THÈSE DE DOCTORAT Étude du rôle de l`autophagie

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UNIVERSITE PARIS-SUD
ÉCOLE DOCTORALE : ED418 de Cancérologie
Laboratoire de Christine PERRET - Oncogenèse des épithéliums digestifs
Cancérologie
THÈSE DE DOCTORAT
Soutenue le 22/09/2014
par
Jonathan LEVY
Étude du rôle de l’autophagie dans la
cancérogenèse intestinale
Directeur de thèse : Béatrice ROMAGNOLO Directeur de recherche Institut Cochin
Composition du jury :
Président du jury : Christian AUCLAIR Professeur ENS Cachan
Rapporteurs : Patrice CODOGNO Directeur de recherche Institut Necker
Philippe JAY Directeur de recherche Institut de génomique fonctionnelle
Examinateurs : Juan IOVANNA Directeur de recherche Centre de recherche en Cancérologie

«Celui qui trouve sans chercher est celui qui a longtemps cherché sans trouver.»
Gaston Bachelard

Remerciements

Remerciements
Ce manuscrit vient conclure ces quatre années de doctorat, il est également l’occasion
de remercier toutes les personnes qui ont fait de cette aventure une expérience inoubliable.
Je tiens tout d’abord à remercier l’ensemble des membres du jury :
Monsieur le professeur Christian Auclair qui m’a fait l’honneur d’accepter de présider ce jury.
Mes rapporteurs Patrice Codogno et Philippe Jay pour l’intérêt qu’ils ont porté à mon travail,
pour le temps consacré à la relecture de ce manuscrit ainsi que pour leurs remarques qui
m’ont fortement touchées.
Mon examinateur Juan Iovanna qui a accepté d’évaluer mes travaux et pris sur son temps pour
participer à ma soutenance de thèse.
Merci à Christine Perret de m’avoir accueilli au sein de son laboratoire durant ces quatre
années, pour la confiance qu’elle m’a témoignée et pour ses conseils précieux tout au long de
mon parcours.
Un immense merci à Béatrice, qui a été une directrice de thèse exceptionnelle et une
excellente pédagogue. Je tiens particulièrement à te remercier pour la patience et le soutien
dont tu as fait preuve avec moi. Durant cette aventure, tu as toujours été à l’écoute lors de nos
nombreuses conversations. J’ai eu la chance d’avoir ta confiance et tu as su me donner de plus
en plus de liberté au cours de notre projet. Je te souhaite beaucoup de succès dans tes futures
recherches, j’aurais aimé pouvoir poursuivre ce travail avec toi, mais toutes les bonnes choses
ont une fin. Je continuerai à suivre tes exploits sportifs dans les marathons du monde entier.
La thèse est une course de fond qui demande énormément d’endurance, j’espère donc avoir
suivi ton exemple au cours de ces quatre dernières années… Encore merci pour tout, il est
difficile de résumer ces années en quelques lignes, mais je n’oublierai pas cette expérience
ainsi que tous les bons moments passés à tes côtés.
Merci aux personnes de la « Team Intestin » qui ont contribué directement à ce travail et dont
l’aide m’a été plus que précieuse :
Le petit suisse, Medhi, une grande rencontre, tu n’es resté qu’un an et demi, mais tu as
tellement apporté à ce projet. Personnellement cela a été un vrai plaisir de travailler à tes
côtés, je comprends pourquoi nos amis Suisses ne veulent plus te lâcher! Tu es une personne
de confiance, je me souviens encore du jour où tu m’as demandé mon avis sur ton départ en
suisse. J’espère que nous aurons rapidement l’occasion de nous retrouver au stade Parc des
Sports d'Annecy pour un mémorable ETGFC – ASSE.
Mamie, je me souviens encore du jour de ton entretient d’embauche et surtout de ton
CV, mais je n’en dis pas plus… Tu as apporté à notre équipe toute la joie et la fraicheur qui te
caractérisent. Tes compétences professionnelles ne sont plus à démontrer (en même temps tu
as été tellement bien formée!) et j’en suis certain te permettront de poursuivre une très belle
carrière dans le monde de la recherche. J’ai été un collègue un peu « mouvementé », je t’ai
piqué quelques bonbons, je t’ai parfois souvent maltraitée, mais bon on a quand même passé
de bons moments (enfin je crois) …
Aurélie qui m’a formé aux techniques du laboratoire et a tenté de m’inculquer (non
sans mal) sa rigueur et (plus facilement) son amour du métier. Momo, je te souhaite de
poursuivre ton joli parcours dans la recherche avec toujours autant de passion.

Remerciements
Tiphaine qui a fait un court passage chez nous, j’espère que tu t’épanouiras dans ta
nouvelle carrière médicale. Bonne route à toi.
Ce travail n’aurait pas été possible sans l’apport de nombreuses personnes :
Les « Immunos »: nous avons inventé la journée de travail de 35 heures. C’était long,
fatiguant, stressant, mais tellement bon… Maintenant que je vais partir vous pourrez rattraper
votre temps de sommeil bien mérité. Encore merci à tous les quatre pour votre aide, votre
humour et votre patience… Ne changez rien!
Jean-Pierre : merci pour tout ce que tu as apporté à ce projet et ton humour décapant.
Toutefois, il te reste encore une tache à réaliser me concernant…
Ma psychanalyse.
Anne-Marie : merci pour ta bonne humeur à toute épreuve et comme je te l’ai déjà dis
je suis le plus vieux. Pour preuve je pars le premier en retraite.
Antoine : merci pour ton implication dans ces longues manips et les heures passées
pour les analyser. J’espère que tu penseras à moi quand tu seras au FACS. J’ai le regret de
t’abandonner avec la lourde tâche d’être le dernier jeune chercheur masculin du 4ème étage. Je
suis sûr que tu honoreras cette mission avec brio.
Sandrine : merci pour ton enthousiasme et bien que nous ne nous soyons pas côtoyés
longtemps ce fût un réel plaisir de te connaître.
La PIPA : Gilles, Carmen, Franck et Isabelle, nous avons passé de nombreuses journées à
mettre au point et à réaliser ces échographies de côlon que je suis toujours très fier de montrer
lors de mes présentations.
La Plate-forme de Séquençage et Génomique, et plus particulièrement à Franck et Florent
pour leur aide dans l’analyse des puces Affymetrix.
Benoit Terris, merci pour tes conseils avisés et ton aide sur le côté humain qui apportent une
valeur ajoutée à nos résultats.
Benoit Viollet, merci pour tes conseils précieux sur la signalisation AMPK.
Un merci à toutes les personnes formidables que j’ai pu rencontrer à l’institut :
Dans l’équipe :
Les anciens :
Le Peignon, tu étais Postdoc à mon arrivée, puis tu es parti au SAIC (je suis sûr que tu
t’épanouis dans le monde de la Valo). En fait, je t’ai suivi dans ton parcours professionnel et
continuerai certainement mais d’un peu plus loin…