UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte Jaffar-Bandjee

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UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte
Jaffar-Bandjee
Date : 10/04/2017 Plage horaire : 14h-16h
Promo : P2 2016/2017
Ronéistes :
Shânaa Boyer
Océane Damour
Virus responsable des infections respiratoires
I  Principaux virus
II  Virus Influenza (Myxovirus)
III  Adénovirus
IV  Virus respiratoire syncytial VRS
V  Métapneumovirus
VI  Rhinovirus
VII  Coronavirus
Annales

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C’est important de faire la différence entre les infections respiratoires dues aux virus et celles dues aux
bactéries puisque pour les bactéries on met en place une antibiothérapie et pour les virus soit on a un
anti viral soit on a rien. Aujourd’hui il y a peu de virus pour lesquels on a des traitements ciblés (VIH,
Herpès, CMV, EBV, formes graves de grippe),pour les autres ça sera des traitements symptomatiques. Les
étiologies bactériennes sont des tableaux qui dont d’emblée plus grave (en dehors du VZV et de l’herpès,
grippe grave).
La  des infections respiratoires sont dorigine virale (au moins 80% sont dorigine virale, le
reste est bactérien).
La physiopathologie est la même pour tous ces virus, ils pénètrent par les voies aériennes supérieures
(muqueuses nasales ou par la bouche) et se multiplient dans les cellules épithéliales du tractus
respiratoire (cest pourquoi on a tout de suite mal à la gorge).
Les infections sont très fréquentes, surtout chez lenfant (puisquil va faire sont immunisation de ces
infections).
Si la physiopathologie est la même c’est parce que entre tous ces virus il y a un récepteur a.n. des cellules
de la membrane respiratoire, qui favorise l’infection.
I – Principaux virus
Il y a beaucoup de virus à ARN :
- Virus Influenza (Famille Myxovirus)  virus de la grippe
- Famille Paramyxovirus :
o Virus respiratoire syncytial VRS (épidémie pendant les 3 premiers mois de l’année, atteint
essentiellement les nourissons)
o Virus para-influenza PIV
o  (hMPV) (h = human)
- Coronavirus (Famille Coronavirus) (le MERS qui est le coronavirus de l’arabie saoudite)
- Rhinovirus (100) (Famille Picornavirus) (même famille que 
Ce sont des virus enveloppés donc fragiles, sauf le rhinovirus qui est un virus nu (les piconavirus sont
des virus nu car ce sont des virus entérofécaux).
On a quelques virus à ADN :
-  (cinquantaine )
- Bocavirus (Famille Parvovirus)
Ils nont pas denveloppes, donc sont plus résistants et ont une capside icosaédrique
Voilà pour ce qu’on appelle les virus respiratoires. Néanmoins, il y d’autres virus qui donnent des
atteintes respiratoires mais qu’on ne met pas dans la catégorie des virus respiratoires car la composante
respiratoire fait partie soit d’une complication soit du tableau d’atteinte polyviscéral. Pour le coup on
trouve tous les herpès virus (CMV, VZV, herpès, EBV), notamment chez l’immunodéprimé ou bien chez
l’enfant (le CMV c’est essentiellement chez les greffés rénaux, le VZV dans les forme grave chez les bébés,
herpès pareil).
Le VRS est le plus fréquent, il représente plus de 60% des infections. Ensuite on a la famille des
Influenzae A et B, les virus grippaux, et les parainfluenzae 1, 2, 3, et les adénovirus qui comptent pour
30%. Les 10% cest tous les autres.

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II – Virus Influenzae ( Myxovirus)
Ces virus ont une  pour les ines (myxo signifie mucus) (protéines de la membrane
des cellules épithéliales).
Il en existe 3 genres :
- Influenza A, infecte les animaux et les hommes, c’est lui qui est responsable de la grande
variabilité  bcp de réassortiments entre les virus qui infectent les animaux et les hommes
- Influenza B, strictement humain,
- Influenza C, strictement humain et peu pathogène (surtout chez immunocompétants).
Ce sont « les virus de la grippe ». Ils appartiennent  la famille des orthomyxoviridae.
Petit mot sur le virus H5N1 : la dénomination H et N caractérise les virus influenza A. Le virus H5N1
est donc un virus Influenza A. Il est hautement pathogène et infecte les oiseaux  on parle de virus
aviaire.
1. Le génome
Le génome du virus de la grippe est protégé par la nucléoprotéine, et à érieur de cette
nucléoprotéine on a lARN monocaténaire négatif qui est  en 8 segments, ce qui facilite la
recombinaison entre virus par échange de fragments, d une très grande variabilité́ génétique.
On a 2 niveaux qui expliquent cette grande variabilité : premier niveau c’est du fait que l’ARN est
fragmenté, ensuite il y a des virus animaux et des virus humanisés. Là aussi, la cohabitation entre les
virus va encore augmenter la possibilité de réassortiments et donc d’hétérogénéité.
Il y a une transcriptase associée  chaque segment qui va permettre la transcription des segments
négatifs en segments positifs.
est une capside protéique tubulaire avec une symétrie hélicoïdale ( virus en forme de bâtonnets)
en 8 morceaux.
Sur ce schéma, on la nucléocapside avec à érieur les 8 fragments. Chaque fragment va coder pour
des protéines spécifiques (par exemple sur un fragment vous allez avoir des gènes qui vont coder
pour lARN, pour la nucléoprotéine, etc.) On a la matrice
(=membrane interne), une couche lipidique, la couche externe de
la membrane dans laquelle sont insérés des motifs neuraminidase
(NA) et hémagglutinine (HA) ( ce sont ces Ag qui vont avoir un
rôle).
2. 
enveloppe provient de la membrane cytoplasmique (de la
cellule hôte) modifiée :
- Par l’apposition des protéines virales M1 et M2 sur la
face interne de la membrane formant la matrice. Cette matrice accroche  part les
glycoprotéines virales de surface et  part les segments de la nucléocapside, elle est
indispensable  la formation des particules virales ;
- Par l’inclusion de 2 types de spicules de glycoprotéines virales de surface (HA et NA)
Elle va jouer un rôle dans la réplication virale, notamment pour lassemblage des particules virales.
émagglutinine HA :

