1-Définition: Les microsatellites (ou SSR : Simple Sequence Repeats) sont des répétitions entandem de motifs d’ADN composées de 1 à 6 paires de bases présentes chez tous les organismes vivants. Les premières descriptions de motifs microsatellites ont été faites en 1989 . Il existe des motifs microsatellites parfaits et imparfaits. Dans ce second cas, des bases peuvent interrompre l’enchaînement des répétitions. Les motifs microsatellites permettent le développement de marqueurs hautement polymorphes (variation basée sur le nombre de répétitions), multi-alléliques et codominants (distinction des homozygotes et des hétérozygotes), ils constituent donc un outil de choix en génétique. La présence de motifs microsatellites est expliquée par l’effet mutationnel de la réplication de l’ADN qui entraine un dérapage de l’ADN polymérase (slippage) et des crossing-over inégaux ayant pour conséquence une variation du nombre de répétition des motifs . 2-Les types des microsatellites: Il existe deux types différents de microsatellites: les microsatellites génomiques et les microsatellites d’EST (Expressed Sequence Tag) 2-1-Les microsatellites génomiques: sont issus de séquences provenant du génome entier, et sont surtout situés dans les régions non-codantes. Leur développement se fait à partir de banques enrichies en motifs microsatellites qui sont fastidieuses à développer, mais sont indispensables lorsque pour l’espèce étudiée il n’y a pas ou peu de données de séquences disponibles. Ce type de microsatellite est très polymorphe (plus de 50% en général selon les espèces), mais moins transférable que les microsatellites issus d’EST. 2-2-Les eSSR: sont issus du séquençage d’ADNc et sont situés dans les régions géniques (introns, exons et UTR). La cartographie de ce type de motif permet donc de cartographier les gènes correspondants, dont la fonction peut être identifiée via des homologies de séquences. Il est possible de développer des marqueurs issus de ce type de motif dès que des ressources génomiques sont développées pour l’espèce étudiée. 2 3-Mécanisme de SSR: Grâce à la technique PCR et l’automatisation de cette dernière, l’utilisation de ces marqueurs SSR a considérablement augmenté, ainsi que leur détection Figure 01 : La technique d’amplification (PCR) La plupart du temps, des polymorphismes de séquence sont révélés au sein d’un fragment d’ADN amplifié par PCR à partir de l’ADN génomique total de l’individu à analyser, à l’aide d’une paire d’amorces spécifiques des extrémités de la région à étudier. 3 La PCR, est basée sur l’utilisation d’une enzyme l’ADN polymérase thermorésistante. Un très grand nombre de copies d’un fragment d’ADN est synthétisé si l’enzyme dispose de petits morceaux d’ADN simple brin (amorces) complémentaires des deux extrémités de la séquence que l’on veut copier La réaction est rendue cyclique grâce à des variations de température, et chaque brin néoformé peut servir de matrice pour synthèse au cycle suivant. L’amplification de cette séquence est donc exponentielle. Ces éléments sont uniformément répartis sur l’ensemble du génome d’une espèce et présentent un taux de polymorphisme élevé. Ce polymorphisme repose sur la variation du nombre d’unités de répétitions constituant le microsatellite. Les séquences bordent ces éléments répétées permettent de définir les amorces pour l’amplification par PCR. La taille des produits amplifiés est estimée par électrophorèse sur gel d’agarose ou d’acrylamide figure02: la détection d'un polymorphisme de répétition SSR 4 4-Utilisation des microsatellites: Ce type de marqueur est d’une grande utilité pour la cartographie génétique chez de nombreuses espèces, mais aussi pour de nombreux autres domaines : l’analyse d’ADN ancien, la génétique des populations, ou encore la conservation de ressources biologique 5-Les avantages et les inconvénient des marqueurs SSR .1 Marqueur Avantages Inconvénients SSR - les microsatellites sont des la répartition des marqueurs codominants. microsatellites est assez - Ils sont très largement utilisés. lourde car il faut cribler -Il y a une grande fréquence de une banque génomique SSR dans le génome. enrichie avec une sonde -Les microsatellites sont bien microsatellite, séquencer répartis à travers tout le génome. les clones positifs, -Ils sont reproductibles. synthétiser les amorces -Les microsatellites sont faciles à oligonucléotidiques et manipuler tester les paires d’amorces -On observe un polymorphisme dans un échantillon élevé de SSR dans la population d’individus humaine 5 Conclusion Enfin dans cette travail et en général le SSR est un technique qui porte plusieurs avantage et utilisation large dans étude l'ADN selon répétition et séquençage ;encore le SSR utilise dans la conservation ressources biologique 6 Références bibliographiques: 7