Muriel (Chercheur-PFDC), [email protected]
Baudart Julia (Chercheur-Chemunex), [email protected]
Catala philippe (AI), [email protected]
Batailler Nicole (Tech.), [email protected]
Intertaglia Laurent (Tech.Contractuel), [email protected]
Parthuisot Nathalie (PhD), [email protected]
Larcher Marièle (Post-doc), [email protected]
West Nyree (Post.doc), [email protected]
Urios Laurent (Post.doc), [email protected]
Zemb Olivier (PhD), [email protected]
Lami Raphael (PhD), [email protected]
De Maistre Emmanuel (Stage Master M2), [email protected]
Auffret Marc (Stage master M2), [email protected]
Matallana Sabine (Stage master M2), [email protected]
Denkwitz Lea (Stage master M2), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Biodiversité et fonctionnement des communautés microbiennes, fonctionnement du
cycle du carbone, réponse des communautés bactériennes aux perturbations
environnementales (naturelles et anthropiques). Microbiologie sanitaire.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Virus, bactéries, phytoplancton
Ecosystème :
Colonne d’eau (cotier et hauturier), Interface air-eau, eaux douces (souterraines
et surface)
Echelle d’étude :
cellule; population; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (clonage-séquencage, FISH, CARD-FISH, SSCP, DGGE) ;
Cytometrie (flux, microscopie, phase solide)
Adaptation :
Radiations UV, salinité, gradients trophiques
Cycles biogéochimiques
Carbone et phosphore
Dégradation de la matiere organique en général
Interactions – biotiques
Bactéries-virus / bactéries-phytoplancton / bactéries-nanozooplancton
Interactions environnement abiotique
Microcouche de surface de l’eau de mer / bactéries-particules
Microbiologie évolutive et biodiversité :
diversité génétique, taxinomique et phénotypique
Pathogènes dans l’environnement :
E. coli / Salmonelles / protozoaires eau douce
Informations complémentaires
◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de
l’Association :
◆Techniques de cytométrie, SSCP/DGGE, simulateur solaire
◆l’adresse web :
http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm
Groupe :
Recherche et développement sur la détection des
pathogènes
Responsable : Julia BAUDART
Organisme de rattachement : Société CHEMUNEX
CHEMUNEX
3 allée de la Seine
Laboratoire d’Accueil
Groupe de Microbiologie Marine
Immeuble Paryseine
94854 Ivry sur Seine
UMR7621, CNRS, UPMC
Laboratoire d’Océanologie Biologique
BP44
66651 Banyuls sur mer Cedex
Les personnels
Lebaron Philippe (PR1), [email protected]
Baudart Julia (Chercheur-Chemunex), [email protected]
Catala philippe (AI) , [email protected]
Batailler Nicole (Tech.), [email protected]
Parthuisot Nathalie (PhD), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Les micro-organismes pathogènes dans les environnements aquatiques
Développement et mise en oeuvre de nouveaux outils de détection directe des
pathogènes combinant viabilité et spécificité à l’échelle cellulaire
Etude du devenir physiologique et de l’adaptation des pathogènes en zone littorale
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
Pathogènes bactériens et protozoaires:
Salmonelles, Cryptosporidium, Giardia
Entérobactéries,
Escherichia
coli,
Ecosystème
Environnements aquatiques côtiers, fluviatiles et réseaux de distribution d’eau
potable, eaux de consommation.
Echelle d’étude
Cellule, population
Techniques mise en oeuvre
Sondes taxinomiques (FISH, immuno-fluorescence, activité enzymatique spécifique),
Test de viabilité à l’échelle cellulaire, microscopie à épifluorescence, cytométrie
scanner en phase solide, cytométrie en flux, développements instrumentaux.
Adaptation
Salinité, gradient trophique, oligotrophie, survie
Interactions environnement abiotique
Bactéries-particules
Microbiologie évolutive et biodiversité
Adaptation à l’environnement
Pathogènes dans l’environnement
Escherichia coli, Enterobacteriaceae, Salmonelles, Cryptosporidium, Giardia.
Développement de méthodes de détection en temps réel combinant spécificité et
viabilité.
Etude du devenir des bactéries entériques en milieu marin côtier (caractéristiques
physiologiques)
Informations complémentaires
La société CHEMUNEX est une société de développement dans le domaine de la
microbiologie rapide dont la vocation principale est le développement de tests
rapides de détection et d’identification des micro-organismes pour de nombreux
secteurs industriels (domaines pharmaceutiques, cosmétiques, agro-alimentaires,
eaux potables). Ces développements s’accompagnent de mise au point d’outils de
détection ultra sensibles comme le Chemscan RDI et de cytomètres en flux
automatisés ou manuel (D-Count, BactiFlow respectivement)
l’adresse web de votre site/site institutionnel ou
http://www.obs-banyuls.fr/UMR7621/
http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm
http://www.chemunex.com/
autre
lien
approprié.
