Ecobiopro : amélioration de la conservation de la viande grâce

Sécurité des viandes et des produits
Ecobiopro : amélioration de la
conservation de la viande
grâce aux bactéries utiles
Contexte et objectifs
Résultats
Les produits carnés et les produits de la
mer sont des denrées hautement périssables dont la conservation est critique.
Mal conduite elle peut mener à d’importants problèmes d’hygiène conduisant
au gaspillage et à de lourdes pertes
économiques.
La conservation de ces produits résulte
d’une stratégie de maîtrise de leur écosystème c’est à dire des flores bactériennes présentes. Pour cela, le recours à
des cultures protectrices visant à limiter
le développement de bactéries indésirables est envisagé depuis quelques
années mais n’a pas réellement abouti,
en partie faute de connaissances sur les
écosystèmes de ces produits.
L’approche mise en place a permis la
caractérisation de la diversité des écosystèmes au niveau de l’espèce bactérienne, un niveau rarement atteint pour
les approches de pyroséquençage.
Des données sur l’écologie microbienne
de produits jusque là non explorés,
cabillaud dés de lardons, saucisse de
volaille, ont été générées.
Un résultat remarquable est que 17 %
des espèces mises en évidence sont non
cultivées, c’est-à-dire que ces espèces
sont détectées et identifiées grâce à leur
séquence d’ADNr 16S identique ou similaire à celle d’espèces déjà décrites mais
n’ayant pas été cultivées à ce jour.
La comparaison entre lots a montré qu’ils
sont généralement similaires. Il existe
une empreinte matrice (produit) mais on
retrouve également une similarité entre
bœuf et veau, ou plus surprenant entre
dés de lardons et merguez de volaille.
De manière générale, des données sur
l’écologie microbienne de produits
jusque là non explorés ont été générées ;
en particulier la mise en évidence de la
grande diversité de l’écosystème bactérien des certains produits de la mer.
Des connaissances nouvelles pour des
produits plus connus (description plus
exhaustive des espèces présentes) ont
été apportées, et la potentielle incrimination dans l’altération de bactéries non
soupçonnées a été soulevée. En particulier, les résultats ont montré que la
flore bactérienne de lardons altérés était
dominée par la présence de Leuconostoc
carnosum et Leuconostoc gasicomitatum.
A contrario, une flore bactérienne dominée par des lactobacilles (L. sakei, L. curvatus) semblait protéger les dés de lardons de l’altération. Le pouvoir altérant
des Leuconostoc est actuellement en
train d’être vérifié par inoculation sur des
matrices lardons ionisées, afin de tenter
de reproduire cette altération. Les résultats obtenus jusqu’à présent confirment
également le problème de la sélectivité
de certains milieux utilisés classiquement pour l’analyse microbiologique
des denrées alimentaires, et donc de la
marge de confiance à accorder à l’emploi de certaines méthodes culturales.
Le but du projet Ecobiopro est d’étayer
scientifiquement le bénéfice que pourraient représenter les cultures protectrices
dans le domaine des produits de la mer et
des produits carnés.
Le projet a pour objectif de :
- caractériser les écosystèmes de 4 produits carnés, dont les dés de lardons
saumurés, et de 4 produits de la mer,
- identifier dans ces écosystèmes les espèces qui sont responsables de l’altération,
- évaluer comment l’ajout de cultures
protectrices modifie le développement des bactéries d’altération et aussi
de l’ensemble de la flore.
La stratégie est d’utiliser une approche
moléculaire d’identification de l’ensemble des microorganismes présents
dans les écosystèmes des produits.
Cette méthode, le pyroséquençage de
l’ADN 16S, permet d’avoir une vision
qualitative et semi quantitative des
espèces présentes avec une grande profondeur. De plus, basée sur l’extraction
de l’ADN bactérien, elle ne nécessite pas
d’étape de culture bactérienne, s’affranchissant ainsi des biais dus à la sélectivité
plus ou moins poussée des milieux de
cultures utilisés classiquement.
Bilan d’activité de l’IFIP-Institut du porc - 2012
Fiche 5
Partenariats et collaborations
Coordinateur du projet : INRA-Micalis
Partenaires : Ifremer Nantes, Oniris,
INRA-Microbiologie Theix, IFIP, ADRIA
Normandie, ADIV, AERIAL, Nouvelles
Vagues, Biocéane, Sofranor, Siebert
Volailles, Géo-Madrange, Charal, Viviers
Marins.
Financeurs
ANR, pôles de compétitivité Aquimer
et Valorial
Contact
Carole FEURER
[email protected]
Valorisation
http://www.ecobiopro.fr/
Formations et interventions
- Formation des Instituts techniques à
l’analyse de résultats de pyroséquençage par l’INRA Micalis
- ECOBIOPRO: Exploring meat and fish
ecosystem Diversity and evaluating
influence of bioprotective cultures.
Food Micro, Istanbul, 4-7 Septembre
2012.
Publications
Marie-Christine Champomier-Vergès
et le consortium Ecobiopro. Le projet
Ecobiopro. Ecosystèmes microbiens et
bioprotection des aliments». Colloque
co-organisé par la société française de
microbiologie (SFM) et le RMT FlorePro.
Nantes 17-18 Novembre 2011.
Autre transfert
Rédaction d’une procédure d’analyse
des résultats de pyroséquençage
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