Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour
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Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour l’Environnement – UMR 7564 de l'Université Henri Poincaré février 2008 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour l’Environnement – UMR 7564 Université Henri Poincaré février 2008 Rapport du comité d'experts L'Unité de recherche : Nom de l'unité : Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour l’Environnement Label demandé : UMR N° si renouvellement : 7564 Nom du directeur : M. Jean-Claude BLOCK Université ou école principale : Université Henri Poincaré – Nancy 1 Autres établissements et organismes de rattachement : CNRS Date(s) de la visite : 7 – 8 février 2008 2 Membres du comité d'évaluation Président : M. le Professeur Philippe SAUTET Experts : M. Gérard CHASSAING, Université Pierre et Marie Curie, Paris M. Philippe RICHETTI, CRPP, Bordeaux M. Olivier LAPREVOTÉ, ICSN, CNRS, Gif s/Yvette M. Hubert GIRAULT, EPFL, Lausanne M. Gervais CHAPUIS, EPFL, Lausanne M. Azzedine BOUSSEKSOU, CNRS, Toulouse M. Stefano COLONNA, Université de Milan M. Roland GRAFF, ULP Strasbourg Mme Marie-Noëlle BELLON-FONTAINE, INRA , Massy-Palaiseau M. Gilles DUVERLIE, Université de Picardie M. David LE BOLLOC’H, LPS, Orsay Expert(s) représentant des comités d’évaluation des personnels (CNU, CoCNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD…..) : M. Jean-Charles QUIRION, section 12 CoCNRS M. Claude POUCHAN, CNU 31ème section Observateurs Délégué scientifique de l'AERES : M. Jean-Michel ROBBE Représentant de l'université ou école, établissement principal : M. Jean-Pierre FINANCE, Université de Nancy 1 Représentant(s) des organismes tutelles de l'unité : M. Francis SECHERESSE, DSA section 13 et 14 CNRS 3 Rapport du comité d'experts 1 z Présentation succincte de l'unité • Effectif, dont enseignants-chercheurs (18), chercheurs (5), ingénieurs (6), doctorants (13), techniciens et administratifs (13) • Nombre de HDR (11) • Nombre de thèses soutenues (16), nombre de thèses en cours (13), nombre de thésards financés (13) • Nombre de membres bénéficiant d’une PEDR (6) • Nombre de publiants (19/20 EC, C) 2 z Déroulement de l'évaluation Le Comité s'est réuni à Nancy le 7 et le 8 Février 2008. Ses membres ont apprécié l'accueil chaleureux et le sérieux avec lequel cette évaluation a été préparée par l'ensemble du laboratoire. Le rapport quadriennal était très complet, bien représentatif des activités et de très bonne qualité. L'exposé du Directeur de l'UMR le 7 Février a fourni une vision globale de l’activité sur le quadriennal. La séance de discussion informelle autour des affiches a permis au Comité de mieux apprécier les résultats obtenus, l'enthousiasme et la compétence de ceux qui les présentaient, et a illustré la très bonne synergie entre les groupes. 3 z Analyse globale de l’unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen Le LCPME présente : • Des équipes efficaces, motivées et managées par un directeur dynamique • Des approches pluridisciplinaires parfaitement bien intégrées par chacune des équipes de l’unité • Des dispositifs expérimentaux originaux rassemblés en plate-forme qu’il conviendrait peut-être à terme de labelliser • Une bonne intégration des mesures d’hygiène et de sécurité liée à un ACMO attentif et efficace Le LCPME regroupe trois équipes très intéressantes, pluridisciplinaires et complémentaires. L'équipe de Direction, et son directeur en particulier, animent de façon très dynamique des thématiques tout à fait originales. Ce laboratoire, à l'interface microbiologie – électrochimie - spectroscopie de surface, a beaucoup de cartes en mains pour avoir un impact international fort sur les problèmes d'adhésion de virus, de micro-organismes, de bactéries sur des surfaces solides. L'assemblage de techniques expérimentales novatrices apporte déjà quelques résultats importants à ces problèmes d’adhésion, dont l'importance sociétale ne fait aucun doute. La collaboration et le travail en équipe des microbiologistes et des physico-chimistes est un point fort de ce laboratoire. La greffe de l’équipe de microbiologie est donc tout à fait réussie. 