Equipe Mixte de Recherche
PFDC (Pierre Fabre Dermo-Cosmétique) - Université Pierre et Marie
Curie – CNRS
Responsable : Muriel BOURRAIN
Les personnels
Lebaron Philippe (PR1, UPMC), [email protected]
Bourrain Muriel (Chercheur-PFDC), [email protected]
West Nyree (Post.doc), [email protected]
Catala philippe (AI, CNRS), [email protected]
Intertaglia Laurent (Tech.Contractuel), [email protected]
De Maistre Emmanuel (Stage Master M2), [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Biodiversité et fonctionnement des communautés microbiennes dans des
écosystèmes aquatiques oligotrophes. Développement de méthodes d’isolement et
constitution de collections de bactéries dans le but de leur caractérisation et d’un
screening pharmacologique.
Les mot-clés
Microorganismes étudiés :
Procaryotes, Eucaryotes
Ecosystème :
Colonne d’eau (cotier et hauturier), Interface air-eau, eaux douces (souterraines et
surface).
Echelle d’étude :
Cellule, population, communauté, écosystème
Techniques mise en œuvre
Biologie moléculaire (clonage-séquencage, FISH, CARD-FISH, SSCP) ; Cytométrie
en Flux , analyse protéomique (SDS PAGE, 2D), culture en dilution
Adaptation
Salinité, gradient trophique, oligotrophie
Interactions environnement abiotique
Micro-couche de surface
Microbiologie évolutive et biodiversité : diversité génétique, taxinomique et
phénotypique
Informations complémentaires :
La société Pierre Fabre Dermo-Cosmétique (PFDC) est une société spécialisée dans
la recherche, le développement, la fabrication et la commercialisation de produits
dermo-cosmétiques. En juin 2002, après plusieurs années de collaboration, une
équipe mixte de recherche rassemblant des personnels de l’Université, du CNRS et
de la société PFDC a été créée. Cette équipe se consacre à l’étude de la biodiversité
et du fonctionnement d’écosystèmes aquatiques dont la finalité est d’isoler des
micro-organismes originaux pouvant produire des substances bio-actives à intérêt
pharmacologique.
l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.
http://www.obs-banyuls.fr/UMR7621/
http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm
http://www.pierre-fabre.com/
RECHERCHE FROMAGERES
Directrice : Marie-Christine Montel
Organismes de rattachement
INRA
Adresse
Laboratoire de Recherches Fromagères
36, rue de Salers
15000 Aurillac
Les personnels
Montel Marie-Christine : [email protected]
Delbès Céline : [email protected]
Callon Cécile : callon @clermont.inra.fr
Verdier Metz Isabelle : [email protected]
Les thématiques générales de recherche
Les mot-clés
Micro-organismes étudiés :
bactéries, levures, moisissures
Ecosystème :
Lait et fromages au lait cru
Echelle d’étude :
population ; communauté; écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (SSCP, inventaire par clonage-séquençage, PCR
quantitative, typage par REP-PCR) ; microbiologie conventionnelle ; biochimie
(HPLC)
Adaptation :
acidité, température, salinité, potentiel redox
Interactions – biotiques
Microorganismes-Microorganismes (interactions pathogènes-autres populations)
compétition nutritionnelle
Interactions environnement abiotique :
microorganismes-matrice fromagère
Pathogènes dans l’environnement :
Staphylococcus aureus et Listeria monocytogenes dans l’environnement de ferme
et devenir dans le lait et le fromage
Modélisation :
Croissance microbienne en particulier Staphylococcus aureus ou Listeria
monocytogenes dans des communautés microbiennes de composition complexe.
