Infections INTRA-ABDOMINALES et TOXI
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UE AGENTS INFECTIEUX & HYGIÈNE DFGSM 3 FLORE DIGESTIVE & INFECTIONS INTRA-ABDOMINALES Dr Raphaël GUIHÉNEUF Assistant Hospitalier-Universitaire LABORATOIRE DE BACTÉRIOLOGIE - CENTRE DE BIOLOGIE HUMAINE [email protected] Amiens 12 octobre 2016 OBJECTIFS Composition et rôle de la flore digestive Bases microbiologiques des infections intra-abdominales Diagnostic bactériologique des péritonites & bases du traitement Déséquilibre de la flore digestive et diarrhées post-antibiotiques Items iECN : N° 274. Lithiase biliaire et complications : diagnostiquer une lithiase biliaire et ses complications. N° 277. Ascite : argumenter les principales hypothèses diagnostiques et justifier les examens complémentaires pertinents N° 284. Diverticulose colique et diverticulite aiguë du sigmoïde N° 326. Prescription et surveillance des classes de médicaments les plus courantes chez l'adulte et chez l'enfant. Connaître […], les principaux effets indésirables et interactions N° 352. Péritonite aiguë chez l'enfant et chez l'adulte PLAN I. Composition et rôle du microbiote digestif II. Agents digestifs à risque pathogène Bactériologie Sensibilité aux anti-infectieux III. Péritonites : Classifications Péritonites primaires (ILA) Péritonites secondaires Péritonites tertiaires IV. Diarrhée post-antibiotique : • Infection à Clostridium difficile • Autres déséquilibres de la flore I. FLORE DIGESTIVE Composition et quantité variable selon le niveau Estomac : contenu stérile en théorie (barrière pH acide) - 102-105/ml Duodénum-jéjunum : 102-104/ml Iléon 104-107/ml Colon 109-1011/g, prédominance anaérobies (1/1000) Fécès : 109-1012/g (40% du poids) Microbiote : ensemble micro-organismes formant un éco-système chez un hôte bactéries, virus, bactériophages, levures et archées Cultivable et non cultivable Fraction cultivable : flore COMPOSITION DU MICROBIOTE DIGESTIF Etage sus-duodénal : prédominance de bactéries à Gram positif,., Streptococcus spp. α-hémolytiques, Lactobacillus spp … (pH acide) Etage sous-mésocolique : Flore intestinale (duodénum-jéjunum): pH neutre, diminution O2 Prédominance espèces aéro-anaérobie facultatives (AAF) : E. coli (60-70%), Enteroccocus spp. (10-30%), Lactobacillus spp. Flore iléo-colique : 99% anaérobies, Bacteroides du groupe fragilis, Clostridiales (côlon +++) 1% flore sous-dominante AAF Flore de portage : autres Enterobacteriaceae, Candida, Pseudomonas aeruginosa RÔLE PHYSIOLOGIQUE DU MICROBIOTE Fonctions métaboliques : Digestion : cellulose, sels biliaires secondaires Synthèse : vitamine K Fonctions immunologiques : Effet barrière contre les pathogènes Stimulation et tolérance immunitaire Impact pathologique ? Effet anti-inflammatoire (Faeclibacterium spp et MICI ?) « Entérotypes » et obésité II. BACTÉRIES DIGESTIVES À RISQUES PATHOGÈNES Entérobactéries : E. coli Entérocoques Anaérobies strictes : Bacteroides spp. Clostridium spp. Principale entérobactérie humaine Habitat : flore iléo-colique Bacille à Gram négatif, aéro-anaérobie facultatif (AAF) Mobile grâce à une ciliature péritriche Croissance rapide Diversité des souches : Majoritaires commensales : suppuration digestive Pathovars (facteurs de virulence) : UPEC, EPEC… Entérobactérie multi-sensible pour les souches sauvages Bêta-lactamines : Sensible aux amino-pénicillines et aux céphalosporines de premières générations : Résistance acquise : Pénicillinase +++ Céphalosporinase Bêta-lactamase à spectre élargie (BLSE) : résistance C3G Carbapénémase : risque de toto-résistance aux BL, mécanisme émergent Fluoro-quinolones : Sauvage : sensible aux premières