Ecobiopro : amélioration de la conservation de la viande grâce

Bilan d’activité de l’IFIP-Institut du porc - 2012 19
Sécurité des viandes et des produits
Ecobiopro: amélioration de la
conservation de la viande
grâce aux bactéries utiles
Contexte et objectifs
Les produits carnés et les produits de la
mer sont des denrées hautement péris-
sables dont la conservation est critique.
Mal conduite elle peut mener à d’impor-
tants problèmes d’hygiène conduisant
au gaspillage et à de lourdes pertes
économiques.
La conservation de ces produits résulte
d’une stratégie de maîtrise de leur éco-
système c’est à dire des ores bacté-
riennes présentes. Pour cela, le recours à
des cultures protectrices visant à limiter
le développement de bactéries indé-
sirables est envisagé depuis quelques
années mais n’a pas réellement abouti,
en partie faute de connaissances sur les
écosystèmes de ces produits.
Le but du projet Ecobiopro est d’étayer
scientiquement le bénéce que pour-
raient représenter les cultures protectrices
dans le domaine des produits de la mer et
des produits carnés.
Le projet a pour objectif de :
- caractériser les écosystèmes de 4 pro-
duits carnés, dont les dés de lardons
saumurés, et de 4 produits de la mer,
- identier dans ces écosystèmes les es-
pèces qui sont responsables de l’alté-
ration,
- évaluer comment l’ajout de cultures
protectrices modie le développe-
ment des bactéries d’altération et aussi
de l’ensemble de la ore.
La stratégie est d’utiliser une approche
moléculaire d’identication de l’en-
semble des microorganismes présents
dans les écosystèmes des produits.
Cette méthode, le pyroséquençage de
l’ADN 16S, permet d’avoir une vision
qualitative et semi quantitative des
espèces présentes avec une grande pro-
fondeur. De plus, basée sur l’extraction
de l’ADN bactérien, elle ne nécessite pas
d’étape de culture bactérienne, s’aran-
chissant ainsi des biais dus à la sélectivité
plus ou moins poussée des milieux de
cultures utilisés classiquement.
Résultats
L’approche mise en place a permis la
caractérisation de la diversité des éco-
systèmes au niveau de l’espèce bacté-
rienne, un niveau rarement atteint pour
les approches de pyroséquençage.
Des données sur l’écologie microbienne
de produits jusque là non explorés,
cabillaud dés de lardons, saucisse de
volaille, ont été générées.
Un résultat remarquable est que 17 %
des espèces mises en évidence sont non
cultivées, c’est-à-dire que ces espèces
sont détectées et identiées grâce à leur
séquence d’ADNr 16S identique ou simi-
laire à celle d’espèces déjà décrites mais
n’ayant pas été cultivées à ce jour.
La comparaison entre lots a montré qu’ils
sont généralement similaires. Il existe
une empreinte matrice (produit) mais on
retrouve également une similarité entre
bœuf et veau, ou plus surprenant entre
dés de lardons et merguez de volaille.
De manière générale, des données sur
l’écologie microbienne de produits
jusque là non explorés ont été générées ;
en particulier la mise en évidence de la
grande diversité de l’écosystème bac-
térien des certains produits de la mer.
Des connaissances nouvelles pour des
produits plus connus (description plus
exhaustive des espèces présentes) ont
été apportées, et la potentielle incrimi-
nation dans l’altération de bactéries non
soupçonnées a été soulevée. En parti-
culier, les résultats ont montré que la
ore bactérienne de lardons altérés était
dominée par la présence de Leuconostoc
carnosum et Leuconostoc gasicomitatum.
A contrario, une ore bactérienne domi-
née par des lactobacilles (L. sakei, L. cur-
vatus) semblait protéger les dés de lar-
dons de l’altération. Le pouvoir altérant
des Leuconostoc est actuellement en
train d’être vérié par inoculation sur des
matrices lardons ionisées, an de tenter
de reproduire cette altération. Les résul-
tats obtenus jusqu’à présent conrment
également le problème de la sélectivité
de certains milieux utilisés classique-
ment pour l’analyse microbiologique
des denrées alimentaires, et donc de la
marge de conance à accorder à l’em-
ploi de certaines méthodes culturales.
Partenariats et collaborations
Coordinateurdu projet : INRA-Micalis
Partenaires : Ifremer Nantes, Oniris,
INRA-Microbiologie Theix, IFIP, ADRIA
Normandie, ADIV, AERIAL, Nouvelles
Vagues, Biocéane, Sofranor, Siebert
Volailles, Géo-Madrange, Charal, Viviers
Marins.
Financeurs
ANR, pôles de compétitivité Aquimer
et Valorial
Contact
Carole FEURER
carole.feurer@ip.asso.fr
Valorisation
http://www.ecobiopro.fr/
Formations et interventions
- Formation des Instituts techniques à
l’analyse de résultats de pyroséquen-
çage par l’INRA Micalis
- ECOBIOPRO: Exploring meat and sh
ecosystem Diversity and evaluating
inuence of bioprotective cultures.
Food Micro, Istanbul, 4-7 Septembre
2012.
Publications
Marie-Christine Champomier-Vergès
et le consortium Ecobiopro. Le projet
Ecobiopro. Ecosystèmes microbiens et
bioprotection des aliments». Colloque
co-organisé par la société française de
microbiologie (SFM) et le RMT FlorePro.
Nantes 17-18 Novembre 2011.
Autre transfert
Rédaction d’une procédure d’analyse
des résultats de pyroséquençage
Fiche 5