Cours L2 - Le monde des agents infectieux

COURS L2
09/02/2015
LE MONDE DES
AGENTS INFECTIEUX
Didier Raoult
Marseille - France
didier.rao[email protected]
www.mediterranee-infection.com

LE MONDE DES AGENTS INFECTIEUX
 Les agents
 Leur mode de vie
 Leur génétique
 Antibiotiques et probiotiques
Aiguë
Chronique
Pathogènes
Commensaux
Définitions
Historique
2

AGENTS INFECTIEUX
 Virus
 Bactéries
 Archées
- Microsporidies
- Protistes
 Eucaryotes - Champignons
- Helminthes
- Arthropodes
 Prions
3

Figure 1: Progrès réalisés en microbiologie de 1979 à 2012 grâce au développement des nouvelles technologies.
a) l'axe des ordonnées gauche se réfère au nombre cumulatif d'espèces bactériennes avec noms validement publiés (courbe verte) ; le droit à
l'axe des ordonnées se réfère au nombre cumulatif de séquençage des génomes bactériens (violet) et séquencé les génomes viraux (bleu) ;
b) l'axe des ordonnées gauche fait référence aux numéros d'articles contenant « métagénome » comme mot clé (rouge) et du portail «
microbiote » comme mot-clé (gris) ; l'axe des ordonnées à droite désigne les numéros des articles contenant « MALDI-TOF » et « clinical
microbiology » comme mots clés (orange).
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
0
2000
4000
6000
8000
10000
12000
14000
Numbers of bacteria with validly published names
Numbers of sequenced bacterial genomes
Numbers of sequenced viral genomes
a
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20
40
60
80
100
120
0
500
1000
1500
2000
2500
Numbers of articles on metagenome
Numbers of articles on microbiota
Numbers of articles on MALDI
-
TOF applications in clinical microbiology
b
4

LES GÈNES ÉGOÏSTES
 Virus
 Plasmide
 Bactériophages
 Transposons
5