Intitulé de la thèse : Régulation de gènes de séquences d`insertions

Intitulé de la thèse :
Régulation de gènes de séquences d'insertions bactériennes impliquées dans la résistance aux
antibiotiques
Laboratoire d'accueil :
UMR Inserm1092: Anti-infectieux:Supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques
Direction de thèse :
Pr Marie-Cécile Ploy / Dr Thomas Jové
Description du sujet de thèse :
L'UMR1092 s'intéresse aux déterminants génétiques de la multirésistance des bactéries aux
antibiotiques. Ce phénomène est principalement lié à la capacité des bactéries à échanger des éléments
génétiques mobiles (EGM) via des transferts horizontaux de gènes.
Nous avons récemment commencé à nous intéresser à une famille d'EGM appelée ISCR, peu
caractérisée mais potentiellement impliquée à la fois dans la dissémination mais aussi dans l'expression
de l'antibiorésistance. En effet, ces éléments présentent un gène rcr codant une probable protéine de
mobilité (transposase) mais également un promoteur dirigé en dehors de l'élément ISCR. Or les ISCR
sont très souvent localisés de façon adjacente à des gènes de virulences. Ainsi l'élément ISCR le plus
prévalent, appelé ISCR1, est associé à des combinaisons variables de gène de résistance aux
antibiotiques pour l'expression desquels il pourrait fournir un promoteur fonctionnel. Au laboratoire,
nous avons montré qu'en effet la présence d'ISCR1 contribue de façon importante à l'expression de ces
gènes et localisé les promoteurs "PcRCR1" qui interviennent dans ce processus. De plus, nous avons
identifié une voie de régulation, appelée "réponse SOS", qui induit spécifiquement le niveau
d'expression du gène rcr1 et donc potentiellement le taux de mobilité de l'élément ISCR1. Cette
régulation est enclenchée suite à des stress conduisant à des dommages de l'ADN, tels que l'exposition
à certains antibiotiques, suggérant que des traitements antibiotiques pourraient directement stimuler la
mobilité des ISCR et ainsi favoriser la multirésistance des bactéries aux antibiotiques.
Les objectifs de la thèse proposée sont: (i) de déterminer s'il existe d'autres voies de régulation pour les
promoteurs Prcr1 et PcRCR1, (ii) de caractériser la diversité des éléments ISCR1 et plus généralement
de la famille ISCR (iii) d'étendre cette étude à d'autres membres de la famille ISCR qui présentent des
motifs de régulations analogues. En effet, des analyses bioinformatiques nous ont permis d'identifier
que des MGE d'autres familles pourraient également présenter des régulations analogues, ce qui nous
avons confirmer expérimentalement avec l'une d'entre-elles. (iv) de déterminer si en effet la mobilité
de l'élément ISCR1 entier est induite dans les conditions de la réponse SOS (collaboration avec
l'équipe du Dr Ton-Hoang, Université Paul-Sabatier/CNRS, Toulouse).
Expérience souhaitée/profil :
Master 2 recherche en microbiologie et/ou biologie moléculaire. Intérêt pour la résistance aux
antibiotiques et les analyses bioinformatiques. Motivation.
Modalités de dépôt de candidature et contact : marie-cecil[email protected], [email protected]!