UE : De l'agent infectieux à l'hôte – Bactériologie

UE : De l'agent infectieux à l'hôte – Bactériologie
Date : 11/03/2011 Plage horaire : 14h-16h
Promo : PCEM2 Enseignant : F. Mégraud
[email protected]
Ronéistes :
JAUME Pauline
DELAGRANGE Marine
LAFAGNE Ambre
Enterobacteriaceae, Campylobacters,
Helicobacters
I. Enterobacteriaceae
A)Présentation générale
B) Salmonella enterica
1.Salmonella enterica non typhique
2.Salmonella enterica typhique (paratyphique)
C) Escherichia Coli
D)Shigella
II. Campylobacters
III.Helicobacters
1/19

On va parler des bactéries entériques, et en particulier de la grande famille des Entérobactériaceae
qui est une grande famille de bacilles à Gram négatif. Il y a d'autres familles de bacilles à Gram
négatif qui sont les Vibrionaceae, les Pseudomonadaceae, les Campylobacteraceae.
I. Enterobacteriaceae
A. Présentation générale
Les caractères des Entérobactériaceae ou entérobactéries sont au nombre de 7:
–ce sont des bacilles à Gram négatif
–mobiles ou immobiles
–qui poussent sur des milieux ordinaires
–qui sont aéro-anaérobies facultatifs
–oxydase négative
–fermentent le glucose
–réduisent les nitrates en nitrites
Leur habitat est essentiellement le tube digestif de l'homme et des animaux.
Il y a de nombreux genres plus d'une cinquantaine, plusieurs dizaines d'espèces(plus de 70) mais
qui ne sont pas toutes aussi importantes en médecine humaine.
Celles que l'on va surtout rencontrer sont :
-les Escherichias: E.coli qui est à l'origine d'infections urinaires, qui est très proche de Shigella
dysentériae : bactérie rencontrée dans les infections entériques et notamment la dysenterie
bacillaire.
-Ensuite il y a le groupe Salmonella et Citrobacter: Salmonella qui est très fréquente, à l'origine
d'infections intestinales qui incluent la Typhoide.
-Il y a aussi le groupe Kelbsellia/Enterobacter/Serratia que l'on rencontre surtout dans les
infections nosocomiales.
-Autre groupe: Proteus/Providencai/Morganella aussi rencontrées dans les infections
nosocomiales.
-Et le genre Yersinia, Yersinia enterocolitica qui donne des infections entériques mais celui qui a
laissé beaucoup de traces dans l'histoire est Yersinia pestis qui est la bactérie responsable de la
peste.
B. Salmonella Enterica
Cette espèce se divise en plus de 2000 sérogroupes. Le nom du sérogroupe est ajouté à
la fin du nom: Salmonella enterica non typhique, Salmonella enterica typhique et paratyphique,
etc.
On va d'abord parler de Salmonella enterica non typhique.
2/19

