glossaire de microbiologie

Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
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GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE
Cours 1 : La diversité du monde microbien
Bacille
Cellule
Commensalisme
Ecosystème
Eucaryote
Germe
Macromolécule
Microbiologie
Microorganisme
Parasitisme
Pasteurisation
Procaryote
Protiste
Saprophyte
Stérillisation
Symbiose
Virus
Bactérie en forme de bâtonnet.
Unité structurale, fonctionnelle et reproductrice constituant tout ou partie d'un être
vivant.
Du latin co-, « avec » et mensa, « table », e.g. « compagnon de table », le
commensalisme est un type d’interaction biologique naturelle entre deux êtres
vivants dans laquelle l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au
commensal : il n’obtient en revanche aucune contrepartie évidente de ce dernier
Communauté biologique locale et ses interactions avec son environnement.
Désigne les organismes dont la ou les cellules sont dotées d'un noyau contenant
l'information génétique (du Grec : Eu- "Véritable" et -caryon "Noyau")
Voir microorganisme
Assemblage (en général par polymérisation) d'un très grand nombre de molécules
engendrant une molécule ayant un poids moléculaire élevé.
Etude des micro-organismes.
Organisme qui ne peut être vu qu’au microscope (trop petit pour être vu à l’oeil
nu). Les microorganismes englobent les bactéries, les protozoaires, les algues et les
champignons microscopiques. Bien que les virus ne soient pas considérés comme
des organismes vivants, on les classe parfois parmi les microorganismes.
Mode de relation déséquilibrée au cours duquel l’un des partenaires tire un profit
certain tandis que l’autre n’en a aucun bénéfice et peut, au contraire, en souffrir.
Mode de conservation des produits consistant à leur appliquer un traitement
thermique léger (un certain temps à une certaine température) Cette valeur
pasteurisatrice est fixée pour être juste suffisante pour détruire les microbes
pathogènes, sans trop dénaturer le produit.
Désigne un organisme (du Grec Pro "Avant") dépourvu de noyau.
Eucaryotes unicellulaires(du Grec Protos = premier). Plus sophistiqués que les
bactéries et autres procaryotes, sans être pour autant véritablement végétaux ou
animaux, ils peuvent avoir des affinités animales (protozoaires) ou végétales
(protophytes).
Désigne la vie sur des matières organiques en décomposition.
Application à un produit d’un traitement approprié de façon à détruire tous les
microorganismes qu’il contient ; c’est un procédé de conservation par la chaleur.
Englobe tous les types de relations entre micro-organismes et hôte, utiles et
nuisibles. Plus communément pour désigner le mode de co-existence au cours
duquel les deux partenaires tirent un bénéfice de leur association (mutualisme).
Entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour
se multiplier.

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Cours 2 : Nutrition et croissance des bactéries
Anti-métabolite
Assimilation
Auxanogramme
Autotrophe
Auxotrophe
Chimiotrophe
Colonies satellites
Croissance
Facteur de croissance
Galerie bactérienne
Hétérotrophe
Inhibiteur
Lithotrophe
Macroéléments
Métabolite essentiel
Milieu de conservation
Milieu de culture
Milieu électif
Milieu empirique
Milieu d’identification
Milieu minimum
Milieu sélectif
Milieu semi-synthétique
Analogue structural d'un facteur de croissance, capable d'entrer en compétition avec
ce dernier et d'inhiber la croissance d'une souche auxotrophe.
Transformation d’un élément conduisant à son incorporation dans les biomolécules.
Permet de caractériser l'aptitude à la croissance d'une bactérie ou d'autres micro-
organismes en milieu synthétique supplémenté avec divers substrats, sources
uniques de carbone et d'énergie.
Parmi les chimiotrophes, les autotrophes utilisent comme source de carbone pour
synthétiser leurs molécules du dioxyde de carbone.
Nécessite, en plus des éléments nécessaires à la croissance d’un prototrophe, un ou
plusieurs facteurs de croissance.
Tirent leur énergie de composés chimiques, par oxydation de composés réduits.
Colonie de bactérie auxotrophe se développant au voisinage de la bactérie
productrice du facteur de croissance.
Augmentation des constituants cellulaires (volume, masse). Peut se traduire en
microbiologie par une augmentation du nombre des microorganismes.
Substance organique indispensable à la croissance de la bactérie mais que celle-ci
est incapable de synthétiser.
Ensemble des milieux permettant l'identification d'une bactérie
Parmi les chimiotrophes, les hétérotophes utilisent comme source de carbone pour
synthétiser leurs molécules du carbone organique (alcools, acides organiques,
sucres simples ou complexes).
Molécule permettant de sélectionner dans un ensemble de microorganisme, un
sous-ensemble intéressant le diagnostic.
La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production
d’énergie est minérale.
Eléments constituants majeurs de la cellule (C, O, H, N, S, P).
Substance indispensable à la croissance de la bactérie, que celle-ci est capable de
synthétiser.
Milieu pauvre qui maintient les bactéries dans un état de vie ralentie.
Support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de levures, de moisissures
afin de permettre leur étude.
Milieu sur lequel on observe une culture abondante et rapide de certaines bactéries
alors que la plupart des autres espèces s'y développent peu et lentement.
Milieu dont on ne connaît pas exactement la composition.
Milieu permettant l’étude de certaines propriétés biochimiques.
Milieu ne contenant que ce qui est absolument nécessaire au microorganisme.
Milieu contenant des molécules empêchant la culture de certains microorganismes.
Milieu dont la composition exacte n’est connue que pour certains composants.

