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Synthèse du projet BEEST
Responsable Scientifique : Lévêque C.1
Coordination : Moussard S.1 ; Foussard V.1
Rapport
Lévêque C.1 ; Boët P2 ; Bocquéné G.3 ; Bouleau G.4; Etcheber H. 5 ; Foussard V1. ; Just A.2 ; Lepage M.2 ; Lobry J.2 ;
Moussard S.1 ; Sirost S. 6 ; Sottolichio A.3
Annexes
Barillé L.7 ; Bocquéné G.3 ; Bouleau G.4 ; Devrecker D.8 ; Etcheber H. 5 ; Foussard V1. ; Gramaglia C. 4 ;
Lévêque C.1 ; Lobry J.2 ; Loupsans D.4 ; Sirost S. 6 ; Sottolichio A.3 ; Souissi S.7 ;
1 GIP Seine-Aval
2 Cemagref Bordeaux – UR EPBX
3 Ifremer – Cellule Arc
4 Cemagref Montpellier - UMR G-EAU
5 Université Bordeaux 1 – EPOC
6 Université de Rouen – EA 3832 CETAPS
7 Université de Nantes – UPREA EA 2160
8 Université Sciences et Techniques de Lille – UMR 8013 ELICO - Station Marine de Wimereux

Vers une approche multicritère du Bon Etat écologique des grands ESTuaires
1
Sommaire
Résumé ............................................................................................................................................................ 3
Abstract ........................................................................................................................................................... 4
Introduction ..................................................................................................................................................... 6
I. Présentation des estuaires de la Seine, de la Loire et de la Gironde .............................................................. 7
II. Les indicateurs DCE du bon état écologique (axe 1) ...................................................................................... 9
A. Synthèse des exigences de la DCE et système de classement .........................................................................9
B. Les indicateurs de qualité développés en réponse à la DCE ..........................................................................10
1. Les indicateurs DCE opérationnels ............................................................................................................ 10
Indicateurs basés sur l’ichtyofaune ........................................................................................................... 10
2. Recommandations pour de futurs (possibles) indicateurs d’état DCE ...................................................... 11
a) Indicateurs basés sur le phytoplancton ................................................................................................. 11
b) Indicateurs basés sur la flore aquatique ................................................................................................ 12
c) Indicateurs basés sur la faune benthique invertébrée .......................................................................... 12
d) Indicateurs hydro-morpho-sédimentaires............................................................................................. 13
3. Proposition d’une stratégie de surveillance des paramètres physico-chimiques dans les estuaires........ 15
a) Justification de la mesure des caractéristiques physico-chimiques des eaux estuariennes. ................. 16
b) Pertinence de la définition des seuils de qualité physico-chimique définis dans le cadre de la DCE. ... 17
c) Pertinence des Normes de Qualité Environnementale utilisées pour la qualité chimique et physico-
chimique .................................................................................................................................................... 18
d) Préconisation pour une stratégie de surveillance des paramètres physico-chimiques des eaux
estuariennes. ............................................................................................................................................. 18
4. Discussion .................................................................................................................................................. 20
a) Les indicateurs et le bon état ................................................................................................................. 20
b) Réponse actuelle des indicateurs DCE ................................................................................................... 20
C. Pourquoi vouloir dépasser la DCE ? ...............................................................................................................21
III. Le bon état écologique de quoi s’agit-il ? (axe 2) ....................................................................................... 23
A. Évolution des concepts savants .....................................................................................................................23
1. Le bon état, bon potentiel a-t-il des bases scientifiques ? ........................................................................ 23
2. Mythologie de la référence ? .................................................................................................................... 24
B. Interpréter les concepts DCE de bon état, de bon potentiel et de référence ...............................................24
1. Au-delà de la prise en compte des pressions humaines (DCE), le bon potentiel a nécessairement une
dimension sociale .......................................................................................................................................... 25
2. Le bon potentiel s’appuie sur une vision du futur .................................................................................... 26
IV. Le bon état écologique de quoi s’agit-il, pour qui ? (axe 2) ........................................................................ 27
A. Le bon état écologique selon les écologues ..................................................................................................27
B. Le bon état écologique selon les usagers ......................................................................................................28
1. Le bon état écologique vu par la société en estuaires de Seine, Loire et Gironde ................................... 28
a) Principaux éléments mis en avant dans les enquêtes ........................................................................... 28
b) Les différentes visions du bon état retenues......................................................................................... 28
2. Au-delà des valeurs de (in)satisfaction : quid de l’outil indicateur ? ........................................................ 29
