sujet 2015-05

Laboratoire : Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO), UM110
Equipe d’accueil :
- Intitulé de l’équipe : Microbiologie Environnementale et Biotechnologies
- Nom du responsable de l’équipe d’accueil : Richard SEMPERE
- Encadrante : Dr Anne POSTEC
email : [email protected]
Profil du stage : Microbiologie
Titre du projet de stage proposé : Etude des communautés microbiennes de
subsurface du Massif Atlantis, dorsale Médio-Atlantique.
La serpentinisation, via l’altération des roches ultrabasiques, génère de grandes
quantités d’hydrogène, de méthane et petites molécules organiques abiotiques pouvant
soutenir le développement de communautés microbiennes. Notre laboratoire participe à
l’automne 2015 à la campagne internationale de forage océanique IODP 357 sur le
Massif Atlantis (30°N, dorsale médio-atlantique), où se situe le fameux site
hydrothermal de Lost City. Au cours de cette expédition, une série de forage (50-80 m
de profondeur) sera réalisée sur le fond marin (à plus de 1500 m de profondeur).
L’objectif du stage est de mener des expériences de culture d’enrichissement et
d’isolement ciblant les microorganismes anaérobies thermophiles à partir des
prélèvements de carottes conditionnées à pression atmosphérique ou à pression
hydrostatique. La conception des milieux de culture et les conditions de croissance
seront guidées par les données physico-chimiques in situ et les résultats des inventaires
moléculaires de la diversité procaryotique. Les hydrogénotrophes, sulfato-réducteurs,
méthanogènes et homoacétogènes seront recherchés en particulier. Ces cultures seront
suivies par l'analyse des produits métaboliques (GC, HPLC) et des marqueurs
moléculaires (DGGE, qPCR, pyroséquençage). L'objectif général in fine est d'évaluer les
capacités métaboliques et physiologiques des micro-organismes endémiques à la
lithosphère océanique pour identifier les paramètres clés qui influent sur la croissance
et l'activité des micro-organismes dans les habitats serpentinisés et d’élargir notre
connaissance de la biosphère profonde, ainsi que des limites et des origines de la Vie sur
Terre.