annexe 1

SOMMAIRE
Les prélèvements ORL …………………………………………………………………………………………… 6
1. La ore commensale des voies aériennes supérieures ………………………………………………………… 8
2. Les prélèvements pharyngés ……………………………………………………………………………… 8
3. Les prélèvements auriculaires …………………………………………………………………………… 16
4. Les prélèvements de sinus ………………………………………………………………………………… 20
5. Le diagnostic bactériologique de la coqueluche …………………………………………………………… 22
Annexes
Annexe 1. Présentation d’un test rapide de recherche de Streptococcus pyogenes: le Streptatest ……………………… 24
Annexe 2. La scarlatine ……………………………………………………………………………………………… 25
Annexe 3. La diphtérie ……………………………………………………………………………………………… 26
Annexe 4. La mononucléose infectieuse (MNI) ……………………………………………………………………… 28
Annexe 5. Test d’Elek pour la recherche de la production de toxine diphtérique …………………………………… 29
Annexe 6. La coqueluche …………………………………………………………………………………………… 30
Les sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………………………… 32
1. L’ anatomie de l’appareil respiratoire ……………………………………………………………………… 34
2. Les mécanismes de défense de l’appareil respiratoire ……………………………………………………… 34
3. Les diérentes formes cliniques …………………………………………………………………………… 36
4. Les principaux pathogènes ………………………………………………………………………………… 38
5. Les problèmes rencontrés lors du diagnostic microbiologique ……………………………………………… 41
6. Les diérentes étapes de l’analyse ………………………………………………………………………… 44
7. La recherche de micro-organismes atypiques ……………………………………………………………… 50
8. L’analyse des sécrétions bronchopulmonaires chez le patient atteint de mucoviscidose ……………………… 56
Études de cas ………………………………………………………………………………………… 58 - 69
Annexes
Annexe 1. Principe et technique du test BINAX NOW® Streptococcus pneumoniae ………………………………… 70
Annexe 2. Fiche technique du Digest-EUR® ………………………………………………………………………… 75
Annexe 3. Les méthodes d’amplication génique utiles au diagnostic des infections respiratoires
bactériennes ………………………………………………………………………………………………76
Annexe 4. Examens microscopiques de sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………77
Les mycobactéries ………………………………………………………………………………………………… 78
1. Dénition et classication ………………………………………………………………………………… 80
2. La tuberculose …………………………………………………………………………………………… 80
3. Les mycobactéries non tuberculeuses (atypiques) ………………………………………………………… 84
4. Le diagnostic direct des infections à mycobactéries ………………………………………………………… 85
5. L’ identication des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 90
6. L’ identication des mycobactéries non tuberculeuses ……………………………………………………… 96
7. L’ antibiogramme des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 96
Annexes
Annexe 1. Le diagnostic indirect de la tuberculose ………………………………………………………………… 100
Annexe 2. Les méthodes de décontamination ……………………………………………………………………… 104
Annexe 3. Les techniques de coloration des mycobactéries ………………………………………………………… 106
Annexe 4. La composition des milieux de culture ………………………………………………………………… 108
Annexe 5. Inuence de la concentration en mycobactéries sur le délai de croissance ……………………………… 109
Annexe 6. Fiche technique du kit GenoQuick® MTB …………………………………………………………… 110
Annexe 7. Schéma du principe du test GenoQuick® MTB ……………………………………………………… 116
Annexe 8. Schéma du principe du test TBC ID® ………………………………………………………………… 118
Annexe 9. Tests pour l’identication phénotypique des mycobactéries …………………………………………… 119
Annexe 10. Fiche technique du kit GénoType® MTBC ………………………………………………………… 121
Abréviations et acronymes ……………………………………………………………………………… 125
Crédits ………………………………………………………………………………………………… 126

LES PRÉLÈVEMENTS ORL

Chapitre
1
2
3
4
5
1
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
2
4444
4
4
4
4
555
5
5
5
3
3
3
3
3
33
3
La flore commensale des voies aériennes supérieures
Les prélèvements pharyngés
Les prélèvements auriculaires
Les prélèvements de sinus
Le diagnostic bactériologique de la coqueluche
Annexes

