Lettre d`intention « Application du panel NGS avec une couverture

Lettre d’intention « Application du panel NGS avec une couverture de moins de
20kb à visée diagnostique et théranostique pour les tumeurs solides »
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Titre « Application du panel NGS avec une couverture de moins de 20kb à visée
diagnostique et théranostique pour les tumeurs solides »
Acronyme : NGS-K20
Première soumission de ce projet de recueil de données ? OUI
Nom et prénom de l’investigateur-coordinateur
Pr MOSSER -Jean
PU-PH Biochimie et Biologie moléculaire
CHU de RennesService de Génétique Moléculaire et Génomique
e-mail : [e-mail]
tel : [phone]
Financement(s) antérieur(s) dans le cadre des appels à projet de la DGOS
Sociétés savantes coordinatrices
GFCO (Jean Mosser) - GGC (C Noguès) – SFP (Jean-Yves Scoazec)
Médecin, Chirurgien-Dentiste / Biologiste / Infirmière / autres Paramédicaux
Anatomopathologiste, Biologiste /Techniciens et ingénieurs en biologie moléculaire
Etablissement-coordonateur responsable du budget pour le Ministère de la santé
CHU de Rennes
Domaine de Recherche
Tumeurs solides
Nom du méthodologiste (+ tel + email) A déterminer
Nom de l’économiste de la santé (si nécessaire) (+ tel + email) à déterminer parmi les
économiste du volet 3 NGS-INCa
Structure responsable de la gestion de projet A déterminer
Structure responsable de l’assurance qualité A déterminer
Structure responsable de la gestion de données et des statistiques A déterminer
Nombre prévisionnel de centres d’inclusion (NC)
28 plateformes financées par l’INCa
Pour l’analyse BRCA1/2 somatique : implication des 16 laboratoires réalisant l’analyse
BRCA1/2 et impliqués dans l’essai PAOLA1

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Co-investigateurs (1 à N)
Nom
Etablissement
Ville Pays Hôpital E-mail Tel
Spécialité}]
Domaine d’expertise
Pr Karen Leroy
AP-HP Cochin, Paris
[e-mail]
01 58 41 12 16
Oncologie moléculaire
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Pr Marc Denis
CHU Nantes
Typage NGS ciblé ADN
tumoral circulant
Dr Hélène Blons
HEGP Paris
[e-mail]
0156095686 Biochimie UF
de Pharmacogénétique et
Oncologie moléculaire
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Typage NGS ciblé ADN
tumoral circulant
Pr Jean Mosser
CHU de Renne
[e-mail]
0299284271
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Pr Nadem Soufir – Nathalie
Anton-Theou
CHU de Bichat
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides, spécifiquement
mélanome
Véronique Haddad
Centre Léon Bérard Lyon
RNAseq application
diagnostique
Julien Edeline
CLCC Rennes
neuroncologie et
RCPmoléculaire
Ludovic Lacroix
IGR
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Typage NGS ciblé ADN
tumoral circulant
Pr Cédric Lemaréchal
CHU de Brest
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Pr F Pedeutour
Laboratoire de Génétique
des Tumeurs Solides CHU
de Nice
[e-mail]
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Pr L. Karayan-Tapon
Laboratoire de Cancérologie
biologique CHU de Potiers
Typage NGS ciblé Tumeurs
solides
Pr JF Emile
Ambroise Paré
GIST
Pr Hagay Sobol
Marseille
BRCA1/2 somatique

