Polymorphismes de l`ADN

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Polymorphismes de
l’ADN
Présentation et mise en évidence
C. Camus 2007
Introduction
•Recherche de gènes responsables de maladies
génétiques :
•Analyse de pedigrees où la maladie est présente
•Sur quel chromosome ?
•À quel endroit du chromosome ?
•…
•Séquence du gène, fonction de la protéine…
•Nécessité d’avoir des repères le long des
chromosomes pour aller à la pêche…

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C. Camus 2007
Chromosome 21
Carte des marqueurs connus
C. Camus 2007
Introduction
•Les marqueurs polymorphes sont des loci
présentant plusieurs allèles (de 2 à beaucoup) qui
vont servir de balises le long des chromosomes
•Ce sont rarement des gènes, mais tous se
transmettent entre générations comme des gènes

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C. Camus 2007
I- Les Marqueurs polymorphes
1. RFLP bi-allèliques
2. Minisatellites
3. Microsatellites
4. SNP (single nucleotide polymorphism)
C. Camus 2007
1-RFLP bi-allèliques
•Restriction Fragment Length Polymorphism
•À un locus donné, un site de restriction va être
soit présent soit absent
•Une mutation ponctuelle suffit
•Mise en évidence : Southern blot ou PCR

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C. Camus 2007
1-RFLP bi-allèliques : Southern blot
Digestion par l’enzyme
Southern blot avec une sonde ( ) recouvrant le RFLP
Allèle 1 1 kb 2 kb
Allèle 2 3 kb
1/1 2/2 1/2
1 kb
2 kb
3 kb
C. Camus 2007
1-RFLP bi-allèliques : PCR
PCR avec 2 amorces encadrant le RFLP
Digestion par l’enzyme puis électrophorèse
Allèle 1
Allèle 2
1/1 2/2 1/2
0,4 kb
0,6 kb
1 kb

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C. Camus 2007
1-RFLP bi-allèliques : localisation
•Dans toute séquence non codante (97% ADN)
•Dans une séquence codante sans conséquence sur
la fonction du gène
•Si le polymorphisme touche la 3ème base du codon
•Allèle 1 CAG ATC TTA (site BglII AGATCT)
• Gln Ile Leu
•Allèle 2 CAA ATC TTA (site BglII absent)
• Gln Ile Leu
•Si le changement d’acide aminé n’a pas d’effet sur la fonction
•Cas particulier : la mutation étudiée crée un
polymorphisme (cf diagnostic direct)
C. Camus 2007
2-Minisatellites = RFLP multi-allèliques
= VNTR (variable number of tandem repeats)
CTGGATTAGCTTAAGCGT
CTTAGTAGGATGGATGGA
GGAGGTTCAGGTGAT---
GGAGGTTCAGGTGATGGA minisatellite
GGAGGTTCAGGTGATGGG PS3 porcin
GGAGGTTCAGGTGATGGG allèle à 7
GGAGGTTCAGGTGATGGG répétitions
GGAGGTTCAGGTGATGGA
GGAGGTTCAGGTGAT---
ACCTGGGATTCTTCGATC