La génomique ouvre des perspectives

veterinaire
par le Docteur Yves Dutertre
La génomique ouvre
des perspectives
La sélection à l’élevage, utilisée depuis longtemps et avec succès
par les éleveurs de chevaux, continue de susciter des interrogations.
On ne sait jamais tout sur ce que sera le poulain à naître, quelles
seront ses aptitudes sportives et sa sensibilité aux affections liées à
sa croissance et à sa discipline, le trot. Grâce à la génomique, étude
du matériel génétique, de véritables avancées et espoirs se font jour.
Le tableau suivant montre l’incidence de la fréquence de l’allèle A sur des races différentes :
Quelques notions génétiques
de base
- L’organisme du cheval est composé
de milliards de cellules dont les caractéristiques de développement et de
fonctionnement sont transmises à la descendance par les gènes, unités codant
ces caractéristiques et portées par les
chromosomes.
- Chaque gène peut prendre plusieurs
formes, les allèles, appelés A, C, … .
n L’ensemble des gènes d’un organisme constitue son génome.
n L’ensemble des allèles présents constitue son génotype.
- L’ADN, molécule composante du chromosome, peut présenter une variation
génétique, appelée une mutation, base
de la formation des différents allèles
d’un même gène.
- Chaque cheval possède deux copies
d’un même gène, une copie provient de
sa mère, l’autre de son père. Lorsque ces
deux copies du gène sont identiques, le
cheval est dit homozygote (A/A ou C/C)
pour ce gène. Lorsque ces deux copies
du gène sont différentes, il est dit hétérozygote (A/C ou C/A) pour ce gène.
- Les transmissions génétiques du cheval répondent aux lois de Mendel: voir
tableaux
L’aptitude au trot identifiée par une
chercheuse Suédoise
Si le séquençage génétique complet du
cheval est connu en France depuis 2006
(INRA), une étude publiée en 2012 dans la
revue scientifique « NATURE » constitue une
autre avancée.
Réalisée par Lisa Anderson, cette étude
a été effectuée sur des poneys Islandais,
une race qui se caractérise par ses cinq
allures. Il y a les trois allures naturelles que
sont le pas, le trot et le galop, mais aussi
deux allures naturelles complémentaires
à vitesse intermédiaire que sont le «tölt»,
allure symétrique à 4 temps, spécifique de
l’Islandais et l’amble, allure symétrique à 2
temps.
1er constat. 70 chevaux Islandais ont été divisés en deux groupes selon l’examen de
leur aptitude à se déplacer:
- A: pas, tölt, trot et galop, donc à 4 allures
- B: pas, tölt, amble, trot et galop, donc
à 5 allures.
Les chevaux du groupe B, restent à des
allures symétriques, l’amble ou le trot, à
une plus haute vitesse et sont moins fautifs.
L’analyse du génotype de ces 70 chevaux montre que les chevaux du groupe
B présentent, sur le chromosome 23, une
mutation en allèle A du gène DMRT3.
Cet allèle joue un rôle sur le contrôle
réflexe de la locomotion par la moelle
épinière. Il en est le seul marqueur génétique.
2e constat. Sur 352 chevaux islandais étudiés,
- 99 % de ceux qui maîtrisent les cinq allures, à savoir le groupe B, sont homozygotes A/A
- Seulement 31 % des chevaux à quatre allures, groupe A, sont homozygotes
AA. L’étude suédoise précise l’importance de la précocité des chevaux et
du contexte du travail, en particulier
de l’entraînement, en illustration de ce
nombre significatif de 31 % de mutants,
mais du groupe A.
Chevaux à 4 ou 5 allures
Islandais à 4 allures
Islandais à 5 allures
Islandais échantillon
Chevaux de courses attelées
Standardbred, Trotteur (Suède)
Standardbred, Trotteur (USA)
Standardbred, ambleur (USA)
Trotteur Français
Cvx avec 3 allures naturelles
Arabe
Pur-Sang
Shetland
Cette étude suédoise montre que l’allèle
A,
- est absent des races naturellement au
galop comme le Pur-Sang
- est de fréquence maximale, 100 %,
pour les Standardbred trotteur (USA) et
ambleur (USA).
- est de fréquence moins haute pour le
Trotteur Français.
En fonction du génotype présenté par le
cheval, il y aurait une variation importante
des gains et des indices génétiques, chez
les trotteurs âgés de 3 à 5 ans, comme le
prouvent les deux graphes suivants
Fréquence de
l’allèle A
124
66
162
0,65
0,99
0,89
270
57
40
47
0,97
1,00
1,00
0,7
18
29
20
0,00
0,00
0,00
L’ETAT DES CONNAISSANCES EN
FRANCE
Ostéochondrose et cornage
Dès la connaissance du séquençage du
cheval, des travaux ont été menés en
France sur l’ostéochondrose et le cornage (Programme GENEQUIN) dans le but
d’identifier les marqueurs génétiques de
ces affections et d’améliorer la sélection.
Dans l’état actuel, l’état des lieux est le
suivant
-Plusieurs marqueurs génétiques ont été
identifiés dans ces deux affections, différenciant, par exemple, l’ostéochondrose
du boulet et du jarret.
- Un test génétique de détection n’exprimerait que l’augmentation du risque et
non l’identification du cheval atteint.
Connaître le génome de son
cheval : une aide à la décision
Génotypes et indices
génétiques
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Nombre de
chevaux
Génotypes et gains
(chevaux de 3 à 5 ans
en Kouronnes)
Un test génomique, basé sur un prélèvement de crins, est présent en France (www.
equibiogenes.com).
Connaître l’identité du facteur génétique
présent de l’allèle A ou C sur le poulain
permet à son éleveur de mieux apprécier
son potentiel à l’aptitude au trot, donc
d’apprécier une possible précocité et plus
tard, en fin de carrière, de rechercher le
croisement optimal.
Recherches sur l’aptitude à trotter
Dans le cadre d’une convention IFCE-INRA
et SECF, plusieurs recherches sont en cours
sur la fréquence des allèles A et C, donc
des homozygotes A/A et C/C et des hétérozygotes C/A chez le trotteur français.
Sur la base de statistiques réalisées sur les
qualifications, la répartition entre les différentes populations a été la suivante
- 45 % de qualifiés sont A/A
- 30 % de qualifiés sont C/A
- 25 % de qualifiés sont C/C
Des études statistiques, plus récentes et
basées sur le rapport gains/nombre de
courses, montrent que les hétérozygotes
C/A remontent au niveau des A/A au fur
et à mesure de l’âge des chevaux.
EN CONCLUSION, la variabilité des performances dues à la génétique est augmentée chez le trotteur par le rôle du seul marqueur génétique de l’aptitude à la course
au trot. Mais cette corrélation diminue
avec l’âge et ne saurait être supérieure
à 30 %. En effet l’influence du milieu – et
notamment de son entraînement, reste importante pour la majorité des caractères
qui influent sur les performances.
TROT infos • 63