UNIVERSITE LYON 1 (Claude Bernard) Corps : Section n° 1 : Profil synthétique: Adresse d’envoi du dossier Contact administratif : N° de téléphone : N° de Fax : Email : Composante de Rattachement enseignement Laboratoire d’accueil : N° du poste: 875 Maître de conférences / Assistant professor 67-Biologie des populations et écologie Génomique fonctionnelle et écologie des bactéries phytopathogènes Université LYON 1 Service Gestion des enseignants – Bureau Sciences Bâtiment Julie-Victoire Daubié 69622 VILLEURBANNE CEDEX Jacques GORGERET Chef de Bureau Sciences 04 72 44 80 22 04 72 43 12 38 [email protected] FST – Département Biologie UMR 5557 Ecologie Microbienne Campus de La Doua, 16 rue R. Dubois, Villeurbanne 67 MC 0875 Génomique fonctionnelle et écologie des bactéries phytopathogènes ENSEIGNEMENT : La personne recrutée fera son enseignement en microbiologie et en écologie microbienne. Elle interviendra dans les enseignements de la Licence de Biologie (UE Microbiologie générale + Ecologie microbienne), de la Licence pro Microbiologie industrielle et Bio technologie (UE Microbiologie générale), et dans le Master M1 Ecologie-Microbiologie (UE Microbiologie et fonctionnement des écosystèmes). A terme, la personne recrutée sera amenée à développer de nouveaux enseignements à l’interface entre génomique fonctionnelle et écologie microbienne. RECHERCHE : L’accessibilité facile aux génomes complets des bactéries permet maintenant de repérer les gènes et de là les fonctions spécifiques des espèces bactériennes qui déterminent les niches écologiques ayant conduit à leur spéciation. Pour répondre à cet enjeu, qui place la recherche de la niche écologique comme résultat de l’analyse des génomes et non comme une donnée a priori, le candidat devra utiliser toutes les ressources de la génétique fonctionnelle « classique » (i.e. mutagenèse, complémentation, transcriptomique bactérienne et végétale …) pour identifier expérimentalement les fonctions codées par les gènes spécifiques identifiés par génomique comparative, en cherchant avant tout à confirmer et surtout à préciser leurs annotations et le type de niche ainsi révélé.L’enjeu et la difficulté est toutefois d’arriver à inférer une écologie des données d’annotation de génomes. En effet, par définition les gènes qui déterminent des niches spécifiques sont eux-mêmes spécifiques et rares. De ce fait, leur annotation est souvent approximative. Il est alors souvent assez difficile de trouver quel phénotype est réellement codé par ce type de gène « orphelin ». L’étude de bactéries interagissant étroitement avec les plantes permet en cela de réduire le champ d’étude des écologies possibles. Cette approche de génomique comparative fonctionnelle sera ainsi développée dans le cas de bactéries phyto pathogènes, les modèles de référence de l’équipe d’accueil étant Agrobacterium tumefaciens (impliqué dans la galle du collet) et Ralstonia solanacearum (responsable de la maladie du flétrissement bactérien). En permettant une exploitation « écologique » des données de séquençage massif (génomes et métagénomes), le candidat développera ainsi une approche qui lui permettra d’accéder à des champs d’investigations nouveaux tels, par exemple, celui de la niche écologique originale des phytopathogènes opportunistes émergents expliquant ainsi leur modalité de survie dans l’environnement. Cette approche s’inscrit dans les axes de recherche de la SFR « BioEnvironnement et Santé » où elle sera réalisée en collaboration avec les UMR 5558 Biométrie et Biologie Evolutive et 5240 Microbiologie, Adaptation et Pathogénie, avec l’appui logistique des plateformes du quartier Biologie : DTAMB, PRABI, CESN et PARMIC .La personne recrutée devra avoir de solides bases en microbiologie et en génétique moléculaire incluant une connaissance approfondie des voies métaboliques bactériennes. Une expérience dans l’étude du rôle des métabolites secondaires bactériens ou végétaux dans les interactions bactérie-plante serait particulièrement appréciée. Des connaissances en génomique comparative, annotation de génomes et utilisation de langages tels que R pour la manipulation et le traitement statistique des données seront des atouts importants. TEACHING : The recruited assistant professor will teach, in French, microbiology and microbial ecology in the teaching modules "General Microbiology" and "Microbial Ecology" in license de Biologie (Biology license), "General Microbiology" in licence pro Microbiologie industrielle et biotechnologie (professional licence of Biotechnology and Industrial Microbiology), and "Microbiology and Ecosystem functioning" in the first year period of the Ecology-Microbiology master (master M1 EcologieMicrobiologie). RESEARCH : The growing and facile access to complete bacterial genomes now allows the discovery of specific genes and functions of bacterial species determining specific ecological niches that are assumed to be involved in bacterial speciation. In this framework, the recruited person will have to answer to the challenging research approach consisted in looking for ecological niches revealed by genomic analyses instead of a priori known niches. For this purpose, he/she will have to use standard functional genetic/genomic tools (i.e. mutagenesis, complementation, bacterial and plant transcriptomics...) to experimentally identify the specific functions encoded by the specific genes revealed by comparative genomics. The primary aim and challenge of the work is the confirmation and the precision of the annotation of - often rare specific genes and the discovery of the niches they determine. This functional genomic approach will be developed with the plant pathogenic soil bacteria studied by the research team: Agrobacterium tumefaciens and Ralstonia solanacearum, causing crown gall and bacterial wilt, respectively. Applicants must have strong education in microbiology and molecular genetics including a good knowledge of bacterial metabolic pathways. Research experiences about the role of plant and/or bacterium secondary metabolites in plant-microbe interactions will be greatly appreciated. Knowledge in comparative genomics, genome annotation and use of software such as R will be additional advantages. Conditions financières et matérielles de l’accueil du nouveau recruté La personne recrutée sera intégrée dans l'équipe "Spéciation des bactéries phythopathogènes" (7 permanents, Université, INRA, CNRS) dans l'UMR 5557 "Ecologie Microbienne" (82 permanents). Elle disposera des moyens financiers et matériels communs de l'équipe (soutien de base et contrats, au prorata du nombre de chercheurs et enseignants-chercheurs), ainsi que de l'accès aux plateformes techniques de l'UMR (CESN, PARMIC) ou de la SFR (serres, DTAMB, PRABI). Contact recherche : Xavier NESME, [email protected] n° 04 72 44 82 89 Yvan MOENNE LOCCOZ, [email protected] n° 04 72 43 13 46 Contact enseignement : Geneviève GRUNDMANN, [email protected] n° 04 72 43 13 78 Yvan MOENNE LOCCOZ, [email protected] n° 04 72 43 13 46