Version PDF

SVETB311 - Microbiologie
Objectifs
Une connaissance approfondie de la microbiologie est nécessaire au médecin vétérinaire ; il devra l'appliquer à la prévention et au traitement des
nombreuses maladies infectieuses ou autre, en ne négligeant surtout pas celles qui sont transmissibles à l'homme, mais ses connaissances
bactériologiques devront aussi s'étendre aux micro-organismes impliqués dans la qualité hygiénique des denrées alimentaires d'origine animale :
viandes, lait et dérivés, volailles, poissons, 'ufs,...
Contenu
L'enseignement de la microbiologie comprend : - des notions étendues de bactériologie générale : structure et physiologie bactérienne, croissance et
milieux de culture, aseptie et antiseptie, infectiosité et virulence, taxonomie, répartition dans la nature ; - des notions et travaux pratiques de technologie
bactériologique ; - des notions de virologie générale.
Table des matières
• INTRODUCTION :
Nouvelle vision du monde bactérien
• HISTORIQUE
Le concept de microorganisme
Le concept de protiste
Carl Woese et le système à 3 domaines
Bref historique de la Microbiologie
avant l’ère pastorienne
l’ère pastorienne
la bactériologie médicale
• LA CELLULE BACTERIENNE : ORGANISATION STRUCTURALE
Composition
Composition chimique du protoplasme bactérien
Composition chimique d’une cellule bactérienne moyenne
Variété et nombre de molécules
Organisation
Forme et taille des bactéries
Les enveloppes bactériennes
La membrane cytoplasmique
La paroi des eubactéries
Généralité sur le peptidoglycane
La paroi des bactéries Gram positives
La paroi des bactéries Gram négatives
La paroi des mycobactéries et la coloration de Zhiehl-Neelsen
Le cytoplasme
Les ribosomes
Le cytosquelette (FtsZ, MreB, crescentine)
Les granules de réserve et organites speciaux
Le nucleoide
Organisation du nucléoide
Dynamique du nucléoide lors de la transcription
Les appendices parietaux
La capsule
Le flagelle
Les pilis
La couche S
• LA CELLULE BACTERIENNE : LE METABOLISME
La nutrition
Catégories nutritionnelles des micro-organismes
Utilisation de nutriments qui ne passent pas la membrane plasmique
Pénétration des nutriments
Les reaction d’appovisionnement
Introduction
Fabrication des précurseurs du métabolisme
chez les chémohéterotrophes
chez les photo- ou chemoautotrophes
Production d'énergie et de puissance réductrice
Phosphorylation au niveau du substrat
Prérequis
[SBIOB206] Génétique appliquée à la médecine vétérinaire
Titulaire(s) : Letesson Jean-Jacques
Enseignants
Lieu de l'activité :
Langue d'enseignement : French / Français
NAMUR
Annuel
Ex. Q1
9 h.
Th. Q1 9 h. Ex. Q2Th. Q2
22,5 h. 22,5 h.
Descriptif de cours : 2016-2017

Phosphorylation par transfer d’électron dans une chaine respiratoire
Chez les chemohétérotrophes
respiration aerobique
respiration anaérobique
la fermentation
Chez les chemoautotrophes
Chez les phototrophes
Modalités particulières
Assimilation de l’azote, du Soufre et du Phosphate
Biosynthèse, polymerisation et assemblage
Biosynthèse et assemblage du peptidoglycane
Biosynthèse du LPS
• LA DIVISION BACTERIENNE ET LA CROISSANCE DE LA POPULATION
La croissance de la population : la culture
Croissance balancée
Expression mathématique de la croissance
La mesure de la croissance
Culture bactérienne en milieu non renouvellé
Culture en milieu renouvelé
Facteurs environnementaux et culture
Les milieux de culture
La croissance de la cellule : le cycle de division
Division binaire symetrique et transverse
Le cycle des enveloppes : Le divisome
Le cycle du chromosome : La ségrégation chromosomique
L’interdépendance des deux cycles
Et les plasmides ?
Alternatives à la division binaire
La différentiation cellulaire
La sporulation
• LE GENOME BACTERIEN ET SA PLASTICITE
Composantes du génome
Chromosome
Plasmides
Les éléments génétiques transposables
Les intégrons
Plasticité du génome bactérien
Les mutations et la dynamique de population
Les échanges de matériel génétique
Conjugaison
Transformation
Transduction
• LES AGENTS ANTI-BACTERIENS
Mort bactérienne et Stérilité
Les agents antibactériens de nature physique
- Chaleur
- Radiations
Les agents antibactériens de nature chimique
- Les désinfectants et antiseptiques
• Divers acides et bases organiques
• Métaux lourds
• Composés halogénés
• Alcools
• Phénol et dérivés phénolés
• Agents Oxydants
• Agents alkylants
• Certain colorants
• Résistance aux désinfectants et antiseptiques
- Les antibiotiques :
• Historique
• Antibiotiques inhibant la synthèse de la paroi bactérienne :
• Inhibition de la synthèse de précurseurs de la paroi :
• précurseurs de la paroi sur un lipide porteur, permettant leur transport à travers la membrane plasmique
• Inhibition de l'insertion des unités glycaniques et de la transpeptidation
• Antibiotiques agissant au niveau de la membrane cytoplasmique :
• Antibiotiques inhibiteurs de la synthèse protéique :
• - Inhibiteurs de la sous-unité 50S :
• - Inhibiteurs de la sous-unité 30S :
• Antibiotiques inhibiteurs du métabolisme des acides nucléiques :
• - Inhibiteurs de l'ARN polymérase
• - Inhibiteurs de l'ADN-gyrase
• Antibiotiques agissant par inhibition compétitive (antimétabolites)
• Résistance aux antibiotiques
• Par action sur l’antibiotique
• Par action sur la cible
• ELEMENTS DE VIROLOGIE (virus animaux)
Introduction historique
Les virus comme force évolutive
Propriétés caractéristiques des virus
Classification des virus animaux
Contenu en génome