Les prélèvements ORL
Chapitre 1
8
2.1. Les contextes
Les contextes justiant l’analyse d’un prélèvement pha-
ryngé sont très variés:
- recherche de l’étiologie d’une angine;
- diagnostic des candidoses oropharyngées;
- recherche de Neisseria gonorrhoeae dans un contexte
d’IST;
- surveillance des ores des sujets immunodéprimés;
- recherche du portage de germes multi-résistants aux
antibiotiques (SARM par exemple) chez les patients
admis dans certains services hospitaliers ou chez le
personnel soignant 1.
Une angine, aection douloureuse, correspond à une
inammation aiguë d’origine infectieuse des amyg-
dales palatines, structures latérales au fond de la gorge
(photographie 3 ). Les douleurs irradient souvent vers
les oreilles (otalgie) avec une sensation de brûlure de la
gorge associée à des dicultés de déglutition.
La ore commensale des voies aériennes supérieures va-
rie selon les sites (tableau 2 ). Elle est particulièrement
abondante au niveau du pharynx.
R5 La ore de la muqueuse buccale
Elle est essentiellement constituée de streptocoques
alpha hémolytiques (Streptococcus salivarius, S. mitis, S.
sanguis, S. milleri...) et de bactéries anaérobies (Bacte-
roides melaninogenicus, Fusobacterium spp., Veillonella)
qui adhèrent aux cellules de l’épithélium lingual et ju-
gal.
R5 La ore salivaire
Elle est le reet de la ore de la muqueuse buccale; elle
contient un nombre élevé de bactéries (105-106/mL),
avec une nette prédominance des streptocoques et par-
ticulièrement de S. salivarius.
R5 La ore du pharynx
Elle est abondante (108/mL) et de composition similaire
à celle de la salive ; elle s'en distingue par la présence des
Haemophilus, des Neisseria et des Branhamella.
R5 La ore des fosses nasales
Elle est composée essentiellement de Staphylococcus
epidermidis, de corynébactéries et, dans une moindre
mesure, de streptocoques alpha hémolytiques et de
Neisseria.
Les sinus, à l’état normal, sont stériles.
R5 La ore du conduit auditif
Elle est qualitativement proche de la ore cutanée
(staphylocoques, microcoques et corynébactéries) mais
limitée quantitativement par l’activité bactéricide du
cérumen.
À ces germes commensaux, s’ajoutent en petite quantité
des bactéries en transit: entérobactéries, Pseudomonas.
Certains sujets sont porteurs de germes potentiellement
pathogènes comme:
-Staphylococcus aureus, au niveau des fosses nasales (un
tiers des individus);
-Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et
Streptococcus pyogenes, au niveau du pharynx.
Les infections ORL (Oto-Rhino-Laryngées) concernent
les voies aériennes supérieures.
Les voies aériennes supérieures comprennent (gure 1 ):
- la cavité nasale;
- le pharynx divisé en 3 zones: le naso ou rhinopharynx,
l’oropharynx et l’hypopharynx;
- la bouche;
- l’oreille reliée au rhinopharynx par la trompe d’Eus-
tache;
- le larynx.
Seront développés dans ce chapitre, les diagnostics des
angines, des otites et des sinusites avec, dans un premier
temps, les ores commensales des voies aériennes supé-
rieures, ores riches et variées dont l’existence complique
le diagnostic des infections ORL ; il est possible, en
outre, de trouver au sein de cette ore, des espèces poten-
tiellement pathogènes et il est alors dicile de distinguer
un simple portage d’une infection.
Le traitement des infections ORL virales étant seule-
ment symptomatique (antalgique et antipyrétique), leur
diagnostic ne sera pas développé.
Bien que ce ne soit pas une infection ORL, le diagnostic
bactériologique de la coqueluche sera présenté en der-
nière partie de ce chapitre puisqu’il est établi à partir
d’un prélèvement nasopharyngé.
1. LA FLORE COMMENSALE DES VOIES AÉRIENNES SUPÉRIEURES
2. LES PRÉLÈVEMENTS PHARYNGÉS
1. Ces deux derniers contextes sont développés dans le tome 3 de Bactériologie médicale, au chapitre Rôle du laboratoire de bactériologie dans la lutte contre les
infections nosocomiales.

9
On parle de “pharyngite” lorsque l’inammation est plus
diuse et aecte toute la muqueuse.
Les signes généraux peuvent être au premier ou au se-
cond plan : èvre, frissons, malaise général, ganglions
volumineux dans le cou.
En fonction de l’aspect des amygdales palatines, on dis-
tingue diérents types d’angines:
- les angines érythémateuses (angines rouges) et les an-
gines érythématopultacées (angines blanches);
- les angines pseudo-membraneuses;
- les angines ulcéreuses et ulcéro-nécrotiques;
- les angines vésiculeuses.
Cavité nasale
Orifice de la trompe
d’Eustache
Nasopharynx
Luette
Amygdale
Langue
Oropharynx
Hypopharynx
Épiglotte
ferme la trachée
pendant la déglutition
Larynx
Cordes vocales
Trachée Œsophage
2 Flores commensales prédominantes des voies aériennes supérieures
Flore de la
muqueuse
buccale
Flore sali-
vaire
Flore du
pharynx
Flore des
fosses nasales
Flore du
conduit auditif
Streptococcus salivarius +++ +++ ++
Autres Streptococcus alpha
hémolytiques +++ ++ ++ +
Bactéries anaérobies ++ + ++
Haemophilus +
Neisseria ++ +
Branhamella ++
Staphylococcus epidermidis +++ +++
Corynébactéries ++ +++
Micrococcus ++
Voile du palais
Pilier postérieur
Pilier antérieur
Luette
Amygdale palatine
Oropharynx
Langue
3 Vue antérieure d’une bouche ouverte présen-
tant des amygdales enammées et dilatées
1 Les voies
aériennes
supérieures