SECURITE et QUALITE des PRODUITS d’ORIGINE
VEGETALE
UMR A408
Responsable : N’Guyen Thê
Organisme de rattachement
INRA – Université d’Avignon
Adresse
INRA
Domaine St Paul
Site Agroparc
84914 Avignon Cedex 9
SCHMITT Philippe , [email protected]
STATION BIOLOGIQUE de ROSCOFF
Responsable : Bernard KLOAREC
Organisme de rattachement :
CNRS – Université de Bretagne Occidentale
Adresse
Station Biologique de Roscoff
BP 74
29682 Roscoff Cedex
Equipe : Plancton océanique
Responsable : Daniel VAULOT
Les personnels
SIMON Nathalie (MCU), [email protected]
SYMBIOSES TROPICALES et MEDITERRANEENNES
Directeur : Bernard DREYFUS
Organismes de rattachement
IRD/CIRAD/INRA/AGRO-M
Adresse
LSTM, TA10/J
TA 10/J Campus de Baillarguet
34898 Montpellier Cedex 5
Equipe : Diversité des microorganismes symbiotiques (rhizobia et
mycorhizes)
Responsable : Bernard DREYFUS
Les personnels
Bernard Dreyfus (DR IRD) : [email protected]
Eric Giraud (IR IRD): [email protected]
Gilles Bena (CR IRD): [email protected]
Fabienne.Cartieaux (CR IRD): [email protected]
Lionel Moulin (CR IRD) : [email protected]
Philippe De Lajudie (DR IRD) : [email protected]
Yves Prin (chercheur CIRAD): [email protected]
Marc Ducousso (chercheur CIRAD) : [email protected]
Chritine Leroux (chercheur CIRAD) : [email protected]
Jean-Claude Cleyet-Marel (DR INRA) : [email protected]
Brigitte Brunel (professeur AGRO-M): [email protected]
Pierre Beunard (chercheur CIRAD): [email protected]
Philippe.Jourand (IR IRD) : [email protected]
Antoine Galiana (chercheur CIRAD) : [email protected]
Bruno Touraine (professeur UM2) : [email protected]
Clémence.Chaintreuil (IR IRD) : [email protected]
Guilhem Desbrosses (MC UM2) : [email protected]
Robin Duponnois, [email protected]
Adresse actuelle : IRD.01 BP182.Ouagadougou ;Burkina Faso
Les thématiques générales de recherche
-
Diversité taxonomique et symbiotique, évolution et écologie des rhizobia et
mycorhizes
Utilisation des symbioses plantes-micoorganismes dans les zones tropicales
et méditerranéennes (agronomie, réhabilitation des sols
Ecologie, physiologie moléculaire des rhizobium photosynthétiques
Les mot-clés
Microorganismes étudiés
hizobia, mycorhizes
Ecosystème
Sol
Echelle d’étude
Cellule; population; communauté; écosystème
Techniques mises en œuvre
Biologie moléculaire : séquençage, PCR quantitative, RFLP, RAPD, Southern,
northern, western, puces ADN, SNP, hybridation suppressive soustractive
Cycles biogéochimiques
Carbone, azote, phosphore
Préciser la fonction étudiée . fixation biologique de l’azote
Interactions – biotiques
Interactions microorganismes-végétaux (symbiose, effets stimulateurs, …)
Microbiologie évolutive et biodiversité : bactéries symbiotiques et mycorhizes
Bioinformatique
Génomique comparative (génomes des rhizobia), annotation des génomes
bactériens.
Logo du laboratoire :
Logos des instituts de l’UMR :
TISSUS ANIMAUX, NUTRITION, DIGESTION,
ECOSYSTEME, METABOLISME
Directeur : Xavier Fernandez
Organismes de rattachement
INRA + INP-ENSAT + ENV Toulouse
Adresse :
INRA Toulouse, UMR 1289 TANDEM,
BP 52627, 31326 Castanet-Tolosan
Equipe : Nutrition et écosystème digestif
Directeur : Thierry Gidenne
Les personnels
Nom, adresse électronique
Laurence Lamothe : [email protected],
Sylvie Combes : [email protected]
Laurent Cauquil : [email protected],
Françis Enjalbert : [email protected],
Annabelle Troegeler : [email protected],
Corine Bayourthe : [email protected],
Valérie Monteils : [email protected]
Thierrry Gidenne: [email protected]
Les équipements spécifiques
Utilisation de la plateforme génomique du centre INRA de Toulouse : séquenceur et SSCP.
Les thématiques
2 thèmes principaux :
1- Etude comparative des biocénoses ruminale et caecale
2- Approche comparée du fonctionnement et de l'activité des écosystèmes ruminal et cæcal:
2-1 Contrôle nutritionnel de l'écosystème microbien digestif
2-2 Facteurs microbiens ou environnementaux de modulation de l'écosystème microbien digestif
Les mot-clés
Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle) :
Surtout bactéries du système digestif, et levures
Ecosystème :
Digestif : rumen (vache), caecum (lapin)
Echelle d’étude : écosystème;
Techniques mises en œuvre :
Biologie moléculaire (préciser) : SSCP
Adaptation :
conditions "nutritives" via l'alimentation de l'animal
Microbiologie évolutive et biodiversité
Microbiologie anaérobie
Pathogènes dans l’environnement
Modélisation
Bioinformatique