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DREAL Bourgogne – Service Ressources et Patrimoine Naturels – Cellule Qualité des Eaux
Université de Metz – Master Gestion des Milieux Aquatiques et de la Ressource en Eau
Rémy MARCEL
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Rémy MARCEL
Sous la direction de :
Mme Géraldine AMBLARD-GROSS et
Mlle Valérie PEETERS
Tuteurs pédagogiques :
M. Lionel LEGLIZE
Mme Marie-Christine PELTRE
Mémoire soutenu devant le jury composé de :
Mme Géraldine AMBLARD-GROSS
M. Alain IZART
M. Lionel LEGLIZE
M. Gérard MASSON
Mme. Marie-Christine PELTRE
Année 2009-2010
Master Environnement et Aménagement
GESMARE 2ème année
Rapport de stage

Valorisation des données hydrobiologiques en Bourgogne
(2010)
DREAL Bourgogne – Service Ressources et Patrimoine Naturels – Cellule Qualité des Eaux
Université de Metz – Master Gestion des Milieux Aquatiques et de la Ressource en Eau
Rémy MARCEL

Valorisation des données hydrobiologiques en Bourgogne
(2010)
DREAL Bourgogne – Service Ressources et Patrimoine Naturels – Cellule Qualité des Eaux
Université de Metz – Master Gestion des Milieux Aquatiques et de la Ressource en Eau
Rémy MARCEL
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RE EM ME ER RC CI IE EM ME EN NT TS S
Je voudrais tout d’abord remercier Géraldine AMBLARD-GROSS et Valérie PEETERS qui
ont accepté d’être mes maîtres de stage et m’ont fait confiance. Merci pour leurs remarques tout à
fait pertinentes et exactes aussi bien sur la présentation du rapport que sur les aspects fondamentaux
de méthodologie, d’interprétation et de signification de mes analyses.
Je voudrais également remercier mes tuteurs de stage, M. Lionel LEGLIZE et Mme Marie-
Christine PELTRE pour leur aide, leur soutient et pour m’avoir mis en contact avec les personnes
référentes sur les sujets traités dans mon stage.
Mes remerciements à Frédéric RIMET pour m’avoir accueillit avec sympathie à l’INRA de
Thonon-les-Bains. Je le remercie pour son aide sur les méthodes d’analyses statistiques multivariées
et leurs interprétations.
Merci également à Jean-Nicolas BEISEL, Philippe USSEGLIO-POLATERA, Jean-Luc
MATTE, Fabrice PARAIS et Christian CHAUVIN et André CHANDESRIS pour leur conseils et
pour leur aide sur la méthodologie et le choix des métriques hydrobiologiques.
Les chapitres sur l’hydrographie et l’hydrogéologie en Bourgogne ont été courageusement
corrigés par Dany LEVEQUE, je l’en remercie.
Je remercie profondément ma compagne pour son aide sur les analyses multivariées et sur la
correction de ce rapport. Merci également à mon père pour son aide indispensable à le mise au point
d’une matrice excel pour les traitements des liste faunistiques.

Valorisation des données hydrobiologiques en Bourgogne
(2010)
DREAL Bourgogne – Service Ressources et Patrimoine Naturels – Cellule Qualité des Eaux
Université de Metz – Master Gestion des Milieux Aquatiques et de la Ressource en Eau
Rémy MARCEL
S
SO OM MM MA AI IR RE E
Liste des tableaux..................................................................................................1
Liste des figures.....................................................................................................2
Liste des annexes...................................................................................................3
Liste des abréviations............................................................................................4
Présentation de l’entreprise.................................................................................6
Synthèse bibliographique.....................................................................................7
I. L’eau en Bourgogne..............................................................................................7
I.1. Contexte topologique et climatique .........................................................................7
I.2. Contexte hydrographique et hydrogéologique.........................................................8
I.3. La gestion de l’eau en Bourgogne............................................................................8
I.4. Les pressions anthropiques ......................................................................................9
I.5. L’évolution de la qualité des eaux en Bourgogne....................................................9
II. Contexte réglementaire et évolution du suivi des cours d’eau............................10
II.1. Contexte réglementaire..........................................................................................10
II.2. Evolution des réseaux de suivi de la qualité des cours d’eau ................................11
II.3. Evolution des outils de suivi de la qualité des cours d’eau....................................13
III. L’importance de l’hydrobiologie ........................................................................13
III.1. Généralités sur les indices biologiques..................................................................15
III.2. Macro-invertébrés..................................................................................................16
III.3. Diatomées...............................................................................................................19
III.4. Macrophytes...........................................................................................................21
IV. Espèces exotiques envahissantes (EEE)..............................................................22
IV.1. Généralités sur les EEE..........................................................................................22
IV.2. Réglementation et actions de lutte contre les invasions biologiques.....................24
IV.3. Le cas des EEE aquatiques.....................................................................................26
IV.4. Les EEE en Bourgogne..........................................................................................27

Valorisation des données hydrobiologiques en Bourgogne
(2010)
DREAL Bourgogne – Service Ressources et Patrimoine Naturels – Cellule Qualité des Eaux
Université de Metz – Master Gestion des Milieux Aquatiques et de la Ressource en Eau
Rémy MARCEL
Rapport de stage..................................................................................................28
I. Introduction.........................................................................................................28
II. Matériel et méthodes...........................................................................................29
II.1. Etude de la qualité hydrobiologique des cours d’eau ............................................29
II.2. Espèces exotiques envahissantes en Bourgogne....................................................34
III. Résultats et Discussions ......................................................................................35
III.1. Etude de la qualité hydrobiologique des cours d’eau ............................................35
III.2. Espèce Exotiques Envahissantes (EEE).................................................................49
III.3. Limites de l’étude et perspectives..........................................................................52
IV. Conclusions .........................................................................................................53
V. Références bibliographiques ...............................................................................53
Annexes ................................................................................................................60