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Suivi scientifique du programme de restauration
hydraulique et écologique du Rhône :
Un observatoire dynamique de l'état écologique du fleuve
Rapport d'étape 2010
Coordination générale J.M. Olivier (UMR CNRS 5023) & N. Lamouroux (Cemagref Lyon)

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Réalisation du Rapport
Partie Poissons chenal et lônes : Jean-Michel OLIVIER (UMR CNRS 5023 – Université
Lyon 1), Nicolas LAMOUROUX (Cemagref – Lyon) et Samuel SEGURA (UMR CNRS
5023 – Université Lyon 1), échantillonnage réalisé avec la collaboration de Pierre SAGNES,
Julien VALLES, Chloé MATHIEU et Dominique REYNAUD (UMR CNRS 5023).
Partie Invertébrés du chenal : Sylvie MERIGOUX (UMR CNRS 5023, Université Lyon1),
échantillonnage, tri et détermination réalisés par Maxence FORCELLINI, avec la
collaboration de Chloé MATHIEU, Laetitia PATTARD, Dominique REYNAUD, Julien
VALLES, Valérie NOUNE (UMR CNRS 5023).
Partie Géomorphologie (sédimentation et granulométrie) : Jérémie RIQUIER, Hervé
PIÉGAY et Katarina DZUBAKOVA (UMR CNRS 5600 – Université Lyon 2 / ENS de
Lyon / Commenius University, bratislava).
Partie Végétation des lônes : Samuel SEGURA (UMR CNRS 5023 – Université Lyon 1),
avec la collaboration de Nicolas PERU (UMR CNRS 5023), échantillonnage réalisé par
ASCONIT Consultant
Partie Invertébrés des lônes : Emmanuel CASTELLA, Olga BEGUIN, Estelle
BERTHOLET, Hélène MAYOR, David McCRAE (Université de Genève)
Coordination scientifique générale : Jean-Michel OLIVIER et Nicolas LAMOUROUX
Les données hydrologiques sont fournies par la CNR.

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Sommaire
Sommaire ................................................................................................................................... 3
Synthèse ..................................................................................................................................... 5
1) Introduction .......................................................................................................................... 14
2) Approche thématique ........................................................................................................... 24
2.1 Cadre physique : restauration et hydrologie ............................................................. 24
2.1.1 Opérations de restauration ................................................................................... 24
2.1.2 Hydrologie .............................................................................................................. 26
2.1.3 Hydraulique du chenal .......................................................................................... 28
2.2 Les poissons du chenal ................................................................................................. 30
2.2.1 Objectifs et méthodologie ..................................................................................... 30
2.2.2 Echantillonnages.................................................................................................... 30
2.2.3 Résultats ................................................................................................................. 32
2.2.4 Bilan multi-sites ..................................................................................................... 41
2.3 Les invertébrés du chenal ............................................................................................ 44
2.3.1 Objectifs et méthodologie ..................................................................................... 44
2.3.2 Echantillonnage ..................................................................................................... 45
2.3.3 Bilan des campagnes d’échantillonnage .............................................................. 46
2.3.4 Bilan multi-sites ..................................................................................................... 47
2.3.4.1 Richesse taxonomique et densités dans l’ensemble des RCC .......................... 48
2.3.4.2 Préférences hydrauliques des peuplements dans l’ensemble des RCC ............ 53
2.3.4.3 Validations des prédictions de FSTress dans les RCC de Chautagne .............. 59
2.3.5 Conclusions et perspectives .................................................................................. 63
2.4 Hydromorphologie des lônes ....................................................................................... 65
2.4.1 Objectifs et méthodologie ..................................................................................... 65
2.4.2 Rappel des conclusions et des perspectives du rapport d’étape 2009 ............... 66
2.4.3 Synthèse des photographies aériennes géoréférencées disponibles pour
l’analyse de l’évolution planimétriques des lônes ........................................................ 67
2.4.4 Elaboration d’un modèle hydraulique 1D .......................................................... 70
2.4.5 Bilan multi-sites ..................................................................................................... 72
2.4.6 Conclusions et perspectives pour 2010-2011 ....................................................... 73
2.5 Végétation dans les lônes ............................................................................................. 75
2.5.1 Rappel des objectifs ............................................................................................... 75
2.5.2 Stratégie d’échantillonnage .................................................................................. 75
2.5.3 Résultats : évolution du diagnostic floristique .................................................... 77
2.5.3.1 Secteur de Brégnier-Cordon ............................................................................. 77
2.5.3.2 Secteur de Pierre-Bénite ................................................................................... 96
2.5.4 Bilan multi-sites et conclusion ............................................................................ 108
2.6 Les communautés de macroinvertébrés de 14 lônes du Bas-Rhône dans les secteurs
de Péage-de-Roussillon, Montélimar et Donzère. .......................................................... 112
2.6.1 Introduction ......................................................................................................... 112
2.6.2 Stratégie d’échantillonnage. ............................................................................... 113
2.6.2.1 Localisation des sites. ..................................................................................... 113
2.6.2.2 Description de l’habitat et de la connectivité avec le fleuve .......................... 113
2.6.2.3. Echantillonnage de la macrofaune ................................................................ 115
2.6.3.4 Calcul des métriques ...................................................................................... 115
2.6.3.5 Analyse des données. ..................................................................................... 116
2.6.3 Résultats. .............................................................................................................. 117
2.6.3.1 Ordination des sites étudiés en fonction de leur connectivité avec le fleuve. 117
2.6.3.2 Composition faunistique des communautés d’invertébrés aquatiques ........... 119

