2-Les types des microsatellites

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1-Définition:
Les microsatellites (ou SSR : Simple Sequence Repeats) sont des répétitions
entandem de motifs d’ADN composées de 1 à 6 paires de bases présentes chez tous
les organismes vivants. Les premières descriptions de motifs microsatellites ont été
faites en 1989 . Il existe des motifs microsatellites parfaits et imparfaits. Dans ce
second cas, des bases peuvent interrompre l’enchaînement des répétitions. Les motifs
microsatellites permettent le développement de marqueurs hautement polymorphes
(variation basée sur le nombre de répétitions), multi-alléliques et codominants
(distinction des homozygotes et des hétérozygotes), ils constituent donc un outil de
choix en génétique. La présence de motifs microsatellites est expliquée par l’effet
mutationnel de la réplication de l’ADN qui entraine un dérapage de l’ADN
polymérase (slippage) et des crossing-over inégaux ayant pour conséquence une
variation du nombre de répétition des motifs .
2-Les types des microsatellites:
Il existe deux types différents de microsatellites: les microsatellites génomiques
et les microsatellites d’EST (Expressed Sequence Tag)
2-1-Les microsatellites génomiques: sont issus de séquences provenant du génome
entier, et sont surtout situés dans les régions non-codantes. Leur développement se fait
à partir de banques enrichies en motifs microsatellites qui sont fastidieuses à
développer, mais sont indispensables lorsque pour l’espèce étudiée il n’y a pas ou peu
de données de séquences disponibles. Ce type de microsatellite est très polymorphe
(plus de 50% en général selon les espèces), mais moins transférable que les
microsatellites issus d’EST.
2-2-Les eSSR: sont issus du séquençage d’ADNc et sont situés dans les régions
géniques (introns, exons et UTR). La cartographie de ce type de motif permet donc de
cartographier les gènes correspondants, dont la fonction peut être identifiée via des
homologies de séquences. Il est possible de développer des marqueurs issus de ce type
de motif dès que des ressources génomiques sont développées pour l’espèce étudiée.

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3-Mécanisme de SSR:
Grâce à la technique PCR et l’automatisation de cette dernière, l’utilisation de ces marqueurs SSR a considérablement augmenté, ainsi que leur détection
Figure 01 : La technique d’amplification (PCR)
La plupart du temps, des polymorphismes de séquence sont révélés au sein d’un
fragment d’ADN amplifié par PCR à partir de l’ADN génomique total de l’individu à
analyser, à l’aide d’une paire d’amorces spécifiques des extrémités de la région à
étudier.

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La PCR, est basée sur l’utilisation d’une enzyme l’ADN polymérase
thermorésistante. Un très grand nombre de copies d’un fragment d’ADN est
synthétisé si l’enzyme dispose de petits morceaux d’ADN simple brin (amorces)
complémentaires des deux extrémités de la séquence que l’on veut copier
La réaction est rendue cyclique grâce à des variations de température, et chaque brin
néoformé peut servir de matrice pour synthèse au cycle suivant. L’amplification de
cette séquence est donc exponentielle.
Ces éléments sont uniformément répartis sur l’ensemble du génome d’une espèce et
présentent un taux de polymorphisme élevé. Ce polymorphisme repose sur la
variation du nombre d’unités de répétitions constituant le microsatellite. Les
séquences bordent ces éléments répétées permettent de définir les amorces pour
l’amplification par PCR. La taille des produits amplifiés est estimée par
électrophorèse sur gel d’agarose ou d’acrylamide
figure02: la détection d'un polymorphisme de répétition SSR

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4-Utilisation des microsatellites:
Ce type de marqueur est d’une grande utilité pour la cartographie génétique chez de
nombreuses espèces, mais aussi pour de nombreux autres domaines : l’analyse
d’ADN ancien, la génétique des populations, ou encore la conservation de ressources
biologique
1. Les avantages et les inconvénient des marqueurs SSR-5
Inconvénients
Avantages
Marqueur
la répartition des
microsatellites est assez
lourde car il faut cribler
une banque génomique
enrichie avec une sonde
microsatellite, séquencer
les clones positifs,
synthétiser les amorces
oligonucléotidiques et
tester les paires d’amorces
dans un échantillon
d’individus
- les microsatellites sont des
marqueurs codominants.
- Ils sont très largement utilisés.
-Il y a une grande fréquence de
SSR dans le génome.
-Les microsatellites sont bien
répartis à travers tout le génome.
-Ils sont reproductibles.
-Les microsatellites sont faciles à
manipuler
-On observe un polymorphisme
élevé de SSR dans la population
humaine
SSR

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Conclusion
Enfin dans cette travail et en général le SSR est un technique qui porte plusieurs
avantage et utilisation large dans étude l'ADN selon répétition et séquençage ;encore
le SSR utilise dans la conservation ressources biologique