UE : De l'agent infectieux à l'hôte – Bactériologie

UE : De l'agent infectieux à l'hôte – Bactériologie
Date : 11/03/2011
Promo : PCEM2
Plage horaire : 14h-16h
Enseignant : F. Mégraud
[email protected]
Ronéistes :
JAUME Pauline
DELAGRANGE Marine
LAFAGNE Ambre
Enterobacteriaceae, Campylobacters,
Helicobacters
I. Enterobacteriaceae
A)Présentation générale
B) Salmonella enterica
1.Salmonella enterica non typhique
2.Salmonella enterica typhique (paratyphique)
C) Escherichia Coli
D)Shigella
II. Campylobacters
III.Helicobacters
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On va parler des bactéries entériques, et en particulier de la grande famille des Entérobactériaceae
qui est une grande famille de bacilles à Gram négatif. Il y a d'autres familles de bacilles à Gram
négatif qui sont les Vibrionaceae, les Pseudomonadaceae, les Campylobacteraceae.
I. Enterobacteriaceae
A. Présentation générale
Les caractères des Entérobactériaceae ou entérobactéries sont au nombre de 7:
– ce sont des bacilles à Gram négatif
– mobiles ou immobiles
– qui poussent sur des milieux ordinaires
– qui sont aéro-anaérobies facultatifs
– oxydase négative
– fermentent le glucose
– réduisent les nitrates en nitrites
Leur habitat est essentiellement le tube digestif de l'homme et des animaux.
Il y a de nombreux genres plus d'une cinquantaine, plusieurs dizaines d'espèces(plus de 70) mais
qui ne sont pas toutes aussi importantes en médecine humaine.
Celles que l'on va surtout rencontrer sont :
-les Escherichias: E.coli qui est à l'origine d'infections urinaires, qui est très proche de Shigella
dysentériae : bactérie rencontrée dans les infections entériques et notamment la dysenterie
bacillaire.
-Ensuite il y a le groupe Salmonella et Citrobacter: Salmonella qui est très fréquente, à l'origine
d'infections intestinales qui incluent la Typhoide.
-Il y a aussi le groupe Kelbsellia/Enterobacter/Serratia que l'on rencontre surtout dans les
infections nosocomiales.
-Autre groupe:
nosocomiales.
Proteus/Providencai/Morganella
aussi
rencontrées
dans
les
infections
-Et le genre Yersinia, Yersinia enterocolitica qui donne des infections entériques mais celui qui a
laissé beaucoup de traces dans l'histoire est Yersinia pestis qui est la bactérie responsable de la
peste.
B. Salmonella Enterica
Cette espèce se divise en plus de 2000 sérogroupes. Le nom du sérogroupe est ajouté à
la fin du nom: Salmonella enterica non typhique, Salmonella enterica typhique et paratyphique,
etc.
On va d'abord parler de Salmonella enterica non typhique.
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1. Salmonella enterica non typhique
Maladies associées:
Toxi-infections alimentaires à cause de produits carnés ou de leur dérivés (œufs, lait,
charcuterie). Il peut y avoir une transmission par l'eau.
La particularité de ces infections est que les symptômes de déclarent environ 8heures après
l'ingestion de l'aliment contaminé. Cela se manifeste par des symptômes entériques à savoir:
diarrhée, douleur abdominale, éventuellement sang dans les selles, plus rarement vomissement;
tout ça dans un contexte infectieux: fièvre (38,5), asthénie, anorexie.
Il faut distinguer cette toxi-infection alimentaire de celle à Staphylococcus aureus qui se
déclenche beaucoup plus rapidement après l'ingestion de l'aliment contaminé et qui se manifeste
différemment: pas de fièvre, pas de syndrome infectieux et il y a au contraire très souvent des
vomissements. La différence est liée au fait que pour S.aureus les problèmes sont liés à une toxine
qui est préformée dans les aliments, on ingère cet aliment rempli de toxines déjà préparées,
multipliées et on a tout de suite les symptômes. Alors que pour la Salmonelle on ingère un aliment
qui contient des salmonelles qui devront se multiplier dans le tube digestif. C'est pourquoi cela
prend 8h voire plus avant de voir apparaitre les symptômes.
Si c'est un enfant on a affaire aux gastroentérites infantiles qui peuvent être plus graves
car il y a un risque de déshydratation du aux diarrhées et de convulsions s'il y a une forte fièvre. Les
nourrissons en particulier sont beaucoup plus hospitalisés pour ce type de problème.
Il peut y avoir en plus des complications lorsque la bactérie passe dans le torrent
circulatoire ; deux types de complications dans ce cas:
-soit des localisations secondaires, passage lymphe et sang, puis dissémination et distribution
dans beaucoup d'organes. Certes il y a des filtres: foie et rate mais il peut y avoir quand même des
localisations secondaires: cardiovasculaires (anévrismes mycotiques, mal nommés car en rien du à
des champignons), méningites, infections ostéo-articulaires, urogénitales, etc.
-soit, du fait que ce soit un bacille à gram négatif, il y a au niveau de la paroi une endotoxine qui
peut être responsable, du choc endotoxinique.
Les infections à salmonelle, dans le contexte d'infection d'origine alimentaires sont
surtout graves aux âges extrêmes de la vie et si l'on a une maladie sous-jacente.
Épidémiologie
Le réservoir de ces bactéries est très large, pratiquement tous les animaux peuvent être
porteurs de ces salmonelles et l'homme aussi peut rester porteur quelques temps après une
infection. Les animaux ou éventuellement l'homme, vont éliminer ces bactéries dans
l'environnement, là elles vont survivre et contaminer les aliments que l'on va éventuellement
manger plus tard.