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Milieu synthétique
Milieu usuel (de base)
Organotrophe
Peptone
Phototrophe
Prototrophe
Type trophique
Vitamine
Milieu dont on connaît exactement la composition chimique, tant d'un point de vue
qualitatif que quantitatif.
Milieu permettent la culture d'une variété de bactéries aussi grande que possible.
La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production
d’énergie est organique.
Produit d'une réaction d'hydrolyse de protéines.
Tirent leur énergie du soleil.
Organisme capable de croître en présence d'eau, d'une source d'énergie, d'une
source de carbone, d'une source azote et d'éléments minéraux.
Spécifie la manière dont un organisme constitue sa propre matière organique.
Facteur organique nutritif requis par les cellules pour leur croissance ou leur
maintenance cellulaire, servant de coenzyme ou de précurseur de coenzyme.
Cours 3 : Evaluation de la population microbienne
Aérosols
Coliforme
Colonie
Cytométrie
Cytométrie de flux
Déchet
DEFT
Enrichir
Ensemenceur spiral
Fluorochrome
Gestion préventive
Homogénéisation
Particules liquides ou non en suspension dans l’air et porteuses de germes.
Bactérie Gram négative, aérobie facultative, non sporulante, qui fermente le lactose
avec production de gaz dans un délai de 48h à 35°C.
Après division bactérienne, ensemble de l'ordre de 106 - 107 bactéries identiques à
la surface d'un milieu de culture gélosé, le plus souvent visible à l'oeil nu.
L'obtention d'une colonie est la base de la purification des bactéries.
Analyse du nombre de cellules.
Etude d'éléments cellulaires associant l'informatique et le marquage des substances
cellulaires à l'aide de faisceaux laser.
Tout matériel contaminé tel produit pathologique, flacon d'hémoculture, boîte de
Pétri, galerie APIsystem®
Direct Epifluorescence Filter Technique. Méthode d’évaluation de la population
microbienne basée sur l’utilisation d’un fluorochrome, l’acridine.
Augmenter la représentation (proportion) d’un sous-groupe de micro-organismes
dans un ensemble plus vaste
Système semi-automatique qui consiste à déposer l’inoculum par l’intermédiaire
d’un stylet creux, au centre de la boite contenant le milieu gélosé puis à déplacer en
spirale ce stylet
Exposé à une lumière UV de longueur d'onde donnée, le colorant (acridine ou
fluorescéine par exemple) émet une lumière visible d'une longueur d'onde
spécifique.
Toutes les étapes du processus de production (de la réception des ingrédients à
l’emballage et l’étiquetage du produit fini) sont contrôlées et on minimise les
risques de contamination en prenant des précautions et des mesures adéquates.
Mise en suspension homogène des microorganismes présents sur ou dans le produit
analysé en évitant cependant toute contamination externe ou une inactivation des
germes par des conditions trop drastiques

