Parcours de Microbiologie Environnementale Microbiologie Environnementale

Master 2ème année Université Pierre et Marie Curie. Mention 6 (Spécialité Microbiologie)
Parcours de Microbiologie Environnementale
Le parcours de recherche de Microbiologie Environnementale est composé de
4 modules de 6 ECTS réalisés à l’Observatoire Océanologique de Banyuls entre le 15 octobre
et le 7 décembre 2007, et complété par une UE d’ouverture (6 ECTS) au choix de l’étudiant.
UE de projet (UE 591) [15 – 26 octobre]
Réalisation d’un rapport bibliographique en relation avec le stage de 2ème semestre
Cours : - Recherche bibliographique et gestion des références
- Conseils à la préparation d’un rapport de stage, d’une présentation orale et d’un poster
- Tenue d’un cahier de laboratoire
Biodiversité des microorganismes marins (UE 555) [29 octobre - 9 novembre]
Cours : - Techniques d’étude moléculaires de la biodiversité microbienne
- Classification du monde microbien. Flux d’informations génétiques et biodiversité
- Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne
TP : - Prélèvements en mer. Culture et isolement de souches bactériennes et de bactériophages
- Hybridation in-situ, RFLP, SSCP, PCR temps réel, microscopie électronique à transmission
- Bioinformatique : analyse de séquences
Production, dégradation et transfert de la matière organique dans la
colonne d’eau (UE 546) [12 novembre - 23 novembre]
Cours : - Origines, caractéristiques et voies de dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques
- Importance des différents flux de production et de respiration au sein du réseau trophique microbien
- Contrôle par les ressources nutritives et phénomène d’eutrophisation
TP : - Expériences de biodégradation de la matière organique et d’enrichissement en sels nutritifs
- Mesures de la biomasse et de l’activité des bactéries et du phytoplancton. Bilan de carbone
- Cytométrie en flux, radioincoporations, dosages chimiques (matière organique, sels nutritifs, O2)
Qualité des eaux littorales (UE 545) [26 novembre - 7 décembre]
Cours : - Techniques d’épuration des eaux usées. Survie des bactéries entériques en eau de mer
- Virus pathogènes et algues toxiques en milieu marin. Détection des agents pathogènes en mer
- Conchyliculture et environnement. Pathologies microbiennes en aquaculture
- Réglementation sur la qualité des eaux et des produits de la mer. Réseaux de surveillance
TP : - Analyse de la qualité microbiologique des eaux, des sédiments et des coquillages
- Techniques alternatives de détection de germes pathogènes (PCR sur gènes spécifiques, FISH et
cytométrie scanner en phase solide, activité enzymatique et fluorimétrie)
- Visites extérieures : station d’épuration, exploitation conchylicole, laboratoire de l’IFREMER
Stage 2ème semestre (5 mois) en laboratoire (Universités, CNRS, IFREMER, IRD, INRA)
Contact : Observatoire Océanologique de Banyuls (http://www.obs-banyuls.fr)
Philippe LEBARON ([e-mail]) / Fabien JOUX ([e-mail])

Liste des laboratoires d’accueil de stages M2
Laboratoire d’Océanographie Biologique de Banyuls. UPMC-CNRS UMR 7621
Equipe Diversité et fonctionnement des écosystèmes pélagiques. http://www.obs-banyuls.fr/Index.htm
Laboratoire d’Océanographie de Villefranche. UPMC-CNRS Equipe Diversité, biogéochimie et écologie microbienne
http://www.obs-vlfr.fr/LOV/EMB/
Centre d'Etudes d'Océanographie et de Biologie Marine de Roscoff. UPMC-CNRS UMR7144. Equipe Plancton
océanique ; http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/
Laboratoire structure et fonction des systèmes hydriques continentaux. UMPC-CNRS UMR 7619
http://www.sisyphe.jussieu.fr/
Université de Pau et des Pays de l’Adour. Laboratoire d’écologie moléculaire
http://www.univ-pau.fr/RECHERCHE/LEM/LEM/IndexLEM.htm
Université Aix-Marseille III. Laboratoire de microbiologie géochimie écologie marines. UMR CNRS 6117
http://www.com.univ-mrs.fr/LMGEM/
Université de Savoie. Equipe microbiologie aquatique
Université de Clermont Ferrand. Laboratoire de biologie des protistes
http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/
Université Libre de Bruxelles. Equipe écologie des systèmes aquatiques
Institute of Marine Sciences (ICM), Barcelona, Spain. Department of Marine Biology and Oceanography
http://www.icm.csic.es/
INRA. Thonon-les-Bains. Equipe microbiologie aquatique
http://www.thonon.inra.fr/phyto/phyto-frame.htm
Institut de Recherche pour le Développement. Centre de Nouméa, Nouvelle-Calédonie
http://www.ird.nc
IFREMER Nantes. Département "Environnement, Microbiologie et Phycotoxines"
http://www.ifremer.fr/microbio/
IFREMER Sète. Laboratoire Environnement Ressources Languedoc-Roussillon
http://www.ifremer.fr/lerlr/
Chemunex (Société de Biotechnologies spécialisée dans le diagnostic rapide en microbiologie)
http://www.chemunex.com/
Eau de Paris. Département Qualité et Environnement
Exemples de stages M2
- Diversité des cyanobactéries et des cyanophages lors d’un bloom phytoplanctonique printanier
- Etude de la diversité des communautés bactériennes et archéennes dans le lagon de Clipperton
- Etude par MICROCARDFISH de l’impact des radiations solaires sur le bactérioplancton en Méditerranée
- Effets de différentes limitations nutritionnelles sur la réponse de deux bactéries marines exposées au stress UV
- Compétition entre dénitrification-ammonification du nitrate : influence des facteurs environnementaux
- Identification et distribution des principaux groupes phylogénétiques bactériens dans l’Océan Austral
- Caractérisation et description de nouvelles espèces bactériennes isolées d’écosystèmes marins
- Détection des bactéries selon leurs activités physiologiques grâce à l’utilisation de sondes fluorescentes.
- Etude des biofilms formés à la surface de matériaux au contact de l’eau potable ou d’une eau en cours de traitement
- Impact des hydrocarbures pétroliers sur les communautés bactériennes marines
- Relations phylogénétiques au niveau des taxons spécifiques et infraspécifiques du genre Ceratium
- Influence de la microflore marine sur la mesure de l’activité β-D glucuronidase des Escherichia coli
- Mécanismes moléculaires impliqués dans les proliférations de cyanobatéries toxiques du genre Microcystis
- Diversité du phytoplancton en relation avec la variabilité des milieux lagunaires et côtier méditerranéens