1. Salmonella enterica non typhique
Maladies associées:
Toxi-infections alimentaires à cause de produits carnés ou de leur dérivés (œufs, lait,
charcuterie). Il peut y avoir une transmission par l'eau.
La particularité de ces infections est que les symptômes de déclarent environ 8heures après
l'ingestion de l'aliment contaminé. Cela se manifeste par des symptômes entériques à savoir:
diarrhée, douleur abdominale, éventuellement sang dans les selles, plus rarement vomissement;
tout ça dans un contexte infectieux: fièvre (38,5), asthénie, anorexie.
Il faut distinguer cette toxi-infection alimentaire de celle à Staphylococcus aureus qui se
déclenche beaucoup plus rapidement après l'ingestion de l'aliment contaminé et qui se manifeste
différemment: pas de fièvre, pas de syndrome infectieux et il y a au contraire très souvent des
vomissements. La différence est liée au fait que pour S.aureus les problèmes sont liés à une toxine
qui est préformée dans les aliments, on ingère cet aliment rempli de toxines déjà préparées,
multipliées et on a tout de suite les symptômes. Alors que pour la Salmonelle on ingère un aliment
qui contient des salmonelles qui devront se multiplier dans le tube digestif. C'est pourquoi cela
prend 8h voire plus avant de voir apparaitre les symptômes.
Si c'est un enfant on a affaire aux gastroentérites infantiles qui peuvent être plus graves
car il y a un risque de déshydratation du aux diarrhées et de convulsions s'il y a une forte fièvre. Les
nourrissons en particulier sont beaucoup plus hospitalisés pour ce type de problème.
Il peut y avoir en plus des complications lorsque la bactérie passe dans le torrent
circulatoire ; deux types de complications dans ce cas:
-soit des localisations secondaires, passage lymphe et sang, puis dissémination et distribution
dans beaucoup d'organes. Certes il y a des filtres: foie et rate mais il peut y avoir quand même des
localisations secondaires: cardiovasculaires (anévrismes mycotiques, mal nommés car en rien du à
des champignons), méningites, infections ostéo-articulaires, urogénitales, etc.
-soit, du fait que ce soit un bacille à gram négatif, il y a au niveau de la paroi une endotoxine qui
peut être responsable, du choc endotoxinique.
Les infections à salmonelle, dans le contexte d'infection d'origine alimentaires sont
surtout graves aux âges extrêmes de la vie et si l'on a une maladie sous-jacente.
Épidémiologie
Le réservoir de ces bactéries est très large, pratiquement tous les animaux peuvent être
porteurs de ces salmonelles et l'homme aussi peut rester porteur quelques temps après une
infection. Les animaux ou éventuellement l'homme, vont éliminer ces bactéries dans
l'environnement, là elles vont survivre et contaminer les aliments que l'on va éventuellement
manger plus tard.
C'est un contaminant de la chaine alimentaire, introduit par les chaines des usines ou par le
cuisinier. Il y a toujours une contamination faible, mais s'il a y un problème dans la chaine du
chaud ou du froid, il va y avoir multiplication de ces salmonelles (faute de conservation et
d'hygiène très souvent en cause). En effet des salmonelles peuvent survivre et se multiplier entre 5
et 65 degrés.
3/19

Il y a souvent des toxi-infections alimentaires collectives (cuisine qui fournit des repas pour des
centaines voir des milliers de personnes; TIAC: toxi infection alimentaire collective).
Il y a aussi possibilité d'infections nosocomiales quand les règles d'hygiène ne sont pas respectées.
Physiopathologie
➢Facteurs liés à la bactérie : c'est sa capacité d'adhérer et d'envahir la muqueuse digestive.
Donc ce sont des diarrhées inflammatoires de type invasif. (Il y a différentes sortes de
diarrhées : inflammatoires et hydriques. Pour les inflammatoires : invasives où les bactéries
vont pénétrer dans les cellules et celles qui sont due à des cytotoxines).
Les bactéries peuvent avoir également une période de leur vie intracellulaire: elles vont se
multiplier dans des monocytes résistant ainsi à la phagocytose ce qui leur permet de se
disséminer dans l'organisme (elles sont protégées face aux éléments de lutte de l'hôte). De
plus elles ont une endotoxine (=lipopolysaccharide) sur le versant externe de la membrane
externe, dont le lipide en particulier est à l'origine de la toxicité bactérienne.
➢Facteurs liés à l'hôte : tous les individus ne réagissent pas de la même manière. Si l'on a une
acidité gastrique diminuée, le but de l'acidité gastrique étant d'éliminer les bactéries,
hypoacidité liée à une atrophie gastrique par exemple (qui pourrait être due à une infection
à Helicobacter pylori), cela augmente le risque d'infection à salmonelle. Si on a pris des
antibiotiques, il y aura une diminution de l'effet barrière des bactéries qu'il y a au niveau de
l'intestin,notamment celles anaérobies, qui constituent le microbium intestinal, il y a alors
une plus grande permissivité aux infections à salmonelle. Si l'on a un déficit de l'immunité,
en particulier celle cellulaire, le risque d'infection à salmonelle est aussi augmenté.
Diagnostic
Il est direct: recherche dans les selles ou dans le sang soit dans divers prélèvements surtout quand
il y a des localisations secondaires.
L'examen des selles est ce qu'on appelle la coproculture « la culture des selles ». On recueille une
partie intéressante des selles (inflammation, mucus) et on peut:
–faire un examen microscopique : on voit une infection de type monocytaire. Mais pas de
distinction possible des salmonelles avec les différentes bactéries.
–culture des selles : sur milieu ordinaire mais sélectif (car il y a beaucoup de bactéries dans
les selles), on utilise souvent le milieu Hektoen qui permet de sélectionner les Salmonelles
et les Shigelles. Pour augmenter la sensibilité on peut faire un enrichissement, c'est à dire
qu'on va mettre une partie de la selle dans un bouillon et l'enrichir en salmonelles. Ce
bouillon va être repiqué sur le milieu Hektoen (ceci retarde le diagnostic de 24heures).
–identification sur caractères biochimiques(même chose que si l'on utilise des méthodes
physiques comme le MALDI-TOF) et antigéniques (pour aller plus loin) basée sur les
antigènes de paroi (O) et de flagelle (H): on obtient ainsi une formule « O associé à un
chiffre; et H associé à une lettre ;ex : O1, Hi » .
–Étude de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques avec l'antibiogramme par diffusion
ou E-test ou bien par méthode de dilution en milieu liquide ou solide.
Il n'y a pas de diagnostic indirect.
4/19

