Dynamique des populations bactériennes en cultures

N° d'ordre : 213-2000 Année 2000
THESE
présentée
devant L'UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON I
pour l'obtention
du DIPLOME DE DOCTORAT
(arrêté du 30.03.92)
par
Marie CORNU
Dynamique des populations bactériennes
en cultures mixtes
Soutenue le 24 octobre 2000
JURY : V. ATRACHE
C. BEAL
C. DUBY rapporteur
J-P. FLANDROIS président
P. MAIRE
A. PAVE
J. POURQUIE rapporteur
L. ROSSO
Laboratoire Biométrie et Biologie Evolutive
UMR CNRS 5558
Université Claude Bernard LYON I
43, Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne CEDEX

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Je remercie…
Jean-Pierre Flandrois, pour m'avoir accueillie dans son laboratoire et m'avoir suivie
et encouragée dans cette thèse et vers mon après-thèse.
Camille Duby et Jacques Pourquié, pour m'avoir il y a quelques années ouvert les
voies de la biométrie et de la microbiologie et pour avoir apporté à ce travail, en tant que
rapporteurs, leurs compétences respectives.
Vincent Atrache, for his permanent support, his communicative enthusiasm, and our
motivating discussions.
Catherine Béal, et avec elle toute l'équipe du Laboratoire de Génie Microbiologique
des Procédés Alimentaires, pour m'avoir il y a quelques années dévoilé les diverses appli-
cations technologiques de la microbiologie. Longue vie à l'étude des cultures mixtes.
Laurent Rosso, Pascal Maire et Alain Pavé, pour avoir éclairé ce travail avec leurs
touches respectives de microbiologie prévisionnelle, d'épistémologie et d'écologie.
Que chacun d'entre vous soit ici vivement remercié de m'avoir fait l'honneur d'accepter de partici-
per à ce jury et le plaisir d'assister à ma soutenance, ainsi que pour l'attention et l'intérêt que vous
avez portés à ce travail..

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Je remercie…
Richard Tomassone, qui m'a guidée vers la voie doctorale lyonnaise et a su me faire
approcher la planification expérimentale sous son angle le plus séduisant.
Claude Terrot, François Villeval, Daniel Monget et Claude Mabilat, et avec eux toute
la société bioMérieux, pour avoir soutenu l'ensemble de ce projet.
Cécile Lahellec et Pierre Colin et avec eux toute l'Agence Française de Sécurité Sani-
taire des Aliments, pour avoir éclairé de leurs judicieux conseils et chaleureux encourage-
ments les ultimes préparatifs.
Gérard Carret, pour avoir encouragé mes timides avancées vers la réflexion épist-
émologique.
Pierre Auger et René Bally, qui ont accepté de parrainer les premières étapes de ce
travail.
Jean-Pierre Gauchi, pour nos discussions de TGV et pour m'avoir proposé de pro-
longer une partie du travail statistique amorcé ici.
Sophie Bréand et Sandrine Charles-Bajard, pour leurs multiples conseils et leur
précieuse collaboration dans le développement de Superfit pour Mathematica. Sans ou-
blier tous ceux qui avaient initié ce travail : Jean Lobry, Laurent Rosso, Françoise Guérillot,
Catherine Chapuis, Marie Laure Delignette-Muller et Emmanuel Zuber.
Marie Laure Delignette-Muller, pour avoir guidé mes réflexions biométriques durant
ces trois années et plus particulièrement pour sa participation à l'étude d'Escherichia coli
O157:H7.
Frédéric Laurent, qui a initié et mené le travail sur Staphylococus aureus, dont seule
une partie est présentée ici. Mes remerciements vont également à l'EA 1655 de la Faculté
de médecine Rockefeller, et plus particulièrement Hervé Lelièvre, François Vandenesch et
Jérôme Etienne, sans qui ce travail n'aurait pu voir le jour.
Martin Kalmokoff, for our effective cyber-collaboration concerning Listeria. Writing
an article during this summer 2000 would not have been possible without his stimulating
e-correspondence.
Catherine Pichat et Ghislaine Fardel, pour m'avoir offert leur rigueur expérimentale,
leur patience, leurs précieux conseils et surtout leur présence de tous les instants.
Stéphanie Bodin et Virginie Ferreira, pour leur travaux expérimentaux présentés ici
et pour leurs vivifiants interrogatoires.
Toutes les équipes qui m'ont autorisé l'accès à leur collection de souches, le trésor du
microbiologiste, et plus particulièrement Monique Chomarat (Hôpital Lyon Sud), Jean
Freney (Hôpital Edouard Herriot), Jean Louis Martel (AFSSA Lyon), Alain Milon (Ecole
Nationale Vétérinaire de Toulouse), Jocelyne Rocourt (Institut Pasteur), Jeff Farber (Health
Canada)…
Un travail scientifique ne saurait se réduire à une réalisation isolée. Que chacun d'entre vous soit
ici très sincèrement remercié d'avoir contribué à l'aboutissement de ce projet de recherche.