4 Avec 206 publications sur 4 ans, soit 2.3 articles par chercheur et par an, la production scientifique est très bonne. Les journaux sont de bon niveau international : Chem. Mat, J. Phys. Chem., Anal. Chem., Appl. Envir. Microbiol.. La répartition de cette production entre les équipes est correcte, entre 2 et 4 articles par chercheurs et par an. La répartition de la production sur les chercheurs eux-mêmes est beaucoup plus dispersée, avec plusieurs enseignants-chercheurs ou chercheurs présentant 2, 3 ou 4 publications (sans compter les deux membres non publiants), et d’autres jusqu’à 40 publications sur le contrat. Le très bon impact international peut être évalué par les 24 conférences invitées, à nouveau bien réparties sur les équipes. Trois chercheurs, un par équipe, présentent un facteur H supérieur à 15. A coté de ce très bon volet académique, l’unité développe aussi une large activité contractuelle, avec de nombreux contrats industriels, des contrats européens et sept projets validés par l’ANR. Il est un peu surprenant, cependant, que le laboratoire, riche de nombreuses actions de valorisation, produise peu de brevets (2 brevets publiés sur la période de référence). L’encadrement doctoral est très bon, avec 16 thèses soutenues dans le contrat, et 13 doctorants en cours de thèse fin 2007, pour 11 HdR. Parmi ces 11 HdR, seulement 7 encadrent des doctorants aujourd’hui. Ils sont complétés par 6 co-encadrements par des jeunes chercheurs. Les doctorants sont cependant inégalement répartis entre les trois équipes, avec un nombre insuffisant pour le groupe CSI. Le laboratoire devra mener une action pour améliorer cet équilibre. Le comité encourage les jeunes membres de l’unité à soutenir leur HdR, dès que leur expérience le permet. L’intégration locale est bonne, avec une participation au CPER. La collaboration dans le cadre de la SFR est présente mais pourrait être intensifiée. L’animation scientifique est présente, avec deux journées scientifiques par an. L’organisation et les discussions collectives de la stratégie, établies de façon informelle, gagneraient à être établies de façon plus claire et structurée. En conclusion, le LCPME est un laboratoire à structure pluridisciplinaire avec des perspectives d'avenir très prometteuses. 4 z Analyse équipe par équipe et par projet Equipe MIC Cette équipe composée de 9 enseignants-chercheurs est assistée de 4 post-doctorants et elle a encadré 14 doctorants durant le dernier contrat quadriennal dont 4 sont encore en cours de thèse. L’équipe s’est axée sur la Microbiologie environnementale qui est un sujet très porteur. Elle a centré ses recherches sur « la réactivité des cellules microbiennes vis à vis de leur micro-environnement ». Ces travaux, développés selon une approche multidisciplinaire originale (approche associant la microbiologie, la physique et la physico-chimie à des techniques avancées de microscopie) concernent les cellules microbiennes « libres » (cellules en suspension dans un liquide ou dans l’air) et « fixées » (biofilms jeunes et matures). La focalisation d’une grande partie des travaux sur les virus est tout a fait pertinente compte tenu du contexte sociétal et des compétences existantes. Afin d’éviter tout effet de dispersion, cette équipe jeune et dynamique a construit un projet fédérateur auquel on ne peut qu’adhérer, projet permettant en outre un renforcement les liens avec l’équipe SCI (collaboration déjà très fructueuse). Ses compétences bénéficient des outils très spécialisés de physico-chimie des autres équipes en constituant un des rares laboratoires experts dans ce domaine en France avec des modèles couvrant les virus, les bactéries, les levures et les parasites. Les modèles viraux sont particulièrement originaux et permettent d’envisager des études fines de relation entre structure et paramètres physico-chimiques, en particulier pour les virus non enveloppés. Enfin la compétence et l’expertise des membres de cette équipe sont indéniables et aujourd’hui reconnues tant au niveau national qu’international. L’équipe s’est investie dans une maquette de master 2 de microbiologie environnementale qui doit être unique en France. 