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Elle est composée de 2 polypeptides HA1 et HA2 réunis par un pont disulfure. Cette HA va assurer la
fixation au récepteur cellulaire (HA1)(= acide sialique) et la fusion cellulaire (fusion entre la
membrane du virus et la membrane cellulaire de la cellule hôte) (HA2). Elle est responsable de
lactivit magglutinante des hématies.
Structure du virus de la grippe :
La Neuraminidase NA :
Il y a 5 fois plus de HA que de NA. La NA est une
glycoprotéine qui va permettre aux virus ayant
 leur replication de sortir par
bourgeonnement de la cellule cible. Elle coupe la
liaison entre le virus bourgeonnant et la cellule
te. Ainsi le virus libre peut infecter de
nouvelles cellules. La NA va aussi avoir une action
lytique du mucus bronchique (mucus qui protège
pithélium bronchique) pour permettre la
fixation du virus sur les cellules.
Ces glycoprotéines (HA et NA) servent  définir
des sous types de virus, en effet, il existe 9 sous
types de neuraminidases et 16 sous types démagglutinine ( on va pouvoir parler des H1N1, H1N2
etc.)  concerne Influenza A.
3. Variations antigéniques du virus A
Tous les ans on est soumis à des variations plus ou moins importantes du virus de la grippe A. Ces
modifications sont à 2 niveaux :
- Modifications mineures ou dérive Ag « drift »:
o Chez virus A et B, sert à déterminer des variant (petites modifications)
o Dues  des mutations
o Epidémies limitées tous les 3-4 ans, en fonction de notre immunité on fera une petite
grippe ou rien du tout ou une grippe, mais globalement c’est pas très grave, ça n’a pas une
grande incidence en terme de morbidité ou de mortalité.
- Modifications majeures ou cassure Ag « shift »:
o Que virus A (H0 en 1933, H1N1 en 1947, H2N2 en 1957 grippe asiatique, H3N3 en 1968
grippe de HK)
o Survenue brutale,  plus de 10 ans 
o Dues  des recombinaisons et des réassortiments génétiques (portant sur plusieurs
gènes contrairement aux mutations qui touchent plusieurs gènes) portant sur HA et/ou
NA
o   de pandémies
o Déterminent les sous-types
(Elle lit tout le tableau)
Le vaccin se base sur les souches qui viennent de circuler, donc sur les variants/glissements le vaccin est
globalement valide alors que sur les cassures il faut vraiment avoir de la chance pour avoir une souche
qui colle ( en générale vaccin beaucoup moins efficace voire pas du tout).
4. Identification de souche

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On va dire si cest lèce A ou B, son origine géographique (ex. : Johannesbourg, Beinjing), le numéro
de la souche (ex. : 33 184), ée de lisolement (1994, 1995). Ensuite, pour les virus A, on va dire les
H et les N (si cest H1,2, et 
Exemple : A/California/72009-like/H1N1 (car en 2009 qd il y a eu la pandémie H1N1, on dit like car
cest très proche du H1N1 historique.
Actuellement, on a ces virus qui circulent :
- A : H1N1 (épidémie de 2009), H3N2
- B : Yamagata (car ca a été isolé au Japon), Victoria (isolé en Australie)
5. Résistance du virus influenzae (communs aux 3 genres)
Même si le virus est enveloppé (donc fragile), il nest pas si fragile que cela car on observe une
résistance moyenne dans l’environnement. Cette résistance va dépendre du milieu extérieur. Il y a
une survie du virus de 15 jours à 20°C. Ces propos se rapportent à des études faites dans des pays
tempérés.
Nous savons bien que la grippe (en Métropole, en Europe dune manière plus générale) est un virus
hivernal. Alors que dans les pays tropicaux (incluant la Réunion), il y a bien une épidémie pendant
lhiver austral (en juillet-août) mais on peut avoir aussi des épidémies aux changements de saison,
c-à-dire avril, septembre.
Donc nous, par rapport à la Métropole où le virus circule de façon exclusive en hiver pidémie
commence là-bas en décembre et se poursuit au premier trimestre, en général cest décembre, janvier,
février, soit 3 mois de grippe), cela est beaucoup plus fluctuant, il y a à la Réunion une circulation
presque permanente dans l’année avec des pics. Il y a des épidémies, les points focaux sont durant
l’hiver austral et les inter-saisons.
Ce virus peut persister pendant de longues périodes dans les tissus, fèces, eau quand la
température est fraiche. En effet, le virus peut persister 4 jours à 22° et plus de 30 jours à 0°.
Donc il naime pas le chaud et cela explique pourquoi on peut attraper un coup de froid. Quand on
nest pas bien couvert et que lon sort, il nous est arrivé de rentrer et dire ai attrapé un coup de
froid, par exemple : au cinéma avec une clim trop élevée, nous sentons avoir mal à la gorge. A ce
moment-là, au niveau du pharynx (normalement il fait 35°) quand il fait très froid, on peut avoir 32-
33°. Si le virus est présent, cela va favoriser sa multiplication alors que si nous navons pas froid et que
le virus est présent, nous naurons pas de coup de froid.