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Je remercie…
Emmanuel Zuber, pour avoir accompagné mes premiers pas dans l'équipe, avec la
perfection qui le caractérise.
Véronique Guérin, pour m'avoir fait découvrir le biotope vétérinaire.
Catherine Noél, avec qui j'ai pu partager les affres de la thèse et à qui j'adresse mes
plus sincères félicitations pour son remarquable parcours.
Florent Baty, pour sa disponibilité et pour avoir su prendre ma suite dans le labora-
toire.
Magali Soulié, Brigitte Lamy, Stéphanie Gimbert, Elisabeta Vergu et Jeff Ghiglione,
pour avoir animé tout le laboratoire de leur joie de vivre et pour tous ces instants partagés.
Marie Tschora, pour son aide si précieuse, au sein du laboratoire et surtout à dis-
tance, ainsi que pour sa présence de tous les instants au téléphone ou par mél.
Monique G'baï et Christiane Bilancetti, pour avoir su égayer nos matinées autour
d'un thé.
Monique Cottet, Christine Driguzzi, Misou Pieri, Sophie Assandri, Catherine Gau-
din, Sylvie Desbourdelle et Aurore Petit, qui m'ont ouvert de nombreuses portes, d'un
secrétariat à l'autre.
Pour leur chaleureux soutien des dernières semaines, tout le Laboratoire d'Etudes et
de Recherches Pour l'Alimentation Collective de l'AFSSA, et plus particulièrement Hélène
Bergis et Sylvie Rudelle, qui ont subi ma dactylographie bruyante dans la dernière ligne
droite de cette rédaction ; Philippe Rosset, pour avoir traversé l'Europe, et Annie Beaufort,
au nom de notre collaboration sympathique et efficace.
Tous ceux que j'ai eu l'occasion de côtoyer au cours de ces trois années, dans des
sphères universitaires ou associatives, mais avant tout amicales. Avec une pensée particu-
lière à la mémoire de Thomas Guérandel.
Eric, pour tout et bien plus encore.
Denise Ménéghin, François Thaler, Monique Bonnefoy et les enseignants des écoles
Jules Ferry et Pierre et Marie Curie, des collèges Anne Franck et Louis Armand, des lycées
Jacques Amyot et François Ier et enfin de l'INA-PG, pour m'avoir, chacun à leur manière,
orientée vers la voie doctorale.
Pour leur indéfectible soutien, toute ma famille, et plus particulièrement Marie-
Louise et René Leyrit, pour m'avoir transmis le goût des mathématiques, aux travers des
joies du calcul, et Rose-Marie et Pierre Cornu, pour m'avoir ainsi accompagnée du jeu de
dominos à cette soutenance.
Mes parents et ma sœur, sans qui rien n'aurait été possible et à qui je dédie cette
thèse.
Ce projet de trois ans est aussi le fruit de ces rencontres d'un temps ou de ces liens de toujours et
n'aurait pu aboutir sans votre soutien. Que chacun d'entre vous soit ici de tout cœur remercié
d'avoir participé de plus ou moins loin à cette aventure lyonnaise.
Je souhaite enfin tout particulièrement adresser mes plus chaleureux encouragements à tous ceux
qui s'engagent cette année dans la voie doctorale : Brigitte Lamy, Nathalie Gnanou, Florent Baty,