C'est un contaminant de la chaine alimentaire, introduit par les chaines des usines ou par le
cuisinier. Il y a toujours une contamination faible, mais s'il a y un problème dans la chaine du
chaud ou du froid, il va y avoir multiplication de ces salmonelles (faute de conservation et
d'hygiène très souvent en cause). En effet des salmonelles peuvent survivre et se multiplier entre 5
et 65 degrés.
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Il y a souvent des toxi-infections alimentaires collectives (cuisine qui fournit des repas pour des
centaines voir des milliers de personnes; TIAC: toxi infection alimentaire collective).
Il y a aussi possibilité d'infections nosocomiales quand les règles d'hygiène ne sont pas respectées.
Physiopathologie
➢ Facteurs liés à la bactérie: c'est sa capacité d'adhérer et d'envahir la muqueuse digestive.
Donc ce sont des diarrhées inflammatoires de type invasif. (Il y a différentes sortes de
diarrhées : inflammatoires et hydriques. Pour les inflammatoires : invasives où les bactéries
vont pénétrer dans les cellules et celles qui sont due à des cytotoxines).
Les bactéries peuvent avoir également une période de leur vie intracellulaire: elles vont se
multiplier dans des monocytes résistant ainsi à la phagocytose ce qui leur permet de se
disséminer dans l'organisme (elles sont protégées face aux éléments de lutte de l'hôte). De
plus elles ont une endotoxine (=lipopolysaccharide) sur le versant externe de la membrane
externe, dont le lipide en particulier est à l'origine de la toxicité bactérienne.
➢ Facteurs liés à l'hôte: tous les individus ne réagissent pas de la même manière. Si l'on a une
acidité gastrique diminuée, le but de l'acidité gastrique étant d'éliminer les bactéries,
hypoacidité liée à une atrophie gastrique par exemple (qui pourrait être due à une infection
à Helicobacter pylori), cela augmente le risque d'infection à salmonelle. Si on a pris des
antibiotiques, il y aura une diminution de l'effet barrière des bactéries qu'il y a au niveau de
l'intestin,notamment celles anaérobies, qui constituent le microbium intestinal, il y a alors
une plus grande permissivité aux infections à salmonelle. Si l'on a un déficit de l'immunité,
en particulier celle cellulaire, le risque d'infection à salmonelle est aussi augmenté.
Diagnostic
Il est direct: recherche dans les selles ou dans le sang soit dans divers prélèvements surtout quand
il y a des localisations secondaires.
L'examen des selles est ce qu'on appelle la coproculture « la culture des selles ». On recueille une
partie intéressante des selles (inflammation, mucus) et on peut:
– faire un examen microscopique : on voit une infection de type monocytaire. Mais pas de
distinction possible des salmonelles avec les différentes bactéries.
– culture des selles: sur milieu ordinaire mais sélectif (car il y a beaucoup de bactéries dans
les selles), on utilise souvent le milieu Hektoen qui permet de sélectionner les Salmonelles
et les Shigelles. Pour augmenter la sensibilité on peut faire un enrichissement, c'est à dire
qu'on va mettre une partie de la selle dans un bouillon et l'enrichir en salmonelles. Ce
bouillon va être repiqué sur le milieu Hektoen (ceci retarde le diagnostic de 24heures).
– identification sur caractères biochimiques(même chose que si l'on utilise des méthodes
physiques comme le MALDI-TOF) et antigéniques (pour aller plus loin) basée sur les
antigènes de paroi (O) et de flagelle (H): on obtient ainsi une formule « O associé à un
chiffre; et H associé à une lettre ;ex : O1, Hi » .
– Étude de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques avec l'antibiogramme par diffusion
ou E-test ou bien par méthode de dilution en milieu liquide ou solide.
Il n'y a pas de diagnostic indirect.
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Traitement
– Curatif: il ne va pas être systématique! Pour les diarrhée banales (non extrêmes et sans
fièvre), on peut se contenter d'un traitement symptomatique. Par contre si on est aux âges
extrêmes de la vie ou bien si l'on a des critères de gravité (fièvre forte etc) on va traiter: soit
avec de la fluoroquinolone soit avec une céphalosporine de 3ème génération (C3G).
– Prophylaxie: hygiène alimentaire stricte (++, surtout au niveau de la température), essayer
qu'il y ait le moins possible d'introduction de salmonelle via les viandes: contrôles au
niveau des abattoirs (mais cela est difficile car on contrôle surtout les maladies visibles).
Surveillance épidémiologique des cas humain: CNR (centre national de référence) localisé à
l'institut pasteur qui reçoit environ 7000 souches par ans (sur 20000 environ isolées, mais il
y a eu surement plus de cas): stimulation d'intervention si nécessaire (ex: retirer un aliment
du marché parce que tout d'un coup il y a une augmentation du nombre de cas lié à un
sérogroupe particulier et du a un même aliment).
Il y a aussi un réseau européen avec Enternet, avec le CDC (center for desease control) basé
à Stockholm qui surveille les maladies infectieuses.
Aussi l'EFSA (european food and safety agencie) basé a Parme qui surveille surtout les
maladies alimentaires.
2. Salmonella enterica typhique (para typhique)
Maladies associées
C'est un cas particulier de Salmonella Enterica à l'origine de la typhoïde, de la fièvre
typhoïde et paratyphoïde.
Dans sa forme typique il y a une période d'incubation silencieuse puis une période
d'invasion qui se traduit par des ascensions thermiques, une céphalée et même une constipation
(paradoxale). Puis la période d'état (2ème période de 7jours), celle où il y a les signes cardinaux:
une fièvre en plateau, élevée, à 40 degrés avec un pouls dissocié; un tuphos= état de prostration
avec des troubles psychiques; une diarrhée fétide; une splénomégalie qui signe le passage sanguin
avec la fièvre. Le tuphos est assez typique et a donné le nom à la typhoïde.