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Inoculum
Nez électronique
NPP
PCR
PSM (hotte à flux
laminaire)
Turbidité
Terme générique qui désigne tout élément d'un microorganisme pathogène ou
bénéfique capable respectivement 1) d'infecter l'hôte ou 2) d'améliorer sa croissance
et sa santé.
Groupes de détecteurs de produits chimiques destinés à analyser les métabolites
volatiles présents dans l’air.
Nombre le plus probable - Le NPP est une estimation statistique du nombre de
bactéries par unité de volume. On le détermine à partir du nombre de tubes de
fermentation dont les résultats sont positifs, dans une série de tubes.
Réaction de polymérisation en chaîne (polymerase chain reaction). C'est une
technique d'amplification enzymatique qui permet à partir d'un fragment d'ADN,
d'obtenir un grand nombre (plusieurs millions) de copies identiques de ce même
fragment. Cette réaction est réalisée in vitro .
Poste de sécurité microbiologique. Enceinte ventilée destinée à assurer une
protection du manipulateur et de l’environnement et, le cas échéant, du produit
manipulé vis-à-vis de substances biologiquement dangereuses.
Réduction de la clarté de l'eau due à la présence de matières en suspension.
Cours 4 : Physiologie de la croissance microbienne
Acidophile
Activité de l’eau
Aérobie
Aéro-anaérobie
Anaérobie
Basophile
Capacité tampon
Conservateur
Croissance synchrone
Croissance asynchrone
Croissance cryptique
Diauxie
Mésophile
Micro-aérophile
Se dit d’une espèce qui profite de conditions acides pour se développer.
Rapport des pressions de vapeur d’eau de l’aliment sur la pression de vapeur de
l’eau pure
Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en présence d'air ou
d'oxygène
Se dit des micro-organismes pour lesquels la présence ou l'absence d'oxygène est
indifférente au développement
Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en l'absence d'air ou
d'oxygène
Se dit d’une espèce qui profite de conditions alcalines pour se développer.
Capacité à résister aux changements de pH.
Substance anti-bactérienne additionnée au produit afin d'éviter la prolifération
bactérienne.
Se dit d’une croissance au cours de laquelle les individus se divisent au même
moment.
Se dit d’une croissance au cours de laquelle on peut observer un décalage aléatoire
dans la division des cellules constituant la population étudiée.
Au cours de la phase de déclin, la destruction des cellules permet un nouvel apport
de nutriments propice au développement d’une partie de la population microbienne.
Croissance en deux phases lorsque les bactéries métabolisent complétement une
source de carbone avant d’en attaquer une deuxième/
Se dit des organismes pour lesquels les températures moyennes sont favorables
(optimal 30-45°C).
Se dit d’un microorganisme croissance préférentiellement en milieu contenant O2 à
faible concentration, vers 1-5% de la concentration saturante de l’oxygène dissous.

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Potentiel redox
Psychrophile
Psychrotrophe
Temps de génération
Thermophile
Vitesse spécifique de
croissance
Zone de danger
Mesure de la facilité avec laquelle une substance donnera ou gagnera des électrons
(en mV).
Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables
(optimal 12-15°C).
Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables
(optimal 25-30°C).
Correspond au temps nécessaire au doublement de la population bactérienne.
Se dit des organismes pour lesquels les températures élevées sont favorables
(optimal 55- 75°C).
Vitesse exprimée en unité de biomasse/unité de volume/unité de temps, dépendant
du germe et des conditions de culture.
Zone de température comprise entre 4°C et 60°C. Dans cette zone, les bactéries
prolifèrent et d'autres microorganismes pathogènes survivent.
Cours 5 : Introduction au métabolisme bactérien
Anoxybiontique
Catalase
Fermentation
Méthanogène
Nitrification
Oxybiontique
Oxydation
Oxygénique
(photosynthèse)
Péroxydase
Réaction anabolique
Réaction catabolique
Réaction endergonique
Réaction exergonique
Se dit d’une bactérie ne pouvant pas utiliser l’oxygène à des fins énergétiques.
Enzyme capable de décomposer l'eau oxygénée (H2O2) en entraînant un
dégagement d'O2 (présence de bulles). Caractère d'orientation recherché pour
certains groupes bactériens (coques Gram +).
Oxydation cellulaire d’un substrat organique où une formation d’ATP a lieu par
couplage direct au niveau d’une ou plusieurs réactions sans passer par la formation
intermédiaire d’un potentiel électrochimique membranaire. L’accepteur d’électrons
est le plus souvent un produit de dégradation du substrat et chaque fermentation se
caractérise par le rejet abondant d’un ou plusieurs produits incomplètement
transformés. La fermentation s’oppose à la respiration. L’anaérobiose favorise les
fermentations toutes les fois qu’une respiration ne peut avoir lieu mais n’est pas un
critère obligatoire.
Organisme produisant du méthane (CH4). Tous les méthanogènes connues sont des
archéobactéries et sont, généralement, anaérobies.
Oxydation productrice d’énergie des composés minéraux réduits de l’azote,
effectuée par des bactéries chimio-lithotrophes du genre Nitrosomonas ou
Nitrobacter.
Se dit d’une bactérie utilisant l’oxygène à des fins énergétiques.
Réaction impliquant une perte d’hydrogène et /ou d’électrons.
Génératrice d’oxygène moléculaire.
Enzyme oxydant des substrats variés à l’aide de H2O2 qui est réduit en H2O.
Réaction de « synthèse », nécessitant de l’énergie.
Réaction de « destruction », libérant de l’énergie.
Qui nécessite de l’énergie (non spontanée).
Qui libère de l’énergie (peut s’observer spontanément).