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Sujets de stages de recherche
en Microbiologie et Microbiologie Environnementale
2013-20114 (M1 et M2)
Encadrant / Contact : Christophe MERLIN
Laboratoire : LCPME (UMR 7564 CNRS-Université de Lorraine), Equipe MIC
Coordonnées : Tel.: [phone]
E.mail: [e-mail]
http://www.lcpme.cnrs-nancy.fr/lcpme/
Titre : Influence de paramètres environnementaux sur la dissémination de gènes de
résistance aux antibiotiques.
Résumé. L’une des thématiques phares abordées par l’équipe MIC du LCPME concerne la
dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques dans des matrices environnementales
complexes (boues activées, sédiments, biofilm, ...). Le candidat retenu participera à l’effort de l’équipe
pour identifier des paramètres environnementaux susceptibles d’influencer le transfert de gènes sur des
éléments génétiques mobiles modèles. La recherche du candidat pourra s’articuler autour de l’une
et/ou l’autre des deux parties suivantes : (1) des approches de biologie moléculaire classiques (PCR
quantitative) mais adaptées à l’environnement, pour détecter des événements de transfert dans des
matrices complexes, et (2) le développement et la mise en oeuvre de systèmes rapporteurs (fusion
transcriptionnelles, cytométrie, ...) pour rendre compte de l’expression des fonctions de transfert de
pB10 lorsque son hôte bactérien est soumis à des stress environnementaux (stress antibiotique, stress
oxydant, stress génotoxiques,...).
Titre : Toxicité de nanoparticules de type quantum dots sur le système bactérien.
Résumé. Les quantum dots sont des nanocristaux de semiconducteurs dont les remarquables
propriétés de fluorescence laissent présager de nombreux développements technologiques,
notamment en bioimagerie. Il apparaît que la toxicité de telles nanoparticules est généralement
supérieure à la somme des toxicités des éléments métalliques qui la compose. Cette toxicité accrue
serait en partie liée à la nature réactive de ces nanoparticules, avec en particulier la génération
d’espèces réactives de l’oxygène (source de stress oxydant). Le candidat retenu, prendra part à un
projet du laboratoire pour caractériser les dégâts cellulaires qu’engendrent les quantum dots sur le
système bactérien. Le projet pourra mettre en oeuvre (1) des techniques de marquages spécifiques
pour hiérarchiser les dégâts cellulaires (au niveau ADN, protéique et membranaire), (2) des
approches de physiologie (activité enzymatique) et de biologie moléculaire (qPCR) pour traduire ces
dégâts en termes fonctionnels, et (3) des biosenseurs spécifiques pour décrypter la perception qu’à la
bactérie des nanoparticules étudiées.
Titre : Rôle des sédiments de rivières en tant que réservoirs à pathogènes microbiens
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Résumé. Une partie des activités de l’équipe MIC est dédiée à la compréhension du devenir et du
comportement de différents microbes (virus, bactéries, amibes) dans l’environnement, dans un
contexte de préservation de nos ressources en eau. A ce titre, les chercheurs de l’équipe MIC
interagissent avec d’autres chercheurs au sein de la « Zone Atelier Moselle » (http://apps.ensic.inpl-
nancy.fr/Zam/) pour essayer de comprendre l’influence de pressions anthropiques sur la qualité du
milieu aquatique. A cet égard, les chercheurs de la ZAM proposent régulièrement des stages
(Master, Elèves-ingénieurs, IUT…) dans le contexte de la protection des ressources en eau, en
prenant part à des projets qui combinent des acteurs de divers disciplines : Microbiologie, géochimie
minérale, géochimie organique, hydrologie, physico-chimie, écotoxicologie, droit de
l’environnement, pédologie, géographie physique. Pour sa part, l’équipe MIC se concentre
actuellement sur le rôle des sédiments en tant que réservoir à pathogènes, réservoir à bactéries
antibiorésistantes, sur l’influence des crues sur la mobilisation de certaines espèces microbiennes, et
finalement sur les mécanismes qui conduisent à l’évolution et l’enrichissement de certains
microorganismes.