Aujourd'hui ces signes sont rarement rencontrés, on voit plus des formes beaucoup plus
frustes qu'autrefois. Surement du au meilleur état nutritionnel et épidémiologique des gens.
Épidémiologie
La différence avec les salmonella enterica non typhiques, c'est que celles typhiques ou
paratyphiques sont spécifiques de l'homme.
C'est une bactérie transmise par voie fécale-orale. Les gens infectés vont éliminer la bactérie dans
leurs selles, à partir de là il peut y avoir contamination de l'eau ou d'aliments (survie dans
l'environnement) que nous pouvons ensuite ingérer. Ici ce ne sont pas les animaux qui sont à
l'origine de la contamination comme avec les autres salmonelles, et il n'y a pas de phase de
multiplication dans l'environnement.
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Un type d'aliment connu pour transmettre cette salmonelle typhique: les coquillages, ils filtrent
beaucoup d'eau et donc sont aptes à concentrer les bactéries. De plus on les mange souvent pas
ou peu cuits.
Dans certains pays: Chili près de Santiago, nord Portugal par exemple où l'on utilise de la fumure
humaine comme engrais. Ceci est un risque supplémentaire de transmission de facteurs typhoïdes.
Physiopathologie
➢ Facteurs liés à la bactérie: elle a la capacité de traverser un épithélium digestif sain.
Pendant la phase d'incubation il y a multiplication de ces salmonelles dans les ganglions
mésentériques: une partie de ces bactéries va réussir à franchir le ganglion et à se glisser
dans le torrent circulatoire. Une autre partie va se lyser sur place et peut être à l'origine
d'hémorragies digestives voire de perforations digestives.
M.Reilly montra le rôle de l'endotoxine circulante qui est un lipopolysaccharide,
responsable par exemple du tuphos car elle va se retrouver au niveau du 3ème ventricule
cérébral et irriter les centres neurovégétatifs à ce niveau et être à l'origine du tuphos. Cette
endotoxine est aussi responsable d'hémorragies ou perforations que l'on trouve parfois au
niveau de l'intestin.
Un autre élément important dans la pathogénie est le fait qu'il y ait une capsule qu'on
appelle d'antigène Vi, qui entoure Salmonella typhi.
➢ Facteurs liés à l'hôte: l'immunité cellulaire qui peut être protectrice, c'est pour ça qu'il y a
des vaccins qui ont été développés pour se protéger de cette salmonelle.
Diagnostic
-Diagnostic direct: on peut faire une coproculture comme les autres salmonelles.
Mais l'indication est de réaliser des hémocultures «culture du sang».
On va récupérer 10ml de sang que l'on met directement (pas d'examen microscopique ici) dans
90ml d'un bouillon, avant qu'il y ait eu des traitements antibiotiques faits et au moment des pics
thermiques puisque c'est au moment des grands frissons qu'on a le plus de chance de trouver des
bactéries circulantes. Néanmoins dans les bouillons il y a un certains de nombre de substances qui
sont là pour éventuellement inhiber les antibiotiques qui auraient pu être donnés et stimuler la
croissance des bactéries.
On incube ces bouillons à 37 degrés : les bactéries poussent et donnent un trou.
Autrefois on regardait à l'œil les trous pour voir la où ça avait poussé. Depuis environ 15ans, on a
des appareils automatiques qui envoient un rayon qui va détecter l'augmentation d'opacité du
milieu. Les tubes passent régulièrement devant un faisceau et on observe l'augmentation de
d'opacité pendant un certain laps de temps: déclenchement d'un signal quand il y a augmentation
de la densité optique, on récupère alors la culture supposée positive pour vérifier qu'elle l'est bien.
Ces systèmes automatiques de détection peuvent aussi être basés sur la production de CO2 ou sur
la diminution de l'O2.
L'hémoculture est une technique très courante, on en fait des centaines pas jours à l'hôpital (pour
salmonella typhique et pour d'autres).
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Puis identification par des caractères biochimiques et ensuite antigéniques pour
conclure qu'il s'agit bien de salmonelles typhiques ou paratyphiques qui ont une formule
particulière.
Il y a aussi possibilité «si on arrive après la bataille» de rechercher l'antigène Vi dans les
urines, car celui-ci est éliminé dans les urines encore quelque temps après que la maladie soit
guérie.
-Diagnostic indirect possible, c'est à dire la recherche d'anticorps produits par
l'organisme infecté par la salmonelle. C'est la méthode de sérodiagnostic qui a été décrite par
messieurs Widal et Félix: recherche d'Ac anti-antigène O de paroi et d'Ac anti-antigène H de
flagelle. On met ces antigènes en contact avec des dilutions progressives de sérum et on voit
jusqu'à quelle concentration ça agglutine (réaction d'agglutination). On aura un titre, s'il est
supérieur à 0,O1 on considère qu'il y a infection.
Traitement
Contrairement à tout à l'heure, où ce n'était pas obligatoire de traiter une Salmonella
enterica non typhique, pour celle typhique il faut donner un traitement curatif: soit une
fluoroquinolone, soit une C3G.
Sur le plan préventif il existe des vaccins: avant le vaccin TAB à base de bactérie tuée
mais l'endotoxine était toujours là et ce vaccin rendait très malade. Maintenant ce vaccin n'est plus
obligatoire sauf dans les armées mais avec un autre vaccin qui ne rend pas malade: vaccin oral qui
correspond à un mutant non virulent.
La prévention passe aussi par l'hygiène, fécale, des aliments , de l'eau. Il existe aussi un CNR qui
surveille les infections à Salmonella typhi: c'est une infection à déclaration obligatoire, il y en a
actuellement en France environ une centaine qui sont essentiellement des cas importés (++Afrique
du nord: Maghreb et Égypte).