C. Derrière le bon état écologique : les estuaires… Une réalité qui ne va pas de soi ........................................30
V. Vers un changement de paradigme ? (axe 3) .............................................................................................. 31
A. Des Indicateurs de structure aux indicateurs de fonctionnement écologique des estuaires ........................31
1. Le fonctionnement écologique des écosystèmes estuariens .................................................................... 31

Vers une approche multicritère du Bon Etat écologique des grands ESTuaires
2
2. Le lien structure fonction : un débat complexe en estuaire ..................................................................... 31
3. Actuellement, différentes façons d’aborder la relation ............................................................................ 32
4. Pour aller plus loin ..................................................................................................................................... 33
B. Propositions de nouveaux indicateurs de qualité ou de fonctionnement (axe 3) .........................................34
1. Indicateur « zooplancton » ....................................................................................................................... 35
a) Contexte et intérêts d'étudier le zooplancton en milieu estuarien turbide .......................................... 35
b) Pistes de travail et recommandations ................................................................................................... 35
2. Indicateur « microphytobenthos »............................................................................................................ 36
3. Conclusion ................................................................................................................................................. 37
VI. Vers plus d’opérationnalité (axe 3) ........................................................................................................... 38
A. Le SIG Habitats Fonctionnels : un outil pour spatialiser le potentiel écologique ..........................................38
1. Les habitats, éléments de définition du fonctionnement écologique ...................................................... 38
2. Le SIG-HF : Un modèle conceptuel et un outil opérationnel ..................................................................... 38
3. Habitats potentiels et Potentiel écologique .............................................................................................. 40
4. Un nouveau paradigme pertinent et prometteur ..................................................................................... 41
B. Approche multicritère et prospective ............................................................................................................42
1. Portrait-robot d’un estuaire macrotidal .................................................................................................... 42
2. Comment se préparer à l’évolution des jeux d’acteurs ............................................................................ 43
a) Trajectoire rétrospective des trois estuaires ......................................................................................... 43
b) Prospective : est-ce que la DCE change la place de l’expertise dans la décision ? ................................ 48
c) Se préparer à l’évolution des jeux d’acteurs .......................................................................................... 50
VII. Comment mobiliser l’usager ordinaire sur des objectifs de bon potentiel ? (axe 2).................................. 51
A. Des relais sur le terrain ..................................................................................................................................51
B. Des espaces et des dispositifs ........................................................................................................................51
C. Des images, des médias et des mémoires .....................................................................................................51
D. Quelles natures pour quels estuaires ? .........................................................................................................51
VIII. Conclusion et perspectives ...................................................................................................................... 52
A. Indicateurs DCE : nouveaux développements ...............................................................................................52
B. Le bon potentiel, pour quoi ? .........................................................................................................................52
C. Sortir du cadre étroit de l’écologie : la participation du public .....................................................................53
D. Un outil opérationnel : le SIG Habitats Fonctionnels .....................................................................................53
E. Des suites à donner ? .....................................................................................................................................54
Bibliographie .................................................................................................................................................. 55
Liste des figures .............................................................................................................................................. 57
Communications autour du projet BEEST ....................................................................................................... 58
Publications issues du projet BEEST ............................................................................................................... 59
Annexes ......................................................................................................................................................... 61

Vers une approche multicritère du Bon Etat écologique des grands ESTuaires
3
RESUME
Le projet BEEST a pour objectif d’aider à la mise en œuvre de la DCE en termes d’indicateurs de qualité, de
surveillance et d’appréhension de la notion de bon état. La qualification du bon état ne peut se limiter à la
seule dimension écologique Elle doit prendre en compte la perception qu’en ont différents groupes sociaux.
