– UE I: Sciences Biologiques, pathologie, sémiologie 2016-2017 Streptocoques, pneumocoques, entérocoques

2016-2017
Streptocoques, pneumocoques, entérocoques
Bactériologie
– UE I: Sciences Biologiques, pathologie, sémiologie
Pneumocoques, entérocoques
Semaine: n°12 (du 21/11/16 au
25/11/16)
Date: 24/11/2016
Heure: de 10h15 à
11h15
Binôme: n°72
Professeur : Pr. Romond
Correcteur : 31
Remarques du professeur : diapos bientôt disponibles sur moodle
PLAN DU COURS
I)
Streptococcus Pneumoniae
A)
Historique
B)
Habitat
C)
Pouvoir pathogène
D)
Mortalité des infections à pneumocoque
E)
Facteurs de virulence
F)
Diagnostic
G)
Identification
H)
Méthodes moléculaires de détection/ identification
I)
Résumé de la démarche diagnostic
II)
Les entérocoques
A)
Taxonomie
B)
Habitat
C)
Physiologie
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III)
A)
Streptocoques, pneumocoques, entérocoques
I ) Streptoccoccus pneumoniae
Historique
C'est Pasteur qui a isolé le S. Pneumoniae en 1877( fin XIXème siècle) c'est avec l'expérience de Griffith en 1928
on s’aperçoit que la bactérie peut acquérir une capsule, responsable de la virulence via transformation et antigènes
polysaccharidiques. Il y a plus de 90 sérotypes pour cette bactérie capsulée, le pneumocoque.
B)
Habitat
C'est une bactérie commensale des voies aériennes supérieures.
Entre 5-10 % des adultes sont porteurs au niveau du nasopharynx et 20-40 % des enfants. C'est une
infection à prédominance hivernale.
On a une transmission interhumaine par voie aérienne (classiquement non épidémique).
C)
Pouvoir pathogène
Il peut donner lieu à des infections invasives notamment les otite moyenne aiguës.
Sont concernés également :
–
méningites 500-700 par an, première cause de méningite bactérienne chez l'enfant de moins de 1 an (la
vaccination n'a pas encore totalement fait son effet)
–
bactériémies : 6000-7000 cas par an ( la fréquence augmente)
–
pneumopathies communautaires (1ère cause)
–
pleurésies purulentes
–
otites moyennes aiguës (enfants)
–
sinusites (adultes)
–
endocardites, péritonites primitives, arthrites (cas rares)
On a de plus en plus de pathologies concernées mais elles sont de moins en moins dramatiques.
D)
Mortalité des infections à pneumocoque
Elle est en fonction de l'âge du terrain et des pathologies associées :
- 20-60 % pour les bactériennes
- 10-30 % pour adultes avec des séquelles
- 20% pour les pneumonies
450 000 cas annuels en France
Mortalité en Fr/an: 3 500 à 11 000 décès
E)
Facteurs de virulence
La capsule est importante et on retrouve 2 points importants intervenant dans les facteurs de virulence:
- la pneumolysine pour qu'elle puisse être sécrété il lui faut la lysine qui s'active en fonction du stress que subit la
bactérie. On a éjection de cette pneumolysine qui sera transportée si la bactérie active son autolyse, c'est en se
lysant qu'il devient virulent.
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- la capacité d'adhésion renforcée par une série de protéines avec un effet de type intermédiaire de la voie du
complément qui empêche un certain nombre de réactions de défense.
On a pas tant de systèmes différents de ceux connus pour les streptocoques vus précédemment.
F)
Le diagnostic
Ce sont des symptômes graves qui se déclenchent, à l’hôpital , il faut mettre en œuvre rapidement le traitement.
Parfois on aura une absence de détection car on aura mis en place très vite une antibiothérapie.