C) Escherichia Coli
C'est une bactérie qui est présente dans le tube digestif de tous les hommes, ainsi d'ailleurs que
dans le tube digestif des animaux. Sa présence dans l'environnement (par exemple dans l'eau ou
les aliments) va signer une contamination fécale.
1) Maladies associées et Physiopathologie
Sur le plan clinique on observe deux grands groupes d'infections : les infections dites extraintestinales et les infections intestinales.
a) Infections extra-intestinales
Les infections extra-intestinales peuvent être différenciées en 4 catégories :
– Les infections néonatales : elles ne sont pas très fréquentes mais représentent quand
même la 2ème cause d'infection néonatale bactérienne après le Streptococcus agalaxiae,
qui est un streptocoque du groupe B.
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Chez Escherichia coli sont impliquées en particulier des souches qui ont l'Ag K1 (Ag qui sur
le plan de la structure chimique est très proche du polysaccharide du méningocoque B).
Cette infection est acquise par le nouveau né lors de la traversée de la filière génitale et
peut se traduire par une septicémie avec ou sans méningite ou bien par une
pneumopathie. En effet le sérogroupe E.coli K1 est largement distribué dans les selles
(présent donc chez beaucoup de mamans) et peut donc contaminer le vagin.
Heureusement c'est une infection assez exceptionnelle.
– Les infections urinaires : (extrêmement fréquentes +++) Ce sont des infections
ascendantes. En pratique les bactéries sont dans l'intestin, elles vont pouvoir coloniser le
périnée, ensuite passer dans l'urètre (cela est d'autant plus facile chez la femme dont
l'urètre est court ), et vont avoir ainsi accès à la vessie où elles vont se multiplier. On aura
donc une bactériurie d'abord asymptomatique puis avec des signes de cystite. Cela peut se
compliquer si on a un reflux vésico-urétéral car il y aura ensemencement des bassinets ce
qui conduit à une pyélonéphrite.
Histoire naturelle de la maladie :
•
•
•
•
colonisation urinaire (colonisation du périnée,
asymptomatique)
cystite (aigue simple, compliquée, récidivante)
pyélonéphrite (aigue simple, compliquée)
prostatite aigue
de
l'urètre,
bactériurie
Tout cela peut être favorisé parce que certains E.coli ont un ilôt de pathogénicité qui leur donne la
capacité d'aller coloniser mieux que d'autres et en particulier jusqu'au niveau du rein.
Également, certaines personnes ont des récepteurs sur leurs cellules qui permettent une meilleure
adhérence des E.coli. Donc le couple « bactérie-hôte » entre en jeu dans la fréquence de ces
infections, qui peuvent être répétitives.
On distingue :
 les cystites aiguës simples : quand ça arrive la première fois, quand il n'y a pas de
facteurs de risque
 les cystites compliquées : notamment quand elle sont associées à une pyélonéphrite
 les cystites que l'on observe chez la femme enceinte : pour des raisons
physiologiques, il y a une stase urinaire et donc il y a plus de risques (elles sont souvent
asymptomatiques mais réelles)
 les cystites récidivantes
Il peut y avoir également, chez l'homme, une contamination de la prostate et on aura alors
une prostatite aigue.
– Les infections hépatobiliaires : Comme vous le savez peut être, E.coli est la principale cause
des cholécystites.
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– Les infections opportunistes : Environ la moitié des infections nosocomiales sont dues à
E.coli. Il peut s'agir d'infections respiratoires (basses notamment chez les gens qui sont
intubés ), d'infections après chirurgie, il peut y avoir un passage dans le sang (bactériémie ).
b) Infections intestinales
E.coli peut également être à l'origine d'infections intestinales.
En fonction des critères de pathogénicité à l'origine du problème on peut distinguer quatre
groupes :
– Les E.coli entérotoxinogènes : ils sont à l'origine d'une diarrhée hydrique. Comme leur nom
l'indique ces bactéries sont capables de sécréter deux entérotoxines : une thermostable et
une thermolabile. Cette dernière est pratiquement identique à celle de Vibrio cholerae . En
fait elle est produite en moins grande quantité et moins bien exportée de la cellule ce qui
fait que les symptômes sont moins graves.
On retrouve ces E.coli dans certaines régions du monde, en particulier au Mexique où ils
sont à l'origine d'infections du voyageurs (c'est pour ça que l'on a appelé cela la tourista car
tous les américains qui allaient au Mexique attrapaient cette infection à E.coli
entérotoxinogène). Mais ça ne veut pas dire que toutes les infections acquises par les
touristes partout dans le monde sont forcément dues à cet E.coli entérotoxinogène. En
effet cela dépend de la prévalence de tel ou tel pathogène dans tel ou tel pays qui agit donc
sur la fréquence de l'infection.
Les E.coli ont la capacité de fabriquer des toxines mais il leur faut également un facteur
d'attachement donc ils ont également des gènes qui vont coder pour ces facteurs
d'attachement (ces gènes sont codés par des plasmides). En effet il faut qu'ils puissent
coloniser une région de l'intestin pour pouvoir produire la toxine en quantité suffisante.
On les rencontre essentiellement dans les pays tropicaux, on ne voit pas ça en France sauf
en cas d'importation.
– Les E.coli entéroinvasifs : ils sont très très proches des Shigella (on dit que ce sont des
« Shigella qui ne disent pas leur nom » ). Ils sont également très rares dans les pays
tempérés.
