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LETTRE PASTEUR > N° 6 - Septembre 2016
Génomique Médicale
La surdité est le décit sensoriel le plus fréquent chez l’enfant. D’énormes
conséquences touchent l’enfant sourd commençant par des dicultés
dans l’acquisition du langage parlé induisant un obstacle scolaire suivie
par un trouble comportementale et psychologique causé par l’isolement
sensoriel. En eet un diagnostic génétique exact mène à une prise en
charge précoce favorisant une nette amélioration des performances lan-
gagières et intellectuelles.
Par l’utilisation du WES, nous avons identié chez la famille SF107 une nou-
velle mutation délétère c.1810C > G (p.Arg604Gly) à l’état homozygote
au niveau de l’exon 20 du gène TMC1. Cette mutation (chr9: 75435804)
est localisée dans une région d’homozygotie de 4 mégabases située sur
le chromosome 9q21.13 (Figure1).
La mutation est prédite délétère par les trois sites de prédiction protéique
que nous avons (SIFT, PolyPhen-2 et Mutation Taster), elle n’a pas encore
été rapportée et absente dans toutes les bases de données actuelles.
La modélisation par homologie a été réalisée pour évaluer l’impact de la
mutation faux-sens p.Arg604Gly sur la stabilité de la protéine. La structure
tridimensionnelle de la protéine TMC1 a été générée en utilisant CPHmo-
dels-3.2 Server. Cette mutation est prédite par I-Mutant 2.0 et SDM (Site
Directed mutator) pour être très déstabilisante et provoque des change-
ments conformationnels sur la structure 3D de la protéine, ce qui pourrait
aboutir à un dysfonctionnement de la protéine (Figure 2). Notre étude de
prédiction a révélé que l’Arginine-604 dans la protéine native se trouve
sur la surface de la chaîne polypeptidique,tandis que dans la protéine
mutante, la Glycine se trouve à l’intérieur du polypeptide plié Ainsi, cette
mutation peut conduire à des changements dans les repliements de la
protéine TMC1, et par conséquent à son inactivation ou sa dégradation.
La technique du Whole Exome Sequencing (WES) a été utilisée pour
l’identication des mutations responsable de la surdité chez deux
familles marocaines. Ainsi, nous avons pu identier deux mutations
hétérozygotes composites au niveau du gène TBC1D24, la première
mutation hétérozygote composite (c.641G>A/ c.1316insG) chez la
famille SF05, et la mutation (c.641G>A/ c.457G>A) chez la famille
SF34.
Pour explorer la fréquence des mutations du gène TBC1D24 au Ma-
roc, nous avons séquencé les sept exons du gène TBC1D24 chez
63 familles sans diagnostic moléculaire. Cela nous a permis d’iden-
tier une 3ème famille avec une mutation hétérozygote composite
(c.641G>A/ c.798G>T).
En eet, le gène TBC1D24 a été identié pour la première fois en
2010, chez des familles présentant des cas d’épilepsies infantiles
sévères transmissibles (Falace et al. 2010), alors qu’en 2014, le gène
TBC1D24 a été décrit pour la première fois dans des familles présen-
tant la surdité (Rehman et al. 2014). Notre travail conrme l’implica-
tion de ce gène dans la surdité (Bakhchane et al. 2015a).
Les quatre mutations identiées dans ce travail sont pathogènes se-
lon les trois logiciels de prédiction protéique que nous avons utilisés
(SIFT, PolyPhen-2 et Mutation Taster). De plus, ces mutations aectent
les deux domaines majeurs (TBC et TLDc) au niveau de la séquence
protéinique TBC1D24 (gure 2z), suggérant ainsi que l’intégrité de
ces domaines est cruciale pour la fonction de TBC1D24 dans la
cochlée.
Références :
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Figure 3: Représentation schématique des mutations responsables de la surdi-
té non syndromique, où les deux domaines fonctionnels TDC et TLBc sont repré-
sentés sur la structure de la protéine TBC1D24. Les changements amino-acides
identiés dans ce travail sont en gras.
Figure 2: Visualisation de la protéine native et la protéine mutante par YASARA. (A)
des segments de protéines TMC1 mettant en évidence la position et l’orientation de
l’acide aminé natif Arginine-604. (B) même structure que (A), mais avec la substitution
Glycin-604 montrant une orientation inverse du résidu amino-acide.
b- Surdité non syndromique autosomique récessive et mutations du gène
TBC1D24 au Maroc.
La surdité est le décitsensoriel le plus fréquent, elle touche chaque an-
née près d’un millier de nouveau-nés, avec de lourdes conséquences sur
l’acquisition du langage oral et sur le développement socio-aectif de
l’enfant. Au Maroc, 150.000 cas de surdité ont été rapportés en 2007
selon une enquête élaborée par le Ministère de la Santé.