Prélèvements :
LCR :
–
Sensibilité 85%
–
AB préalable diminue les cas
Hémocultures :
–
Dans les méningites 50% de positif
–
Dans les pneumonies
–
Adultes 10-15%
–
Enfant sup 85%
Prélèvements d'origine respiratoire
–
Expectorations de l'adulte sensibilité : 50-80% spécificité :95%
–
Aspirations de bronche liquide du lavage bronchioloalvéolaire, brossages bronchiques protégés
Liquides pleuraux
Prélèvements ORL (pus d'oreille moyenne) sinus
L' effet capsule ralentit la diffusion du colorant, on fait un test gram car on a des prélèvements polymicrobiens , la
culture va permettre de récupérer un certain nombre de cas.
On va mettre en œuvre les cultures avec des agents sélecteurs.
Important: les diplocoques Gram + sont fragiles et exigeants, on observera contrairement aux 2 premiers
pathogènes, une alpha hémolyse qui donnera la couleur verdâtre.
Quand on va faire un gram sur la primo culture on aura normalement encore la capsule, au fur et à mesure des
repiquages on va perdre la capsule , le principe est de très vite orienter.
Différents tests :
–
sensibilité à l'optochine
–
la lyse par la bile
–
( la spectrométrie de masse ) mais très couteux, plutôt dans un grand centre hospitalier
1er test de sensibilité à l'optochine :
Il est important car on va avoir quelques souches qui vont être résistantes, il est très important d'avoir une idée de
la classification de notre bactérie.
L'Optochine ( éthylhydrocupréine ) est un dérivé de la quinine
Après ensemencement on dépose un disque inhibé d'une solution d'optochine à 0.05 pour cent , on voit un halo
qui empêche la colonisation de la bactérie. En général il y a une sensibilité mesurée en terme de diamètre
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( diamètre d’inhibition > 14 mm) , incubation de 24h à 37 (5-10% CO2). C'est plus pour classer que l'ont fait ce
test mais il y a un problème : 5 % des pneumocoques sont devenus résistants.
2ème test de lyse par la bile :
On a addition de bile ou de sels biliaires, la suspension devient plus clair (30 minutes à 37 degrés)
G)
Identification
On aura une agglutination des particules de latex sensibilisées avec des Ac anti-capsulaires :
* slidex pneumo kit : on met les mets avec de l'anti sérum si on a une agglutination : reconnaissance Ag-Ac
–
colonie → résultat positif
–
surnageant d'hémoculture → résultat positif
* pneumo Dryspot ( Oxoid)
•
Spectrométrie de mass Maldi TOF si équipement nécessaire
→ identification très simple
Devant cette évolution, on a une 2ème approche de diagnostic indirecte qui va être de rechercher des Ag disolubles
, on recherche le polyoside C pour lequel on a le développement des Ac.
On aura un système de migration où on met les Ag sur un agent d'hémoculture avec des Ac et on démarre une
migration, à un moment on a la capture de cet Ag. Il faut aussi une zone témoin avec déjà le contrôle positif pour
contrôler qu'un test est efficace.
La sensibilité est de 88 à 100 % de pneumonies aiguës communautaires chez l'enfant et la spécificité est de 55 à
80%. Il faut faire attention aux faux-positifs notamment dus à la vaccination, aux valeurs prédictives négatives →
test inversé on va chercher quelque chose de négatif.
L'absence de réaction va exclure de façon quasi certaine une infection au pneumocoque, si réponse positive
on ne sait pas de quoi il est question.
Ensuite on recherche les Ag solubles dans les liquides céphalo-rachidiens, on voit à ce moment que la sensibilité et
la spécificité sont très importantes, là on va vraiment regarder si on a bcp de leucocytes ( il faut une forte
suspicion) on aura une spé >99% donc pas de réactions croisées et une sensibilité excellente.
Si on prend un type de prélèvement on a des identifications classiques ou pour un prélèvement polymicrobiens
c'est la recherche du test négatif qui est intéressante
Dans le LCR les tests d'agglutination ne sont pas recommandés car il y a beaucoup de réactions croisées.
H)
Méthodes moléculaires de détection/ identification
Si on fait le calcul, on est devant une méningite, quand on cultive c'est simple, on a le gram qui confirme, reste
tous les négatifs, on peut se retrouver avec des cultures qui sont toutes négatives si on a attendu trop longtemps, le
principe est de savoir si c'est tel type de bactérie qu'on peut couvrir avec tel type d'antibiotique.
