La génomique ouvre des perspectives

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La génomique ouvre
des perspectives
La sélection à l’élevage, utilisée depuis longtemps et avec succès
par les éleveurs de chevaux, continue de susciter des interrogations.
On ne sait jamais tout sur ce que sera le poulain à naître, quelles
seront ses aptitudes sportives et sa sensibilité aux affections liées à
sa croissance et à sa discipline, le trot. Grâce à la génomique, étude
du matériel génétique, de véritables avancées et espoirs se font jour.
par le Docteur Yves Dutertre
veterinaire
L’aptitude au trot identiée par une
chercheuse Suédoise
Si le séquençage génétique complet du
cheval est connu en France depuis 2006
(INRA), une étude publiée en 2012 dans la
revue scientique « NATURE » constitue une
autre avancée.
Réalisée par Lisa Anderson, cette étude
a été effectuée sur des poneys Islandais,
une race qui se caractérise par ses cinq
allures. Il y a les trois allures naturelles que
sont le pas, le trot et le galop, mais aussi
deux allures naturelles complémentaires
à vitesse intermédiaire que sont le «tölt»,
allure symétrique à 4 temps, spécique de
QUELQUES NOTIONS GÉNÉTIQUES
DE BASE
- L’organisme du cheval est composé
de milliards de cellules dont les carac-
téristiques de développement et de
fonctionnement sont transmises à la des-
cendance par les gènes, unités codant
ces caractéristiques et portées par les
chromosomes.
- Chaque gène peut prendre plusieurs
formes, les allèles, appelés A, C, … .
n L’ensemble des gènes d’un organis-
me constitue son génome.
n L’ensemble des allèles présents consti-
tue son génotype.
- L’ADN, molécule composante du chro-
mosome, peut présenter une variation
génétique, appelée une mutation, base
de la formation des différents allèles
d’un même gène.
- Chaque cheval possède deux copies
d’un même gène, une copie provient de
sa mère, l’autre de son père. Lorsque ces
deux copies du gène sont identiques, le
cheval est dit homozygote (A/A ou C/C)
pour ce gène. Lorsque ces deux copies
du gène sont différentes, il est dit hétéro-
zygote (A/C ou C/A) pour ce gène.
- Les transmissions génétiques du che-
val répondent aux lois de Mendel: voir
tableaux
l’Islandais et l’amble, allure symétrique à 2
temps.
1er constat. 70 chevaux Islandais ont été di-
visés en deux groupes selon l’examen de
leur aptitude à se déplacer:
- A: pas, tölt, trot et galop, donc à 4 al-
lures
- B: pas, tölt, amble, trot et galop, donc
à 5 allures.
Les chevaux du groupe B, restent à des
allures symétriques, l’amble ou le trot, à
une plus haute vitesse et sont moins fau-
tifs.
L’analyse du génotype de ces 70 che-
vaux montre que les chevaux du groupe
B présentent, sur le chromosome 23, une
mutation en allèle A du gène DMRT3.
Cet allèle joue un rôle sur le contrôle
réexe de la locomotion par la moelle
épinière. Il en est le seul marqueur géné-
tique.
2e constat. Sur 352 chevaux islandais étu-
diés,
- 99 % de ceux qui maîtrisent les cinq allu-
res, à savoir le groupe B, sont homozygo-
tes A/A
- Seulement 31 % des chevaux à qua-
tre allures, groupe A, sont homozygotes
AA. L’étude suédoise précise l’impor-
tance de la précocité des chevaux et
du contexte du travail, en particulier
de l’entraînement, en illustration de ce
nombre signicatif de 31 % de mutants,
mais du groupe A.
Cette étude suédoise montre que l’allèle
A,
- est absent des races naturellement au
galop comme le Pur-Sang
- est de fréquence maximale, 100 %,
pour les Standardbred trotteur (USA) et
ambleur (USA).
- est de fréquence moins haute pour le
Trotteur Français.
En fonction du génotype présenté par le
cheval, il y aurait une variation importante
des gains et des indices génétiques, chez
les trotteurs âgés de 3 à 5 ans, comme le
prouvent les deux graphes suivants
L’ETAT DES CONNAISSANCES EN
FRANCE
Ostéochondrose et cornage
Dès la connaissance du séquençage du
cheval, des travaux ont été menés en
France sur l’ostéochondrose et le corna-
ge (Programme GENEQUIN) dans le but
d’identier les marqueurs génétiques de
ces affections et d’améliorer la sélection.
Dans l’état actuel, l’état des lieux est le
suivant
-Plusieurs marqueurs génétiques ont été
identiés dans ces deux affections, diffé-
renciant, par exemple, l’ostéochondrose
du boulet et du jarret.
- Un test génétique de détection n’expri-
merait que l’augmentation du risque et
non l’identication du cheval atteint.
CONNAÎTRE LE GÉNOME DE SON
CHEVAL : UNE AIDE À LA DÉCISION
Un test génomique, basé sur un prélève-
ment de crins, est présent en France (www.
equibiogenes.com).
Connaître l’identité du facteur génétique
présent de l’allèle A ou C sur le poulain
permet à son éleveur de mieux apprécier
son potentiel à l’aptitude au trot, donc
d’apprécier une possible précocité et plus
tard, en n de carrière, de rechercher le
croisement optimal.
Recherches sur l’aptitude à trotter
Dans le cadre d’une convention IFCE-INRA
et SECF, plusieurs recherches sont en cours
sur la fréquence des allèles A et C, donc
des homozygotes A/A et C/C et des hété-
rozygotes C/A chez le trotteur français.
Sur la base de statistiques réalisées sur les
qualications, la répartition entre les diffé-
rentes populations a été la suivante
- 45 % de qualiés sont A/A
- 30 % de qualiés sont C/A
- 25 % de qualiés sont C/C
Des études statistiques, plus récentes et
basées sur le rapport gains/nombre de
courses, montrent que les hétérozygotes
C/A remontent au niveau des A/A au fur
et à mesure de l’âge des chevaux.
EN CONCLUSION, la variabilité des perfor-
mances dues à la génétique est augmen-
tée chez le trotteur par le rôle du seul mar-
queur génétique de l’aptitude à la course
au trot. Mais cette corrélation diminue
avec l’âge et ne saurait être supérieure
à 30 %. En effet l’inuence du milieu – et
notamment de son entraînement, reste im-
portante pour la majorité des caractères
qui inuent sur les performances.
Génotypes et gains
(chevaux de 3 à 5 ans
en Kouronnes)
Nombre de
chevaux
Fréquence de
l’allèle A
Chevaux à 4 ou 5 allures
Islandais à 4 allures 124 0,65
Islandais à 5 allures 66 0,99
Islandais échantillon 162 0,89
Chevaux de courses attelées
Standardbred, Trotteur (Suède) 270 0,97
Standardbred, Trotteur (USA) 57 1,00
Standardbred, ambleur (USA) 40 1,00
Trotteur Français 47 0,7
Cvx avec 3 allures naturelles
Arabe 18 0,00
Pur-Sang 29 0,00
Shetland 20 0,00
Génotypes et indices
génétiques
Le tableau suivant montre l’incidence de la fréquence de l’allèle A sur des races différentes :