UE7 – Génétique Dr. Bérénice DORAY La CGH-Array

UE7 – Génétique
Dr. Bérénice DORAY
Ronéistes : LEGRAND JB
SAINT-ALME Sébastien
Plage horaire : 10h30 – 12h30
Date : 06/03/2017
Promo : 2016/2017
La CGH-Array - une nouvelle technique de diagnostic en génétique
médicale
I. RAPPELS : Caryotype et FISH
1) Le caryotype
Le caryotype permet de détecter des anomalies allant de 5 à 10 Mb. C’est la technique de référence pour la
recherche de remaniements chromosomiques déséquilibrés et équilibrés (cad le même fragment échangé
entre même chromosome).
2) La FISH
La FISH quant à elle, permet la détection d’anomalies type délétion, microdélétions ou des duplication de 13 Mb. Meilleure résolution mais technique CIBLEE.
II. L’hybridation genomique comparative
L’hybridation génomique comparative (CGH – Array) = caryotype moléculaire = CGH sur microréseau =
ACPA (Analyse chromosomique sur puce ADN) (1kb – 1Mb)
Le but étant ici toujours d’expliquer un tableau clinique que le caryotype ou la FISH n’ont pu résoudre,
donner un conseil génétique et orienter les parents et les patients dans la prise en charge.
è Microarray = puce = lame : support en verre sur lequel sont déposées ou synthétisées in situ des
molécules (ADN, protéines)
è 1 spot lumineux = 1 seq d’ADN présente en multiples copies
è La résolution de la puce augmente avec le nombre de sondes
En premier lieu, on obtient l’ADN du patient. On le fragmente par action enzymatique et le marque en
rouge. On prend un ADN témoin marqué en vert.
On hybride les 2 échantillons sur la lame contenant les multiples sondes. On peut alors avoir ce genre de
résultat après traitement informatique :
è Délétion : vert > rouge
è Normal : vert = rouge = JAUNE
è Duplication : vert < rouge
Les AVANTAGES :
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Recherche de déséquilibres génomiques (CNV : variation du nombre de copies) entre l’ADN du
patient et celui de référence
Résolution 25 à 1000x plus résolutive que le caryotype haute résolution
Exploration de TOUT LE GENOME
Localisation PRECISE des déséquilibres
Elle permet également d’éviter les analyses itératives : caryotype + FISH + autre FISH…
Les LIMITES :
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Installation (coûte cher, environ 200k $)
Ne détecte pas les anomalies chromosomiques équilibrées, cad détecte ce qu’il y a en plus ou en
moins uniquement. (Translocation réciproque équilibrée, inversion...)
Mosaïque < 20% (cad si on a moins de 20% des cellules avec l’anomalie, on risque de passer à côté)
Interprétation des résultats ++
Critères retenus pour le diagnostic :
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Etude du caractère de novo (étude des parents ++)
Présence de l’anomalie sur les bases de données publiques
Taille de l’anomalie
Gènes candidats contenus dans l’anomalie (zone sans gène ou zone avec un gène codant pour une
protéine intervenant dans le développement neuronal ?)
Attention : toutes les CNV ne sont pas détectables par la CGH-array . Certaines sont très polymorphes et
sont communes à plus d’1% de la population générale.