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2.6.3.2.1 Différences de composition entre le Haut- et le Bas-Rhône ....................... 119
2.6.3.2.2 Différenciation faunistique des lônes étudiées sur le Bas-Rhône ............... 120
2.6.3.2.3 Différenciation faunistique des lônes étudiées sur le Bas-Rhône ............... 122
2.6.3.3 Métriques basées sur les richesses taxonomiques. ......................................... 123
2.6.3.3.1 Richesse totale ............................................................................................. 123
2.6.3.3.2 Richesse en insectes EPT (Ephéméropères, Plécoptères, Trichoptères). .... 124
2.6.3.3.3 Richesse en mollusques gastéropodes. ........................................................ 125
2.6.3.3.4 Richesses taxonomiques et connectivité latérale. ....................................... 127
2.6.3.4 Métriques basées sur les espèces non-indigènes. ........................................... 128
2.6.4 conclusion. ............................................................................................................ 132
2.7 Peuplements de poissons des lônes. ........................................................................... 134
2.7.1 Objectifs et méthodologie ................................................................................... 134
2.7.2 Echantillonnages.................................................................................................. 134
2.7.3 Résultats ............................................................................................................... 135
2.7.4 Bilan multi-sites ................................................................................................... 144
2.7.5. Conclusions ......................................................................................................... 150
3. Approche géographique ..................................................................................................... 152
3.1 Chautagne ................................................................................................................... 152
3.2 Belley ........................................................................................................................... 156
3.3 Brégnier-Cordon ........................................................................................................ 162
3.4 Miribel-Jonage ............................................................................................................ 167
3.5 Pierre-Bénite ............................................................................................................... 168
3.6 Péage-de-Roussillon ................................................................................................... 170
3.7 Montélimar ................................................................................................................. 174
3.8 Donzère-Mondragon .................................................................................................. 176
4. Conclusion générale ........................................................................................................... 181
5. Références bibliographiques .............................................................................................. 184
Annexes thématiques .............................................................................................................. 190

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Synthèse
Les huit sites prioritaires du programme de restauration hydraulique et écologique du
Rhône (ex-programme décennal de restauration) sont actuellement suivis. Quatre de ces sites
ont été restaurés : Pierre-Bénite (2000), Chautagne (2004), Belley (2005) et Brégnier-Cordon
(2006).
Le projet de restauration de la lône de la Roussette (Montélimar), initialement prévu fin
2010 – début 2011, a été repoussé, et finalement prévu fin 2011. A Péage-de-Roussillon,
seules les Lônes de la Sainte et de Noyer Sud ont été sélectionnées dans un premier temps.
Les propositions concernant les modalités de modification du régime de débit réservé ont été
formulées, elles sont originales par rapport à celles adoptées sur les quatre sites en amont car
elles proposent des variations saisonnières destinées à favoriser les communautés végétales et
animales des zones de grèves alternativement inondées et exondées ; elles prennent également
en considération les besoins hydriques de la forêt alluviale de l’Île de la Platière.
L’état d’avancement des projets de restauration des autres sites n’est pas connu. Les projets
de restauration des sites de Miribel et de Donzère-Mondragon sont en cours d’élaboration.
Le suivi scientifique du programme de restauration du Rhône consiste donc en 2010 à
mesurer l’évolution post-restauration des quatre sites restaurés (effets de l’augmentation
des débits réservés dans les vieux-Rhône et suivi de l’évolution des annexes fluviales
restaurées) et de poursuivre la définition des états initiaux des sites candidats à la
restauration.
Augmentation des débits réservés
L’analyse des effets des augmentations de débits réservés repose sur le couplage de
modèles hydrauliques et de modèles de préférences d’habitats des macroinvertébrés
benthiques et des poissons. L’augmentation du débit réservé se traduit par des modifications
des caractéristiques de l’habitat hydraulique dans les vieux-Rhône (modification des
distributions de fréquence des paramètres clefs : hauteur, largeur, vitesse d’écoulement,
contrainte au fond). L’établissement des courbes de préférence des organismes aquatiques vis-
à-vis de ces paramètres et le couplage avec les modèles hydrauliques permet de prédire les
modifications de composition (fréquence des espèces) des peuplements associées aux
changements de débits.
Volet Poissons
Le suivi post-augmentation de débit réservé concerne les sites de Chautagne, Belley,
Brégnier-Cordon et Pierre Bénite. La collecte de données pour la caractérisation des états
initiaux se poursuit sur le Canal de Miribel, les vieux-Rhône de Péage-de-Roussillon,
Montélimar et Donzère.
 Le bilan du suivi post-restauration dans les trois secteurs du Haut-Rhône souligne :
- que les résultats 2010 confirment les tendances observées
précédemment, avec l’augmentation de la proportion « des espèces d’eaux
courantes », mais de très fortes fluctuations inter-annuelles de cette
métrique en particulier, et de l’abondance relative des différentes espèces