Fiche Manip-RasTop I – Structure de la molécule d`enzyme

Fiche Manip-RasTop
I – Structure de la molécule d’enzyme
Ouvrir le fichier CPASEUL.PDB
 Affichez la séquence de la protéine.
Molécule – séquence
Pour comprendre ce que vous observez, aidez-vous du tableau des acides aminés en annexe.
Puis cliquez sur OK pour fermer la fenêtre.
 Affichez ensuite l’enzyme modélisée dans l’espace.
Sur la deuxième barre de tâche en haut, vous avez 6 icônes sur fond bleu qui vous permettent d’afficher la
molécule sous différentes représentations.
Sphère-étoile-fil de fer-boules et bâtonnets-bâtonnets-cacher tout
Pour colorer cette molécule :
Atomes – colorer par – shapely (« forme »).
 Entraînez-vous à utiliser l’interface du logiciel.
« Rotation de la molécule » est sélectionné : vous pouvez faire pivoter votre molécule dans tous les sens à l’aide
de la souris ou en bougeant les curseurs de « x », « y » et « z »
« Translation / Zoom » est sélectionné : en bougeant les curseurs « x », « y » et « z » cette fonction vous permet
respectivement de décaler votre molécule de gauche à droite, de bas en haut et d’avant en arrière (autrement dit
zoomer).
Ici, on vous indique Avant que vous n’ayiez cliqué
le nom de la molécule sur aucune partie de la molécule,
que vous venez d’afficher : cette fenêtre vous indique le nombre
la 5 CPA (carboxypeptidase) d’acides aminés et le nombre
d’atomes qui constitue cette protéine.
D’autre part, si vous déplacez votre souris sur les différentes parties de la molécule sans cliquer dessus, cette partie de la
fenêtre vous indique quel résidu vous pointez (autrement dit acide aminé) et sa position dans la chaîne en acides aminés (ex.
ici est pointé le 276
e
acide aminé et c’est une arginine). A coté, on vous signale quel atome, de l’acide aminé vous pointez
(seule la première lettre est à prendre en compte ; ici est pointé un atome d’azote = N).
Maintenant, si vous cliquez sur une partie de cette molécule, vont s’afficher et se garder en mémoire les atomes et
les acides aminés sélectionnés.
(Ex. ici, nous avons cliqué sur un atome d’azote (N) de l’arginine 272)
(Ex. puis nous avons cliqué sur un atome de carbone de la thréonine 236)

 Colorer la molécule et mettre en évidence des liaisons.
Pour colorer la carboxypeptidase, il faut que vous « sortiez » la palette de couleur en cliquant dessus.
palette de couleur Puis dans la palette, choisissez de colorer les atomes en bleu.
Pour visualiser les liaisons hydrogène :
Liaisons – liaisons hydrogène – type – bâtonnets – Taille : 20
Puis pour les colorer, sélectionner dans la palette de couleur « liaisons hydrogène » et les colorer en jaune.
Pour visualiser les ponts disulfure :
Liaisons – ponts disulfure – type – bâtonnets – Taille : 100
Puis pour les colorer, sélectionner dans la palette de couleur « ponts disulfures » et les colorer en rouge.
II – Relation spatiale entre une enzyme et un substrat
 Avant d’afficher l’autre molécule, il faut enlever les liaisons :
Liaisons – liaisons hydrogène – effacer
Liaisons – ponts disulfure – effacer
Pour déplacer la carboxypeptidase vers la gauche :
Sélectionner en bas à gauche « trans/zoom » et déplacer de curseur « x » à gauche.
Pour afficher l’enzyme avec son substrat :
Fichier – ajouter – CPASUB.PDB – ouvrir
ATTENTION ! les molécules de droite et de gauche sont liées.
Pour les dissocier, il faut cliquer sur « univers » en bas à gauche. Puis avec le curseur « x » (« trans/zoom »
sélectionné) déplacer cette nouvelle molécule à droite.
Vous pouvez modifier son aspect (« sphère » ou « boules et bâtonnets ») et la faire bouger dans tous les sens
indépendamment de la première.
 Affichez l’enzyme et son substrat (à droite) sous forme « boules et bâtonnets » ; mettez l’enzyme en bleu et
son substrat en rouge.
Atomes – colorer par – chain
REMARQUE : pour manipuler une molécule après l’autre :
Cliquer en haut à droite sur l’icône « sélectionner la molécule »
Ensuite, double cliquer sur la molécule souhaitée. C’est donc elle qui devient mobile.
Même procédure pour revenir à l’autre molécule « active ».
III – Le site de contact entre l’enzyme et son substrat
Icone permettant de représenter une molecule en « boules et bâtonnets » :
Pour mettre en évidence les acides aminés du site de reconnaissance :
Editer – commande : ″ select 145,248,270 ″ et OK
Palette des couleurs : atomes en jaune
Pour mettre en évidence les acides aminés du site catalytique :
Editer – commande : ″ select 69,72,196 ″ et OK
Palette des couleurs : atomes en rose
Pour colorer l’atome de zinc en vert :
Editer – commande :
″ select*.zn ″ et OK
Puis dans la palette des couleurs, choisissez le mode « atome » et le colorer en vert. S’il apparaît trop petit, mettez
cet atome en représentation « sphère ».