Les travaux ont montré l’intérêt de travailler sur des tendances à long terme du fonctionnement des estuaires.
Qualification de l’état écologique
La DCE incite les États membres à améliorer la qualité écologique des milieux aquatiques, en leur imposant des
objectifs de résultats. Sur les estuaires français, divers travaux ont permis d’obtenir des résultats prometteurs
pour l’ichtyofaune et la faune benthique. Pour les autres éléments de qualité (phytoplancton, macroalgues et
angiospermes, hydromorphologie et physico-chimie), aucun indicateur n’est encore opérationnel en France.
Le projet BEEST a été l’occasion de donner des pistes complémentaires pour combler ces lacunes en proposant
des indicateurs pertinents ou des pistes qui restent à perfectionner afin d’être véritablement opérationnels.
Elles s’orientent vers une approche du bon état basée sur les habitats écologiques auxquels s’adaptent les
espèces et non l’inverse. L’existence et l’accessibilité d’habitats sont déterminantes pour assurer les besoins
des espèces (alimentation, reproduction, migration...) durant leur cycle biologique. Les experts du projet ont
montré qu’il est impératif d’avoir une mosaïque d’habitats fonctionnels connectés et répartis le long de
l’estuaire.
Dans ce contexte, les caractéristiques morphologiques et physico-chimiques (diversité des substrats, salinité,
courantologie ou teneur en oxygène des eaux) jouent un rôle structurant dans le fonctionnement écologique et
la composition des peuplements, qui sont celles les plus souvent impactées par les activités humaines. Ces
caractéristiques ont été étudiées en vue de préciser leur influence sur les espèces et définir des indicateurs de
qualité. Par ailleurs, un outil développé en partie dans le projet BEEST, le SIG Habitats Fonctionnels, permet de
spatialiser ces habitats en distinguant leur rôle dans le fonctionnement des trois grands estuaires français et
cela pour une sélection d’espèces représentatives des principaux groupes faunistiques estuariens (poissons,
oiseaux, benthos, zooplancton).
Au sens de la DCE, la caractérisation du bon état repose plutôt sur la structure des communautés biologiques
(densité, nombre d’espèces…). Or, les aspects fonctionnels (production, consommation, épuration...) sont aussi
importants pour évaluer l’état et l’évolution d’un écosystème. Le projet BEEST propose de s’orienter également
vers une analyse du fonctionnement écologique en s’appuyant sur d’autres éléments biologiques comme le
zooplancton (ex crevette) et le microphytobenthos (algues microscopiques) à la base de la chaîne alimentaire.
Les concepts de bon état et de bon potentiel écologique
L’idée de bon état s’inscrit dans une vision philosophique opposant l’homme à la nature. La DCE a transposé
cette vision en y intégrant une dimension normative via les notions de « bon » ou « mauvais », de référence, de
seuils. Cette approche du bon état se heurte au fait qu’elle n’a pas de bases scientifiques bien établies dans des
écosystèmes aussi évolutifs que les grands estuaires.
En l’absence de toute intervention humaine, l’évolution hydro-morpho-sédimentaire des estuaires irait vers le
comblement, entraînant une modification des habitats et des peuplements associés. Dans ce contexte, il n’est
pas fondé de définir une référence qui irait à l’encontre des processus naturels. De plus, les grands estuaires
sont des milieux très impactés par l’homme. Au-delà d’écosystèmes, ce sont des anthroposystèmes qui
devraient être considérés comme tel. C’est pourquoi la DCE propose de parler de bon potentiel tenant compte
de l’impact des activités humaines. Le projet BBEST propose d’aller plus loin en s’intéressant également aux
services rendus par le milieu (épuration, navigation, contemplation, pêche…).
Le bon potentiel doit être évolutif tenant compte d’autres facteurs qui influenceront la trajectoire des estuaires
tels que le changement climatique ou les activités économiques. Ainsi, la référence considérée pour évaluer le
bon potentiel ne doit pas être normative ni nostalgique, mais renvoyer aux fonctions et aux services attendus
par les écosystèmes. Elle doit résulter d’une co-construction prospective.