Principe : prendre l'ADN de la bactérie, un gène dédié lytA-CDC à un des mécanisme de virulence, si ça
correspond on a une identification.
On va retrouver les sites normalement stériles.
Le LCR où on a une bonne sensibilité pour le gène pneumolysine, le choix de ce gène cible est important car autre
facteur de virulence peut entrainer des autres réactions croisées.
–
spécificité de 100 dans LCR
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Streptocoques, pneumocoques, entérocoques
sensibilité de 92-100
Le problème est que mettre en œuvre une PCR peut prendre du temps, c'est quantitatif, la PCR sur le LCR va être
négocier bien avant au niveau des consensus. Il faut avoir préparer préalablement. On est devant quelque chose où
on a une forte suspicion.
Pour le liquide pleural , la sensibilité va diminuer, la PCR dédié à un gène ne va pas être aussi bonne
–
sensibilité PCR 71% (culture très faible : 28%)
On voit que la fragilité du germe nous pose des problèmes pour la détection.
I)
Résumé de la démarche diagnostic
Il faut démarrer la culture tout de suite ( elle est indispensable) même si on ne voit rien au gram, il faut assez de
bactéries pour voir la diffusion de la bactérie streptococcus.
On a l'approche des Ag solubles urinaires, la place de la PCR qui est un outil complémentaire, on a pas à l'utiliser
systématiquement mais surtout pour les cas de méningite , pleurésies, arthrites..
La limite PCR ça va être le volume d'échantillon , le type d'extraction : il faut des méthodes acceptées mais qu'on
doit continuer de valider.
Cette PCR ne pourra pas résoudre tous les problèmes, pour le sang on a encore des soucis, la PCR ne s'est pas
beaucoup développée car il y a beaucoup d’inhibiteurs et beaucoup de faux négatifs.
NB : La spectrométrie de masse est utile lorsque l'on a la culture et les moyens !
Il faut savoir que le profil est en train de changer entre il y a 15 ans et maintenant car on a enfin déclenché une
vaccination. Cette vaccination est moins problématique car pour le jeune age, elle est assez efficace.
On se fie à un vaccin qui a 13 valences, le vaccin préventif demande un choix compliqué dans les sérotypes. On
aura un cahier de vaccination classique pour tous les enfants de – de 2 ans.
Ensuite on a tous les cas pour lesquelles une vaccination est recommandée, on a une forme de couverture qui se
met en place :
–
les prématurés
–
les nourrissons qui sont à risque élevé de contracter le pneumocoque, dans ce cas au lieu d'avoir 2
injections on en a 3
Recommandation chez le nourrisson dans le cadre du calendrier vaccinal :
–
vaccin pneumocoque conjugué: 13 valences sérotypes : S pneumoniae 1,3,4 ,5 6A 6B 7F 9V 14 18C 19A
19F 23F
–
enfants âgées de moins de 2 ans
–
schéma vaccinal: injection a l'age de 2 mois et 4 mois suivies d'un rappel à l'age de 11 mois
Prématurés, nourrissons a risque élevé de contracter une HP (infection invasive à pneumocoques)
–
schéma vaccinal comprenant trois injection du vaccin pneumocciquee conjugué 13-valent, suivies d'un
rappel
A partir de 2 ans vaccination recommandé chez les patients à risque
–
Immunodéprimés (déficits immunitaires, syndrome néphrotique, VIH ...)