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PROJET DE RECHERCHE
Rationnel (contexte et hypothèses)
Ce projet s’inscrit dans la médecine de précision, guidée par la description des
altérations génétiques tumorales à intérêt théranostique et/ou pronostic. Certaines drogues
bénéficient d‘une AMM conditionnée par la présence d’altérations acquises. Concernant les
tumeurs solides, il s’agit des mutations de BRAFV600 (mélanome - vemurafénib), des
mutations de EGFR (cancer pulmonaire non à petite cellule - EGFR-TKI), de mutations des
gènes KRAS et NRAS (cancer colorectal métastatique - anticorps anti-EGFR), de mutations
de KIT et PDGFRA (GIST – imatinib et autres inhibiteurs) ou encore des mutations de BRCA1
et 2 (cancer ovarien avancé - olaparib). A ces altérations s’ajoutent d’autres mutations ayant
un impact thérapeutique : ALK et MET (programme AcSe Crizo), BRAF (programme ACSE
vemurafenib), mutations de résistance au traitement TKI-EGFR de 1e, 2e puis 3e génération,
ou au vemurafénib. Le groupe de travail NGS de l’INCa a défini un panel minimal d’environ
100 cibles distribuées sur une vingtaine de gènes, pouvant être proposé aux patients en
remplacement des forfaits par pathologie identifiés dans la liste complémentaire et basé sur la
cotation N452 pour une AMM ou ATU conditionnée. Un second panel, également coté N452,
regroupant l’ensemble des exons et jonctions introniques des gènes BRCA1 et 2 est
nécessaire depuis l’AMM de l’olaparib.
Les laboratoires pourront mettre en place des panels en fonction des applications
choisies. Il s’agit de marqueurs ayant fait l’objet d’une validation clinique dans la littérature et
ayant une application pour l’orientation diagnostique ou théranostique des patients (liste
détaillée ci-dessous). Ils ont donc des applications immédiates et validées pour au moins un
des cancers. Nous distinguerons pour l’évaluation les panels dédiés aux tumeurs solides avec
prescription AMM (pouvant aussi être utilisé pour l’ADN tumoral circulant) et le panel contenant
les gènes BRCA1 et 2 et spécifique aux cancers de l'ovaire.
Ce séquençage haut débit (NGS) de moins de 20 kb permet une analyse systématique
d’un plus grand nombre de cibles en harmonisant les procédures analytiques. Il permet aussi
en complément du panel de moyenne taille (20-100kb) (de prévoir très en amont la possibilité
pour le patient de bénéficier d'une prise en charge spécifique soit dans le cadre d'un essai soit
dans le cadre d'une prise en charge hors AMM validée en RCP) l’inclusion de patients porteurs
de mutations non référencées dans des essais cliniques. Ce séquençage peut être couplé à
une RCP moléculaire.
Ces panels courts NGS-K20 sont adaptés au diagnostic hebdomadaire et offrent une
amélioration potentielle de la prise en charge via la détection d'un panel plus large de variants
et de la possibilité d'utiliser ces panels pour la caractérisation de l'ADN tumoral circulant en
diagnostic ou en suivi. Il est beaucoup plus rentable de travailler sur un panel de gènes dans
le cas de l'ADNtc en particulier lorsque la mutation initiale n'est pas connue. et du suivi
dynamique sur biopsie liquide des tumeurs solides. Il s’agit de rendre ces analyses dans un
délai compatible avec la décision thérapeutique (7 à 15 jours). Le but principal de ce panel est
de remplacer progressivement les recherches individuelles d’altérations marqueur par
marqueur. Les données recueillies doivent permettre de montrer l’efficience du NGS par
rapport aux techniques conventionnelles.
Originalité et Caractère Innovant
Cette approche NGS est en diffusion aux sein des laboratoires de génétique
moléculaire des tumeurs. En 2014, 6 laboratoires avaient un rendu en NGS des marqueurs
les plus fréquents dans le côlon et le poumon. En 2015, 15 laboratoires utilisent cette approche
en routine et de nombreux laboratoires sont en cours de validation.
L'augmentation du nombre de marqueurs testés par patient permet l’amélioration de la
stratification moléculaire basée sur des altérations actionnables. Ces techniques bénéficient

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d’une sensibilité et d’une spécificité suffisante pour tester les échantillons FFPE et
plasmatiques (tableau FFPE vs techniques classiques et FFPE vs ADN circulant).
Les marqueurs sélectionnés sont en phase précoce n’ayant pas fait l'objet d'une prise
en charge publique dans le diagnostic moléculaire des tumeurs solides bénéficiant d’AMM ou
ATU conditionnée. Cette approche ne conduit à aucun risque pour le patient ou l’opérateur par
rapport aux techniques standard de génétique moléculaire. Cette approche peut entrainer la
standardisation des méthodes de diagnostic. Les laboratoires ont en effet un spectre de
méthodes très divers pour la recherche des anomalies moléculaires.
Des études complémentaires ont montré que :
1. le NGS est une technique compatible avec le diagnostic moléculaire de routine en
cancérologie (plusieurs publications )
2. l’augmentation du nombre de marqueurs testés par patient peut avoir un impact dans
prise en charge des patients (Barlesi, Lancet, 2016 ; mutation Met AcSe dans le poumon…)
3. que le NGS réduit le cout du test par cible
Il faut donc démonter le rationnel médico-economique du forfait NGS-K20, ce qui constitue
l’objet du projet.

Lettre d’intention « Application du panel NGS avec une couverture de moins de 20kb à visée diagnostique et théranostique pour
les tumeurs solides »
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[max. 160 mots]
Objet de la Recherche
Marqueurs concernés et indications
Pathologie – nature du panel
Gènes impliqués
Niveau de preuve
Sous pilote
Ovaire
BRCA1/2
AMM olaparib
A déterminer
Poumon
Forfait poumon + ERBB2 +
BRAF (+ MET +
+ TP53
AcSe
Biomarqueur émergents
Dr Hélène Blons / Pr Karen leroy
Côlon
Forfait côlon + BRAF
PIK3CA
TP53
ERBB2/3
En cours d’évaluation
Pr Karen Leroy
Mélanome
Forfait mélanome + KIT (3
exons)
AMM
Pr Nadem Soufir
ADN tumoral circulant poumon
(poumon) EGFR + T790M +
KRAS
AMM
Pr Marc Denis – Nantes
Dr Hélène Blons
GIST
KIT + PDGFRA
AMM
Pr Jean-François Emile
Transcrits RNASeq poumon
ALK+ROS1
RET
AMM crizotinib
AcSe
A déterminer