– Les E.coli entérohémorragiques : on les rencontre souvent en France et en Europe. Ils sont
capables de produire une cytotoxine qui va provoquer un diarrhée inflammatoire (par la
cytotoxine) mais non invasive contrairement à ce que l'on a vu pour les Salmonnelles par
exemple
Cette cytotoxine peut passer dans le sang et être à l'origine de problèmes dans le rein ou
dans le foie. On parle de syndrome urémique-hémolytique. La source principale de ces
E.coli entérohémorragiques est le boeuf,en particulier la viande bovine donc si vous
mangez des hamburgers pas assez cuits vous avez une chance de vous contaminer avec
cette bactérie.
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Anecdotes :
Il y a 4-5ans, dans le sud-ouest, des boîtes de viande hachée contaminées par un E.coli
entérohémorragique avaient été commercialisées et il y a eu un grand nombre de diarrhées
hémorragiques, quelques syndromes urémique-hémolytiques et même des décès suite à cette
affaire …
En écosse, ils avaient élu le « Butcher of the year » (parce qu'il faisait bien son boulot ^^) et dans
les semaines qui ont suivi sa viande a été à l'origine d'une épidémie terrible avec des E.coli
entérohémorragiques. La honte !!!!!
– Les E.coli entéroadhérents : ils sont à l'origine d'une diarrhée hydrique (comme les
entérotoxinogènes). Ils vont tapisser la muqueuse jéjunale (les Giardias font cela
également) et donc provoquer une diarrhée par défaut de réabsorption liquidienne. On les
rencontre aussi chez nous.
2) Diagnostic
a) Diagnostic direct
Le diagnostic est essentiellement direct.
Il y un grand nombre de prélèvements dans lesquels on peut les isoler : urinaire, selles etc...
Ces bactéries ont la particularité de pousser sur des milieux ordinaires. On utilise le BCP (Bromo
Crésol Pourpre) : on dispose d'une gélose normale dans une boite de pétri avec du lactose comme
sucre et un indicateur de pH qui est le BCP. Les E.coli ont la particularité d'utiliser le lactose, donc
d'acidifier le milieu, de faire virer l'indicateur de pH du violet au jaune, ce qui veut dire que les
colonies d'E.coli apparaissent jaunes sur ce milieu de culture .
L'identification se fait sur les caractères biochimiques de la bactérie :
– On peut les identifier sur ce caractère lactose +
– et puis sur bien d'autres caractères utilisés aussi pour d'autres entérobactéries avec des
galeries d'identification miniaturisées (de la firme API ) ou encore des appareils
automatiques
– ou encore on peut utiliser des systèmes physiques comme par exemple le MALDI-TOF,
spectromètre de masse.
Une fois qu'on a identifié au niveau de l'espèce : si c'est une infection néonatale on pourra
regarder s'il y a l'Ag K1 (agglutination K1) car comme vu précédemment la plupart des infections
sont dues à ce sérogroupe particulier.
Dans le cas des infections intestinales la recherche des facteurs de pathogénicité n'est pas
réalisée en routine bien qu'il existe des PCR qui permettraient de mettre en évidence soit
l'entérotoxine soit le caractère entéro-invasif ou le caractère entéro-adhérant. En pratique ce n'est
pas réalisé car c'est trop cher et que le plus souvent ces infections rentrent dans l'ordre
rapidement. On peut le faire dans le cadre d'études ponctuelles quand on veut avoir des idées sur
l'épidémiologie, pour des gens qui reviennent de certains pays.
Par contre on va faire un antibiogramme car les E.coli ont acquis un certain nombre de résistance
tant au niveau des β-lactamines, des aminosides, voire des fluoroquinolones. Et donc il est
important de savoir exactement quels antibiotiques on va pouvoir utiliser.
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b) Diagnostic indirect
Le diagnostic indirect (recherche d'Ac ) n'est pas réalisé.
3) Traitement
a) Infection néonatale
On va taper fort.
Si possible C3G associé à un aminoside pour avoir un maximum de chances de détruire les
bactéries le plus rapidement possible.
b) Infection urinaire
-Cystites:
• Traitement minute : Fosfomycine – Trometanol (appelé Monuril®)
• Nitrofurantoïne
• Fluoroquinolone (ou une quinolone de 1ère génération mais on privilégie plutôt la
fluroquinolone)
-Pyélonéphrites ou prostatites : traitement injectable de type C3G ou fluoroquinolone
Chez la femme enceinte : β- lactamines comme l'amoxicilline, cefixime, Augmentin®, voire
nitrofurantoïne. Les autres antibiotiques pourraient avoir une effet sur le fœtus.
c) Infections digestives
Sauf cas particulier, on ne va pas donner de traitement antibiotique.
« Je ne vais pas vous parler du groupe Klebsiella/Enterobacter/Serratia que je vous ai cité tout à
l'heure car elles sont responsables surtout d'infections nosocomiales donc vous en entendrez
parler dans ce contexte. »
D) Shigella
C'est aussi une bactérie entérique.
Il y a 4 espèces :
• Shigella boydii
• Shigella dysenteriae
• Shigella flexneri
• Shigella sonnei
1) Maladies associées
a) Dysentérie bacillaire
Shigella dysenteriae est la shigelle historique, décrite par un japonais, monsieur Shiga, dans un
contexte clinique de dysenterie , d'où son nom.
Elles est responsable de la Dysenterie Bacillaire qui dans sa forme typique correspond à un
syndrome dysentérique (émission fréquente de glaire muco-sanglante (que l'on appelle le crachat
dysentérique)dans un contexte d'épreintes (coliques douloureuses) et de ténesmes (faux besoins))
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Ce syndrome dysentérique survient toujours dans un contexte infectieux sévère. En effet, il va y
avoir une hyperthermie et parfois des troubles méningés associés (méningisme)
C'est d'autant plus grave si l'on est sur un terrain défavorable (enfant malnutri par exemple ). Il
peut y avoir des complications et cette bactérie est parfois mortelle ( il peut y avoir passage dans le
sang, c'est rare mais possible ).