Traitement
–Curatif : il ne va pas être systématique! Pour les diarrhée banales (non extrêmes et sans
fièvre), on peut se contenter d'un traitement symptomatique. Par contre si on est aux âges
extrêmes de la vie ou bien si l'on a des critères de gravité (fièvre forte etc) on va traiter: soit
avec de la fluoroquinolone soit avec une céphalosporine de 3ème génération (C3G).
–Prophylaxie : hygiène alimentaire stricte (++, surtout au niveau de la température), essayer
qu'il y ait le moins possible d'introduction de salmonelle via les viandes: contrôles au
niveau des abattoirs (mais cela est difficile car on contrôle surtout les maladies visibles).
Surveillance épidémiologique des cas humain: CNR (centre national de référence) localisé à
l'institut pasteur qui reçoit environ 7000 souches par ans (sur 20000 environ isolées, mais il
y a eu surement plus de cas): stimulation d'intervention si nécessaire (ex: retirer un aliment
du marché parce que tout d'un coup il y a une augmentation du nombre de cas lié à un
sérogroupe particulier et du a un même aliment).
Il y a aussi un réseau européen avec Enternet, avec le CDC (center for desease control) basé
à Stockholm qui surveille les maladies infectieuses.
Aussi l'EFSA (european food and safety agencie) basé a Parme qui surveille surtout les
maladies alimentaires.
2. Salmonella enterica typhique (para typhique)
Maladies associées
C'est un cas particulier de Salmonella Enterica à l'origine de la typhoïde, de la fièvre
typhoïde et paratyphoïde.
Dans sa forme typique il y a une période d'incubation silencieuse puis une période
d'invasion qui se traduit par des ascensions thermiques, une céphalée et même une constipation
(paradoxale). Puis la période d'état (2ème période de 7jours), celle où il y a les signes cardinaux:
une fièvre en plateau, élevée, à 40 degrés avec un pouls dissocié; un tuphos= état de prostration
avec des troubles psychiques; une diarrhée fétide; une splénomégalie qui signe le passage sanguin
avec la fièvre. Le tuphos est assez typique et a donné le nom à la typhoïde.
Aujourd'hui ces signes sont rarement rencontrés, on voit plus des formes beaucoup plus
frustes qu'autrefois. Surement du au meilleur état nutritionnel et épidémiologique des gens.
Épidémiologie
La différence avec les salmonella enterica non typhiques, c'est que celles typhiques ou
paratyphiques sont spécifiques de l'homme.
C'est une bactérie transmise par voie fécale-orale. Les gens infectés vont éliminer la bactérie dans
leurs selles, à partir de là il peut y avoir contamination de l'eau ou d'aliments (survie dans
l'environnement) que nous pouvons ensuite ingérer. Ici ce ne sont pas les animaux qui sont à
l'origine de la contamination comme avec les autres salmonelles, et il n'y a pas de phase de
multiplication dans l'environnement.
5/19