Refonte d`un système d`information clinique et ressources

Refonte d’un système d’information clinique et ressources biologiques dans un service hospitalier :
Expérience du service de Pneumologie de l’hôpital Tenon (Paris)
F. Morin1, Q. Tran1, P. Boucher2, V. Poulot3, E. Roux3, N. Mathiot3, E. Bertrand3, M. Antoine3, P. Callard3, J. Cadranel3, B. Milleron3
1Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique (IFCT), Paris - France
2Institut National du Cancer (INCa), Boulogne Billancourt - France 3APHP - Hôpital Tenon, Paris - France
RESUME
De 1999 à 2007, 1383 patients ont été inscrits dans le fichier
de service de Pneumologie après diagnostic de cancer. Le
service s’est doté d'une cryoconservation systématique des
biopsies (723) et des prélèvements chirurgicaux (1278).
Sous l’égide de l’INCa, la Tumorothèque Virtuelle Nationale
(TVN) a pour objectif d'établir une base de données
nationale permettant aux chercheurs d'identifier et de
localiser, par le réseau des tumorothèques françaises, des
échantillons biologiques et annotations cliniques nécessaires
à leurs programmes de recherche. S’appuyant sur l’expertise
en recherche clinique et en bioinformatique de l’IFCT, une
étude est réalisée à l’hôpital Tenon dans le cadre de la
phase pilote TVN, pour permettre la migration de fichiers
existants, la standardisation du recueil des données et le lien
avec le logiciel de tumorothèque.
Le système mis en place comprend un pré-formatage des
informations au Catalogue National, correspondant à 40
critères minimaux de description des échantillons
cryopréservés.
Après migration des données existantes, les annotations
cliniques sont structurées en 4 catégories : diagnostic initial,
primo-traitement, traitement de rechute et suivi.
L’interopérabilité permet l’exportation des données pour
analyses approfondies.
Dans le cadre d’une action structurante à l’échelle nationale
(TVN), des solutions ont été envisagées pour permettre à
l'avenir une réactualisation plus facile des données sur le
dossier clinique et sur les ressources biologiques.
L’expérience pourrait profiter à d’autres services se basant
sur le rapport complet de cette phase pilote IFCT-INCa.
OBJECTIFS
METHODES RESULTATS
CONCLUSIONS
Actuellement, 1617 fiches patient (dont celles
nouvellement créées) existent dans le système.
Cette expérience réalisée dans le cadre de la phase
pilote TVN a démontré la faisabilité de :
•Mettre en place un système d’information
structuré et cohérent dans un service hospitalier
public
•Reprendre les données d’un ancien système,
même si cela a nécessité beaucoup de travail
(1383 fiches)
Il est possible de transposer le principe à d’autres
organes, moyennant des modifications notamment
aux interfaces des différents systèmes.
Une base de données structurée permettra plus
aisément d’évoluer vers d’autres technologies si
nécessaire.
Créer un outil ergonomique, intuitif et facile
d’utilisation adapté à un service hospitalier public
Structurer les données recueillies pour une
meilleure lecture et leur exploitation
Prévoir l’interopérabilité avec d’autres systèmes
d’information
Prévoir l’intégration cohérente dans le système
de Tumorothèque
Impliquer le personnel hospitalier dans la mise à
jour des fiches patient
Audit technique et audit qualité des données de la
Base de service Tenon existante (en FileMaker Pro 5).
Rédaction d'un rapport et document d'étude décrivant
l'architecture du nouveau système clinique, dans un
système d'information global (liens avec la
Tumorothèque Tenon).
Réunions de travail IFCT avec tous les intervenants
de Tenon :
Discussions afin d'établir les items du nouveau
système, en prenant en considération les souhaits et
besoins du service, et les items de la TVN. Ces
derniers seront utilisés dans la Tumorothèque Tenon.
ÆChoix collégial technique du nouveau système :
Access
Intégration des données existantes (base de service
Tenon) dans Access pour faciliter le travail de
nettoyage.
Nettoyage des données existantes : détection
anomalies et mise en cohérence, corrections avec
échanges avec l'équipe Tenon.
Etude et maquette de la nouvelle application Cancer
Bronchique Tenon : base de données relationnelle
structurée respectant les points validés en réunion
avec l'équipe Tenon.