quinolones Résistances acquises en augmentation Aminosides : Co-trimoxazole : Sensible Résistance acquise enzymatique, meilleure activité de l’amikacine Sensbilité naturelle résistance acquise ++ Résistance naturelle : Anti-Gram positif : macrolides, vancomycine, Anti anaérobie strict : imidazolés 4 groupes de résistances aux BL Groupe 1 : E. coli , Proteus mirabilis Sensible à la PéniA Groupe 2 : Klebsiella pneumoniae, Klebisella oxytoca Pénicillinase chromosomique Résistance : Pénicillines Sensible : Pénicillines + IBL Groupe 3 : Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes, Morganella morganii Céphalosporinase chromosomique Résistance PéniA, Co-amoxiclav, C1G Sensible Carboxy- et Uréidopénicillines Groupe 4 : Yersinia enterocolytica Pénicillinase + Céphalosporinase chromosomique Famille des Enterococacceae (proche de la famille des Streptococacceae) Cocci à Gram positif en chaînettes Anaérobie préférentiel - aérotolérant Habitat : commensaux digestifs Non exigeant, résistance aux sels biliaires E. faecalis (80-85%) / E. faecium (10-15%) D’autres espèces rares chez l’Homme Pouvoir pathogène : site stérile Endocardites Intra-abdominal: Péritonites (co-infectant) Angiocholites (résistance aux sels biliaires) Uropathogène facultatif Pyélo/prostatite Colonisant urinaire+++ Terrain urologique E. faecalis Sensible aux amino-pénicillines, uréidopénicillines et imipénem (pas de résistance en France) Résistance naturelle aux pénicillines M et aux céphalosporines E. faecium : faible affinité des PLP, nombreuses souches résistantes aux pénicillines Enteroccocus spp.: Sensibles aux nouvelles fluoroquinolones et aux glycopeptides Possible résistance aux glycopeptides : ERV (E. faecium) Bacille à Gram négatif, anaérobie stricte Habitat : flore commensale colique Autres espèces : complexe fragilis (50% flore anaérobie colique) Non fragilis Facteurs de virulence : Adhérence par des fimbriae LPS membranaire Pouvoir pathogène : Péritonites (co-infectant) et abcès digestifs secondaires Septicémies à point de départ digestif (translocation sanguine) Toujours sensible aux imidazolés (métronidazole) Toutes les bactéries anaérobies strictes Autres anti-anaérobies à large spectre : Linézolide Clindamycine (résistances acquises) Résistance naturelle aux aminosides Bêta-lactamines : B. fragilis Enzyme chromsomique À large spectre Récupérée par les IBL Sensible : co-amoxiclav, pipéra-tazobactam, carbapénèmes Résistant : pénicillines et céphalosporines Bacilles à Gram positif anaérobies stricts, sporulants Ecologie : Réservoir environnemental (spores) : C. tetani, C. perfringens, C. botulinum Flore colique (infections endogènes) : C. perfringens, C. difficile + Nombreuses espèces commensales C. perfingens Facteurs de virulence : hémolysines ! Lécithinase (PLC) : Toxine Alpha Hémolysine O (oxygéno-labile) Gangrène gazeuse : Infection exogène : plaie contamination tellurique Infection endogène : suppurations digestive/gynécologique myonécrose, emphysème sous-cutanée, rapidement extensif cholécystite gangrèneuse entérocolite-nécrosante Septicémie toxinique : hémolyse intra-vasculaire III. PÉRITONITES péritonites primaires = spontanées par voie hématogène ou par translocation, mono-microbiennes péritonites secondaires = perforation ou à la nécrose du tube digestif, polymicrobiennes péritonites tertiaires =Infections intra péritonéales persistantes, surinfection par un micro-organisme peu virulent mais résistant PÉRITONITE PRIMAIRE Péritonite médicale : Infection du liquide d’ascite (ILA) chez le cirrhotique : E. coli, entérobactéries, Enterococcus spp. Diagnostic biologique : Ponction d’ascite : > 200 PNN/mm3 Liquide