On ne voit pratiquement plus cette forme typique de dysenterie bacillaire, essentiellement due à
Shigella dysenteriae sauf quand il y a des épidémies (Bengale, Bangladesh, Afrique ) mais c'est
quand même relativement exceptionnel.
b) Infection intestinale invasive
Par contre ce que l'on a beaucoup ce sont des formes plus banales de diarrhée à Shigella, infection
intestinale invasive, où les symptômes sont très proches de ce que l'on observe pour les
Salmonella non typhiques (diarrhées, douleurs abdominales, sang dans les selles )et dans un
contexte où il peut y avoir un peu d'obnubilation mais il y a rarement un passage sanguin.
Ces formes plus banales sont rencontrées en France et là il s'agit le plus souvent de Shigella
importées (boydii, flexneri) et parfois de Shigella autochtone (Shigella sonnei).
2) Épidémiologie
La particularité des Shighella est la mémé que Salmonella thyphi : ce sont des pathogènes strictes
de l'Homme (pas d'hôtes intermédiaires animaux).
Elles ont donc les mêmes modes de transmission que Salmonella : fécal-oral
Il semble qu'elle ne survit pas bien dans l'environnement donc on a une transmission plus directe
qu'alimentaire : on dit que c'est la maladie des mains sales . Transmission d'un hôte à un autre
par exemple à cause d'une mauvaise hygiène des mains. Il peut y avoir aussi transmission par les
mouches qui vont des selles sur les aliments.
S. dysenteriae est à l'origine d'épidémies en pays tropicaux.
3) Physiopathologie
a) Facteurs liés à la bactérie
Ce sont d'abord leur capacité à envahir les cellules : elles vont pénétrer dans la cellule et ensuite
se transmettre horizontalement entre les cellules épithéliales intestinales et ainsi une cellule
infectée va contaminer les cellules qui l'entourent et ainsi de suite . Alors se forment des espèces
d'abcès au niveau de l'intestin. Donc il y a élimination par les selles de ces glaires mucosanglantes : c'est l'exemple le plus typique d'une diarrhée inflammatoire invasive.
En plus elle est capable de fabriquer la Shiga toxine qui serait responsable en diffusant par le sang
du méningisme (espère d'irritation des centres neuro-végétatifs)
b) Facteurs liés à l'hôte : État immunitaire et nutritionnel déficient
Tout le monde est à peu près égal devant les shigelles mais chez des personnes mal nourries ou
avec des déficits immunitaires on risque d'avoir des maladies plus graves.
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4) Diagnostic
a) Diagnostic direct : La Coproculture
C 'est très proche de ce que l'on observe avec les Salmonelles sauf que l'on n'a pas besoin
d'enrichir les milieux.
Après les étapes sont les mêmes : on va repérer les colonies suspectes d'après leur aspect, on va
étudier leurs caractères biochimiques, ça permet d'identifier telle espèce de shigelle et ensuite on
va faire un antibiogramme pour utiliser le meilleur antibiotique.
b) Diagnostic indirect
On peut être amené à faire éventuellement un diagnostic indirect parce qu'il y a des cas de
syndrome articulaire post infectieux : c'est un problème immunologique donc dans ces cas là, il y
a un taux d'Ac relativement élevé.
5) Traitement
a) Traitement curatif
Il faudra traiter ces diarrhées par des antibiotiques de manière systématique.
Les antibiotiques que l'on préconise sont les fluoroquinolones (voie orale) et les C3G (voie
injectable).
On a plutôt tendance à commencer par les fluoroquinolones car on va stériliser l'intestin vu que
c'est donné par voie orale alors que les C3G sont des produits essentiellement injectables.
b) Traitement préventif : Hygiène en particulier des mains
En effet il y a eu des études de faites dans des régions où il y avait à la fois des dysenteries
bacillaires et le choléra. Ils ont agit sur les sources d'eau utilisées dans des villages et ont remarqué
que si l'on agit sur l'eau on va faire disparaître les problèmes de choléra mais que ça n'a
pratiquement aucun effet sur les shigelles (c'est vraiment une transmission plutôt directe ).
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Campylobacter
La principale cause d’infections intestinales (toutes causes confondues) est virale : il s’agit
des Rotavirus .
En ce qui concerne les infections bactériennes : ce sont les Campylobacters .
Ces bactéries sont à l’origine d’une infection entérique de type invasif (proche de ce que l’on
observe pour Salmonella Entérica non typhique, Shigella etc.) :
– diarrhées
– douleurs abdominales
– sang dans les selles (le plus fréquent)
Ce n’est pas très grave mais le risque de rechutes est important.
Il peut y avoir des complications notamment infectieuses.
C’est peu fréquent avec les deux espèces les plus souvent rencontrées (Campylobacter jéuni et
Campylobacter Coli) mais très fréquent avec la 3ème espèce (Campylobacter Fœtus) qui passe
dans le sang et est à l’origine de localisations secondaires.
lI peut aussi y avoir des complications post infectieuses de nature immunologique:
– arthrite post infectieuse.
– spécifique à Campylobacter. Jéjuni : le syndrome de Guillain barré = polyradiculonévrite
théoriquement réversible due à un mimétisme antigénique. Ce syndrome n’est pas
seulement dû aux infections à Campylobacter, il peut se rencontrer après des infections
virales voire des vaccinations contre des infections virales.
Par exemple, la vaccination contre la grippe l’an dernier effrayait certaines personnes.
Au final, sur toutes les vaccinations faites en France l’année passée, il n’y a pas eu un seul
cas de syndrome de Barré.
Les virus par rapport aux Campylobacters se partagent à peu près 50 – 50 l’étiologie de ces
syndromes de Guillain Barré. Mais les plus graves sont post-Campylobacter.
