EXERCICES : STABILITE VARIATION DU GENOME : pages 100 – 101 – 102 EXERCICE 1 PAGE 100 : UN EXEMPLE DE POLYMORPHISME GENIQUE Question 1 : explication du polymorphisme génique avec cet exemple Les 3 allèles différents, A – B – O, du gène des groupes sanguins ont des fréquences supérieures à 1% : Or on sait que lorsqu’au moins 2 allèles ont une fréquence supérieure à 1%, on dit que le polyallélisme est un polymorphisme génique. Le gène des groupes sanguins est donc polymorphe. Question 2 : problème rencontré à la lecture du tableau Les fréquences des allèles A – B – C sont très différentes d’une population à l’autre. Comment expliquer ces variations de fréquence d’allèles ? EXERCICE 2 PAGE 101 : RESOLU PAGE 423 EXERCICE 3 PAGE 101 : PETITE MUTATION , GRANDE CONSEQUENCE Question 1 : mutation d’un seul gène et conséquence sur le développement On voit que cette souris possède un 6° doigt. On sait que des gènes contrôlent la formation des organes lors du développement embryonnaire ou fœtal. On peut penser que la formation des doigts dépend d’un ou de quelques gènes : la mutation de l’un peut entraîner une forme ou un fonctionnement différent. EXERCICE 4 PAGE 102 : GENES HOMOLOGUES DU DEVELOPPEMENT DANS UNE ESPECE Question 1 : comparaison chiffrée des séquences Comparaison des séquences de 88 nucléotides des gènes HOX B1, HOX B7 et HOX C4 par rapport à HOX A4 NOMBRE D’IDENTITES SIMILITUDE HOX A4 / HOX A4 88 100% HOX B1 / HOX A4 57 63.6% HOX B7 / HOX A4 76 86.4% HOX C4 / HOX A4 71 80.7% Question 2 : origine des divers gènes Ces divers gènes ont plus de 20% de similitude et ont un rôle similaire de contrôle du développement. Or on sait qu’une similitude supérieure à 20% entre des séquences génétiques ne peut être le fruit du hasard. Ces gènes sont homologues : ce qui signifie qu’ils ont une origine commune, qu’ils dérivent d’un gène ancestral. Le gène ancestral s’est dupliqué. Un duplicata a été transposé. Chaque duplicata à muté indépendamment de l’autre : ils ont ainsi divergé génétiquement. Puis deux nouvelles duplications, suivies de transpositions et mutations indépendantes ont eu lieu pour aboutir aux 4 gènes distincts sur 4 chromosomes différents. EXERCICE 5 PAGE 102 : EXEMPLE DE FAMILLE MULTIGENIQUE Question 1 : rappel « famille multigénique » C’est un ensemble de gènes homologues, c’est-à-dire ayant plus de 20% de similitudes dans leurs séquences, résultat de duplications d’un gène ancestral, suivies de transposition et de mutations ponctuelles indépendantes. Arguments permettant de penser que ces hormones forment une famille multigénique Le texte indique que : Les 4 hormones sont constituées de 2 chaînes protéiques : α et β : c’est une similitude Les chaines α sont toutes identiques : c’est une similitude de séquence à 100% Les chaînes β sont identiques à 85% pour LH et HCG et moins importante pour les autres. En absence de précisions chiffrées sur les 2 autres séquences, on peut penser que leur similitude est d’au moins 20%. L’acide aminé cystéine, dont le rôle est primordial pour la structure spatiale et donc pour la fonction moléculaire, occupe une place identique dans la séquence. On peut penser que les séquences de ces 4 hormones sont similaires à au moins 20% : elles forment une famille multigénique, dont les gènes dérivent de duplications suivies de transpositions et de mutations. Question 2 : explication possible de l’origine des 4 hormones. La chaîne α est identique à toutes les hormones, seule β varie ; le mécanisme d’évolution génétique s’appuie donc sur la chaîne β. On essaie de retrouver les duplications probables, les plus simples, en fonction des similitudes, du partage des caractéristiques et de l’âge relatif d’apparition des groupes. β HCG n’existe que chez certains mammifères, tandis que β LH, β FSH et β TSH sont partagées par tous les mammifères et les amphibiens : β HCG est ainsi la dernière chaîne β apparue, tandis que les 3 autres chaînes existaient déjà dans groupe ancestral des amphibiens. β LH et β HCG sont les plus proches, 85% de similitude et se situent toutes les 2 sur le chromosome 19 : On peut penser que ces 2 chaînes dérivent d’un gène du chromosome 19 (voisin de LH, le plus vieux) qui s’est dupliqué et dont les copies ont subi des mutations. Les poissons possèdent β TSH et β GTH et β GTH est proche de β LH : On sait que le groupe ancestral des poissons est antérieur à celui des amphibiens et des mammifères. On peut penser que β TSH et β GTH (des poissons) sont antérieures à β TSH, β LH et β FSH (des amphibiens). GTH et LH étant proches, on peut émettre 2 hypothèses explicatives : leur chaine β dérive d’un même gène ancestral qui s’est dupliqué, puis β GTH a disparu la chaîne β GTH a accumulé des mutations qui l’ont transformé en LH, nouvelle forme de la même chaîne. Dans la recherche des mécanismes évolutifs, on retient l’hypothèse la plus simple, celle qui demande le moins d’étapes : ici on garde donc la 2° hypothèse, la plus simple. FSH n’existant pas chez les poissons, sa chaîne β n’a pu apparaître qu’ensuite dans un groupe ancestral d’amphibiens, par duplication de β LH suivie d’une transposition sur le chromosome 11. Il serait utile toutefois de savoir sur quel chromosome (ou équivalent) se situe β GTH. Les agnathes, poissons sans dents, ne possèdent que GTH. On sait que l’âge d’apparition des poissons sans dents est antérieur à celui des poissons avec dents. On peut en conclure que β GTH est antérieure à β TSH et que le gène de β GTH s’est dupliqué ; une copie a été transposée sur le futur chromosome 1 des amphibiens et mammifères. Schéma de l’évolution des gènes des chaînes β des ces 4 hormones. Agnathes Gènes β : β GTH poissons à dents β TSH amphibiens mammifères β FSH β LH mammifères placentaires β HCG ACTUEL Apparition placentaire D3 + T9/11 D4 Apparition amphibiens D2 + T9/1 D1 Apparition poisson à dents Apparition agnathes Gène ancestral Question 3 : intérêt des duplications de ce gène. On voit que les 4 duplications, suivies de mutations aléatoires et d’éventuelles transpositions, ont permis l’apparition de 4 nouveaux gènes β, à l’origine de 4 nouvelles chaînes β. Le texte nous apprend que : FSH stimule la croissance des follicules de l’ovaire avant l’ovulation chez le femelle et active la spermatogenèse chez le mâle. LH déclenche l’ovulation et transformation du follicule en corps jaune chez la femelle ou la production de testostérone chez le mâle. GTH stimule les gonades (ovaire ou testicules) chez les poissons. TSH stimule la thyroïde HCG, sécrétée par le placenta (embryon) stimule le corps jaune de l’ovaire lors de la grossesse. On peut associer les duplications successives et leurs mutations à l’augmentation du nombre d’hormones. Cette augmentation du nombre d’hormone s’accompagne d’une amélioration du contrôle de l’organisme notamment de la fonction de reproduction (GTH, FSH, LH, HCG) et du contrôle du métabolisme (TSH). Chez les agnathes, une seule hormone pour stimuler les gonades et le métabolisme : pas de contrôle différencié entre reproduction et métabolisme. Chez poissons à dents, 2 hormones distinctes : GTH et TSH : la fonction de reproduction est contrôlée indépendamment du métabolisme. Chez les amphibiens et les mammifères, les gonades sont contrôlées par 2 hormones : FSH pour stimuler la production d’ovules avant l’ovulation ou la formation des spermatozoïdes. LH pour déclencher l’ovulation ou la production de testostérone. Chez les placentaires, une hormone supplémentaire : HCG. Elle permet à l’embryon qui vient de s’implanter dans l’utérus, d’empêcher les menstruations (règles) et de se maintenir. La complexification du génome permet l’augmentation des moléculaires et l’amélioration des fonctions.