Bientôt une microbiologie en 24 heures

22.11.2011
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Bientôt une microbiologie en 24
heures ?
M.-L. Tritten Arber
Jour 1 Jour 2 Jour 3 Jour 4 à plusieurs
semaines
Microbiologie traditionnelle
•Gram (ED)
•Mise en culture
•Antibiogramme
direct (urines)
•Lecture des cultures
•Tests d’identification
•Antibiogramme
•Tests rapides: résultat
germe
•Isolements
Résultat
antibiogramme
Résultat germe et
Antibiogramme
•Tests
d’identification
•Antibiogramme
Résultat germe et AB
Nouvelles technologies
•Gram (ED)
•Mise en culture
•Tests
antigéniques :
Résultat germe
•PCR sur le
prélèvement:
Résultat germe
•Lectures des cultures
•Maldi-TOF
Résultat germe
•Antibiogramme
•Antibiogramme
rapide:
Résultat AB
Résultat AB
(Antibiogrammes)
40 ans microbiologie 17.11.2011 MLT
Tests effectués à partir du prélèvement
Jour 1
•Examen direct : colorations
•Tests antigéniques
•PCR sur le prélèvement
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Examens directs: colorations
Gram
Ziehl-Neelsen
Grocott Giemsa
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Sensibilité ? Spécificité ?
•Dépendent de la charge bactérienne ou
parasitaire
•Dépend de la qualification du personnel
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Tests antigéniques
•Immunochromatographie (ICT)
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Revue médicale suisse: G. Prod’hom J. Bille

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Revue médicale suisse :G. Prod’hom J. Bille
PCR en temps réel
•Utilise le principe de base de la PCR classique
•Technique d’Amplification génique permettant
de repérer un fragment d’ADN ou de gène
précis, présent dans un matériel, puis de le
multiplier rapidement de façon à permettre sa
détection
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PCR
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PCR en temps réel
•La détection du produit amplifié se fait en
temps réel grâce à l’introduction dans la
réaction, d’un marqueur fluorescent dont
l’émission est directement proportionnelle à la
quantité d’amplicons produits
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Systèmes semi-automatisés
•Nécessitent une préparation de l’échantillon
•Destinés à l’analyse de plusieurs échantillons à la fois
(série)
•« multiplexable »
•Sensibilité et spécificité élevées
•Rapide, résultat dans la journée
•Coût modéré
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Infrastructure nécessaire
•Personnel qualifié
•Locaux séparés
–Pour la préparation du mélange réactionnel
–pour la préparation de l’échantillon ( pré-PCR)
–Pour l’amplification et le détection (post-PCR)
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Systèmes automatisés
•Préparation de l’échantillons très simplifiée
•Rapide, résultat en une à quelques heures
•Se prête aux examens au « coup par coup »
•Très sensible et spécifique
•multiplexable
•coûteux
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Applications
Recherche rapide à partir de l’échantillon
•MRSA, VRE
•Enterovirus (LCR)
•Mycobacterium tuberculosis
•Clostridium difficile
•Grippe A, A H1N1, B
•……
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PCR et Microarray
(puces à ADN)
Permet de rechercher dans un échantillon une
grande variété de microorganismes en même
temps
•Extraction de l’ADN et/ou de l’ARN présent
dans l’échantillon
•Amplification par une PCR multiplex
•Détection des produits d’amplification sur une
puce
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Principe de base:
•exploite la faculté de l’ADN monobrin
(dénaturé) à reformer spontanément une
double hélice lorsqu’il rencontre son brin
complémentaire (hybridation)
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Puce
•Ensemble de séquences choisies d’ADN fixées
en rangée sur un support solide ( verre,
silicium, plastique etc)
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•En quelques heures détection directement à
partir de l’échantillon d’un grand nombre de
micro-organismes (virus par exemple)
•Très bonnes sensibilités et spécificités
•Demande du personnel qualifié
•Très coûteux pour l’instant
•Résultat en quelques heures
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Application
•Recherche de virus respiratoires
•Recherche et typage des papillomavirus
•Recherche de gènes de résistances chez les
enterobactéries
•Recherche et typage d’Herpesvirus
•…….
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Tests effectués à partir de cultures
jour 2
Maldi-Tof
Antibiogrammes

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MALDI-TOF
(spectrométrie de masse)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation- Time
Of Flight
•Détermine un profil des protéines de la bactérie à
étudier
•A partir d’une seule colonie
•Bactéries enrobées dans une matrice cristalline
•Désorption et ionisation par un faisceau laser
•Particules accélérées par un champ magnétique
volent jusqu’à un détecteur
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300-500 tirs de laser
15-30 secondes par échantillon
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