Cela se traduit par une paralysie qui peut toucher tous les muscles de l’organisme,
diaphragme compris. Il peut y avoir des séquelles, et un an après il y a toujours 15 ou 20%
des sujets qui ont du mal à marcher tout seul.
Remarque : on note 700 cas par an en France dont une partie sont due à Campylobacter. Cela
survient à tout âge.
1) Epidémiologie
Ces Campylobacters sont des commensaux du tube digestif (TD) des oiseaux, notamment
des volailles.
On peut les trouver dans le TD d’autres animaux (bovins, rongeurs etc.) mais la contamination sera
la plus souvent alimentaire suite à la consommation de volailles.
Il faut voir la volaille comme le cheval de Troie qui introduit Campylobacter dans la cuisine.
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Et à partir du moment où ils sont introduits dans la cuisine, ils vont pouvoir se diffuser à des
aliments que nous mangeons crus.
On parle de contamination croisée (manque d’hygiène+++).
Tous les poulets que nous achetons sont recouverts de Campylobacters.
Quand on manipule un poulet, il y a des règles d’hygiène à respecter:
– se laver les mains
– nettoyer les endroits sur lesquels on a posé le poulet cru
– ne pas le stocker dans le frigo avec de la salade etc.
Donc tout se passe à la cuisine, contamination croisée.
C’est l’essentiel mais ce n’est pas exclusif, il y a d'autres contaminations plus rares :
– boire du lait non pasteurisé provoque quelques petites épidémies comme ça.
– Par l’eau, si un réservoir est contaminé
– par défaut de chloration du réseau de distribution de l’eau.
– les cas de contamination directe a partir d’un autre malade
– les aires de jeux avec des enfants qui vont jouer et porter leurs mains a la bouche.
80% des cas de contaminations se font par la volaille que l’on a introduit dans notre maison.
2) Physiopathologie
C’est une bactérie qui est à l’origine d’une diarrhée inflammatoire et invasive.
a) facteurs liés a l’hôte
Il s'agit de l'Immunité locale uniquement.
Il y a beaucoup de sérogroupes de Campylobacters donc avant d’être prémuni contre tous il peut
se passer beaucoup de temps. Néanmoins les enfants qui vivent dans les pays en développement
vont s’infecter de manière répétée, et à la longue ils vont être porteurs asymptomatiques. S'ils
déménagent dans des pays développés, ils perdent leur immunité et quand ils reviennent chez
eux, ils vont s’infecter à Campylobacter: on appelle ça la diarrhée du retour.
La complication dont on a parlé précédemment, le syndrome de Guillain Barré, est un
mimétisme antigénique. Le lipopolysaccharide de la membrane externe de la paroi de
Campylobacter, va entraîner la production d’anticorps qui vont en même temps reconnaître le
ganglioside de la gaine des nerfs, en particulier le GM2 -> inflammation, destruction de la gaine
des nerfs donc plus de transmission de l’influx nerveux.
C’est sûrement le plus bel exemple de mimétisme moléculaire que l’on a en médecine.
3)Diagnostic
a)Diagnostic direct
→ Recherche de la bactérie
- à l’examen microscopique on peut voir des cellules inflammatoires (polynucléaires par
exemple) et des bactéries qui bougent très vite, on parle de mobilité en vol de moucheron
(image des moucherons qui tournent autour des lampes l'été)
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- coproculture sur milieu particulier (le plus important)
Milieu enrichi puis milieu rendu sélectif par ajout d’antibiotiques (auxquels ils st résistants)
dans le but de ne garder que les campylobacters.
→ Ensuite on les identifie :
- soit par des caractères biochimiques .
D’abord ce sont des bactéries micro aérobies, il faut donc les cultiver dans une atm avec
moins d’oxygène.
Elles poussent à 42° (caractère qui signe leur origine aviaire).
Pour l’espèce principale = Campylobacter Jéjuni : on a l’hydrolyse de l’hippurate
(caractéristique très importante).
– soit avec la spectrométrie de masse (très performante)
→ On étudie ensuite la sensibilité aux AB.
Important : ces dernières années il y a eu une augmentation de la résistance aux
fluoroquinolones, qui a fait l’objet d’un grand débat : est-elle due à l’augmentation de
consommation chez l’homme (c’est effectivement le cas) ou à l’utilisation de fluoroquinolone
vétérinaire ? Certains laboratoires ont développé des composés très proches qui sont utilisés dans
les élevages -> induction d’une résistance croisée. C’est sûrement également une cause
importante de l’augmentation de la résistance aux fluoroquinolones. On cherche également la
résistance aux autres AB.
b)Diagnostic indirect
La recherche d’Ac n’est utilisée que pour les syndromes post-infectieux : arthrites ou
syndrome de Guillain Barré
4)Traitement
a)traitement curatif
– Si on arrive assez tôt : macrolide, voire fluorquinolone si c’est sensible.
– Si on est face à une infection systémique (passage dans le sang et localisations
secondaires ) qui sont des infections graves survenant souvent chez des sujets ayant
d’autres pathologies : traitement de choc.
b)Traitement préventif
Hygiène alimentaire +++
Contaminations croisées : volailles recouvertes de Campylobacter -> nécessitent des règles
d’hygiène strictes.
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Helicobacter pylori
Introduction historique
Bactérie découverte en 1982.
Avant on considérait l’estomac comme une niche écologique stérile du fait de l’acidité.
Dans les années 70 s’est développée la fibroscopie.
Mais du fait de ce paradigme (estomac stérile), personne ne regardait l’estomac à l’exception d’un
australien, Barry Marshall :
– il a regardé des biopsies de l’estomac à fort grossissement (X1000). Il a vu des bactéries
au niveau de la muqueuse gastrique ainsi qu’une inflammation.