5 Les publications sont de bon niveau scientifique avec une moyenne de deux publications par enseignantchercheur et par an. Des outils d’analyse en temps réel du développement microbien et des biofilms sont en développement et font l’objet de nombreux contrats industriels et européens dont un est coordonné par le groupe. De ce fait, les collaborations nationales et internationales sont très nombreuses. Equipe CSI La compétence et la créativité de l’équipe en matière de caractérisation physico-chimique des interfaces bactériennes et virales sont indéniables et reconnues aujourd’hui tant au niveau national qu’international (le nombre de publications et de conférences invitées en témoignent). Les techniques, modèles et dispositifs expérimentaux mis en place et spécifiquement développés (zétamétrie, AFM en particulier) par l’équipe ont permis de faire progresser les connaissances sur les caractéristiques électriques et la déformation d’organismes bactériens du genre Shewanella ou encore de particules virales. Les perspectives proposées dans ce domaine sont pertinentes et nombre de projets d’ores déjà reconnus et soutenus par des contrats tant ministériels que privés. L'équipe spectroscopie de surface a développé une plateforme technologique de bon niveau, mais cette plateforme manque d'une stratégie de recherche se comportant plus comme une structure de service. Les aspects de valorisation sont bien développés par l’équipe, avec 8 actions menées sur le contrat. Le groupe a encadré trois thèses sur le contrat, et trois thèses sont en cours. Pour un groupe de 11 permanents, l’encadrement est donc assez peu développé. La situation est en particulier déséquilibrée par rapport aux autres équipes de l’UMR. Equipe ELAN L'équipe d'électrochimie s'est affirmée dans ces dernières années, comme un acteur dynamique de niveau mondial comme l'atteste la dernière publication dans Nature Materials. Ce groupe a su démontrer de façon brillante tous les avantages que la méthodologie électrochimique peut apporter à la synthèse ou à la caractérisation de matériaux nano ou mésoporeux. La production scientifique est excellente avec 60 publications sur 4 ans pour 4 chercheurs, soit 4 articles par chercheur et par an, dans des revues de très bon niveau international. Les contrats européens et industriels sont aussi présents. Avec six thèses en cours, l’encadrement doctoral est très bon. 5 z Analyse de la vie de l'unité Le management du laboratoire est très bon. Il y a une très bonne adéquation des compétences avec le projet. Bonne intégration des doctorants avec participation à 2 congrès au moins et aux doctoriales. L’hygiène et sécurité sont très bien organisées avec toutefois un problème de suivi médical insuffisant des MCF par l’UHP. Fonctionnement de l'unité se traduit par une bonne appropriation collective de la stratégie. Des services communs sont opérationnels. Bonne adhésion des personnels à la stratégie, discussions et tables rondes pour sa mise en place. Croisements inter-équipes pour ce projet. Très belle plateforme d’analyse de surface, bien structurée et dotée en personnel. Séminaires UMR plus ou moins fréquents.1 journée scientifique 2 fois par an. 6 6 z Conclusions Cette équipe de référence nationale en microbiologie environnementale doit continuer son essor pour prendre toute sa place dans ce domaine d’actualité où des leaderships internationaux vont se constituer. Il faudra donc qu’elle soit en mesure de saisir toutes les opportunités de développement qui devraient être nombreuses à court terme. — Points forts : • Approche pluridisciplinaire parfaitement bien intégrée • Originalité des dispositifs expérimentaux • Très bon impact international sur les problèmes d’adhésion de virus, de micro-organismes, de bactéries sur des surfaces solides • Greffe réussie de l’équipe de microbiologie — Points à améliorer : • Veiller à la participation de tous à la production scientifique • Encourager les jeunes à soutenir leur HdR • Evoluer vers une labellisation des plateformes • Saisir des occasions en termes de dépôt de brevets • Affiner la stratégie scientifique de la plateforme de spectroscopie — Recommandations : L’ensemble du laboratoire constitue une structure très originale et la microbiologie environnementale est encore en émergence. Il est donc important que cette équipe puisse continuer à se développer pour jouer un rôle de leader international dans son domaine. La multiplicité des modèles est à la fois un avantage pour couvrir tous les aspects de la microbiologie et un inconvénient pour les porter tous au plus haut niveau scientifique possible. L’équipe devra donc se développer ou faire des choix si elle veut continuer à améliorer son expertise scientifique et sa reconnaissance internationale. L’enseignement de la Microbiologie Environnementale est une très bonne initiative qu’il pourrait être intéressant de porter à l’échelle internationale sous forme d’un master européen. 7
