Parcours de Microbiologie Environnementale Microbiologie Environnementale

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Mast er 2 ème ann é e Uni ver sité Pi erre et Mari e Curie . M en ti on 6 (Sp éci ali té Mi cr obi olog ie)
Parcours de Microbiologie Environnementale
Le p arc ours d e re ch erch e de Microbiologie Environnementale est composé de
4 modules de 6 ECTS réalisés à l’O bs erv atoir e O céa nol ogiqu e d e Bany uls e ntre le 15 octo bre
et le 7 d éc em bre 2007, et complété par une UE d’ouverture (6 ECTS) au choix de l’étudiant.
UE
de projet (UE 591 ) [ 15 – 26 oct obr e]
Réalisation d’un rapport bibliographique en relation avec le stage de 2ème semestre
Cours :
- Recherche bibliographique et gestion des références
- Conseils à la préparation d’un rapport de stage, d’une présentation orale et d’un poster
- Tenue d’un cahier de laboratoire
B iodiversité
des microorganismes marins (UE 555) [2 9 o cto bre - 9 n ov em bre ]
Cours :
- Techniques d’étude moléculaires de la biodiversité microbienne
- Classification du monde microbien. Flux d’informations génétiques et biodiversité
- Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne
TP :
- Prélèvements en mer. Culture et isolement de souches bactériennes et de bactériophages
- Hybridation in-situ, RFLP, SSCP, PCR temps réel, microscopie électronique à transmission
- Bioinformatique : analyse de séquences
P roduction,
dégradation et transfert de la matière organique dans la
colonne d’eau (UE 546) [12 nov em bre - 23 n ove mbr e]
Cours :
- Origines, caractéristiques et voies de dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques
- Importance des différents flux de production et de respiration au sein du réseau trophique microbien
- Contrôle par les ressources nutritives et phénomène d’eutrophisation
TP :
- Expériences de biodégradation de la matière organique et d’enrichissement en sels nutritifs
- Mesures de la biomasse et de l’activité des bactéries et du phytoplancton. Bilan de carbone
- Cytométrie en flux, radioincoporations, dosages chimiques (matière organique, sels nutritifs, O2)
Q ualité
des eaux littorales (UE 545) [ 26 n ove mbr e - 7 d éc emb re]
Cours :
- Techniques d’épuration des eaux usées. Survie des bactéries entériques en eau de mer
- Virus pathogènes et algues toxiques en milieu marin. Détection des agents pathogènes en mer
- Conchyliculture et environnement. Pathologies microbiennes en aquaculture
- Réglementation sur la qualité des eaux et des produits de la mer. Réseaux de surveillance
TP :
- Analyse de la qualité microbiologique des eaux, des sédiments et des coquillages
- Techniques alternatives de détection de germes pathogènes (PCR sur gènes spécifiques, FISH et
cytométrie scanner en phase solide, activité enzymatique et fluorimétrie)
- Visites extérieures : station d’épuration, exploitation conchylicole, laboratoire de l’IFREMER
Stag e 2 ème se mestr e (5 mois ) e n l abor ato i re (U niversi tés, CNR S, IFR E M ER, I R D, I N RA )
Contact : Obser vat oire O céa no logi q ue d e Ba ny ul s ( ht tp: //w ww.o bs-b any ul s.fr )
Philippe LEBARON (lebaron@obs-banyuls.fr) / Fabien JOUX (joux@obs-banyuls.fr)
Liste des laboratoires d’accueil de stages M2
Laboratoire d’Océanographie Biologique de Banyuls. UPMC-CNRS UMR 7621
Equipe Diversité et fonctionnement des écosystèmes pélagiques. http://www.obs-banyuls.fr/Index.htm
Laboratoire d’Océanographie de Villefranche. UPMC-CNRS Equipe Diversité, biogéochimie et écologie microbienne
http://www.obs-vlfr.fr/LOV/EMB/
Centre d'Etudes d'Océanographie et de Biologie Marine de Roscoff. UPMC-CNRS UMR7144. Equipe Plancton
océanique ; http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/
Laboratoire structure et fonction des systèmes hydriques continentaux. UMPC-CNRS UMR 7619
http://www.sisyphe.jussieu.fr/
Université de Pau et des Pays de l’Adour. Laboratoire d’écologie moléculaire
http://www.univ-pau.fr/RECHERCHE/LEM/LEM/IndexLEM.htm
Université Aix-Marseille III. Laboratoire de microbiologie géochimie écologie marines. UMR CNRS 6117
http://www.com.univ-mrs.fr/LMGEM/
Université de Savoie. Equipe microbiologie aquatique
Université de Clermont Ferrand. Laboratoire de biologie des protistes
http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/
Université Libre de Bruxelles. Equipe écologie des systèmes aquatiques
Institute of Marine Sciences (ICM), Barcelona, Spain. Department of Marine Biology and Oceanography
http://www.icm.csic.es/
INRA. Thonon-les-Bains. Equipe microbiologie aquatique
http://www.thonon.inra.fr/phyto/phyto-frame.htm
Institut de Recherche pour le Développement. Centre de Nouméa, Nouvelle-Calédonie
http://www.ird.nc
IFREMER Nantes. Département "Environnement, Microbiologie et Phycotoxines"
http://www.ifremer.fr/microbio/
IFREMER Sète. Laboratoire Environnement Ressources Languedoc-Roussillon
http://www.ifremer.fr/lerlr/
Chemunex (Société de Biotechnologies spécialisée dans le diagnostic rapide en microbiologie)
http://www.chemunex.com/
Eau de Paris. Département Qualité et Environnement
Exemples de stages M2
- Diversité des cyanobactéries et des cyanophages lors d’un bloom phytoplanctonique printanier
- Etude de la diversité des communautés bactériennes et archéennes dans le lagon de Clipperton
- Etude par MICROCARDFISH de l’impact des radiations solaires sur le bactérioplancton en Méditerranée
- Effets de différentes limitations nutritionnelles sur la réponse de deux bactéries marines exposées au stress UV
- Compétition entre dénitrification-ammonification du nitrate : influence des facteurs environnementaux
- Identification et distribution des principaux groupes phylogénétiques bactériens dans l’Océan Austral
- Caractérisation et description de nouvelles espèces bactériennes isolées d’écosystèmes marins
- Détection des bactéries selon leurs activités physiologiques grâce à l’utilisation de sondes fluorescentes.
- Etude des biofilms formés à la surface de matériaux au contact de l’eau potable ou d’une eau en cours de traitement
- Impact des hydrocarbures pétroliers sur les communautés bactériennes marines
- Relations phylogénétiques au niveau des taxons spécifiques et infraspécifiques du genre Ceratium
- Influence de la microflore marine sur la mesure de l’activité β-D glucuronidase des Escherichia coli
- Mécanismes moléculaires impliqués dans les proliférations de cyanobatéries toxiques du genre Microcystis
- Diversité du phytoplancton en relation avec la variabilité des milieux lagunaires et côtier méditerranéens
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