Cancer et Human Proteome Project

Cancer et Human Proteome
Project
Le point de vue du clinicien
François Sigaux
FS 2011
FS 2011
 Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 La phase de découverte: un besoin urgent d’intégration
spécifique d’organisme, de tissu, de cellule…
 La lettre au père Noel
FS 2011
Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 Place attendue des bio‐marqueurs en cancérologie
 Dépistage
Aide au choix des thérapeutiques « ciblées »
Surveillance de la maladie minime
FS 2011
Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 Qualités attendues d’un bio‐marqueur protéique
Pratiques: robustesse vis‐à‐vis des phases pré‐analytiques
et reproductibilité intra‐laboratoires; Obtention si possible à partir de fluides biologiques
Possibilité d’imagerie tumorale liée au marqueur
 analytiques: sensibilité, spécificité, représentativité
de l’hétérogénéité tumorale, gamme dynamique,
caractère quantitatif
« Fonctionnelles » lien avec une voie de transduction un métabolisme ou une anomalie post traductionnelle bien identifiée FS 2011
Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 Robustesse vis‐à‐vis des phases pré‐analytiques
et reproductibilité intra‐laboratoires
 Ressources biologiques et standardisation des procédures
Gros effort de l’INCa et des Cancéropôles pour faire adopter
des standards pour les études prospectives
Grand déficit des collections en échantillons appariés de fluides
Biologiques (sang) pour les étapes de découverte et validation
FS 2011
Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 Représentativité de l’hétérogénéité tumorale
 Cellules propagatrices de tumeurs et variation intraclonale:
intérêt des OMICs à l’échelle unicellulaire
Influence de la niche tumorale, du microenvironnement primaire
ou métastatique
 intérêt des études in‐situ (anticorps ou imagerie par SM)
Que signifie un marqueur circulant?? (protéines relarguée, cellules
ou exosomes? Etc…) FS 2011
Protéome et cancer: l’attente des cliniciens dans le domaine des bio‐marqueurs
 Lien avec une voie de transduction un métabolisme ou une anomalie post traductionnelle bien identifiée  les thérapies moléculaires cibles directement ou indirectement
des altérations des réseaux génétiques dont on espère que l’addiction pour elles sont stables et partagées par toutes les cellules tumorales
Des bio‐marqueurs qui refletent spécifiquement ces altérations
se prétent mieux à une utilisation « théranostique » que des marqueurs indirects (ex: produits anomaux de translation)
FS 2011
 La phase de découverte: un besoin urgent d’intégration spécifique d’organisme, de tissu, de cellule…
 Intégration progressive des OMICs tumoraux
 Visées cognitives et médicales
De l’expression différentielle au cablage differentiel
Importance d’augmenter l’information partiellement corrélée
pour réduire la dimensionnalité
>cette information es multi echelle et hétérogène
(de la machine moléculaire d’une cellule à l’organisme)
FS 2011
 La phase de découverte: un besoin urgent d’intégration spécifique d’organisme, de tissu, de cellule…
La place de la protéomique est essentielle
 Pour valider les conséquences biochimiques attendues de l’implication possible de certaines voies métaboliques dans
la transformation tumorale dans un cancer donné (homme
et modèles pré‐cliniques)
Pour fournir des modèles protéiques de cellules normales
appariées aux cellules tumorales Pour fournir des réseaux d’interactions validés si possible spécifiques d’un type cellulaire mais multiorganisme pour
réduire la dimensionnalité.
ex. des liens « many to many » miRNA‐RNAs
FS 2011
 La phase de découverte: un besoin urgent d’intégration spécifique d’organisme, de tissu, de cellule…
La place de la protéomique est essentielle
 Pour valider les conséquences biochimiques attendues de l’implication possible de certaines voies métaboliques dans
la transformation tumorale dans un cancer donné
Pour fournir des modèles protéiques de cellules normales
appariées aux cellules tumorales Pour fournir des réseaux d’interactions validés si possible spécifiques d’un type cellulaire mais multi‐organisme pour
réduire la dimensionnalité.
ex. des liens « many to many » miRNA‐RNAs
FS 2011
 La lettre au père Noel
 Standardisation des phases pré‐analytiques
Standardisation des outils pour l’analyse
(et notamment les anticorps) et partage des outils et
standards (protéomique quantitative)
Libération en temps réel des résultats (question de la PI à régler)
Construction d’outils transversaux pour l’intégration des OMICs
et infrastructures de calcul
Formation des ingénieurs, du personnel de santé, et des nouveaux métiers de la santé en protéomique
et bioinformatique.
FS 2011