transudatif, faible en protéine (Ig) Direct négatif (inoculum faible) Culture + ensemencement flacon d’hémoculture (↑ sensibilité diagnostique) Traitement ILA : Céfotaxime/Co-amoxiclav Fluoroquinolone (documenté) PÉRITONITE SECONDAIRE Sus méso-colique : perforation d’ulcère gastro-duodénal Appendicite Diverticulite de Meckel Ischémie mésentérique • • • Streptocoques, Anaérobies (type oro-pharyngé), inoculum faible • • Diverticulite sigmoïdienne Cancer colique Sous méso-colique : perforation compliquant une infection localisée Flore iléo-colique, inoculum important Péritonite stercorale PÉRITONITE SECONDAIRE Diagnostic bactériologique : Culture systématique épanchement liquide péritonéal Hémoculture (infection systémique) Utile si nosocomial Traitement : Médico-chirurgical !! Toilette péritonéale Antibiothérapie : couverture des anaérobies Pénicillines + IBL Céphalosporines + anti-anaérobies Nosocomiale/Tertiaire : Carbapénème +/- Vancomycine +/- antifongique Intérêt de la documentation bactério : BMR, entérocoques, levures INFECTIONS INTRA-ABDOMINALES Complexité de la flore, rôle des anaérobies Infections endogènes Agents pathogènes : E. coli, Anaérobies, entérocoques Antibiothérapie probabiliste (épidémio microbienne) Documentation bactériologique : ILA Péritonite nosocomiale IV. DIARRHÉES POST-ANTIBIOTIQUE Déséquilibre de la flore par l’action des antibiotiques: Clindamycine (première décrite) : Colite Pseudo-Membraneuse (CPM) β-lactamines Fluoro-quinolones Agents étiologiques : Clostridium difficile toxinogène Bacille à Gram positif sporulé, anaérobie strict, odeur de crottin Habitat : côlon humain 3% de porteurs chez les adultes Transmission : ingestion des spores manuporté (risque nosocomial) Facteurs de virulence : Toxine A (entérotoxine) et toxine B (cytotoxine) Pas de toxines : non pathogène Action des antibiotiques à spectre anti-anaérobie Sélection (résistance intrinsèque, spores) de C. difficile : Contamination endogène/exogène Colonisation FDR : antibiothérapie, chimiothérapie anti-cancéreuse Production des toxines : Activité cytoxotique : inflammation Déstabilisation cytosquelette d’actine : perméabilité muqueuse Infection à Clostridium Difficile (ICD) diarrhée toxinique +++ Colite Pseudo-Membraneuse (5-10 % des cas) complication : méga-colon toxique Recherche spécifique en contexte nosocomial ou post-antibiotique Uniquement selles diarrhéiques Tests immuno-chromatographiques : Première ligne :détection antigène spécifique (GDH) Excellente VPN Deuxième ligne si Ag + toxines A+/- B : Sensibilité variable Excellente VPP, moindre sensibilité PCR : Cibles les gènes de toxines En troisième ligne (sensibilité) VPN +++ (possible en première intention) Culture : pour intérêt épidémio Sensibilité constante : aux imidazolés, à la vancomycine Première intention : Arrêt des antibiotiques (étiologique) Métronidazole / Vancomycine per os Deuxième ligne : fidaxomycine Spectre étroit Récidive (FdR : > 65 ans, comorbidités…) Coût élevé Formes récidivantes : transplantation fécale Précaution d’hygiène spécifique : isolement entérique Chambre seule Javel (sporicide) Lavage des mains au savon (détersion mécanique) Guérison : Critères cliniques Retour des selles moulées Levée d’isolement à 24 h Récidive : Précoce si moins de 72 heures Diagnostic clinique Pas de diagnostic biologique : portage fréquent post-ICD DIARRHÉE POST-ANTIBIOTIQUE : SYNTHÈSE Première cause en fréquence : C. difficile ICD/ CPM Diagnostic ciblé : Antigène commun GDH Toxines A et B Seules souches toxinogènes sont pathogènes Traitement codifié : Guérison/récidive : Métronidazole/vancomycine/fidaxomycine Clinique Hygiène ! (sporicide)
