UNIVERSITE LYON 1 - Ecologie Microbienne Lyon

UNIVERSITE LYON 1 (Claude Bernard) N° du poste: 875
Corps : Maître de conférences / Assistant professor
Section n° 1 : 67-Biologie des populations et écologie
Profil synthétique: Génomique fonctionnelle et écologie des bactéries
phytopathogènes
Adresse d’envoi du
dossier
Université LYON 1
Service Gestion des enseignants – Bureau Sciences
Bâtiment Julie-Victoire Daubié
69622 VILLEURBANNE CEDEX
Contact administratif : Jacques GORGERET
Chef de Bureau Sciences
N° de téléphone : 04 72 44 80 22
N° de Fax : [phone]
Email : [email protected]
Composante de
Rattachement
enseignement
FST – Département Biologie
Laboratoire d’accueil : UMR 5557 Ecologie Microbienne
Campus de La Doua, 16 rue R. Dubois, Villeurbanne
67 MC 0875
Génomique fonctionnelle et écologie des bactéries phytopathogènes
ENSEIGNEMENT :
La personne recrutée fera son enseignement en microbiologie et en écologie microbienne. Elle
interviendra dans les enseignements de la Licence de Biologie (UE Microbiologie générale + Ecologie
microbienne), de la Licence pro Microbiologie industrielle et Bio technologie (UE Microbiologie
générale), et dans le Master M1 Ecologie-Microbiologie (UE Microbiologie et fonctionnement des
écosystèmes). A terme, la personne recrutée sera amenée à développer de nouveaux enseignements
à l’interface entre génomique fonctionnelle et écologie microbienne.
RECHERCHE :
L’accessibilité facile aux génomes complets des bactéries permet maintenant de repérer les gènes et
de là les fonctions spécifiques des espèces bactériennes qui déterminent les niches écologiques
ayant conduit à leur spéciation.
Pour répondre à cet enjeu, qui place la recherche de la niche écologique comme résultat de
l’analyse des génomes et non comme une donnée a priori, le candidat devra utiliser toutes les
ressources de la génétique fonctionnelle « classique » (i.e. mutagenèse, complémentation,
transcriptomique bactérienne et végétale …) pour identifier expérimentalement les fonctions codées
par les gènes spécifiques identifiés par génomique comparative, en cherchant avant tout à confirmer
et surtout à préciser leurs annotations et le type de niche ainsi révélé.L’enjeu et la difficulté est
toutefois d’arriver à inférer une écologie des données d’annotation de génomes. En effet, par définition
les gènes qui déterminent des niches spécifiques sont eux-mêmes spécifiques et rares. De ce fait,
leur annotation est souvent approximative. Il est alors souvent assez difficile de trouver quel
phénotype est réellement codé par ce type de gène « orphelin ». L’étude de bactéries interagissant
étroitement avec les plantes permet en cela de réduire le champ d’étude des écologies possibles.
Cette approche de génomique comparative fonctionnelle sera ainsi développée dans le cas de
bactéries phyto pathogènes, les modèles de référence de l’équipe d’accueil étant Agrobacterium
tumefaciens (impliqué dans la galle du collet) et Ralstonia solanacearum (responsable de la maladie
du flétrissement bactérien). En permettant une exploitation « écologique » des données de
séquençage massif (génomes et métagénomes), le candidat développera ainsi une approche qui lui
permettra d’accéder à des champs d’investigations nouveaux tels, par exemple, celui de la niche

écologique originale des phytopathogènes opportunistes émergents expliquant ainsi leur modalité de
survie dans l’environnement. Cette approche s’inscrit dans les axes de recherche de la SFR « Bio-
Environnement et Santé » où elle sera réalisée en collaboration avec les UMR 5558 Biométrie et
Biologie Evolutive et 5240 Microbiologie, Adaptation et Pathogénie, avec l’appui logistique des
plateformes du quartier Biologie : DTAMB, PRABI, CESN et PARMIC .La personne recrutée devra
avoir de solides bases en microbiologie et en génétique moléculaire incluant une connaissance
approfondie des voies métaboliques bactériennes. Une expérience dans l’étude du rôle des
métabolites secondaires bactériens ou végétaux dans les interactions bactérie-plante serait
particulièrement appréciée. Des connaissances en génomique comparative, annotation de génomes
et utilisation de langages tels que R pour la manipulation et le traitement statistique des données
seront des atouts importants.
TEACHING :
The recruited assistant professor will teach, in French, microbiology and microbial ecology in the
teaching modules "General Microbiology" and "Microbial Ecology" in license de Biologie (Biology
license), "General Microbiology" in licence pro Microbiologie industrielle et biotechnologie
(professional licence of Biotechnology and Industrial Microbiology), and "Microbiology and Ecosystem
functioning" in the first year period of the Ecology-Microbiology master (master M1 Ecologie-
Microbiologie).
RESEARCH :
The growing and facile access to complete bacterial genomes now allows the discovery of specific
genes and functions of bacterial species determining specific ecological niches that are assumed to be
involved in bacterial speciation.
In this framework, the recruited person will have to answer to the challenging research
approach consisted in looking for ecological niches revealed by genomic analyses instead of a priori
known niches. For this purpose, he/she will have to use standard functional genetic/genomic tools (i.e.
mutagenesis, complementation, bacterial and plant transcriptomics...) to experimentally identify the
specific functions encoded by the specific genes revealed by comparative genomics. The primary aim
and challenge of the work is the confirmation and the precision of the annotation of - often rare -
specific genes and the discovery of the niches they determine. This functional genomic approach will
be developed with the plant pathogenic soil bacteria studied by the research team: Agrobacterium
tumefaciens and Ralstonia solanacearum, causing crown gall and bacterial wilt, respectively.
Applicants must have strong education in microbiology and molecular genetics including a
good knowledge of bacterial metabolic pathways. Research experiences about the role of plant and/or
bacterium secondary metabolites in plant-microbe interactions will be greatly appreciated. Knowledge
in comparative genomics, genome annotation and use of software such as R will be additional
advantages.
Conditions financières et matérielles de l’accueil du nouveau recruté
La personne recrutée sera intégrée dans l'équipe "Spéciation des bactéries phythopathogènes" (7
permanents, Université, INRA, CNRS) dans l'UMR 5557 "Ecologie Microbienne" (82 permanents). Elle
disposera des moyens financiers et matériels communs de l'équipe (soutien de base et contrats, au
prorata du nombre de chercheurs et enseignants-chercheurs), ainsi que de l'accès aux plateformes
techniques de l'UMR (CESN, PARMIC) ou de la SFR (serres, DTAMB, PRABI).
Contact recherche :
Xavier NESME, [email protected] n° 04 72 44 82 89
Yvan MOENNE LOCCOZ, [email protected] n° 04 72 43 13 46
Contact enseignement :
Geneviève GRUNDMANN, [email protected] n° 04 72 43 13 78
Yvan MOENNE LOCCOZ, [email protected] n° 04 72 43 13 46