these ecogenomique profond

La biodiversité marine, de par sa difficulté d’accès, est encore mal connue et l’utilisation des nouvelles
générations de séquençage (NGS) offre de nouvelles perspectives pour appréhender son étendue et sa
distribution. Les attentes vis-à-vis des NGS sont particulièrement importantes dans les environnements
difficiles d’accès comme ceux des écosystèmes de « fond de mer ». Ce projet de thèse porte sur l’étude
de la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes, et s’insère dans un projet
global dont l’ambition est de contribuer à la caractérisation des diversités eucaryotes et procaryote
par des approches de métabarcode et de métagénomique.
Le travail du candidat sera l’étude bioinformatique et écologique de données amplicon et
metagenomiques afin d’identifier les lignées microbiennes dominantes en environnement profond,
leur biogéographie, et les contrôles biotiques et abiotiques qui gouvernent leur distribution à l’échelle
globale. Ce travail constitue le pendant microbien d’un second projet de thèse mené en parallèle et
portant sur l’étude de la micro-, meio, et macrofaune benthique par métabarcode à l’université de
Montpellier. La synergie entre ces deux thèses permettra, par l’analyse de la cooccurrence des lignées
procaryotes et eucaryotes, de mieux comprendre les paramètres biotiques et abiotiques qui gouvernent
l’étendue et la distribution de la diversité biologique dans les océans. Enfin, ce travail visera à
reconstruire les génomes de populations microbiennes incultivées à partir de données métagenomique,
pour mieux comprendre la structure de communautés microbiennes, en identifier les métabolismes
dominants.