– il a ensuite tenté de cultiver ces bactéries sur les mêmes milieux que Campylobacter,
sans succès. Jusqu'au jour de pâques 1982, où les boîtes ne sont pas restées 3 ou 4
jours comme d’habitude mais 7 jours -> des colonies bactériennes avaient poussé : il
s'agissait d'Hélicobacters .
Cette bactérie était connue bien avant mais personne n’avait réussi à la cultiver. Barry
Marshall (jeune médecin australien) et son collège Robin Warren (étudiant avec qui il
travaillait) sont donc à l’origine de cette découverte .
– Ils ont ensuite essayé de montrer que cette bactérie était à l’origine de la maladie
ulcéreuse . Dur et long (une décennie) car les gens pensaient que l’acidité gastrique
était à l’origine des ulcères (pas foncièrement faux), mais il a finalement été reconnu
qu'hélicobacter était à l’origine de la maladie ulcéreuse, ce qui a valu à Marshall et
Warrel le prix Nobel de 2005. Il n’y a que deux fois où le prix Nobel a été donné pour la
découverte d’une bactérie (1905 pour la découverte de Mycobactérium Tuberculosis
par Robert Koch).
Cette bactérie vit dans le mucus, entre pH 4 à 6.
Conséquences de l'infection à Hélicobacter:
• Cette infection est à l’origine des cancers de l’estomac qui sont de deux types:
-adénocarcinome (cellules épithéliales)
- lymphome gastrique du MALT.
Même si la preuve formelle n’a pas encore été faite, c’est vraiment le facteur de
risque majeur de développer un cancer de l'estomac.
Retenir qu'il n’y a pas de cancer gastrique sans infection à Hélicobacter.
• Elle peut être à l’origine d’une atrophie gastrique.
• Elle est aussi impliquée dans les maladies CV et neurologiques. L’estomac est un organe
volumineux et avoir une inflammation persistante (tout au long de la vie), peut entrainer
des conséquences indirectes sur les maladies CV (infarctus, AVC) voire sur des maladies
neurologiques telles que la maladie d’Alzheimer qui semblent être plus graves quand il y a
une infection à hélicobacter. On parle de l'infection comme une cause indirecte.
1)Épidémiologie
Maladie inféodée a l’homme.
La transmission est inter-humaine et se produit essentiellement dans l’enfance au sein de la
famille.
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Le plus souvent, c’est une transmission mère -> enfant.
Il peut aussi y avoir transmission dans les crèches etc.
Transmission essentiellement oro-orale. Le risque de transmission féco-orale est très limitée car
la bactérie se trouve dans les selles mais elle y est vite détruite (par les autres bactéries).
On peut trouver des Ag dans les selles mais il n’y a plus de bactérie viable sauf si on a un transit
extrêmement perturbé.
Il faut présence de diarrhées, une mauvaise hygiène fécale, et une mauvaise hygiène de l’eau
d’adduction pour qu’il y ait contamination féco-orale.
On se contamine dans l’enfance et on garde l’infection donc l’inflammation de la muqueuse
gastrique, toute sa vie.
Cette infection est généralement asymptomatique. Cependant, environ 10% des sujets infectés
développeront un ulcère, 1% un cancer gastrique et entre 0 et 1% un lymphome gastrique
2)Physiopathologie
a)Les facteurs liés à la bactérie :
Elle possède un îlot de pathogénicité qui lui permet d’injecter des molécules dans les cellules
épithéliales. Parmi elles:
– Caga qui entraîne l’activation des voies de signalisation cellulaires impliquées dans le
cancer gastrique. C’est donc une protéine importante pour le développement de
l’aspect carcinogène.
– une cytotoxine appelé Vaga
– des facteurs d’adhérence qui leur permettent d’adhérer à la muqueuse.
b)Les facteurs liés à l’hôte :
– Pour l’ulcère c’est surtout le tabagisme
– Pour le cancer c’est surtout le régime alimentaire : peu de vitamines et beaucoup de
nitrates, les produits carnés qui donnent des nitrosamines (= produits carcinogènes
pour l’estomac.).Le polymorphisme des cytokines et les groupes sanguins (important
pour l’adhérence des bactéries) interviennent également.
3)Le diagnostic
a)Diagnostic direct
Recherche de la bactérie:
– biopsie lors d’une fibroscopie gastrique
– culture en micro aérobiose sur milieu enrichi et sélectif -examen histologique
(inclusion,coupes, lames, coloration HES,observation au microscope)
– test à l’uréase : on met la biopsie dans un milieu particulier dans lequel on va détecter
avec un indicateur de pH, le virage de cet indicateur. On l’obtient en quelques minutes
du fait de la production d’ammoniac qui signe la présence d’uréase dans la biopsie.
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b)diagnostic indirect
– test respiratoire a l’urée marquée : c’est le premier test utilisant un isotope non
radioactif. On fait ingérer de l’urée marquée au carbone 13. S'il y a présence
d’Hélicobacter, hydrolyse de l’urée par l’uréase, libération de CO2 marqué, passage
dans le sang puis dans l’air expiré. Donc on va récupérer l’air expiré avant et 30 mn
après l’ingestion d’urée marquée et on va étudier ça avec un spectromètre de masse.
– recherche des Ag de Pylori dans les selles.
– réaction sérologique c'est-à-dire recherche d’Ac.
4)Les traitements
C’est essentiellement un traitement curatif avec :
– deux antibiotiques : l’amoxicilline et la clarithromycine .
– et un anti-sécrétoire pour que les antibiotiques puissent agir.
Quand on éradique la bactérie on guérit le lymphome du MALT. En revanche en éradiquant la
bactérie, on ne guérit pas le cancer gastrique.
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