Caractérisation de la phase endophyte de Botrytis

Caractérisation de la phase endophyte de Botrytis cinerea et Sclerotinia
sclerotiorum de Lucie MASSONNAT est mis à disposition selon les termes de la
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MASSONNAT Lucie Année universitaire 2014-2015
D.U.T. Génie Biologique option Génie de l’Environnement
Période du 20 avril au 26 juin 2015
Caractérisation de la phase endophyte de
Botrytis cinerea et Sclerotinia sclerotiorum
Structure d’accueil : INRA PACA Avignon, unité de Pathologie Végétale
Maître de stage : Christel LEYRONAS, Ingénieur de recherche
Tuteur universitaire : Laurent VILLERMET

Remerciements
Tout d’abord, je tiens à remercier ma maître de stage, Christel LEYRONAS, qui m’a
permis de réaliser ce stage dans les meilleures conditions grâce à sa disponibilité, ses conseils
et la confiance qu’elle m’a accordée.
Merci à Marc BARDIN, directeur de l’unité pour m’avoir permis d’effectuer mon stage
de fin d’année au sein de l’INRA d’Avignon.
Je remercie également Magali DUFFAUD pour m’avoir aidé dans certaines
manipulations et notamment pour la préparation du milieu spécifique. Merci à Claire
TROULET et Magali EYGRIER pour leurs conseils ainsi que pour les réponses et les
explications qu’elles m’ont apportées.
Merci à Michel RIQUEAU pour m’avoir permis d’utiliser les outils informatiques dans
de bonnes conditions, et merci à Véronique DECOGNET pour ses explications sur les
ressources documentaires.
Je tiens à remercier également Claudine LAURENT et Pascale FAVIER pour leur accueil
chaleureux.
Pour finir, un grand merci à mes collègues de bureau Cécile, Lucile et Julie, pour leur
soutien, leurs conseils, leur bonne humeur et tous ces bons moments partagés au cours de
ces 10 semaines !
Merci à tous !

Sommaire
Liste des abréviations .........................................................................................................................................
Introduction ...................................................................................................................................................... 1
Présentation ...................................................................................................................................................... 2
I. La structure d’accueil : l’INRA .......................................................................................................... 2
II. Botrytis cinerea .................................................................................................................................... 2
1. Problèmes agronomiques ............................................................................................................... 2
2. Cycle biologique .............................................................................................................................. 3
3. Moyens de lutte ............................................................................................................................... 4
III. Sclerotinia sclerotiorum ...................................................................................................................... 4
1. Problèmes agronomiques ............................................................................................................... 4
2. Cycle biologique .............................................................................................................................. 4
3. Moyens de lutte ............................................................................................................................... 5
IV. Des champignons endophytes ............................................................................................................. 6
1. Définition ......................................................................................................................................... 6
2. B. cinerea et S. sclerotiorum............................................................................................................ 6
V. Objectifs du stage ................................................................................................................................. 6
Matériels et méthodes....................................................................................................................................... 8
I. Recherche de B. cinerea et S. sclerotiorum dans des lots de semences ............................................. 8
1. Lots de semences ............................................................................................................................. 8
2. Analyse de la flore épiphyte ........................................................................................................... 8
3. Analyse de la flore endophyte ........................................................................................................ 9
II. Analyse de plantes issues de semences inoculées avec B. cinerea et S. sclerotiorum ....................... 9
1. Inoculation de semences ................................................................................................................. 9
2. Analyse des endives ....................................................................................................................... 10
3. Analyse des semences inoculées ................................................................................................... 10
III. Inoculation de plantules avec des conidies de B. cinerea à sec ....................................................... 11
1. Les plantules .................................................................................................................................. 11
2. Les colonies mycéliennes .............................................................................................................. 11
3. Inoculation à sec ............................................................................................................................ 11
4. Evaluation de l’inoculum déposé ................................................................................................. 12
5. Analyse de la flore endophyte des plantules ............................................................................... 12
IV. Recherche de B. cinerea et S. sclerotiorum dans des cultures commerciales ................................. 13
1. Matériel utilisé ............................................................................................................................... 13
2. Analyse de la flore épiphyte ......................................................................................................... 13
3. Analyse de la flore endophyte ...................................................................................................... 13
Résultats et discussion .................................................................................................................................... 14
I. Recherche de B. cinerea et S. sclerotiorum dans des lots de semences ........................................... 14
1. Flore épiphyte ................................................................................................................................ 14