DRT : Sujet de thèse SL-DRT-17-0752 - instn

Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
Institut national des sciences et techniques nucléaires
www-instn.cea.fr
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DRT : Sujet de thèse SL-DRT-17-0752
DOMAINE DE RECHERCHE
Biotechnologie, biophotonique / Sciences pour l'ingénieur
INTITULÉ DU SUJET
Techniques holographiques pour la détection et la classification de micro-colonies bactériennes sur milieux gélosés
RÉSUMÉ DU SUJET
En microbiologie, le développement de nouvelles méthodes d’imagerie permettant le suivi de cultures bactériennes sur boite de Petri est
crucial pour l’automatisation et l’accélération du diagnostic.
Le CEA/LETI-DTBS propose de développer une technique d’holographie numérique visant à localiser et classifier précocement les
colonies bactériennes en croissance sur tous types de milieux gélosés. Les retombées directes dans le domaine du diagnostic sont
nombreuses : tests de stérilité, contrôle des aliments (Listeria, Salmonella, etc.) ou encore tests cliniques de dépistage (tuberculose,
staphylocoque doré, bactéries multirésistantes).
La méthode développée fournira des images haute-résolution et contrastées couvrant une portion significative d’une boite de Petri. On
s’intéressera de plus à la mesure quantitative du volume et/ou de l’indice de réfraction des micro-colonies. Ce travail s’intégrera dans
l’activité de développement de méthodes originales pour la microbiologie menée dans le Laboratoire. La technique sera validée
régulièrement par des mesures sur des colonies bactériennes pertinentes vis-à-vis des applications.
La thèse s’adresse à un étudiant en optique possédant de fortes compétences expérimentales (montages optiques, caractérisation,
validation) et en traitement d’images. Le candidat devra montrer un intérêt pour le domaine d’application de la microbiologie.
FORMATION NIVEAU MASTER RECOMMANDÉ
Master d'Optique avec majeures en Instrumentation et Traitement d'Images
INFORMATIONS PRATIQUES
Département Microtechnologies pour la Biologie et la Santé (LETI)
Service Technologies pour la Détection
Laboratoire Imagerie et Systèmes d'Acquisition
Centre : Grenoble
Date souhaitée pour le début de la thèse : 01/09/2017
PERSONNE À CONTACTER PAR LE CANDIDAT
Jean-Charles BARITAUX
CEA
DRT/DTBS/STD/LISA
17 Avenue des Martyrs, 38000 Grenoble

Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
Institut national des sciences et techniques nucléaires
www-instn.cea.fr
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UNIVERSITÉ / ÉCOLE DOCTORALE
Paris-Descartes (Paris 5)
Physique en Île-de-France (EDPIF)
DIRECTEUR DE THÈSE
Gilles TESSIER
Université Paris-Descartes (Paris 5)
Faculté des sciences biomédicales et fondamentales
Laboratoire de Neurophotonique, CNRS UMR8250
Faculté des sciences biomédicales et fondamentales
Université Paris Descartes
45, rue des Saints Pères
75270 Paris Cedex 06, France
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