ÆLes données sont structurées en 4 catégories :
diagnostic initial, primo-traitement, traitement de
rechute et suivi.
Réalisation de l'application avec échanges fréquents
avec l'équipe Tenon. Mise en place de listes de choix
prédéfinis pour éviter les zones libres de saisie (ex.
nom des drogues).
Ergonomie pour la recherche et saisie de fiches
patient.
Mise en place de contrôles de cohérence des
données saisies.
Réalisation d‘un outil (état Access paramétrable)
d'aide à la détection de données manquantes ou
incomplètes, de données de dernières nouvelles trop
anciennes.
Réalisation d‘un outil d'export de données
paramétrable (sélection des items souhaités).
Interopérabilité Excel, Word.
Migration des données existantes vers Cancer
Bronchique Tenon.
Rapport des actions réalisées sur les données et
actions restantes nécessitant un arbitrage.
Réunion de démonstration de l’application pour le
service à Tenon. Détermination des conventions de
saisie, notamment concernant la notion de diagnostic
INITIAL et les traitements. Recueil des remarques, et
modifications d'après ces remarques.
Réalisation d’un Manuel Utilisateur.
Mise en exploitation de Cancer Bronchique Tenon en
septembre 2007.
Authentification à l’Extranet INCa pour uploadTéléchargement vers TVN 4
Constitution et génération automatique du fichier .csv
au format Catalogue National. Alimentation d’un
journal répertoriant les anomalies rencontrées
Extraction pour TVN 3
Saisie de données récupérées de fibroscopie,
commentaires, divers…
Enrichissement données labo 2.2
Intégration des données dans TumoTenonImport dans TumoTenon2.1
Export des données « poumon » souhaitées dans un
fichier texte .tab
Export Biobase1.2
Liens directs Access Export Cancer Bronchique Tenon 1.1
CommentairesDescription
Biobase II*
Fichier clinique
TumoTenon
Formats : tab, XML
Liens directs Access
Fichier csv
(Catalogue National)
1.2
2.1 34
Systèmes cloisonnés et hétérogènes Environnement commun « tumorothèque Tenon »
2.2
1.1
*Application Web AP-HP spécifique regroupant toutes
les congélations réalisées en anapath Tenon
(biopsies chirurgicales et chirurgies tout organe
confondu)
Base de données INCa
Cancer Bronchique Tenon
Application de gestion des prélèvements
congelés « poumon » avec informations
cliniques patient associées.
Fonctionnalité d’export TVN
Schéma du système d’information global Tumorothèque Tenon « Poumon »
Chercheurs
https://www.e-cancer.fr/
Extranet INCa
Patients du service de Pneumologie avec
diagnostic de cancer.
Le filtre spécifique et le module de recherche libre
permettent de retrouver rapidement une fiche. La
combinaison des 2 modes est possible.
Recul depuis les dernières nouvelles
Age au
diagnostic
Aide pour la classification TNM
Détermination du stade en fonction des valeurs de TNM
Survie calculée
Message d’aide au survol de la souris sur la zone concernée (ex. Date de diagnostic)
Liste des fiches patient
Module de recherche
Filtre spécifique
Ce rapport permet de repérer rapidement les données à
compléter ou à mettre à jour pour les fiches
sélectionnées.
APPLICATION CANCER BRONCHIQUE TENON
Ce fichier de service permet de recueillir les informations
de patients du service de Pneumologie, ayant un
diagnostic de cancer thoracique.
Pour éviter les erreurs dues aux saisies libres, des
listes déroulantes ont été mises en place. Il est
possible de modifier un libellé ou de créer une
référence (code + libellé), ici Produit. Ces données
sont alors mises à jour dans la liste déroulante.
Données de référence, exemple des produits
L’export de données
brutes sous Excel est
prévu. La possibilité est
donnée à l’utilisateur de
sélectionner les fiches
patient, ainsi que les
items souhaités.
Tumorothèque Virtuelle Nationale
TVN
1-Démographie et diagnostic initial 2-Primo-traitement 3-Suivi
Rapport de données manquantes Export de données sous Excel
Fiche Patient
Poster en ligne : www.ifct.fr
PO03-061
CPLF 2008