Contenu en protéines
Principes unificateurs
Fonctions du virion
Nomenclature de l’architecture virale
Moyens d’étude de la structure
Architecture virale
Capside
Encapsider le génome
Enveloppe
Culture et dénombrement
Le cycle de réplication viral
Attachement
Pénétration
Stratégies réplicatives
Virus à ADN
Virus a ARNss
Virus à ARNds
Assemblage, maturation, Sortie
Plasticité et évolution des génomes viraux
Les agents anti-viraux
Introduction
Inhibiteur de fusion
Inhibiteur de déshabillage
Inhibiteur de synthèse des acides nucléiques
Inhibiteur de protéases
Inhibition de Neuraminidase
Pathogénie virale ou l’anti)immunologie (à faire)
• PATHOGENIE BACTERIENNE
Avant propos
Notion de pouvoir pathogène
Pathogénie bactérienne
Adhérence
Adhésine fibrillaire
Adhésine non fibrillaire
Ligands cellulaires
Survie extracellulaire
Echappement aux barrières externes
Remodelage de la matrice extracellulaire
Capture du Fer
Evitement de la réponse Immune non-spécifique
Evitement de la réponse Immune spécifique
Survie Intracellulaire
Phagocytose ou invasion de cellules non phagocytaires
Survie et réplication intracellulaire
Toxinogenese
Endotoxine
Exotoxine
Généralités
Qui altèrent les membranes
Qui agissent à l’extérieur de la cellule
Qui agissent à l’intérieur de la cellule
Auto-injectables
Via un système de sécrétion
Les genes de virulence
Origine
• TAXONOMIE
Classification
Phénétique
Phylogénique
Critères de classification
Principes de nomenclatureomenclature
Systématique des groupes bactériens d’intérêt médical (repris du cours de J. Mainil et parcouru en 3à4 heures)
Coques Gram+
catalase +
catalase –
Bâtonnets Gram+
petits réguliers;
petits irréguliers;
ramifiés;
grandssporulés
Gram+ sans paroi
les mollicutes
Coccobacilles et bacilles Gram- poussant sur Gassner
oxydase- O/F:F;
oxydase+ O/F:O;
oxydase + O/F:F;
oxydase+ O/F:-
Coccobacilles et bacilles Gram- ne poussant pas sur Gassner
aéroanaérobies métabolisme R & F;
aérobies métabolisme R;
microaérobies métabolisme R;
anaérobies facultatives métabolisme F;
anaérobies strictes métabolisme R
Bactéries Gram- spiralées
aérobies;
microaérobies;

anaérobies;
non cultivables
Bactéries Gram- intracellulaires obligées
avec ou sans hôtes intermédiaires
Méthodes d'enseignement
Cours ex-cathedra et projection de powerpoint
Mode d'évaluation
Examen oral individuel qui porte sur quatre questions, soit une question sur chacune des parties de la matière: Structure et Physiologie, Taxonomie,
Génétique et Facteurs antibactériens, Virologie. Trois ou quatre étudiants sont admis simultanément pour la préparation (+ 30 minutes) et reçoivent les
mêmes questions. Le professeur interroge seul. L'examen dure environ 20 minutes. Certaines questions ne sont qu'un prétexte, un point de départ à un
voyage dans la matière. L'examen oral peut comporter des questions sur les TP.
Sources, références et supports éventuels
Microbiology, by Prescott et al, 6th edition, McGraw-Hill, 2007
Formations concernées Bloc Crédits
Bachelier en médecine vétérinaire 3 6