–
Non immunodéprimés, porteurs d'une maladie sous jacente prédisposant à la survenue d'une HP (asthme,
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insuffisance rénale, implants cochléaires)
On met une 3ème dose si l'enfant a un risque particulier
Pour l'instant on ne fait pas directement le VP23 sur un schéma classique car on a pas assez de recul pour savoir si
on annule le nombre de sérotype
Chez les immunodéprimés, les enfants, adultes à risque :
Si non vacciné : 13 valent et 23 valent
Enfants de 2-5 ans à risque HP :
–
vaccination antérieure VP23 à l'age de 24 mois
–
non vacciné deux doses de VPC13(S0-S8) puis VP23 (S16)
Enfants de plus de 5 ans et adultes à risque d'HP :
–
immunodéprimés, implants cochléaires ou implantation
–
vaccination depuis plus de 3 ans avec le VP23 : VPC13 puis VP23 (S8)
–
non vacciné VPC13 puis VP23 (S8)
–
autres : une dose de VP23
Principe : les pneumocoques sont sensibles aux aminosides, ont a recommandé la pénicilline etc..sauf depuis les
années 1970 en France on est passé à plus de 30 000 souches où la sensibilisation diminue ce qui entraine une
moindre efficacité et un problème de résistance aussi sur les autres antibiotiques. Ceci est inquiétant
Le principe actuellement :
Si les souches sont sensibles on va utiliser les bêta-lactamines normalement
mais si les souches ont une sensibilité diminuée on va vérifié le CMI qui doit être impérativement <1mg/ L
Pour tout type de pathogène reconnu on a un centre national de référence.
Le bilan du centre national de référence des pneumocoques !
–
réseau de 23 observatoires régionaux, 70% des admissions, 400 laboratoires
–
étude sensibilité aux antibiotiques et identification des sérotypes
–
identification
–
toutes les souches invasives (hémoculture LCR) prélevées sur des enfants moins de 15 ans sur toutes
les souches méningites de l'adulte
–
échantillons de souches d'hémoculture et de prélèvements respiratoires de patients adultes ainsi que
sur les souche isolées en cas d'otite moyenne aiguë chez l'adulte
–
Il y a plus de 90 sérotypes identifiés , on va faire celles qui nous intéressent qui sont celles qui ont acquis des
moyens particuliers.
On a une baisse de la proportion des pneumocoques lié à la pénicilline car il y avait plus de la moitié de ces
souches invasives.
Quand on regarde la fréquence de ces souches on a en 2001 avant de mettre en place le plan antibiotique une
proportion de PSDS forte mais en 2003 on a mis en place la vaccination avec seulement 7 valances : on a une
première efficacité, mais en associant en plus une vaccination on continue de diminuer.
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On a changé le nombre de valence, actuellement on arrive à environ 20 % en mettant en place un contrôle sévère
de l'utilisation des antibiotiques → on a réduit par plus de 2 , si on continu la double approche on devrait réussir ,
sur les plus invasives à avoir un bon résultat , il y a donc lieu de continuer.
En résumé : cas importants qui sont les cas lents où culture absente on a donc une difficulté d'identification. Il
faut quand même une sécurité il faudra utiliser les autres approches : diagnostic par PCR ou diagnostic directement
sur Ag
II) Les entérocoques
La majorité des germes du groupe D les anciens strepto on été éliminés , actuellement on parle d'une famille
spectrococcaceae avec le genre enterococus avec des espèces mais ce ne sont pas les seules que l'on voit en
pathologies ( > 25)
Habitat : ce sont des germes ubiquinistes, ils sont partout
A) Taxonomie
Germes du groupe D, on parle de spectrococcaceae avec le genre enterococcus avec plusieurs espèces ( >25 liés à
des pathologies)
actuellement hybridation ADN-ADN, rARN16s)
–
–
groupe D S. bovis, S.gallolycitus
–
infection urinaire
–
endocardites
entérovirus
–
famille enterococcaceae
–
genre enterococcus
–
espèces opportuniste, E. faecallis, E faeccium
–
autres espèces > 35
B) Habitat
–
ubiquiste
–
fromages œufs
–
intestin mammifère
agents d'infections nosocomiales (sélection par AB)
E foecalis (intestin humain)
E faecium (intestin humain, animaux de boucherie)
autres entérocoques en augmentation en provenance des plantes et des volailles
C) Physiologie
température 5-50°
–
optimum 42°
–
survie 30 min 60°
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Streptocoques, pneumocoques, entérocoques
Types respiratoire AAF
Hémolyse gamme sauf E faeccalis, E faecium = beta
pH 4,6 – 9,9
Tolérance à la bile (40% des sels biliaires)
Production de bactériocines : protéines cationiques, amphiphiles (cystéine -)
anti-clostridium, listeria, staphylocoques
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